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妖怪ウォッチ シャドウサイド
景助是小学5年级学生，某日他跟在最近总是晚归的姐姐夏目身后来到了夏目他们结成的妖怪侦探团的事务所。启介不相信幽灵、UFO的存在，更不用说妖怪了。可是在得知夏目他们的秘密以后，他就卷入了不可思议的奇怪时间中。
最近，景介怀疑姐姐夏目总是晚归。跟踪夏目后，他到达的地方遇见的竟然是妖怪……！？夏目、冬马、明法三人已经结成了妖怪侦探团。不相信幽灵、UFO，更不相信妖怪的景介不由自主地逃离了现场。另一方面，夏目等人决定调查在怪奇网站“薄暗”上成为话题的“亡灵番长”。从小巷里传来惨叫声，赶过去一看，一个少年正被亡灵番长逼入绝境！夏目用“妖怪手表艾尔达”召唤地缚猫战斗。从暗处目睹这一切的景介看到亡灵番长，察觉到了某件事。
最近“薄暗”上经常有帖子写到：路上突然有“死者骑乘的自行车”靠近并袭击人……。夏目等人正在向受害者打听情况时，景介竟然似乎被死者骑乘的自行车“幽灵自行车”袭击了！据说幽灵自行车散发着可怕的气场从背后逼近，一边喊着“不是你～！”一边发起攻击。调查过程中，零食店老奶奶说“有个叫正树的男孩，上补习班回家经常骑自行车来”，这话引起了夏目等人的注意。他们立刻去正树家看看，但按了门铃也没人出来。这时一位阿姨路过，眼眶湿润地说：“正树最近遭遇了交通事故……”。“怎么回事！”不知为何情绪激动的幽灵自行车出现了……！？
景介和冬马沉迷于最近流行的卡牌游戏“电光石火时代”。据明法说，最近“薄暗”上也出现了与电光石火时代相关的怪奇事件——“咆哮的掠夺魔小红帽”的帖子。夏目等人立刻出发去打听情况。似乎小红帽会强行要求进行电光石火时代的对战，竟然能让卡牌怪兽燃烧巨龙实际出现，夺取稀有卡牌。这时，景介遇到了小红帽！据景介说，小红帽发出了“交出来……白色的……狗……”这样令人在意的话语。据冬马说，好像有一张像白狗一样、名为暴雪狼的超稀有卡牌，如果有那张卡或许能引出小红帽……小红帽真的会出现吗？
最近，关于被称为“可惜男”的怪奇案件的帖子似乎增加了。可惜男会对剩下食物的小孩说“好可惜啊～……”并附身，据说虚弱的孩子会就这样日渐消瘦而死。而且所有帖子里都有一个共同点：可惜男是在没能吃完某家店的拉面时出现的。为了调查，夏目等人那家店里点了超大份拉面。然而，夏目、冬马、明法忍不住吃了零食。这样还怎么调查啊！……正想着，没能吃完的景介被可惜男附身了。而且他的样子似乎只有被附身的景介自己才能看到。可惜男还出现在家里，被夺走食欲的景介日渐衰弱。终于掌握了可惜男线索的夏目等人为了拯救景介，决定闯入某个地方……！
“仁太”是景介就读的小学里一个妖怪系人体模型，从50年前就在那里了。他暗恋着说自己“可爱”的八品真奈美。某天，浩二在仁太身上写了告白的留言。看到仁太身上留言的真奈美以为是恶作剧而大怒，对浩二说“最讨厌你了！”。这时，一个神秘人物吹出吹箭，击中了仁太。于是仁太突然燃起愤怒的火焰，开始了对浩二的复仇：“真奈美小姐……讨厌浩二，浩二……在我身上涂鸦，不可原谅……”！告白之后各种灾祸便降临到浩二身上，他向景介等人咨询：“我感觉有人要杀我……”。景介虽然不想承认，但还是怀疑是妖怪所为，为了浩二开始了调查。
被称为“笑着的狗头人”的存在成为了“薄暗”上的话题。据说它脸是狗，身体是人，会用锐利的爪子袭击路过的人。其中甚至有帖子写道，它把一切都切裂了……。正说着，妖魔雷达的警报声突然响起。夏目等人以为狗头人出现了，赶过去一看，有几个瘫坐在地的少年。听他们一说，似乎是在边讲谐音笑话边走路时，狗头人突然出现了。据说它一边咆哮一边打倒了电线杆，但没有人受伤。接下来被狗头人袭击的是家电量贩店。这里也没有人受伤，只是橱窗和摆在那里的几台电视机被破坏了。从目击过狗头人的少女的话中，景介察觉到了什么，似乎明白了狗头人出现的地点。然后，景介虽然有点害怕，但还是把坦克和浩二叫到了公园，做出了出人意料的举动……！
最近在“薄暗”上流传着“裂脸女”的传闻。据说会问“我漂亮吗？”的裂脸女，拨开头发后，脸会纵向裂成两半！妖怪侦探团去找自称亲眼见过裂脸女的花店店员小梓询问情况，但从小梓那里得到的信息只有外貌特征。继续进行情报收集时，妖魔雷达的警报响了！赶到现场的老旧大楼，那里有下班回家途中的小梓。然后，裂脸女也出现了！裂脸女以惊人的速度向夏目等人逼近，一边问着“我漂亮吗？”一边撩起头发。她的脸竟纵向裂开，变成了妖怪“加布里埃尔”！冬马、明法被吞了进去，夏目陷入大危机……！
AI机器人吸尘器“万能君”不仅万能而且价格合理，人气火爆到难以入手。由于性能过于强大，“薄暗”上甚至有传闻说万能君背后隐藏着什么阴谋。景介的同学美咲买了二手的万能君，取名为“小奥”，像朋友一样愉快地相处。某天，景介等人来到也为万能君的研发提供技术支持的次世代能源研究所进行社会科参观。美咲沉迷于展览，一个人在馆内迷路，误入了所长室，听到了一个惊人的消息。此时外面，街上的万能君们集结起来，开始了大暴走……。
“薄暗”上出现了一篇新帖子，关于“飞天食人金枪鱼”。据说突然出现在头顶的巨大金枪鱼会把人吃掉……。妖怪侦探团立刻开始调查。向发帖人询问后得知，他看到正要进入转转寿司的一家三口被巨大金枪鱼整个吞了下去。另一方面，电视新闻报道了接连发生的神秘绑架案。受害者们都是在商店街附近被绑架的，醒来后都在鱼市场的仓库里，这似乎是一个共同点。看到这条新闻的夏目等人确信绑架案、食人金枪鱼和转转寿司之间有关联。第二天，前往转转寿司调查的夏目等人注意到，被食人金枪鱼袭击的人们都共同拥有某样东西。
关于散发着相当危险气息的“切裂小丑”的怪奇案件。切裂小丑是一个长得像扑克牌小丑的小丑风男人，会从背后逼近走夜路的女性，说着“咔嚓一下解决吧～”，用两把锋利的镰刀砍过来。据说受害者之后会闭门不出。为了引出切裂小丑，明法竟然男扮女装做诱饵。这身打扮真的没问题吗……正想着，切裂小丑出现了！小丑用双手的镰刀袭击明法，但冬马凭依附身幻魔“义经”，千钧一发之际将他赶走了。然而此后，明法却闭门不出了。明法到底发生了什么……！？
地缚猫没有过去的记忆。为什么会突然想吃巧克力，为什么看到卡车就忍不住想撞上去。虽然不知道，但地缚猫觉得这一切或许都与自己的过去有关。某天，地缚猫在往常的十字路口目睹了一辆被收集灵魂的死神附身的卡车正逼近一个女高中生。绝不允许妨碍死神收集灵魂……。但地缚猫还是忍不住救了那个女高中生。她名叫美穗。竟然能看见身为妖怪的地缚猫！而且美穗还喃喃道：“我可能知道你。”地缚猫和美穗的关系究竟是？地缚猫能找回记忆吗？
最近话题不断的完美占卜师千堂玲。听说她将在中央广场举办的占卜秀上出场，妖怪侦探团也决定去看看。玲的舞台前排起了长队……。正要放弃回家时，玲叫住了他们，竟然只给冬马占卜！玲完美地说出了冬马的所有信息。甚至连不动明王的存在也看透了，她说“所有灾祸的根源都是魔神”。冬马半信半疑地听着占卜，但玲那句“引导你走上正确的道路”的话一直让他耿耿于怀。虽然觉得不该去，冬马的脚步还是朝着玲的事务所走去……。此时，夏目心中涌起一阵不祥的预感。
重要之物被酒吞童子夺走，冬马自责不已……。但似乎有一种方法可以夺回。那就是获得新的妖圣剑“朱雀苍天斩”，与酒吞童子战斗。为此，必须与剑武魔神·朱雀缔结契约。冬马等人为了前往朱雀所在的妖魔界仓奈山谷，向与之相通的人间界祈愿山进发。然而祈愿山上飘荡着阴森恐怖的妖气，仿佛随时都会有什么不祥之物出现。而且，明法的样子也出现了异常……！冬马等人能否克服在祈愿山上等待他们的恐怖试炼，与剑武魔神·朱雀缔结契约呢？
猫头鹰提出要去探查妖怪侦探团新力量的真相，但被春弥说无能并被丢下，只能咬紧牙关忍受不甘。此时，夏目等人获得了不动雷鸣剑的线索，前往购物中心。一行人紧张地前进着，景介却看到了可怕的幻觉——戴着面具的僵尸正在逼近。不久，幻觉变成了现实……！！好不容易从僵尸手中逃到美食广场，却发现猫头鹰也在那里。而且，被猫头鹰的箭射中的东西接连变成邪恶之物，向他们袭来。妖怪侦探团召唤地缚猫和小狛，勉强应战。这时，猫头鹰做出了令人惊讶的举动……。
冬马的班里转来一位美少女。她的名字叫姬乃彩芽。不做作的彩芽立刻成为了全校的红人。妖怪侦探团的事务所也因为彩芽的话题热闹起来，但明法突然叫道：“那个女孩，下次可能会被盯上！”“薄暗”上出现了关于连续美少女失踪事件的帖子。据说消失的美少女们似乎在某个地方等待着被星探发掘。为了调查，夏目也去那个地方等待星探，这时一个自称偶像制作人“窑元热”的男人出现了，说道：“女孩子谁都能成为偶像……只要由我来热情指导的话。”夏目怀疑他与美少女失踪事件有关，但被窑元变成了小人偶……竟然偶像出道了！？
“薄暗”上出现了一篇怪奇事件的帖子，说是青白色的手会把人拖入海中。妖怪侦探团立刻前去调查。让发帖的大学生们看了当时拍摄的视频，视频中无数青白色的手状物体从海中出现，将一个男大学生拖入了海中。第二天，夏目等人去了事件发生的那片海，但似乎并无异常。到了傍晚，明法和彩芽为侦察而游到事件发生的浮标附近时，海流突然加快，青白色的手从海中出现！两人遭到袭击，同时响起了和视频中一样的诡异声音：“能让你走吗～……”。潜伏在海中的东西的真面目究竟是……？
某天，冬马班上的男生超过半数缺勤。而且，据说他们全都玩了“狐狗狸”游戏。怀疑这件事的妖怪侦探团开始了调查！不久，一名恢复意识的男生在“薄暗”上发帖。据帖子说，从乌黑的空气中突然出现了狐狸怪物，自己被它施了金缚术。而且那只狐狸还说“把身体给我”。夏目决定先召唤同为狐狸妖怪的“九尾”问问情况。九尾说，如果除了自己之外还有狐狸妖怪，那应该是在稻荷神社。夏目等人前往学校附近的稻荷神社调查，这时狐狸怪物向他们袭来……！？
帅哥失踪事件频发。妖怪侦探团怀疑是妖怪所为时，收到了一个女初中生的帖子，她目击了帅哥消失的瞬间。据她说，用名为“Pretty Handsome”的图像加工APP把自拍照修图后，不仅是照片，连被拍男生本人的脸也变成了帅哥。而且，智能手机屏幕上突然伸出好几条触手般的东西，吸走了男生们的脸，最终他们消失了……。为了进行调查，夏目等人来到了该APP的活动会场。会场上设有“Handsome Boys Corner”的展位，正在向男生们讲授如何使用APP变成帅哥……。
某天清晨，景介和坦克、浩二一起去邻镇的山上捉独角仙。然而怎么也捉不到独角仙，于是把目标换成了蝉。三人开始比赛谁捉的蝉最多。干劲十足的坦克一个人向山里走去，这时山中一直回荡的蝉鸣突然停止，一只大得离谱的蝉出现在眼前！坦克慌忙逃跑，但巨大的蝉发出刺耳的声音追了过来。此时，寻找坦克的景介也遭到了蝉群的袭击，用妖怪手表艾尔达召唤了超级美智。在侦探团事务所看到突然消失的美智的夏目等人担心景介是不是出了什么事。
电影院出现了本不该存在的0号放映厅，据说进去后就再也出不来了……。第二天，明法等人正要出门调查，夏目联系说不能同行。因为景介非要和夏目再看一遍昨天看的那部电影。在此期间，明法等人从一位进入0号放映厅后回来的人那里听说：“一起看电影的朋友出现在了电影里，旁边坐着的朋友的身体也眼看着变色，吓得逃了出来。”于是他们决定去那家电影院看看。夏目也在那里，邀请道：“一起看电影吧……”……。
