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天生我材，你学不来
出生市井的小人物韦小宝，在不会任何武功的情况下，因机缘巧合闯入江湖和皇宫，凭借超凡智慧周旋于武林帮会和朝堂之间，一路向上攀升的故事。韦小宝先是假扮太监，助康熙擒杀鳌拜，后又结识天地会总舵主陈近南，成为陈近南的关门弟子和天地会青木堂香主，他协助康熙攻打吴三桂和神龙岛，最后以远征罗刹国作为自己仕途的收尾，抛弃荣华富贵，避世通吃岛。韦小宝从一个只想跟皇帝交好以换取富贵生活的小混混，一路成长为明辨忠奸善恶的“鹿鼎公”。他终于明白，富贵权柄手中过，财色皆是挫骨刀，与其舍命搏前程，不如携如花美眷，过烟火人生。
在京城的一家小馆，韦小宝因出言不逊，引起了宫中海大富的注意，并因其小聪明让海公公觉其可为己用，因此命库布的武士，将茅十八和韦小宝强行带回宫中。小宝与茅十八被绑在海公公处，接受审问。海公公突然病情发作，吃过药后又浑身燥热需要泡冰水，审问被中断。趁着海公公泡澡的时候，小宝和茅十八配合，将一整瓶的药剂全部倒进了海公公的茶碗里。由于过量用药，致使海公公双目失明，推倒小桂子，使其头部磕在桌子上一命呜呼。得知小桂子已死，海公公要留下小宝陪自己。
小宝又一次在南书房寻找《四十二章经》时，帮小玄子喝退鳌拜，此时他才得知小玄子就是皇上。知道欺瞒皇上的后果，小宝立即向皇上承认错误，两人达成和解，约定有人时是君臣，无人时还像从前一样。但小宝嘴上答应，实际心中仍有畏惧，再不敢在摔跤时下狠手。
小宝回到康熙的身边，说明了事情的原委，表达了忠心，与皇帝一起动员多日培养的12个库布，让他们共同擒拿鳌拜。鳌拜觐见，识破小宝在茶中下药，故意摔碎茶碗，恰好中了皇上以摔茶碗为号的计划，所有库布一哄而出，却没有一个是鳌拜的对手。情急之下，小宝用香灰迷住鳌拜的眼睛，之后将香炉用力的砸向鳌拜，鳌拜大骂着倒地。
海公公跟小宝坦言自己每天都在他喝的汤里下毒，如果想要解药，须带他夜闯太后寝宫，小宝心中虽然不愿，但为了活命不得不从。将海公公送到后，小宝躲在门后偷听，得知深藏武功太后，害死了皇帝亲生母亲以及董鄂妃等一系列秘密，并亲眼看太后与海大富交手，并双双受伤倒地。为了在海大富临死前拿到解药，小宝偷偷靠近。皇后命他杀死海大富。小宝还没来得及动手，海大富就先断了气。
小宝为了防着太后做出什么对他和皇上不利的举动，他利用建宁每日请安的机会，从她口中刺探太后的一举一动。几日无事，小宝在酒肆喝茶听曲儿的时候，被风际中急匆匆的请到了一间药铺的暗室，暗室床上竟躺着奄奄一息的徐天川。小宝详细的了解了徐天川受伤跟沐王府白家有关后，带领天地会的兄弟们，前往白家讨个说法。可到了沐王府才得知徐三哥虽然身受重伤，可白家老大却因他而死。双方险些动手，还好有圣手居士苏大侠从中调解，双方暂时和解。
太后没有得逞，反而误伤了重返回来吓唬小宝的建宁。小宝将受伤的建宁，抬到有侍卫巡逻的地方，自己在屋里心惊胆战的等到天亮，赶紧去皇上处准备揭发太后。可小宝还没向皇上告密，就被太后及时赶来打断。太后为了防止他的揭发，准备永远让他闭嘴。还好小宝机灵，让太后不敢轻举妄动，暂时先将他关了起来。
太后下决心今晚一定要除掉小宝，先是派出柳燕，可门都没进去就被值守的两个侍卫拦了下来，太后又派出御前侍卫总管瑞栋，并嘱咐千万不能跟小宝有任何交流。瑞栋也并没有在小宝的一系列阴谋诡计下幸免，接连被热水，石灰和砸中胸口的石头要了性命。死去的瑞栋怀里露出了一段黄绸子，小宝拿出一看包裹的竟然是《四十二章经》。太后见瑞栋也有去无回，于是派出了第三波——四个小太监。小太监谎称是皇上要小宝去殿前伺候，可走到一半，小宝发现去方向不对，知道又是太后搞鬼。
钱老本以送猪肉进宫为由传递信息，让小宝出宫商议去沐王府赴宴。小宝赴约，原来沐剑声救下了徐三哥，人是救了，但错杀白家大哥的事情不得不提。小宝试探着询问前几日进宫的刺客是否为沐王府的人，不出所料沐家人都很关心刺客安危，于是双方达成一致。如果小宝能救出那些刺客，徐三哥和白大哥的恩怨就一笔勾销。
侍卫们怎么都拷问不出刺客的来历，于是皇上心生一计，就是让小宝假装释放刺客，放虎归山，这样就能找到刺客的老巢。这样一来小宝既可以还了沐家的人情，也让皇上又给他记上一功。小宝按计划准备救人，张康年早早接到了多隆的指示，侯在牢房里准备配合小宝。小宝取出方怡的手写书信，取得了三人的信任。
皇上离去，太后留下小宝，让其交出瑞栋的经书，并太派柳燕随他回房去取。小宝，故意拖延时间。趁着柳燕不备联合沐剑屏和方怡将她一剑刺死。被绑起来的建宁醒过来，引起了小宝的注意。沐剑屏和方怡说出了绑架公主的经过，并想要杀死鞑子公主，被小宝拦下。
到了之后小宝发现扮做宫女的男人不知去向，留下的是一个宫女和一个太监的尸体。皇上心急如焚，想要惩戒失职的侍卫，并叫太医为太后诊断，可都被太后拒绝了。从太后宫里出来，小宝经过了内心激烈的斗争之后，终于将自己不是小桂子，而是一个真正的男人，老皇上并未驾崩而是在五台山出家，以及太后在宫中藏匿男人等等事情，一一向皇上坦白。皇上听到这些消息，一时难以接受。
章老三乃是神龙教的人，此行就是为了找寻《四十二章经》的下落。问话到了一半，章老三被奇怪的声音引出之后，就没了动静。小宝觉得自己难逃此劫，没想到一个漂亮的姑娘将自己松绑。 众女鬼确认小宝即为杀死鳌拜的恩公之后，三少奶奶叫来所有女眷跪拜小宝，并将双儿交给小宝随身照顾。
双方纠缠期间，胖头陀发现了小宝身上的《四十二章经》，硬是抢了过来。恰好清凉寺的师兄弟和十八罗汉下山，将胖头陀团团围住，为自保的胖头陀将小宝劫为人质。双方僵持，小宝谎称身边石碑上面写着8本《四十二章经》藏在何处，还说上面写着 “洪教主永享仙福，寿与天齐”。胖头陀听见之后欣喜若狂，小宝趁机让十八罗汉擒住了他，拿回了自己的经书。小宝等人走后，胖头陀将碑文拓了下来，准备带回神龙岛献给洪教主。有侍卫看见小宝进了京城，等到多隆下城楼迎接的时候，去因为小宝拐进了一家客栈，失去了行踪。
让小宝没有想到的是，教主夫人如此年轻貌美，而教主确实头发胡须花白的老头。更加没让他想到的是，神龙教众弟子之间，竟然出现了方怡和沐剑屏的身影。教主夫人质问黑龙史为何迟迟不能交出《四十二章经》，黑龙史推脱说皇宫中有一个小桂子经常妨碍他们的计划，柳燕也为此而死，小宝赶紧上前污蔑柳燕，跟自己的舅舅勾结在一起。黑龙史迟迟不拿出经书，就是故意在蔑视教主，要赐她一死。黑龙史见教主不念旧情，于是带着众老臣一起造反，挟持教主夫人。小宝赶紧从中调和，让双方和解。教主为感恩小宝，封他为白龙使。
皇上听后，痛哭流涕，小宝陪着皇上哭，皇上看见小宝比自己哭的伤心，更觉对不起父皇，于是决定派小宝去清凉寺出家。小宝虽不情愿，但皇命难违。小宝从皇上那出来，就被公主拉进了自己的房间，却被太后撞破两人的好事。太后与小宝打斗间，洪教主赏赐的令牌掉了出来，太后赶紧击晕建宁，跪拜洪教主。太后得知小宝为白龙使之后，赶紧叩头并献上雪参玉蟾丸，一番殷勤讨好。小宝对太后的奉承十分受用，正要继续闲聊一下，皇上派来的宫女前来宣小桂子觐见，吓得小宝和太后赶紧恢复了主子和臣子的身份。皇上交给小宝一封圣旨，让其先去少林寺宣读，并给小宝封官，抬旗。领完旨的小宝出宫见双儿，建宁偷偷跟着他进了客栈，发现了被安顿在这里的双儿。为了争夺小宝，双儿和建宁大打出手，好在小宝及时拦下。
小宝有意放走反贼，并与曾柔结缘。 小宝到了少林寺宣读圣旨，却没想到圣旨中写到小宝代替皇上出家为僧，小宝心中有苦说不出。一日，小宝下山，遇到美貌的阿珂，动了情。小宝命人将阿珂抬回自己房间绑了起来，誓死要娶其为妻。阿珂却极力反抗，以死相逼，小宝终是不忍，让人将阿珂放走。小宝得知吴三桂下属、众喇嘛和蒙古王子闯入寺中闹事，前去应付。多亏杨溢之站出来调解，才说服蒙古王子退去。 皇上让张康年传来圣旨，让小宝去清凉寺接任住持，于是小宝吩咐张康年留意蒙古王子一行人。 小宝接任了清凉寺的方丈，喇嘛前来闹事。经过小宝与众僧人的商议，决定还是应该规劝一下行痴大师，先行离开躲避灾乱。
康熙踌躇半天进入房间，跪在阿玛面前，乞求老皇上跟随自己回京，可不想却得到一个残忍的回复——此生永不相见。虽然难以接受，但为了顾全大局，康熙再次跪拜退出了房间。按照老皇上请求，皇上决定让小宝还俗，随自己回京，并再次封官。独臂神尼突然出现刺杀皇上，刺杀不成，却掳走了小宝。九难听小宝一通胡说，心生怜悯决定放走小宝。可小宝想到九难可能随时回去刺杀皇上，于是决定跟在她身边，阻止她行刺。小宝一路上将九难伺候得十分开心，打消了九难对他的敌意，竟带着她走一条密道进了皇宫。小宝一路跟着，试探着报出陶红英时，九难停住脚步，让小宝赶紧找她前来。
太后与九难交手，中招倒地。为了活命，太后不得不说出自己的真实身份，她其实是毛文龙的女儿，建宁是自己与汉人所生之女，而真太后则被囚禁。九难决定放假太后一条性命，与陶红英告别，带着小宝离开了皇宫。九难拿到太后贡献出来的经书，发现经书中设有夹层，夹层中的地图就是找到龙脉秘密所在的关键。小宝一路跟随九难，前去前明皇帝的墓前跪拜。阿珂见到师父前来，赶出来迎接，却发现师父身边的小宝，于是大打出手，求师傅替自己做主。可能想到师父一味袒护小宝。小宝为留下，对九难更加细心照顾并拜其为师，帮助她们找寻阿琪师姐。
皇上心系小宝，痛骂大臣如此多时日仍旧没有找到人的下落，而小宝悄悄的回到了宫中，皇上欣喜若狂，嘘寒问暖，详细询问他如何逃脱。皇上详细询问他如何逃脱。小宝说道九难打自己打的树都折了时，皇上心痛不已，小宝赶紧借机表忠心，说自己完全是因为想着皇上，才撑到了现在。皇上听着十分受用。
吴三桂听说“杀龟大会”的事情，派来夏国相来皇上处哭诉，皇上只能赏赐将建宁嫁过去。在夏国相面前，封小宝为一等子爵，并委任赐婚史，护送建宁前去云南。康亲王借着邀请小宝去府中看戏的时机，向他提起自己弄丢《四十二章经》，并需要小宝帮忙。临去云南之前，小宝将取出地图的经书交给陆先生，让他去换回解药。
