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《战昆仑》是一部近代传奇题材电视剧，讲述1939年11月，日军登陆钦州，被炮火震昏的守军连长莫辛烈被部下抬出阵地，却被军方以逃兵论处执行死刑，共产党员学生军队长武少雄获悉原委后，当即召集民众找到国军高级将领白主任游说将其保释。为赎罪，莫辛烈决定组建宾阳民众抗日敢死队。在武少雄率领的学生军协助下，他们深入敌后救出国军飞行员、铲除日军和土匪组成的刺杀队、指挥炮兵炸死日军少将中村正雄，完成个人救赎。在武少雄的感召下，莫辛烈幡然醒悟，面对侵略者需要完成的不是个人救赎而是拯救危难中的国家和民族。正当敢死队冲出日军封锁摆脱危险载誉归来时，昆仑关战役打响，莫辛烈、武少雄毅然决定配合国军里应外合攻克昆仑关，惨烈的战斗中武少雄等学生军血洒疆场，莫辛烈将胜利的旗帜插在昆仑关上。
国军连长莫辛烈死守小董阵地被炮弹炸晕，周彬和黄秉之拼死将辛烈从阵地上抬下来。云子与土匪抢了辛烈等人的军装，云子杀害带领盐帮马队的韦狄弘并嫁祸到辛烈身上。辛烈狼狈回到家里，他企图吃顿饱饭就拿钱重新招兵买马。韦纯得知自己亲生大哥韦狄弘被乱军杀死，她悲痛不已誓要报仇。艾师长手下抓住两名逃兵，逃兵传递假消息声称辛烈已经阵亡，莫世忠悲痛欲绝的回到家中却看到了辛烈。
莫世忠认定儿子辛烈是逃兵，他决心将其交给军法处处置。辛烈拒绝出卖救了自己的两名战友，王处长下令枪决辛烈，李鸣生百般说情仍遭拒绝。狄弘的尸体上盖着辛烈的军装，韦纯搜山寻仇人时抓住了周彬和黄秉之，周彬说出狄弘之死与辛烈毫无关系。坂田派特务刺杀艾师长，辛烈在千钧一发之际救了艾师长的性命，此时武少雄和莫辛兰带着学生军及时赶到。李鸣生和辛兰相遇难掩欣喜，辛兰却当场说出武少雄才是自己的恋人。
艾师长表扬武少雄救驾有功，交谈之下询问莫辛兰和李鸣生婚事。辛兰表示武少雄才是自己的如意郎君，莫世忠当场反对。艾师长为莫辛烈向吴军长求情，不料却遭到反对。为不耽误韦永顺大寿，韦纯和韦狄青把老大的尸体暂时安排在一座破庙内。黄十万怀着对白主任和莫家的仇恨，云子利用这点将他牢牢控制。
莫辛烈马上就要被军方带走了，辛兰想去救他，却被莫世忠连同黄桂子与家中其他女眷一起被关了起来。武少雄来到韦家希望韦永顺替莫辛烈求情，韦永顺答应暂时放下私人恩怨。押运莫辛烈的车遭遇坂田等人偷袭，武少雄、辛兰与韦纯赶来相助，坂田腹背受敌仓皇撤退逃跑。
辛兰以为韦纯只是来救辛烈的，不料韦纯却质问辛烈为何杀了韦老大，辛烈否认表示不知内情。周彬和黄秉之二人被王处长发现曾是军人，两人向艾师长承认背下辛烈的人正是他俩。韦永顺得知长子被乱军打死吐血卧床，莫世忠登门贺寿未能如愿，韦、莫两家仇恨加深。莫辛烈暴打王处长，王处长一气之下决定将他与周彬和黄秉之一同处决。
莫辛烈救师团有功死罪虽免但活罪难逃，白主任令他三日内组建一支队伍随时听从调遣，黄海气的跺脚。云子怂恿黄十万投靠莫辛烈，实行渗透计划。辛烈回家得知父亲被韦家扣了赶去要人，奈何莫世忠不跟他走。武少雄主动来帮助李鸣生征粮，对于辛兰的事情，俩人决定公平竞争。
莫辛烈和黄秉之、周彬决定兵分三路，莫辛烈去查凶手，周彬招人，黄秉之去弄枪，并且给自己的队伍命名为大刀敢死队。莫辛烈和韦纯根据线索寻找真凶，他们认为黄十万嫌疑最大。韦纯回寨带人和莫辛烈奔赴黄家寨，云子施计让黄十万和日本人上演打斗戏码。韦纯怀疑黄十万和云子，但莫辛烈却中计轻信了黄十万。
韦纯和莫辛烈吃饭时偶遇壮汉石匠，辛烈看中石匠好身手。石匠提出和辛烈比武，辛烈深知比蛮力不是其对手决定智取，石匠输后答应加入敢死队。韦永顺危在旦夕，郎中告诉韦纯只有找到野生赤芝才可救命。韦纯去山中采药途中中了埋伏，落入黄海及日本人手中。莫辛烈和周彬去找武少雄帮忙，不想与辛兰巧遇。
坂田要求韦纯把触点炸弹伺机放在艾师长的身边，韦纯宁死不从。武少雄断定黄十万能得以自保的原因是因为他知道日本人的正确位置，于是决定出兵和莫辛烈去找黄十万。韦家仆人找到了家丁尸体和韦纯遗失的油壶，黄十万答应带着莫辛烈等人去救韦纯。黄十万想借机暗杀莫辛烈，却阴错阳差没能得逞。
韦纯建议黄十万的土匪团队加入莫辛烈的敢死队，黄十万要求做副队长，莫辛烈一口答应。武少雄发觉黄十万诡异，莫辛烈却嗤之以鼻。莫世忠得知莫辛烈队伍人手已够还没有枪，于是当即表示给予儿子支持。王二雀将莫辛烈买枪之事告诉云子，云子从中作梗。莫辛烈等人到南宁买枪，半路路过敌军哨卡塞钱不成发生激战。
辛烈带着所有的大洋与肖老板交易买枪，不料却中了肖老板与日军设下的圈套。日军利用过后将肖老板杀害，辛烈毫不知情趁夜出了城并未遭到日军关卡的拦截。大刀敢死队在分发枪支时发现枪支被掉包，辛烈返程报仇时被少雄和鸣生救下。辛烈在江边独自懊恼，少雄试图用激烈的言辞骂醒辛烈，辛烈气急挥拳打了少雄。少雄认为黄十万参与了枪支掉包的阴谋，辛烈质问黄十万，黄十万态度强势拒不承认。
辛烈强闯韦家向韦永顺借枪，韦永顺认为有黄十万参加的大刀敢死队是乌合之众，辛烈叫骂被家丁打了出去。韦纯和狄青将粮食送到李鸣生处，韦纯赶回韦家看到了门口负荆请罪的辛烈。莫家为国军捐粮，他为争高下故意比韦家多出一百担。狄青奚落辛烈遭到暴打，韦永顺气愤不已坚定拒绝给辛烈枪支。韦纯从中调和父亲与辛烈的矛盾。狄青熬辣椒水泼辛烈等人，韦纯趁给辛烈洗眼睛之际承诺晚上给辛烈送枪。
云子带着日本兵包围了黄家寨，王二雀见机去向莫辛烈求救。莫辛烈收留黄十万，却遭遇黄桂子和莫辛夷的阻拦，但莫世忠则认为人命关天答应收留黄十万。莫辛烈和莫辛兰说韦纯答应帮自己拿枪，不料却被王二雀偷听到，王二雀将此事告诉了黄十万。黄桂子借着给黄十万倒水，无意间发现了黄十万身上挂的玉珏。武少雄怕被韦老爷发现后果不堪设想，于是去韦家为莫辛烈求情，却遭遇了韦永顺的拒绝。
莫辛烈带着周彬和黄秉之去韦纯处取枪，言谈中暴露出对黄十万的怀疑担心。莫辛烈和韦纯的计划被韦狄青破坏，莫辛烈被认定是贼。武少雄担心偷枪一事加深两家矛盾，于是请莫世忠一起去韦家。莫辛烈勒住韦狄青作为要挟，现场一片混乱，莫世忠及时赶到。武少雄趁机规劝两家化干戈为玉帛，韦永顺答应借枪但也说出了条件，莫辛烈兴奋应允。
黄十万偷听到莫世忠与莫三的谈话，他获悉莫世忠以抗日为前提打算不与自己计较。武少雄要去昆仑镇炸毁敌军粮食仓库和弹药库，同时加入这次行动的还有南宁战地工作团副团长高阳。武少雄和高团长假装送柴企图混进昆仑镇，不料却被日军怀疑。黄十万和王二雀将莫辛烈去执行任务的消息报告给云子，云子带领坂田赶赴昆仑镇企图展开截杀。
莫辛烈等人假装娶亲回娘家的送亲队顺利混进昆仑镇，同时武少雄和高团长带领学生军潜入敌方军火库。莫辛烈等人偷袭日军小分队成功后换上日军军装，云子意识中计返回军火库。莫辛烈被敌军便衣兵发现，高团长誓死抵抗炸毁敌军医疗器械和粮食，莫辛烈带人接应武少雄并炸毁敌军军火库。众人回到宾阳，莫辛烈对共产党有了新的认识。
高团长掩护少雄等人撤退时牺牲，少雄牵头悼念高团长，辛烈感触颇深发誓要抗战到底。艾师长检阅莫辛烈的敢死队，并下达新任务让敢死队在一天之内搜救飞行员并拿到布防图，少雄请命带着学生军一同参加。日军也对拿到布防图的飞行员进行搜捕，身负重伤的飞行员被杀猪匠救下，杀猪匠用土法帮飞行员治伤。日军搜山到了杀猪匠的家中，杀猪匠将飞行员藏到了地窖中，汉奸下地窖查探并未发现飞行员的踪迹。
坂田下令让杀猪匠炸了地窖，飞行员因猪皮的保护并未受伤。云子从二雀口中得知白主任要来宾阳，黄桂子来探望十万，云子假装是黄十万夫人。云子发电报将情报告知松本，松本当即做出应对。莫辛烈等人扮作日本人闯关被识破，少雄掩护与日军激烈交火。李鸣生也带兵前来接应，他在外围遇到同来支援的辛兰。坂田等人返回杀猪匠家大吃大喝，杀猪匠机智应对保护飞行员的踪迹。
武少雄套得敌军口令是夜莺后，又与杀猪匠合谋共同对付日军。坂田返回看见满地尸体，于是恼羞成怒砍掉了黄海一只耳朵。莫辛烈等人来到飞机残骸处寻找日军工事图，不料日军勘探队也在残骸处勘探挖掘。与韦纯等人里应外合，武少雄顺利拿到了日军工事图。次日，敢死队与敌军正面开战，李鸣生欲放弃策应被辛兰奚落。
云子告诉黄十万白主任要来的消息，并且怂恿黄十万伺机下手。飞行员顺利和艾师长汇合，并把日军昆仑关军事布防图交给艾师长。李鸣生和武少雄因为争夺莫辛兰拌嘴，李鸣生情急之下掏枪被辛烈严厉喝止。李鸣生欣然得知莫家要为自己和莫辛兰准备婚事，莫辛兰却极力抗婚。莫辛夷趁机向李鸣生表白，李鸣生委婉拒绝。
