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明朝中叶，阉宦作乱，倭寇侵扰，民不聊生。少林俗家弟子杨恕与锦衣卫将领马千秋、王公世子朱辰钧结拜为兄弟，共讨作恶多端的大太监“九千岁”。三人齐心协力，几经生死，最终用智谋与武力将不可一世的“九千岁”扳倒，恢复了朝野秩序。随后，杨恕与一众少林僧兵随同大军南下抗击倭寇。杨恕有勇有谋，挫败了倭寇的数番诡计。然而，结义兄弟朱辰钧却在篡位野心的驱使下，勾结倭寇，出卖国家。杨恕和马千秋经历了被利用而相互追杀的苦痛，最终弄清真相，兄弟联手阻止了朱辰钧与倭寇的阴谋。杨恕被任命为靖海将军，取得抗倭大捷，重振海防声威，保护了百姓安宁。
明朝后期，倭寇屡犯江南重镇洪州，但镇守洪州的靖海将军黄潮升受阄党指使，紧闭城门，拒绝出战。为拯救百姓，抗击倭寇，惠王朱佑基在华安寺武僧帮助下闯入将军府夺取帅印，并统领洪州三军将士和华安武僧击败倭寇。 看到倭寇已退，惠王便主动奉还帅印并向王潮升负荆请罪，不料却遭黄潮升羁押迫害，生死未卜…… 为保护忠良，匡扶正义，南华安寺俗家弟子杨恕与江湖游侠董西联手将惠王救出。但惠王在南华安寺却惊奇地发现被黄潮升追杀的参将吴飞。当吴飞向惠王说明黄潮升受阉党九千岁李瑾忠的指使暗通倭寇的真相后，便当机立断做出兵分两路赴京面圣以揭发阄党李谨忠和黄潮升通倭罪行的决定：一路由心湖大师派出身怀绝技的华安六虎亲自护送阄党通倭的人证吴飞及其物证“帐册”进京;而自己因受祖制“藩王不得擅离封地”的限制，只好回洪州“自首”借由锦衣卫押解进京。 倭寇忍者头领竹野分析出惠王负罪进京的目的是要面圣揭发阄党通倭罪行，于是命黄潮升派出杀手与倭寇忍者高手一路追杀。临近京郊，惠王与参将吴飞两路人马终于被倭寇和黄潮升杀手追上。一场生与死、正义与邪恶的较量一触即发……
面对狂追而来的倭寇，华安武僧使出威名远扬的杀手涧“金刚猛虎阵”，一举打败两路强敌顺利进京。但是万万没有想到李瑾忠却又设毒计将吴飞杀害，并销毁其身上所带的通倭帐册。没有了人证物证，惠王扳倒阉党首领李瑾忠的计划化为泡影。 阄党和倭寇更加张狂，飞扬拨扈。李瑾忠的女儿李印月派人绑走与其父作对的杨恕，不料杨恕却将他们狠狠教训一通。 惠王向皇帝密报李瑾忠通倭卖国的真相，皇帝震惊，立即颁下密旨派锦衣卫千户马千秋再次前去洪州秘密捉拿黄潮升，并计划在千秋万寿节上让黄潮升指认李谨忠通倭罪行。不料消息走漏，李瑾忠密令倭寇竹野先一步潜往洪州…… 京城内，惠王和锦衣卫将领谢天顺等准备依据皇帝安排，在千秋万寿节庆典上，只要马千秋依计带回黄潮升，皇帝便一举拿下李瑾忠。可是庆典上却匆匆传来黄潮升死讯，扳倒李瑾忠的计划再次失败。年轻的皇帝沮丧不已……
朝堂上，九千岁李谨忠向皇帝建议，把这次三年一次新科武状元封为靖海将军。原来节谨忠想让自己的儿子李重霄夺得武状元，进而拿下东南重地洪州的兵权。为保李重霄一路顺利过关斩将，李谨忠还密令倭寇竹野务必使其独占鳌头。另一方面，立志抗击倭寇保家卫国的杨恕也顺利通过武科举的层层选拔。惠王鼓励杨恕要勇夺武状元，不能将洪州兵权落入阄党贼人手中。 轮到杨恕和李重霄比试，竹野隐身在台下向杨恕发射暗器。董西发现异状，为了阻挡暗器，挺身而出，身中毒针。杨恕抓住机会最终打败李重霄。医术高明的杨父为董西疗伤，粗心的杨恕这才发现，原来一直与自己朝夕相处的“董兄弟”是个女儿身。 李重霄失败使李谨忠原本以为靖海将军之位要花落旁人，不料倭人竹野却告知他早已将忍者小池冒充成“沧州常胜”的身份，现在也进入决赛回合，李瑾忠的老脸上露出一丝诡谲的笑容……
老谋深算的李谨忠为离间皇帝与惠王的关系，深夜进宫向皇帝请求恩准惠王的世子与自己女儿联姻。皇帝因此怀疑惠王暗中与九千岁沆瀣一气，于是对惠王心生芥蒂。 行踪诡秘的竹野在街上与杨恕和董西偶遇，董西一眼认出了他。二人跟踪竹野潜入九千岁府中，却意外在地牢中发现黄潮升还活着。原来黄潮升用九千岁写给自己的亲笔书信相要挟，逼迫其放其妻儿一条生路。杨恕和董西出手，将其救出。奄奄一息的黄潮升，在临死前告诉杨恕自己将密信藏于靖海将军兵符中。 只有夺得武状元，才能拿到兵符中的证据。但杨恕的对手常胜武功路数诡异，马千秋决定以身偷艺，向常胜挑战，以让杨恕能看清对方的武功路数。没想到常胜剑法怪异，马千秋频频遭遇杀机，却毫无破解之法。众人夜上戒台寺，向心湖大师请求传授杨恕华安剑术心法，但心湖大师明言心法高深，让杨恕自己去悟。董西自作主张，决定只身蒙面潜回戒台寺盗取剑法秘笈，结果被华安六虎逮个正着。
六虎错认董西是来寺里偷盗经书，对其下手毫不留情，眼看董西就要命丧在金刚猛虎阵内，杨恕及时赶到力护董西。铜虎发现董西手臂上刺青，认出她就是自己失散多年的亲生女儿。在心湖大师的点拨和与金刚猛虎阵的交手中，杨恕悟出华安剑术心法。比武场上，杨恕施展出华安剑术心法将常胜打败，夺得武状元，得到了靖海将军兵符。并肩经历一系列血战，杨恕，朱辰钧，马千秋三人结义为兄弟。 惠王向皇帝展示李瑾忠通倭的密信，皇帝大怒，准备在朱李联姻的婚礼上将其治罪。不料，这个重大消息又被九千岁安插在谢天顺身边的眼线侍女横波密告了李谨忠。真是“道高一尺魔高一丈”李瑾忠指使爪牙使出奸计，将计划在婚礼上保护皇帝安全的心湖大师和华安六虎师徒关进了山洞里。 不愿成为政治联姻牺牲品的李印月在大婚前夜逃跑。九千岁让侍女巧儿装扮成新娘，信心满满迎接明天即将举行的“朱李联姻大典”。他深知婚礼上即将发生的并不是欢声笑语，而是刀光剑影……
杨恕和董西花费一番周折救出心湖大师等人。李谨忠爪牙东厂的庞庆下令封锁京城大小街道，大肆搜捕。杨恕等人在董西大师兄盐帮头领邹鼎的帮助下躲过搜捕，却意外与逃婚出走的李印月在大酒缸邂逅。 侍女横波趁惠王不备，从其身上盗走通倭密信和皇帝密诏。 婚礼上，由倭寇易容而成的假“南北华安僧人”突然发难，手中兵刃直取皇帝性命。庞庆率领东厂手下及时救驾。九千岁趁机发难，质疑惠王安排“南北华安僧人”诵经是要弑君篡位。惠王发现自己被陷害，且所持的李谨忠通倭密信已丢失，无奈之下，自刎以死证明清白。有皇太后撑腰，李瑾忠宣布惠王一党谋反。杨恕带领南华安众僧及时赶到，将谢天顺、朱辰钧等人救走。马千秋为掩护众人，失手被庞庆所擒。李瑾忠以高官厚禄收买马千秋，马千秋选择向九千岁双膝跪下，领受锦衣卫都指挥使一职，在马千秋的武力胁迫下，众锦衣卫无奈噤声。心湖等人决定掩护谢天顺父女和朱辰钧等人逃出京城。为了不泄露众人行踪，董西一心要杀李印月灭口……
杨恕制止了董西向李印月下杀手。众僧即将出城，马千秋却带手下声称怀疑马车能藏有疑犯。关键时刻，盐帮头领邹鼎等人出手，声东击西，调开马千秋的追踪，众人成功脱身，逃到华安寺中避难。朱辰钧看到华安武僧习武，并在疯疯癫癫的不多和尚点拨下，领悟佛法空明高深，重燃斗志。 东厂手下终于查出谢天顺等人藏身在华安寺中，在李瑾忠的授意下，庞庆调来佛朗机西洋大炮，以此威胁心湄大师，如果不交出朱辰钧等要犯，便要炮轰华安寺。面对恫吓，心湄大师不为所动，历数华安寺建寺近千年，历经几废几建，看淡云卷云舒。庞庆恼羞成怒，下令炮轰，危急时刻马千秋奉旨赶到，声称皇帝与皇太后潜心佛法，不忍见千年古刹毁于一旦，命令庞庆停止用武力攻打华安寺。庞庆只得遵命。马千秋另辟蹊径，用朱辰钧的妹妹朱娉婷的性命，要挟朱辰钧出现。朱辰钧不顾众人拦阻，为救妹子主动现身，甘心被缚。
回京路上，马千秋施计调开东厂众人，独自押送朱辰钧回京。杨恕和董西一路追踪，终于在一处破庙中寻到马千秋和朱辰钧，谁知马千秋胸有成竹，一直守株待兔，正等着二人的出现。原来，马千秋顾念大局，忍辱负重，表面上依附阉党，实际上直接受命于皇帝，要暗中找出九千岁的通倭证据，伺机铲除阉党。三兄弟摒弃前嫌，三双手又重新握在了一起。正在此时，满腹狐疑的庞庆带人赶到，为瞒过庞庆，马千秋故意自断其右臂，掩护朱辰钧等人逃走。东厂手下紧紧追赶，董西等人在夜色中制造掉落悬崖丧命的假象，终于躲过追击。 得知朱辰钧等人已死，李瑾忠终于松一口气。马千秋回京秘密告知皇帝真相，朱辰钧等人无恙。一直被皇太后变相软禁的皇帝知道自己仍有扳回局面的胜算。杨恕和朱辰钧等人秘密回京，身为盐帮弟子的董西利用各路关系，在大师兄邹鼎的帮助下找到了一直隐匿在盐帮总舵的横波。
横波告诉众人，李瑾忠以自己亲娘秦莫愁的性命相要挟，逼迫她为其办事。她深知九千岁心狠手辣，在朱李大婚当日，从惠王身上偷走九千岁通倭证据后，便悄然而去。李瑾忠为了找到横波及其手上的证据，准备当众处斩秦莫愁，诱使横波出现。 皇帝被软禁，象征皇权的玉玺被九千岁保管。一直挂念杨恕下落的李印月，终于在京城夜色中再次见到杨恕。谋士张简正老谋深算，看出李印月对杨恕的一片情愫。他巧舌如簧，哄骗李印月帮忙拿出玉玺，李印月一口答应。 李印月欲偷出玉玺，但她也知道此物重要，羞答答向杨恕提出永结终身的要求。杨恕无奈之下，敷衍着李印月，用随身玉佩做信物换取玉玺。 与此同时，马千秋与被软禁在宫中的皇帝接上了头，从他手中拿到了勤皇诏书。朱辰钧携带玉玺和诏书去漠北调兵。
皇上身边的小太监如意身患绝症，李瑾忠向其允诺将奉养其老母终身，借此收买其偷偷对皇上下了份量很轻的毒药。皇帝咳血，开始怀疑有人在害自己。皇太后听信李瑾忠的挑唆，以为小皇帝已经知道其生母是死在自己手上的往事，因此胆战心惊，犹豫着要不要废掉皇帝。母子关系陷入互相猜疑的境地。 杨恕等人去劫法场救秦莫愁。历经一番血战，秦莫愁被救出，并说出十五年前的宫廷秘事，当年为争夺小皇子的抚养权，皇后命令李瑾忠毒杀了皇子生母齐贵妃。 深夜，志得意满的李瑾忠借着酒意，告诉儿子李重霄，自己准备夺得大明天下自立为皇帝。这也是为了亲生儿女的将来。李重霄在无上权力的诱惑下欣然接受父亲的全盘计划。李印月听到父兄密谈，哀求父兄停止这种可怕的阴谋。面对女儿的眼泪，李瑾忠不为所动，为避免走漏风声，他下令将李印月关进密室。
杨恕等人保护秦莫愁前往华安寺避难，半路遭到东厂人马追杀，交战中杨恕父亲杨子恒中箭，生命垂危之际，谆谆叮嘱杨恕接受董西的一番深情厚谊。杨恕将父亲埋葬于华安寺后山，并回绝了董西的表白。 一直在监视九千岁府的马千秋发现了李瑾忠招募死士，洞悉李瑾忠即将执行谋反计划。 皇帝真正的银针试出了食物有毒，如意故意在自杀前令其相信是皇太后在其饮食中下毒。皇帝大惊，认定皇太后要杀掉自己，另立新君。母子离心，给了伺机谋反的李瑾忠可乘之机。 谋反起事之前，李瑾忠将深藏的洪州藏宝图交给女儿李印月，并告诉她自己要在今晚一展毕生抱负。他向女儿阐述权力的美妙，但李印月却清晰地看到即将到来的灭门之祸。她苦苦恳求父亲放弃谋反，但李瑾忠父子已经被权力欲望所迷惑，根本听不进李印月的诤言。 李瑾忠一切安排就绪，深夜携带“玉玺”带领众多死士入宫，并下令封锁宫门。但他并不知道，杨恕和马千秋已乔装混入死士队伍中……
深夜后宫中皇帝正为自己的前景忧心忡忡，皇太后前来指责皇帝对自己的冷酷，母子互相猜疑，李瑾忠得意地出现，一剑将皇太后杀死，正欲弑君之际，杨恕和马千秋现身，与其麾下死士拼死相搏。危急时刻，朱辰钧手持玉玺率兵及时入宫勤皇，阉党篡位阴谋彻底失败。皇帝宣布处决李瑾忠及其党羽，曾经一手遮天的九千岁父子在众人的唾骂声中伏法。 皇帝为蒙冤的惠王平反，并封朱辰钧继任惠王之位。杨恕历经血战，因父亲惨死而对功名成就已心灰意冷，为守孝辞掉靖海将军一职，并极力撮合朱辰钧和谢落樱的亲事。谢落樱芳心暗喜，但朱辰钧声称要有一番作为方能成家，只答允东南灭倭之后再举行婚礼。 年轻的皇帝终于独掌大权、踌躇满志，命谢天顺和朱辰钧各领大军前往东南进行抗倭。 竹野英雄为得到九千岁留下的宝藏而设下计谋，诱使复仇心切的李印月在阅兵大典上刺杀皇帝，杨恕和马千秋等人与李印月交手，保护了皇帝，但李印月被竹野英雄等人救走。
谢天顺和朱辰钧分别率军出征洪州，华安武僧也告别京城，而此时的杨恕却已厌倦朝堂的纷争和血雨腥风，他决定留在山中为父守孝三年。马千秋上山智激杨恕，晓以大义力劝其出山抗倭，加上和尚不多大师的点拨，杨恕最终感悟。 杨恕和张简正一起押运皇帝特拨的重要军饷前往洪州，不想已成为天香教头领的李印月蒙面出现，率领手下抢夺军饷，董西和华安武僧及时赶到，众人力保军饷不失。洪州城外，杨恕和董西重逢，百感交集。李印月又设下毒计抓走了董西，并杀害了木虎。众人毅然赴约，施展金刚猛虎阵，一举打退天香教众，救回董西。 董西被擒时偷听到倭寇军中机密，原来沿海小股倭寇在前线拖住谢天顺和朱辰钧的主力，秘密调集的精锐大部队将偷袭洪州城!众人大惊，杨恕定下擒贼先擒王的计划，他和六虎星夜驰奔，奇袭倭寇大营，一举斩杀倭寇大头领。刺杀行动成功，但杨恕等人被倭寇团团围住。危急时刻，又有两路大军出现在夜色中，他们到底是敌是友?……
两路大军原来是谢朱率领的救兵，两路夹击之下，终于取得了朝廷抗倭以来的第一次大捷。谢天顺因取得洪州大捷在东南威望日隆，得到百姓拥护，谢家军声威大震。 朱辰钧有感民生凋敝，上表请求皇上为洪州免税拨银，皇上却不准奏，反而派马千秋赴洪州秘密监视朱辰钧的动向，朱辰钧发现马千秋的监视行动，一怒之下要和他断绝兄弟之情。马千秋内心痛苦两难，决定要向皇上请辞。 竹野英雄和张简正秘密会面，原来张简正是潜伏多年的倭寇奸细。正是倭寇一手策划了老惠王之死，要把年轻有野心的朱辰钧推上王位，使东南成为倭寇的囊中之物! 皇上推行的削藩计划终于坚定了朱辰钧的谋反之心，张简正暗示朱辰钧要想得到谢家军的兵权，必须设法迎娶谢落樱。朱辰钧向谢落樱求亲，但谢天顺对此犹豫不决。 经过一番顺藤摸瓜的调查，杨恕得知李印月就是天香教主。李印月其实也深知自己只是竹野英雄手里的工具，她挣扎在爱与恨的边缘，内心极度痛苦。但竹野英雄要让她在一桩正在策划的大阴谋中发挥更大的作用。
竹野英雄为了彻底控制李印月，让手下残忍地将其强奸并对在她体内种下扶桑剧毒。李印月万念俱灰，在毒药的控制下，彻底泯灭了残存的善念和爱意，从此心身彻底臣服于竹野英雄，苦练东洋忍术。 朱辰钧假装生病，设计让谢落樱在惠王府留宿，并误以为已和朱辰钧有了夫妻之实，使谢天顺无奈答应这桩婚事。董西在马千秋的鼓励下再一次表明心迹，告诉杨恕自己会一直等着他。但杨恕告诉董西，自己待扫平倭寇后，将会落发出家。董西黯然神伤。 竹野英雄利用一副画像设下离间计，令皇上怀疑谢天顺和天香教暗中勾结并有不臣之心，遂下旨将谢天顺关入大牢，谢天顺顾全大局，阻止了谢家军的愤怒哗变，将谢家军指挥大权交托给杨恕。马千秋辞官回到洪州后，和杨恕一起为营救谢天顺而积极奔走，在重金贿赂太监万盛后他们明白只有剿灭天香教才可以使谢天顺得救，于是杨恕召集谢家军，准备夜袭天香教……
杨恕带领华安武僧和谢家军连夜攻打天香教，天香教老巢被一举攻灭。竹野英雄等人撤退之时让李印月留下埋伏在杨恕身边。 李印月被杨恕等人“抓住”，但她痴呆的眼神和无力的身躯令众人疑惑不已。杨恕悉心照顾李印月，希望用宽容和善意抚平她心中的伤痛与仇恨。杨恕对李印月的好令到董西心里不是滋味，董西认定李印月包藏祸心，却苦于没有证据。 此时倭寇竹野英雄命忍者小池假意暗杀李印月，并给她带来新的任务——命她趁南北华安五年一度的比武盛典之机，盗取那批被黄潮升秘密转移到南华安寺地宫内的宝藏! 比武盛典在即，为了混进南华安寺，李印月给自己服下了巫蛊之毒，当夜毒性发作，杨恕着急。铜虎把脉后断定此毒乃用南方毒虫所炮制，毒性猛烈，当世只有心湖、心沂二位大师合力发功，才能将李印月体内毒物驱走……
为了救李印月，慈悲为怀的心湖大师带她一同前往南华安寺，在心湖、心沂两位大师倾力发功之下，李印月体内的剧毒终于被逼出，但两位大师功力大损、身体虚弱。 比武盛典如期开始，杨恕以武状元的身份代替心湖大师主持盛典。 李印月假借修养之机偷偷前往南华安后山地宫，被负责值守的石虎发现，李印月将石虎杀害。杨恕等人赶到，李印月潜回禅房。董西在地宫入口处捡到一支女人戴的珠花，猜出李印月即为凶手。 心湖大师不想因为拼力比武而折损了华安武僧的战力，主动向北华安认输并要交出寺内重宝舍利金匣。心湖大师济世情怀令北华安众僧折服。 董西设下圈套，引李印月再度潜入地宫，众人现身，当场揭穿李印月，李印月困兽犹斗，最终仓皇逃走。杨恕因自己轻信李印月而对董西抱有歉意。 一再的失败让倭寇竹野英雄非常愤怒，决定改变计划，派出忍者小池去刺杀谢天顺。
朱辰钧和谢落樱新婚之夜，忍者小池潜入军营企图刺杀谢天顺。杨恕和马千秋一路追踪小池来到张简正府上，小池施展忍术自杀并毁尸灭迹，但杨恕和马千秋还是在后院发现蛛丝马迹，对张简正产生怀疑。 朱辰钧责备张简正，不料张简正却先发制人，向朱辰钧彻底袒露其倭寇奸细的身份，朱辰钧震惊。张简正对朱辰钧软硬兼施，建议他和倭寇合作，由倭寇大军助其谋反。 杨恕陪同谢天顺去往前线视察水军，倭寇竹野英雄再次派李印月刺杀谢天顺，但依旧未得手。通过追查出城令牌，凶手嫌疑指向惠王府。杨恕等人快马加鞭星夜前往惠王府。 嗅到危险的朱辰钧决定除掉张简正以自保，但此时张简正也向朱辰钧亮出自己的底牌，他揭穿了朱辰钧一直以来的所作所为，因为侍女横波这个证人并没有死。横波一直在张简正手里，一旦他抛出横波，朱辰钧将身败名裂!
城楼上，张简正让朱辰钧发誓会与倭寇方面通力合作。朱辰钧举手指天起誓。 这时杨恕、马千秋和董西已策马赶到城楼下，他们看见张简正用剑指着朱辰钧，张简正朗声承认自己是倭寇内应后，当着众人的面挥剑自尽，尸体摔在城墙下三人的马前…… 张简正的自戕，暂时令朱辰钧得到了掩护。 倭寇竹野英雄找到朱辰钧，用横波要挟他与倭寇合作，朱辰钧派手下暗中跟踪并将横波杀死灭口。 杨恕接到心湖大师来信，要求其回寺参加奉宝入房仪式，并邀请了朱辰钧和谢落樱。朱辰钧意识到如果得到舍利金匣，便可以号令天下僧兵。他决定不惜一切代价夺取舍利金匣。 南华安寺内，一夜之间发生轻薄生病的谢落樱、守护重宝的不多大师被杀，舍利金匣丢失等多起怪事，所有事件的嫌疑均指向杨恕，杨恕百口莫辩，马千秋更是出离愤怒，要杀死杨恕替父报仇……
朱辰钧出手杀死杨恕找来的证人，让杨恕彻底背上杀人的罪名，只得被迫逃亡。 因舍利金匣丢失很可能落入歹人之手，南北华安众高僧紧急商议之后做出决定，昭告天下宣布舍利金匣失效。朱辰钧如意算盘落空，终于下定决心与倭寇竹野英雄合作。 董西和铜虎想方设法调查不多大师之死，终于在现场发现不多死前留下的线索，怀疑到朱辰钧。嫉恶如仇的铜虎找到朱辰钧，证实了他即为真凶，但朱辰钧残忍地将铜虎杀害灭口。 朱辰钧原本想利用马千秋替自己除掉眼中钉杨恕。但他没有想到，马千秋身受父亲惨死和兄弟背叛的双重打击，突然崩溃，日夜饮酒以麻醉自己，根本无力追逐杨恕，逐用大烟祸害于他。
