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《觉醒》是一部抗战题材剧，讲述了1937年全面抗战爆发之前的上海滩，一群仁人志士为了国家和民族的利益同敌对势力进行殊死搏斗的故事。主人公童飞在国民革命爆发后从南洋回国，受训后成为国民党军统的一号特工，在执行一次秘密任务时因受伤而失忆，却凭着一把要他交给上海一家商社经理“老康”的银行保险柜钥匙一步步重拾记忆。他先后与山寨女头领、商社董事长千金、女巡捕、漕帮帮主的女人有着不同的感情纠葛，也曾一度迷失于金钱和崇尚暴力。国难当头，在民族大义面前，在最信任的朋友和最心爱的女人指引下，童飞重新选择了自己的人生信仰，走上抗日救国的道路。
黑衣人跳海后被姜家村的采药人姜大叔救起，醒来时，发现因为头部受伤而失忆，除了随身携带刻有童飞名字的钢笔和钥匙之外，没有任何东西能证明自己是谁。两把钥匙迟迟都没有下落，虽然半年后如果没人打开保险柜情报就会自动销毁，可是日本黑龙会特务芥川依然怕夜长梦多，打算毁掉情报，日本特务刚到大陆银行门口，就被得知消息的漕帮的人打死，同时漕帮也驱逐了在银行对面暗中观察的国民党军统人员。
飞天龙的威名传遍十里八乡，许多百姓加入了红龙寨当土匪，童飞怕树大招风，打发了老弱病残，同时加强了对精兵强将的训练，一方面又派人去省城打听警备司令部的动态。没想到，派去打探消息的土匪虾米皮被抓后投降，供出了水寨的机密，警备司令部决定围剿红龙水寨。官兵很快包围了红龙水寨，童飞分析水寨里一定有内奸，因为兵力悬殊太大，童飞打算用假投降来拖延时间，并且秘密侦查对方的炮兵阵地布置。
吃了两次亏的刘贵发誓一定要找飞天龙报仇，空军也加入进来，开始对红龙水寨进行空中打击，大家只好躲进山洞。在山洞里，杜鹃告诉童飞有很多地道直接通往山下，同时把钢笔还给了他，并同意他离开，童飞怕杜鹃有危险，又不忍离开，僵持之际，官兵已经包围了山洞。突围过程中，杜鹃中枪受伤，童飞受伤后昏迷，为了掩护童飞等人逃跑，杜鹃引官兵追向自己，走投无路之际，飞身跳崖。
童飞严厉批评了小北风的鲁莽行为，这时他的记忆里突然出现泥鳅当时的嘱托，第二天童飞就来到万家码头寻找老康，工人告诉他并没有姓康的人，出门后童飞遇到了他们刚来上海时拉他们的黄包车夫老吴头，童飞打算也拉黄包车糊口。万家大小姐在街头散发“停止内战，一致抗日”的传单，遭遇巡捕房的人追捕，老康救了她，原来老康姓丁，是万家商社一名经理。
万家大小姐坐了童飞的黄包车前去游行，路遇警察驱散，为了保护大小姐躲开警察的追捕，童飞和警察对打起来，被赶来的吴蕾当场抓住，带去了巡警房。得知童飞被抓，姜根和小北风想去赌场赢钱去巡捕房赎人，万妍却已经把人赎出来了，并带到家里，万家商社的董事长万荣非常感谢童飞对自己女儿的救命之恩，留下童飞共进餐酒聊表心意，在交谈中，万荣发现童飞是一个可造之材，当即邀请他第二天来万家商社上班。在童飞的请求下，万荣同意小北风和姜根在万家码头做工。
童飞在万家商社的前台工作，利用这个契机，他在人员花名册上寻找老康，却没有结果，他让小北风在码头仔细打听老康的消息，与此同时，面对凭空出现、疑点重重的童飞，万荣也开始了自己的调查。日本黑龙会特务芥川突然来到商社，想以高出市价的价格收购万家码头，万家少爷万邦动员父亲扔掉不挣钱的码头，但是老康提出日本人突然收购码头一定有隐情，劝万荣不要轻易把祖上传下来的码头出让给日本人。
童飞成功地收回了欠款，回到商社后被奉为英雄，万邦更加气急败坏。芥川劫持了大陆银行的钱经理，并威胁他，如果十二个小时之后还不和日本人合作，将杀死他，钱经理向地下党表示另一把钥匙出现了。通过分析，地下党得知拿着这把钥匙的人就是童飞。半夜，蒙面人夜闯童飞家，两人打了起来。
小北风被漕帮顶上，双方发生冲突，小北方和姜根被漕帮的人带走。童飞前去营救，黑五表示有人出钱让漕帮出面，希望童飞永远离开上海滩，童飞拒绝了，在打斗中，童飞败下阵来，巡捕房的吴警官突然出现，解救了三人，童飞受伤住进医院。在医院里，童飞不能下床，万荣父女都来探望，万荣告诉童飞这次的事情是自己的儿子指使漕帮人干的，童飞提出离开万家商社，万荣反而提拔他成为自己的助理。
地下党打算查出刺杀万荣的幕后真凶，小北风在医院醒了过来，喊了声“姐夫”震惊了在场的人，在受伤的杀手病房前站岗的警察被人买通，假扮成医生的凶手进门杀死了杀手。吴警官和万妍对于童飞的过往婚史都耿耿于怀，二人非要问个明白，在吴警官的逼问下，童飞说出了自己在红龙水寨当土匪的过往，吴警官发现杀手的手臂上有梅花的纹身，杀手一定来自漕帮梅花堂。
胡专员叫来警察局长调查，刘贵现在是上海市警察局局长，他说此事肯定是漕帮在背后兴风作浪，因为此次的混战有机枪大炮，不像小帮派的作风，胡专员无奈只好请柯爷出山，主持大局。胡省长刘贵故人相见，胡专员用漕帮的财富以诱惑，说服刘贵除掉柯爷这个心腹大患，来稳固两人在上海的地位。漕帮新开商社，在开业典礼上，胡专员和刘贵布下埋伏，想刺杀柯爷，童飞突然出现，质问柯爷谁想杀万荣，胡专员的刺杀计划只好取消。
万邦才是刺杀自己父亲的幕后主使人，对此，童飞和老康早已心知肚明，面对如此复杂的万家内部矛盾，童飞表示他没有找到老康之前绝不会离开万家商社。老康想告诉童飞自己的身份，但地下党老潘为了安全起见阻止了他。童飞的记忆有所恢复，但都是一些碎片，无法连成完整的记忆，童飞觉得大陆银行的保险箱里藏着惊天大秘密。
虽然离开了万家商社，但是为了党的利益，老康决定重新回去，夺回码头。吴警官得知童飞三人都失业了，介绍三人去开茶楼。经过讨价还价，他们盘下一座茶楼，童飞成为茶楼主人，茶楼原主人温嫂十分不舍，但是因为儿子迷上赌博，不得已只能贱卖了茶楼，得知这种情况，童飞改变主意，自己只是入股，茶楼依然归温嫂经营。正在这时，上门讨债的人又来了，原来就是虎头帮的人，童飞出面，双方剑拔弩张，眼看就要打起来，这时杜丽和黑五来了，面对漕帮的势力，虎头帮只能认怂，危机化解，但是孙不点怀恨在心。
得知行动失败，胡专员和刘贵互相指责对方，脆弱的同盟关系瓦解。胡专员此时已经惊弓之鸟，叫了警备司令部一个排的士兵来保护自己，依然惴惴不安。他改变了乘火车的计划，改乘轮船，自以为天衣无缝，结果在路上依然被漕帮的人堵住，原来胡专员的秘书就是漕帮弟子，柯爷出现痛斥胡专员见利忘义，最后把胡专员扔进了黄浦江，胡专员警告他漕帮不把政府放在眼里，迟早会被除掉。
童飞发现了万邦，情急之下，万邦开枪，枪声惊动了黑五，黑五一枪打中了万邦。临死前万邦向妹妹表达了歉意，希望万妍能原谅自己。童飞质问黑五为什么打死万邦，黑五表示如果自己不开枪死的就是童飞自己，童飞因为没有完成答应万荣留万邦一条命的承诺而陷入了深深的自责。黑五在巡捕房门口等待吴警官，向她表明心迹，但是吴警官拒绝了他，表示因为他没有做人的底线，所以不会喜欢他。
在茶楼童飞见到了梅子，他仔细询问了温嫂有关梅子的事情，让温嫂打发梅子离开，温嫂并没有辞退她，却给梅子一些钱让她急用，没想到梅子直觉敏锐，觉得自己已经被怀疑。芥川让梅子继续接近姜根，梅子不想做，而且她表示没有发现童飞有什么不妥的行为，不明白为何要杀他，芥川大怒，表示梅子只要服从命令即可。小北风受童飞的委托化妆成黄包车夫在黑龙会门前等待，证实梅子果然是日本特务。
芥川来到茶楼，送上贺礼，芥川一改往日的嚣张，反而一直示弱，他希望童飞尽快上任，来处理万邦遗留的问题，童飞提出尽快归还万邦的欠债，芥川强硬拒绝，表示日本只对万家码头感兴趣，童飞使出缓兵之计，表示三天后再答复芥川。童飞前往商社上班，丁经理讲了商社目前的严峻形势，资金缺口十分巨大，要想挽回困境非常难。日本人和漕帮都觊觎万家码头，让童飞觉得有些不可思议。
童飞来到黑龙会，芥川假装帮助寻找小北风，三天之内就会有消息，童飞希望他能交出小北风否则就可能不卖码头给他。姜根和杜鹃一起去找梅子，发现了她的行踪后，梅子突然出手刺伤杜鹃，姜根此时才幡然悔悟，姜根想跟日本人拼命，山田让梅子杀了姜根，一群蒙面人出现，打伤梅子，救下了杜鹃和姜根。根据漕帮的情报，童飞和吴警官一起出马绑架了芥川的上司板原，芥川只好放了小北风。杜鹃受伤住院，童飞答应她等伤好后两人一定成亲。
码头开始正常运营，童飞让码头工人们提高警惕，日本人果然有所行动，山田等人化妆成中国人，趁着夜色，来到码头搞破坏，结果被工人巡逻队发现，双方厮打在一起，期间，码头上的货物大半被日本人放火烧掉，山田被抓。得知码头被烧，杜鹃也来到码头，主张杀掉山田，吴警官劝大家不要激动，要不然日本人会来找麻烦。就这场大火，童飞召开记者会，告诉社会日本人假扮中国人来放火，揭露了日本的侵略阴谋，一时间群情激奋，山田被吴警官带走。
童飞对杜鹃动之以情，晓之以理，杜鹃不为所动，打算离开上海，在万家，万妍也没有丝毫的高兴，她看出童飞并非真的想娶自己，而且作为万家的大小姐，更不应该在关键时刻退缩，于是万妍去找客户请他们撤回提议。吴警官因为童飞要和万妍结婚在酒馆买醉，黑五来安慰她，劝她不要为童飞伤心。吴警官大醉，黑五把她带回自己家，第二天吴警官得知自己的衣服是黑五脱的，开始兴师问罪。
漕帮的柯爷断定童飞肯定会来找自己，早就开启大门等着童飞。一见面，童飞就大吐苦水，柯爷一个耳光打过去，他让童飞要勇往直前，但却不能有匹夫之勇，做生意要动脑子。童飞答应把码头卖给漕帮，没想到，柯爷竟然不想买，他想让童飞尝尝什么才是真的山穷水尽，柯爷看中了码头，但是更看重童飞这个人，希望他能加入漕帮。通过长期观察，柯爷已经把童飞认定为自己的接班人。杜丽很不理解柯爷的决定，她想为自己的弟弟黑五争取一下，柯爷却说黑五心胸狭窄，无法掌控漕帮的大风大浪。
