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乾隆八年，一场“金殿验鸟”引出匿灾不报、贪绩婪财的惊天巨案，暴露大清国粮田萎缩、粮仓空匮的危机。因病归乡的刘统勋奉命出山，带领谷山、杜霄等新上任的年轻干臣，冲出重围，以颅为典，执行乾隆的开荒增田大策。苦干两年后，粮田转危为安，国家经济逐渐恢复元气。然而，以铁公南、宋五楼为首的贪腐势力，公然挑战新修的“禁丈”法律，借开荒之名，升科收税，残酷盘剥垦民，使乾隆的垦殖大业功亏一篑。此时，全国十八省中，逾半遭遇百年未遇天灾，全国性粮食危机再度爆发，国本动摇，引发朝野激烈动荡。刘、谷众臣又临危受命，以浙江重灾区为突破口，坚持以法治田，与朝野恶势力展开生死较量，终保住大清国的耕地红线，粮食安全被确立为国家第一要务。可新政甫出，却又面临更尖锐挑战，因开荒过度而引发的生态灾难随之浮现，刘、谷众臣再次赴汤蹈火。
乾隆元年，在金殿上的一个米字，引发了大清开国数代以来最严重的空粮案。因病归乡的刘统勋奉命出山，带领谷山等人，冲出重围，执行乾隆的开荒增田大策。
宁古塔郊外，谷山、大扇子等人从王不易口中得知，索王爷从囚犯营逃跑，被箭射死了。王不易无依无靠，决定投奔谷山。养心殿上，关于验鸟一案，乾隆皇帝下令，告知三法司，尽快结案。
乾隆在朝堂之上对众臣说昨日打了两个响雷，乾清门的殿瓦都被震碎了几块，太和殿的日晷也被震裂了。他觉得心里不踏实，查了天象书，查到了两句话。
远赴淮安的大扇子偶遇了父亲故人，得到了重要线索。讷亲不愿刘统勋介入十大罪臣案，决意即斩十大罪臣。刘统勋匆匆赶往刑场拦下斩首令，指出十大罪臣案尚有未明之言，要求缓刑。谷山、小放生一行人收留了逃难的姑娘麦香。
进京拼死告状的杜霄，遭到讷亲侄子讷图的百般羞辱。铁箭飞故作义气，起身阻拦相劝，杜霄不胜感激。讷图虽然看在铁箭飞的面子上姑且放走了杜霄，但仍借机将杜霄收监入牢。小放生嫉妒大扇子谷山的温情脉脉，整日胡闹。刘统勋提审裕善，裕善提及秘密的关键在户部，正当他要向皇上吐出真相之时，却意外晕倒。
冯三鞭夜里去狱中除掉十大罪臣之一的安寿国，全部过程被杜霄看得一清二楚。闻讯而来的孙嘉淦怒不可遏，严令死死看住其余九大臣。杜霄喊冤，引起了孙嘉淦的注意，他将杜霄被抓的事情告诉刘统勋，刘统勋保出杜霄。
梁诗正发现水利银的放银记录消失，于是派人前往钱塘追查此事。谷山独自去寻找当年诬陷自己入狱和大坝决堤的实情。龙大爷将屋内藏着官银的线索告诉谷山，不料遭遇巡逻兵，谷山只好逃走。
铁弓南得知梁诗正老宅藏银之事，奏报乾隆。张廷玉当面划清与梁诗正的师徒关系。刘统勋夜遇被抓走的梁诗正，二人一番对话，刘统勋听懂了几分弦外之音。乾隆命刘统勋十日之内查清梁诗正案。
钱塘县大牢，两个知情的户部主事被杀。刘统勋派出探查梁宅实情的两个探子，把情况报告给刘统勋。刘统勋细细盘查案情，想从书信中找到线索，他亲自下狱盘问梁诗正，梁诗正誓死表明清白。
谷山通过琴衣告诉刘统勋，梁诗正本是清白，乃是遭人暗算。刘统勋再求乾隆，乾隆命刘统勋再查。琴衣护送小放生等人进京，不料还是未能阻止刺客。汪子复作为唯一的人证，被刺客打死。
讷亲集团因谷山担任钱塘知县无法对谷山下手，故欲除掉大扇子。杜霄在浙江的禁烟让唐思训对他刮目相看。刘统勋与孙嘉淦到狱中盘问裕善那日晕倒前没能说出的话，不料裕善饮水中毒，临死前写下“鱼鳞册”几个字。
刘统勋奏报乾隆，出动御林军及禁军清查各地田亩人丁，核对与造假鱼鳞册的偏差。讷亲让铁箭飞提醒其父铁弓男对刘统勋追查二册之事要有所准备。小放生向谷山表露爱意，大扇子明白小放生的心意，将谷山托付给她后直奔甘肃古浪。
谷山把九十万两水利银追回，欲修缮大堤。刘统勋为户部带来巨大的—算盘，加快了清算二册的速度。谷山上任第一件事，便是将万春渠从狱中放出，并交代万春渠回乡暗查线索。
大扇子在沙漠中遇到哑老人，得以援救后，老人不辞而别。宋五楼设计将谷山逼得撞船毁匾，顺势搞到省衙，逼唐思训收监谷山。刘统勋与乾隆打赌，经过核查后，奏报乾隆当下人均田亩不足四亩，乾隆震惊，遵守诺言禁食三日。
讷亲得知刘统勋受到特殊待遇后，老谋深算，决定顺着乾隆心思，在“保粮田”中甘当配角，并让潘八指告诉各省兄弟，一定要提前找好替罪羊。
唐思训告诉谷山，潘八指.与甘肃古浪有渊源，大扇子可能有危险。谷山决定去古浪营救大扇子，临走前，他命叶书办造好大堤，保护粮田安危。张廷玉奏报乾隆军机处缺人，乾隆任命讷亲为军机处大臣。
乾隆与大臣们谈二册造假案，铁弓南提议立规矩才能制止造假，刘统勋则提议找到实际增田保粮的办法。刘统勋密令杜霄进京与梁诗正会合，不想早就被一直关注杜霄的皇庄总管太监李公公发现。
铁箭飞设宴，发动群臣一起写奏折，利用刘统勋废皇庄之事告他一状。候朝室，孙嘉淦为刘统勋力辩群臣。刘统勋死谏乾隆废皇庄，讷亲在侧挑拨，乾隆暴怒，骂刘统勋欺君灭祖。刘统勋被赶出皇宫，讷亲得势。乾隆在皇后的劝说下冷静下来，决定派讷亲追查皇庄之弊。
铁箭飞设宴，发动群臣一起写奏折，利用刘统勋废皇庄之事告他一状。候朝室，孙嘉淦为刘统勋力辩群臣。刘统勋死谏乾隆废皇庄，讷亲在侧挑拨，乾隆暴怒，骂刘统勋欺君灭祖。刘统勋被赶出皇宫，讷亲得势。乾隆在皇后的劝说下冷静下来，决定派讷亲追查皇庄之弊。
乾隆与讷亲谈起民间流传着一份“五不解，十大过”的假奏稿之事，讷亲趁机向乾隆告状。潘八指得讷亲授意，决定速斩十大罪臣。刘统勋救场不及，赶到刑场时十大罪臣已经全部被斩。正在懊恼之际，刘统勋又从刑部官员口中得知孙嘉淦和梁诗正都因自己被罢被贬，内心十分愧疚。
