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水二爷抢了京城富商仇达诚未过门的二房草儿秀，对她照拂有加，很快，草儿秀就真心实意的喜欢上了侠肝义胆的水二爷，两人结为夫妻后恩爱有加。婚后，草儿秀给水二爷添了一儿二女，可不幸的是，在生产小女儿之时，草儿秀遭遇难产英年早逝，水二爷大受打击。 随着孩子们渐渐长大，麻烦接踵而至。大女儿水玉梅偏偏爱上了仇达诚的大儿子仇家杨，水二爷虽然极力反对这段感情，但拗不过水玉梅的固执和倔强，最终还是将女儿送到了仇家。更糟的是，小女儿水英英亦爱上了仇家二少爷仇家远，命运将这两家人紧紧的拴在了一起。
霸道血性的水二爷在多年前被一群土匪追到青龙峡口，一个人活了下来。水二爷抢了凉州城最大商户仇达诚的女人草儿秀为妻，草儿秀生下小女儿水英英难产早逝。水英英自小舞刀弄枪骑术过人，水二爷对她异常宠爱。挖墓人来路捡到了孩子拾粮。土匪冯传五被国民党特派员曾子航招安却遭到刺杀，刺杀冯传五的是仇达诚的小儿子，水英英暗恋的对像-仇家远。
一心向往革命的仇家远为了给游击队筹备钱款，无奈之下来到水家借钱，遭到水二爷的拒绝。为了帮助心上人，水英英偷偷拿走水二爷藏在地窖中的银子。仇家远为了不连累水英英，把她独自在黑风谷口，水英英冒险进入黑风谷险些出了意外。拾粮来到水家做长工，一边干活的同时又要照顾体弱多病的妹妹拾草，水二爷相中的拾草的好样貌，打算让她和死去的儿子结阴婚。
拾粮在凉州偶遇和司徒雪儿在一起的仇家远。仇家远意外得知青梅竹马的司徒雪儿竟然是军统的特务。一行不速之客来到了青龙峡的水家大院，原来仇家远变成了国民党陆军长的副官，并且带来了凉州县的孔县长和总商会的白会长。水二爷为了巨大的利益，答应将土地租给他们种药。仇家远将拾粮灌醉，以自己被坏人绑架为借口，从父亲手中骗取一万两银子归还水二爷。仇达诚大怒跑到水家兴师问罪。
仇家远从外面聘请来的张姓，曹姓的两位药师留在水家监督种药。同时仇家远秘密和黑三等人接头商议。张药师因为莫名其妙误食了毒蘑菇而生命垂危，拾粮冒着生命危险连夜进了断魂谷，找到可以解除毒蘑菇毒性的药草，张药师为谢救命之恩，决定收拾粮为徙。为了引出藏在水家大院的神秘人，仇家远屡次设计，但是结果却差强人意。
结了部下备好人马，叫嚣着冲出了水家大院，气势汹汹地扑向了夜色中宁静的村落。当身体里禁锢了很久的兽性突然间冲出来，冯传五和他的部下们又恢复了土匪时期的野蛮与凶残，在那个夜晚做出了后来被记载入凉州城志的残暴事情， 就是后来当地人们谈之而色变的“冷月之夜”。
尽管水二爷决定解除婚约，然而拾草却突然死亡。让大家没有想到的是，张药师竟然就是拾草的亲生父亲。拾草的死让拾粮悲愤难忍，选择离开水家大院。不料水二爷却因此喜欢上了拾粮直来直去，敢爱敢恨的性格，请拾粮回到水家，甚至亲自到拾草的坟前上香。水英英来凉州城看望姐姐水玉梅，但在进城门的时候受到了守城查满子的刁难，路过的司徙雪儿为她解围。
一次拾粮在药田工作时，无意中看见张药师藏在腰间的匕首。他将这个发现告诉了仇家远，仇家远为了查出藏在水家大院的神秘黑衣人，故意设下陷阱，谁料本来十拿九稳的计划，却被自以为是的水家父女给破坏了。日军开始围攻凉州城，疙瘩五的游击队积极响应联合抗战，而曾子航企图借刀杀人，设计让冯传五化装成日军前去偷袭疙瘩五的游击队。一场大战迫在眉睫。
就在双方剑拔弩张的时候，真正的日军特别行动队出现在青龙峡。危难关头，在水二爷的劝导下，双方冰释前嫌，共同携手痛击来犯的日军。水家大院这一战，让潜藏在水家大院的人物全部露出了庐山真面目。原来张药师就是疙瘩五，而曹药师的真实身份是日本特务，就在仇家远准备进一步审问曹药师的时候，却发现他被人残忍地杀死在地窖里。
一天，仇家远用枪把拾粮带到大家面前宣布：拾粮因个人义气杀了曹药师，正当仇家远准备要将拾粮就地正法时，真正杀死曹药师的人，在水家待了20多年的管家老撅头主动站出来。老撅头言明自己是因为女儿被日本人挟持，所以才会助纣为虐帮曹药师这个混蛋，满心羞愧的老撅头说完一切，自杀身亡。经历了大院锄奸后，水英英对拾粮的态度慢慢起了变化，而拾粮也改变了对水英英最初的看法。两个人的感情起了微妙的变化。
一天深夜，滴滴嗒嗒的神秘声音在院子中响起。仇家远猛然惊觉，这是电台发报的声音。而这电台的讯号也被凉州城内的国军以及日本特务的侦听人员听到了。失去军权的冯传五四处招惹是非。曾子航告诉司徒雪儿，他纵容冯传五实际另有目的。此时，大批日军集结在凉州城周围，日本的特务也渗透到城里。国民党军统特派员在凉州城内被日本特务刺杀。
深夜，神秘的黑影又在水家大院里出没，狗发现窗外的黑影一阵乱喊，揪住后竟然发现那是水二爷。仇家远怀疑吴嫂是日本特务，让拾粮盯梢寻找证据。曾子航从司徒雪儿处得知城防图被盗，决定借此机会把隐藏在凉外I城的毒蛇找出。日本特务让冯传五协助日军攻打凉州城，完成日军代号“木马屠城”的计划。曾子航将计就计展开行动，让冯传五混入了日本特务中。
水二爷带全家进城，日本特务劫持了吴嫂。水二爷一行人歪打正着闯入了日本特务的大本营，一伙“帝国精英”被全部围歼在公馆。吴嫂获救有惊无险，一切真相大白，原来冯传五和曾子航演了一出苦肉计，目的就是为了引出潜伏在凉州城的日本特务。而吴嫂手中的电台是日本特务曹药师留下来的。青龙峡了恢复往日的平静，正当众人心情欢畅准备收割药材的时候，一行不速之客打破了这份喜悦。
冯传伍被曾子航以协助收种药材的名义派到了水家大院。水玉梅病重，很多郎中都治不好水玉梅的病。水英英让拾粮给玉梅开方治病，水玉梅服用了拾粮开的药方后，奇迹般地好了，所有人都对拾粮刮目相看。拾粮去街上买药种，路过观花楼的时候看到被黑衣大汉追赶的拴伍子，原来他因为没有钱去妓院而被人赶了出来。水家大院药地里种的药材快成熟了，孔县长、白会长前来收药。
由于曰伪活动猖獗，如何将药材安全地运出青龙峡送到指定的地点成了一个难题。日伪夜袭队因为找不到水家大院的正确位置而焦急万分，恰巧遇到了来路，便让他带路。冯传五得知派去接应草药的弟兄一个也没回来，急忙部署赶往青龙峡。司徒雪儿也接到密报，得知有日伪夜袭队靠近凉州城，一场恶战在所难免。
来路带着日伪夜袭队在荒野里兜了一夜的圈子，被敌人察觉他的意图，壮烈牺牲。赶来支援的曾子航等人顺利取走了草药，将夜袭队消灭了。曰军攻打凉州城，水家大院的长工全都跑了。水二爷为找不到人手种药发愁。疙瘩五带领游击队员来到水家大院帮助水二爷种药。一小股日本特务袭击了被临时作为抢救伤员场地的仇家大院，冯传五腿伤未愈在房中养伤，混战之中为了保护冯传五，水玉梅牺牲。
水玉梅的死深深打击了水二爷，他决定要为死去的女儿报仇......抗战胜利了，但是让百姓们想不到的是国共两党又开战了，凉州城再一次笼罩在血雨腥风中。冯传伍带着大批人马大摇大摆地住进了水家大院。仇家远的直接上级陆副军长遇害后，与他联系的地下交通员也被国民党特务一一铲除了。仇家远的周围布满特务眼线，他被曾子航软禁起来。曾子航想借此机会让他回到自己的身边。
水二爷带着拾粮和水英英拴伍子一行四人赶往凉州城，住进了仇家大院等候仇家远出现。而此时的仇家远正被软禁在军营之中，无法脱身。水二爷误以为仇家远回避他，而大闹仇家。曾子航准备在凉州城内进行大清洗，他决定利用仇家远做诱饵，引出隐藏在城中的大鱼。仇家远知道曾子航要对凉州地区的共产党组织和武装下手了，他也不知道该用什么办法来阻止惨剧的发生。仇家远设计逃出了军营回到了仇家大院，但他没想到，他把一场血雨腥风引到了仇家大院，不仅如此，整个凉州城都陷入到了屠杀共产党的白色恐怖中。百无聊赖的水英英带栓伍子、拾粮大闹观花楼。路上恰好遇到冯传五戒严巡逻，帮水英英等人解围。将三人护送回家。凉州城的夜被枪炮点亮了，血清洗着街道，水二爷知道这一次可不是一般的匪乱。仇家远趁乱赶回家中烧毁了一些重要的文件，他看到发了疯的大嗓门抱着中弹死去的孩子乱跑时，知道联络站也出问题了，他不知道接下来该如何去做，他感到了迷茫。报纸上一篇名为“剿匪前夕”的照片仇家远站在曾子航的身后，仇家远明白曾子航是要把自己捆到他们一条船上去。面对水二爷的逼问，心灰意冷的仇家远举起了手枪指向了自己的太阳穴。
凉州城恢复了往日的宁静，根本无法看出来前一天在这个城市里上演了怎样一幕人间炼狱。大嗓门装疯卖傻在凉州城内进行地下联络活动，而仇家远因为被怀疑是叛徒，出卖了革命，大嗓门对仇家远进行监视，开始暗中调查。司徒雪儿夜晚前去探望被软禁在仇家大院已经绝食数日的仇家远，劝他和自己一起离开这里，去国外躲避纷争和杀戮，遭到拒绝的司徒雪儿满心黯然。仇家杨也来劝说弟弟不要太过执着，不料就在仇家远起身和哥哥说话的同时，屋外的黑影痛下杀手，仇家杨为了保护弟弟意外死于非命。大嗓门向组织问询仇家杨之死是不是自己人出手，得到了否定的答案，但是她并不知道，自己目前已经暴露在危险之中。此时的水二爷，已经从仇家远欠钱不还的沮丧情绪中缓过来了，他想通了，以后这药自己来种来卖，不再受他们那些人的鸟气。可是没有多久，白会长和孔县长就来告诉他，这药必须还得继续种，这可是国民党专员曾子航下的命令。水二爷的心，马上又沉了下去。与此同时，冯传五也以报答水玉梅救命之恩为名，带领自己的队伍强行入住水家大院，将大院里折腾的鸡飞狗跳。为了对付冯传五这条见人就咬的疯狗，水二爷绞尽脑汁、煞费苦心。
水二爷、水英英、拾粮为了赶走冯传伍等人，开始装神弄鬼，一时间，整个水家大院鬼气森森。曾子航设计杀害了大嗓门，栽赃嫁祸把责任推到了仇家远身上，这一下，仇家远就是跳进黄河也洗刷不净杀害革命战友的罪名了。仇家远受到了革命同志们的质疑，腹背受敌陷入困境中。这也正是曾子航的真正目的。冯传五喜欢上了水英英，这让水二爷感到大事不妙。这天傍晚，冯传五借着酒劲来向水二爷提亲，恰巧被一声枪响打断。原来是游击队偷袭了冯传五的队伍，枪杀了一名士兵。此时的水二爷仿佛一下苍老了很多，他知道自己该做决断的时候了，拿定主意的他告诉英英必须要准备嫁人了，水英英却不以为然。拾粮看到药地里的草药长势喜人，告诉水二爷这几天便可以收割了。水二爷喜忧掺半地叹息，寻思着怎么才能保住药材，让这块肉不被冯传五这些狼叼走。而此时冯传五已经将整个心思放到了水英英的身上，但是她还浑然不觉。就在水二爷为了冯传五捣乱而感到闹心的时候，疙瘩五乔装成货郎来到了青龙峡，水家大院的药田为游击队购买药材。见到了拾粮表明自己要出银子买走水二爷的药材。得知消息的水二爷喜出望外，开始着手准备收割药材。
水二爷为了把药材从冯传五的眼皮底下运出水家大院，着实费了不少心思，水二爷以祭拜土地神为借口，迷惑冯传五及其部下抢着把放有泻药的烤羊肉给吃了，借他们忙着拉肚子的时候，协助疙瘩五的游击队员们把药材运出了水家大院。略施小计的水二爷轻松摆脱了冯传五的纠缠。螳螂捕蝉黄雀在后，疙瘩五的手下运走药材的时候，在路上遇到了曾子航派去的伏兵，运药的游击队员们在运药的路途中，被曾子航派去的人劫走了药材，游击队员全部牺牲。参谋故意留下了一个活口，将此次伏击嫁祸给仇家远。仇家杨死后仇达诚一病不起，仇家远也借机推脱曾子航的邀请。司徒雪儿将缴获的药材带回军营正好遇到了仇家远和曾子航，仇家远对司徒带回的药材表现出莫大的兴趣。引起了曾子航的警觉。冯传五率部赶到青龙峡口的时候，只看到满地狼籍，心知丢失了药材这样的大事发生曾子航必然不会放过自己，冯传五将衣服撕烂人打伤，演起了苦肉计。事过之后，冯传五觉得药材离奇失踪内有蹊跷，为了查找闹肚子的真相，再次回到水家大院，更是拿狗狗来威逼栓伍子。无奈之下栓伍子将一切全部责任全部推倒了拾粮的身上，害得拾粮被冯传五私刑逼供险些丧命。
