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《妈祖》是一部反映妈祖生平事迹的神话励志剧，以广泛流传的３０多个妈祖民间传说为素材，力求还原一个可敬、可亲、可爱的圣贤妈祖形象，展示博大精深的妈祖文化，传扬以妈祖文化为代表的东方海洋文化。 与以往一些神话剧娱乐大于社会教育不同，《妈祖》将从生动曲折的妈祖生平事迹中，反映妈祖文化的悠久历史和立德、行善、大爱的丰富内涵。另外，与以往神话剧“天生法力”不同，《妈祖》中的林默是肉体凡胎，其成仙历程是由下而上的奋斗路。观音送子、怀胎年余、观井得符等３０多个民间传说将穿插剧中，见证妈祖感动上苍、得道成仙的历程。
东海龙王次子睚眦，凶残好斗、野心勃勃、报复心强，他与其爪牙常在海面兴风作浪，伤及生灵。赤脚大仙发现，奏明玉帝，在王母娘娘的支持下，准许他在凡间物色、培育一位统辖海上救援诸事的海神苗子。岛上渔民林愿夫人去观音庙求子，得观音赐孕，十四月迟迟不生，睚眦唆使部下变化成道人造谣，以至于蒙蔽村民，险些驱逐林家离岛。婴儿出生后，沉默不语，取名默娘，默娘有慧根与善心，观音菩萨与赤脚大仙暗地收她为徒。
婴儿出生后，沉默不语，取名默娘，默娘有慧根与善心，观音菩萨（林心如饰）与赤脚大仙暗地收她为徒。睚眦妄图称霸东海，偷炼乾坤大法，结果不但闹得东海仿佛地震，他自己也昏迷过去，现出怪鱼的原形，被渔民胡子贵捕获。胡子贵是个好利的人，想把怪鱼拿到集市上卖掉，却被善良的默娘发现，默娘苦求哥哥给予放生。默娘哥哥林洪毅禁不住小妹的哀求，不惜偷走妻子李月莲的陪嫁赎回那条怪鱼，兄妹将其放生。
观音菩萨（林心如饰）和赤脚大仙通过对默娘的考察，非常满意，又传授她银镯等法宝。睚眦被拔掉鱼鳞，落下了奇痒症，他记不得默娘救过他，反而加剧报复渔民，派部下晏公制造海难。林愿为了渔民的生存，不得不去莆田求知县江施旗请玄通道长设坛捉妖。玄通道长将晏公收入宝瓶，却被晏公逃脱，玄通颜面扫尽，晏公也因此瘸了一条腿。默娘偶然在古井遇到大仙，获得了铜镜，在揣摩宝镜的玄妙中，默娘长大成人。
默娘（刘涛饰）长大成人，她身具灵异，能观天象，预知阴晴，屡次帮助渔民避免了海灾的伤害，因此，极受村民们的信任和推崇。默娘在菩萨和大仙的帮助下，有了预见海上灾难的能力，并可在昏睡状态下灵魂出窍，飞跃救人。海妖两次制造海难，默娘预感到胡子贵儿子会受伤，于是前去报信，反而遭受了胡家的辱骂，结果胡家儿子果然被抬回。在事实面前，胡子贵心服口服，称默娘为仙姑。
意外的海难，不但胡子贵家两个儿子被淹死，还夺去了默娘（刘涛饰）最亲爱的哥哥洪毅的性命。胡子贵丧子痛极，把罪过归到默娘头上，善良的林愿忍着失去独生子的悲痛，反而代女儿向胡家赔礼。
默娘（刘涛饰）刚到魔岛，就被海妖嘉应、嘉佑用法术捉住。但她临危不惧，靠智慧逃出魔窟，并成功取到了圣泉水。海岛渔村这边，愚昧的乡邻们正逼着桂花自焚，默娘如从天降，滴圣泉水救活桂花
默娘（刘涛饰）的母亲王氏终因染上瘟疫，没有等到女儿来施救。默娘也因为劳累而昏睡过去。桂花成了林家的一员，她忠心耿耿地跟着默娘到周围各岛分发圣水，瘟疫终于彻底消除。然而，事情并未完结，睚眦的奇痒症经常复发，他越发迁怒于渔民，于是，变本加厉地指使他手下的海妖们去海面上杀伤渔民，为他复仇。
默娘（刘涛饰）不断接受菩萨和大仙的点化，她的悟性得到了升华，为渔民解难的意志更加坚定。少年官员吴宗伦被委以使臣重任，率船队出使，睚眦一伙遇见，立即施魔法发难，官船空前危急。在海中采海菜的默娘有了预感，立即飞到现场，她打败群妖，救下即将倾覆的船只，又及时赶到另一现场，救下了即将遇难的乡亲，此时，穷凶极恶的海妖们围攻默娘，幸亏赤脚大仙赶到，才最后将海妖们吓退。默娘的义举在百姓中传得沸沸扬扬，使臣吴宗伦亲自登门道谢，两人才华相当，很是谈得来，这让一直暗恋着默娘的杨生全内心酸味十足，青年渔民许茂盛也暗恋着默娘的五姐妙珠，但妙珠从来没想到会嫁在渔村，因此许的暗恋也只能是空想。
使臣吴宗伦亲自登门向默娘道谢，两人才华相当，很是谈得来，这让一直暗恋着默娘（刘涛饰）的杨生全内心酸味十足。林愿（刘德凯饰）到县衙告那些奸商囤积牟利，汪大人把事情暂时安抚了下来。朝廷给泉州驻军下拨了一批军械兵器，这批军械兵器要从泉州府运往莆田军械库，途中要经过浪里飞封锁的海域，汪大人让师爷去请默娘帮忙。
默娘（刘涛饰）护送的船队在途中遇到妖怪袭击，被默娘打跑了。默娘发现自己护送的并不是兵器而是粮食很生气，把粮食全发放给了大家。阿果怕回去不好交差，跳海自杀了。汪大人知道自己的一船大米没有了很生气。做为逼婚阴谋的一部分，江府师爷带人到湄洲岛抓默娘顶罪。桂花急中生智，穿上默娘的衣服被师爷抓走。而默娘不想逃避现实，她飞到船上，主动承认自己的身份，并要求释放桂花。而狡诈凶狠的师爷将姐妹二人一并押解到泉州，并对桂花严刑拷打，还弄了假口供，妄图逼默娘就范。林愿把希望寄托在朝廷方面，亲自跑去京城告状，但此行石沉大海。此时，乡亲们赶到府衙声援默娘。
师爷趁此机会，到监牢做媒，遭到了默娘（刘涛饰）的拒绝。这时候，五姐妙珠挺身而出，表示愿意嫁给汪公子，以此救出妹妹。许茂盛因为妙珠外嫁，伤心欲绝，并说了许多绝情的话。在妙珠出嫁之日，默娘和桂花获释。默娘赶回家乡，正赶上姐姐出嫁，看到姐姐为自己所受的委屈，默娘很是难过。睚眦一伙欲摧毁花船以施报复，与默娘相逢，睚眦施放霹雳波袭击默娘，危急中，有人暗中帮助默娘，发光弹击中睚眦，使花船幸免于难。新婚清晨，林妙珠发现自己的丈夫是个瘸子，不由泪珠横流。汪小凡是个心理扭曲的人，脾气暴燥，喜怒无常，甚至对妙珠动拳脚。妙珠得知小凡的腿跟自己父亲有关，内疚之余，对汪小凡逆来顺受。
吴宗伦频频看望默娘（刘涛饰），两人交往日深，吴宗伦送给默娘玉如意，这让杨生全更加妒忌却无可奈何。许茂盛与阿凤结婚，但对妙珠的事仍耿耿于怀，在婚宴上把默娘灌醉。睚眦既害了龟将军，又设计将狴犴骗到无人岛，众海妖一番围攻，四王子寡不敌众，被埋葬在乱石之下。高手对决引起滔天巨浪，把在船上捕鱼的林愿和杨生全翻入大海，默娘前往救援，终因酒醉法力大减，致使杨生全沉入海底。杨生全葬身海底后，默娘寻找到尸体，但他一息尚存。默娘救活他后，他却失忆了。睚眦杀掉四弟，却向龙王谎报，说是狴犴练功现形，被默娘捕获煮了吃掉，龙王伤心至极，反而不许提议立摄政之事。失忆后的杨生全与从前判若两人，他不但不亲近默娘，反而有所戒备。默娘焦急生全的病情，而桂花却高兴，默娘与吴宗伦天生一对，这回没了障碍。林妙珠屡受汪小凡的虐待，但她坚信会用柔情医治他心灵的伤痕。
杨生全伤好的差不多了，找各种理由不想随父亲出海打鱼，母亲就让他去地里拔草，可是他却连菜和草都不分，他父亲生气打了他，观音和大仙得知默娘（刘涛饰）只有在似睡非睡的时候才能飞得起来，于是让她会飞了，还把玉如意变成了法器。
默娘（刘涛饰）发现了杨全生后背上没有伤疤，最近的行为也觉得很奇怪，于是对他产生了怀疑，汪小凡总是打林妙珠，把什么气都撒在她身上，林妙珠一气之下回家了，默娘见到阿姐受到如此的待遇，很生气，去汪府讨说法。
官船遇海妖，默娘（刘涛饰）突然出现，救了帅船，又化鞋为舟，抢回落水的国书，默娘绣花鞋遗落在船上，让吴宗伦拾得。默娘与睚眦等接触，睚眦将伤害官船的主意嫁祸到龙王的身上，双方苦斗，默娘败倒在沙滩，再次经受了磨难。林愿见乡亲们生活艰难，主动代售乡亲们的海货，回返时却被毒爪王带人抢去了钱财。林愿与杨大旺遇见昏倒的默娘，把她背回家中养伤。林愿丢了乡亲们的血汗，十分内疚，临时打下欠条，承诺迟早攒足钱还大家的账。而睚眦侦得了默娘的存在，发狠要除掉这个心腹大患。
珍妃怂恿龙王去陆地上游玩、休养，从而促使龙王接受了建行宫的计划。桂花和李月莲加紧为默娘张罗招婿之事，默娘却漠不关心，陪伴父亲去海上打鱼。乡亲们也同情默娘，为了配合督促她出嫁的行动，渔民们不再向默娘打听天气，甚至生病了，也不再接受默娘的治疗……恰在此时，吴宗伦的管家登门向默娘求婚，默娘得知吴宗伦辞官回乡的消息后，十分感慨，几经与吴交流后，默娘被吴宗伦的宽容大度所感动，她终于接受了吴宗伦的建议，嫁给他为妻。
默娘娘与吴宗伦在江边举行了盛大婚礼。新婚之夜，默娘突然预感到海上有人遇险，她急忙飞赴现场，救下了濒危的许茂盛并把他送回家中，此时已鸡唱天明。原来默娘与吴宗伦相约，婚而不嫁，两人是同居不同房。汪施旗得知默娘新婚，更加肆无忌惮地搜刮民财，岂知默娘把在匪巢中搜到的证据交给了吴宗伦，两人决定把证据送达朝廷。吴宗伦去了京城。默娘在莆田行医，救治了许多百姓，卢家三媳妇更是感激于默娘的救命大恩，得到公爹支持后，开始募捐为默娘建庙纪念。龙宫里睚眦得知狴犴仍然活着的消息，益发惶惶不安，煞费苦心地想法根除后患。而吴、林二人的假婚姻不久被桂花发现，她十分震惊，默娘便劝说吴宗伦娶桂花为二房，以便日后生儿育女，接续吴家香烟。
默娘在海上救了一艘外国商船。为了今后消除语言的障碍，更好地实施世界性海上救援，促使她跟吴宗伦学习外语。睚眦把龙王塑像毁掉后，设计陪伴龙王微服到世上游玩，利用塑像被毁和默娘威望压过龙王的事实，进一步离间龙王与凡人的关系。敌兵犯境，吴宗伦写成书信，默娘飞到京城，终于找到徐大人，托他将建议书信面呈皇上。而睚眦开始指使他的爪牙去海面上抓民夫为苦力建筑行宫，湄洲岛上的青壮年男子连续失踪，以致人心惶惶，渔民不敢出海。默娘得知此情，毅然变成男子，故意被俘掠到无名岛上，希望能揭开渔民失踪的真相。
默娘打入无名岛工地，遇上海妖和为虎作伥的浪里飞，也遇到了被逼做苦力的许茂盛，通过交心，许为默娘的大度宽容所感动，诚恳地对从前的不理智做了道歉。默娘渐渐初知了龙王建行宫的内幕，但路程遥远，她弄不清楚无名岛的具体位置。而此时，她被海妖误关进了铁笼不得脱身。默娘的失踪在林吴两家引起恐慌。桂花牢记默娘的临行嘱咐，说她一定时间不归，就说明遇难，届时桂花代她为妻。侠义心肠的桂花向吴宗伦示爱时，吴却不为所动，结果最后请算命先生看了一下两个人的生辰八字，说是桂花为克夫命，这让桂花放弃了嫁给吴的想法。默娘得以脱身后，把亲人们活着的消息带给乡亲们，大家喜极而泣。默娘回到吴宗伦身边，揭穿了吴宗伦捏造假生辰八字的技巧，同时，也为吴的坚贞所感动。
汪施旗下狱问罪，任吴宗伦为泉州知府。此时，敌兵侵我边境，皇上命徐大人率兵征讨。睚眦获得消息，乘龙王不在时，调集重兵进行袭击，默娘立即飞到海面救险，半路遇上晏公祸害渔民，默娘打败晏公。对方却死死拖住她不放，并告诉她，如果救人，会有凶险。默娘哪里会信，将晏公打倒在地，毅然赶赴出事海面。经过一番苦斗，默娘救下官船，但在海滩上又遭遇睚眦及其爪牙的围攻，终因寡不敌众，默娘倒在沙滩上。待菩萨和大仙赶到时，她已没了呼吸……菩萨和大仙封住默娘的魂魄，然后由大仙去玉帝面前为她申请海神封号，却遭到四海龙王联手反对。默娘的死讯传来，惊动了四面八方信众，纷纷出资为她建庙，香火直冲九天，感动玉皇大帝和王母娘娘，终于同意加封默娘为海神，封号妈祖。
