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河北某八路军后方医院被袭，武十三拖着病体逃出日军搜索，随后武十三带着原为私人抗日武装的方碧怡等人，追寻南下的大部队，而日军指挥官早野俊二誓要杀死武十三为好友报仇，一路追击。众人一路躲避追击、营救战友、扩建队伍，顺利南下归建。随后，日军用竹篱笆建立起大片清乡区。战略需要，武十三带领特别行动小队，进入清乡区进行锄奸、保卫国宝、策应大部队展开反清乡运动等。行动期间，武十三意外与自己当国军多年生死未卜的二哥武善相遇，武善劝说武十三加入国军，武十三拒绝了邀请。武十三率领小部队依托游击战经验丰富的优势，成为日军心头大患，早野俊二对武十三的队伍穷追猛打，在日军的重重围剿下，武十三带领队伍顽强抵抗，最终迎来了抗战的胜利。
生死连在与日本鬼子经历一场浴血奋战后几乎全军覆没。武十三在激烈的肉搏中，用剃刀斩杀了日军指挥官中村，自己也身负重伤昏迷不醒。战士们紧急将他送进了战地医院，关团长更是下了必须救活武十三的死命令，但是一个多月后，武十三仍然毫无知觉。部队要南下了，关团长心有不舍地看望武十三，给他留下了一个苹果。又过了一周，武十三迷迷糊糊地刚从病床上爬起，就发现战地医院被鬼子大部队包围了，被残杀的八路军伤员横七竖八地躺了一地，武十三躲在房间角落里，抄起一把大刀，正要乘鬼子不注意夺路而逃，却猛地被人喊住。
武十三大大咧咧地找到火头，拿出了自己和中村的一张合影，自称中村大佐是自己的朋友，他是受委派打入八路军内部的。火头一听就蒙了，立刻给他解开了绳子，好酒好肉伺候着。武十三拍着胸脯说要给日本人引荐火头，让他当队长，把火头乐得不行，又倒酒又送银子。武十三让火头赶紧召集几个土匪，绑上大姐和黑蛋先去给日本人当见面礼。关团长此时才得知医院被鬼子洗劫的消息，派了部队回头去救援武十三和搜寻其它幸存者。
武十三凭借自己的剃头手艺在街头摆摊，赚了不少钱，听着堂会的开戏锣一响，扔下剃头摊就往堂会跑。汉奸崔队长开的堂会请来了一个草台班子，其实名为戏班，实际上也是打家劫舍的一伙人，但他们只是路过并不打算在这里动手，小师妹小试身手就盗走了保长的钱袋。这时的武十三，一边看戏一边竖起耳朵听伪军崔队长和保长几个人聊天，听到扬州那边儿抓了几个来自河北的八路，不由上了心。另一边的方碧怡在集市上乱逛，无意中却捡到了一个空钱袋。
小巴子果然神通广大，先是找到了监狱里的陈队长，但是没戏。武十三和小巴子商量，打算乔装成送菜的混进监狱，小巴子觉得这样可行，还弄来了监狱内部的结构图，武十三分析关团长应该被关在后院，和众人一起制定了劫狱的方案。行动当天，武十三带着人拉上菜刚送到监狱门口就被撵走，众人正一头雾水，武十三暗暗观察却明白了一定是监狱里边出了事儿，带着众兄弟躲了起来。果然，过不多久，一伙人杀向了监狱，武十三一看，竟然是多日前帮过自己的黑衣神秘人带着一队人正在劫狱。鬼子人多势众，神秘人在街巷上且战且退，眼见要顶不住了，一辆车推过来在鬼子中间炸响。
小巴子和武十三商量怎么找到关团长，武十三让小巴子找陈队长疏通关系，他要去里院推粪车好借机观察，正在商议间，花猴子来到小巴子面前，两人因为过去的误会，花猴子见了面就要收拾小巴子，幸好监狱的陈队长给解了围。早野找来了扬州伪军的尤队长，让他帮自己抓武十三，尤队长只得领命。小巴子经过疏通，武十三终于得以去小院拉粪车，一进院他就看到了关团长，不由又惊又喜，两人不敢多说话，武十三只说要救关团长出去。
武十三让齐三元通知了关团长，叫他耐心等待。另一边，花猴子让手下兄弟放火烧了监狱的杂物间，随后找到监狱长，说给他出个赚钱的主意，他让监狱长省下修监狱杂物间的拨款，用监狱里不花钱的犯人来干，监狱长一看有利可图就答应了。监狱长给武十三等人训了话，一转头老皮匠找到了下水道的大概位置，几个人挖起了地面。而就在此时，藤原接到上级命令要转移几个共产党到东北，为了在此之前得到线索，藤原决定加紧审讯监狱里的关团长等人。
城门口的小巷内，武十三和关团长仍然不见小巴子和方碧怡的影子，不由焦急万分。但如果不乘着现在城门守备的薄弱冲出去，恐怕城门一封锁，谁也出不去了。关团长当机立断向城门的伪军发起了进攻，几颗手榴弹扔过去伪军炸死了一大半。关团长让众人赶紧出城再说，齐三元和黑蛋惦记方碧怡，偏要回去救，此时日军的大部队已经压过来了，二人只得从权冲出城外。看到返回的藤原，早野冲他大发雷霆，藤原自知没理，但也丝毫不让，二人公开闹翻。此时的武十三等人早已逃到了城外，和关团长互相询问着对方的情况。
武十三计划妥当，让郭雨生带人从河的上游渡河，接近浮桥一端的背后，自己则带着其它人从正面直接突击。战斗打响，几颗手榴弹扔过去，两边一同开火，一小队鬼子根本不是武十三他们的对手，几个回合就被扫得一干二净，日军运输和补给用的浮桥被武十三占领。藤原听说这个消息，立刻让日军部队去夺桥。传令兵把武十三夺桥的行动汇报给关团长，关团长决定立即改变打法，顺势痛击敌人。
接头的小伙计叫小毛子，部队接上了头儿，武十三就带着所有的武工队员住进了小南庄，但武十三住得不踏实，正想办法，忽然听说附件的伪军是土匪改编的，在周围几个庄子欺男霸女无恶不作，正到处搜刮老百姓的粮食，武十三听得心头火起，打算收拾了那些伪军。黑蛋和小毛子伪装成大户家的长工，扛着粮食吸引了伪军的注意，伪军跟着小毛子和三元去找粮，走进了武工队的包围圈。
戏班子里，小辣椒因为帮助武工队破坏了规矩，大师兄亮子要执行家法，小辣椒拒不认错，班主赶来先是拦住了亮子，乘众人不在，反手给了亮子一巴掌，说家法还轮不到他来执行。扬州城里武工队四处活动，暗杀日军，武十三又传达了关团长的话，鼓励大家，一时间武工团群情激昂。早野这才听说武十三没有离开扬州附近，气势汹汹地半夜训问尤队长，尤队长只得陪得笑脸。扬州内外被武十三搅翻了天，藤原正冲着手下人发火，早野不请自到。
如今武工队没剩下几个人，武十三要重新开始，郭雨生把原来伪军据点的内线秦三泰招在队伍里，说这是第一个。武十三咬牙切齿地要报仇，秦三泰正好得到了附近有三个落单的日本兵的消息，武十三带领剩下的人进了村子。此时的村外，女学生正在给村民表演节目。
三人在扬州大街到处躲藏，一辆轿车停在他们面前，扬州有名的邵老板让他们快上车，三人来不及多想，上车跟着冯老板到了他家中。三人对邵老板的意图有所怀疑，幸好邵青赶来，她是邵老板的女儿，误会解除。武十三和二哥武敬喝酒一直喝到了半夜，两人说起过去的往事，又想起了老爹，心里又高兴又难过。早野的手下化妆成武十三的游击队，劫了藤原偷运古董的车，他打算借机栽赃，好让藤原和自己一条心地抓武十三。
早野还在气势汹汹地指挥进攻，没料想背后却被国军游击队截杀，阻击阵地上的国军也乘机反扑，把早野部队夹在了中间，武十三抡圆了大刀砍杀鬼子，恰遇困兽犹斗的早野，仇人相见分外眼红，早野和武十三过招，各不相让，早野副官见大势不好，连忙带着几个人架着早野逃跑。武十三没有追上，却救下了和鬼子遭遇的方碧怡。独立团团部，关团长让下面人立刻寻找武十三取得联系，他不相信武十三会出什么事儿。
武十三说既然运走古董的主意是藤原出的，那就干脆杀了藤原，众人也都默认。邵老板请来了被他看管住的冯敬轩，冯敬轩说暗杀自己是专业的，但大家对暗杀藤原可都没什么把握。邵老板想了个主意，拿出自己家的古画，由武敬和方碧怡两个人带画去朱老板那里想办法钓出藤原。二人依计行事，到了古董商朱老板那里，先是一言不发，待到吊足了他的胃口，再勉强拿出古画，朱老板一看，果然是珍品，脸上堆笑把二人让进了内院。
藤原的家中守卫森严，武十三和冯敬轩经过数道关卡，才被带到一道大铁门前，藤原打开了铁门，里面全是他收藏的古董，二人一边装作清洁，一边寻找时机做手脚。令众人没料到的是，邵青不放心，跟着来到了画展现场，邵老板也没什么办法，只好让黑蛋看着她。藤原的拍卖会开始了，武十三两人也在秘室里布置完备，来到藤原家的走廊偷换上了一身日本军服。
藤原立即命令进攻，可前两批日军进去，直接被杀了个干净，藤原考虑邵家一定有文物，不敢开炮，就命手下一批接一批地冲杀进去，鬼子人死了一大堆，但终于占了邵家的前院，郭雨生和邵老板等撤向了后院。尤队长负责守城门，武十三和武敬化妆成日本人开着卡车到了关卡，伪军说不让出城，武敬骗来了尤队长，用枪逼着他打开了城门，武工队等人扬长而去，而此时的小辣椒也乘人不备混进了车里。
武敬和尤丽丽的攀谈就要不欢而散，尤丽丽不肯帮武敬，武敬最后要胁尤丽丽他知道陈锋的下落，尤丽丽终于动心。藤原最后一刻才决定车队要走的路线，而此刻的武十三众人还在苦等电话。扬州的暗哨传来消息，车队分成了五支，众人正在焦灼之间，电话铃声终于响了。部队开始集结，邵青也要去参战，被武十三拦下。武敬和武十三根据鬼子的行动路线商议计策，决定在一处洼地伏击敌人。
日军的清剿计划武敬还是弄到了，藤原和早野兵分两路，武器兵力都远胜武工队和国军，其中早野要抄小路突袭驻地后方，藤原从正面进攻。武十三分析了局势，兄弟二人打算分别对两路日军打伏击。日军出动了，早野顺着山路往前赶，但路非常不好走，他只好轻车简从地赶时间，把重武器暂时扔在身后。
武十三询问给武敬提供情报的人是谁，武敬没有明说，只说是自己的同学，武十三猜出是个女人，但武敬反过来责问他到底和方碧怡是怎么回事，武十三张嘴结舌地自己也说不清。方碧怡这边也是心事重重，小辣椒和方碧怡说着话，她怀疑是武十三看上了邵青，恰巧又被邵青听见，方碧怡和小辣椒不由尴尬万分。
早野的围堵计划到底还是失败了，但他得知武十三没跑，还是暂松一口气。此刻的武十三带着武工队出来好几天仍然没有落脚的地方，粮食也不够了，正好乘着有伪军路过，轻轻松松地劫了一批给养，又是罐头又是香烟，可给众人高兴坏了。武十三抓来几个伪军一问，得知他们要送去韩村的，心里顿时有了主意。
