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オリエント
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
动荡之世。日之本被突然飞来的神秘生命体“鬼神”支配，反抗鬼神的武士被视为大罪人，遭人忌讳厌恶。在众人崇拜鬼神之中，武藏心中藏有一个梦想。那就是与青梅竹马的小次郎一同组建“最强的武士团”，进行退治鬼怪之事。像曾经为夺回日之本的自由而挺身对抗鬼神的武士那样。像小次郎已故的父亲自斋曾讲述的那样。然而，这也意味着要与世间的谎言战斗……
突然出现的鬼神“炎狱天狗”，武藏和小次郎挺身对抗。然而，小次郎的刀险些被炎狱天狗夺走。刀是已故父亲自斋的遗物，也是武士的证明。小次郎从小就因是武士而受歧视欺凌，对体内流淌的武士之血感情复杂，此刻他被迫质问自己作为武士的觉悟。另一方面，武藏为夺回刀，果敢地独自冲向炎狱天狗。此时，一群神秘人出现了。——是武士团！
出现在武藏和小次郎面前的是武田武士团。武藏想比武田更早打倒鬼神炎狱天狗，拿下首功。但团长武田尚虎一句“那不是你一个人能赢的对手”激怒了他。另一方面，小次郎感慨地注视着武田武士团与鬼神的战斗。那光景，正与幼时父亲自斋给他看的画卷一模一样。“老爹说的都是真的……”另一边，对尚虎的话感到懊恼的武藏，冲向了炎狱天狗！
离开安艺的龙山町，武藏和小次郎踏入了外面的世界。此时，一位少女出现在两人面前。她是小雨田武士团的服部津美。被津美抢走鬼铁骑的武藏和小次郎，为了夺回而前往津美所在的五月雨城。在那里，两人第一次见到了移动城堡的内部。其中有着普通领民的生活，普通家族的日常。此时，武藏他们受到城主小雨田英雄的请求，希望他们协助讨伐鬼怪。大群木灵鬼正在逼近城堡！
为了夺回被津美抢走的鬼铁骑，武藏和小次郎来到五月雨城。此时，大群木灵鬼正在逼近。木灵鬼个体虽弱，但成群涌来便会发挥如灾害般的破坏力，是棘手的鬼。为消灭木灵鬼，五月雨城城主小雨田英雄对领民下达了某项命令。这同时也逼迫津美做出苦涩的决断……。武藏和小次郎能否战胜木灵鬼！？
木灵鬼离去，小雨田城化为灾后般的瓦砾堆。武藏和小次郎决定帮忙重建城池。另一方面，津美虽然在与英雄的直接对决中获胜，却仍未摆脱英雄的精神支配。担心津美的婆婆们委托武藏和小次郎办一件事……。此时，武藏遇见了一个神秘男子。男子持有能打倒鬼神的刀。那就是——“鬼铁刀”。
唯一能打倒鬼神的刀——鬼铁刀。来到大东矿山的武藏和小次郎，立刻前去购买鬼铁刀。那里陈列着由刀匠头长船光率领的龙造寺武士团打造的鬼铁刀。接着，两人决定接受“刀的试炼”。只有通过试炼被选中的人，才能获得鬼铁刀。武藏和小次郎立刻握住了刀。就在那一瞬间，异变发生了……。两人能否成功通过试炼，获得鬼铁刀！？
接受了“刀的试炼”的武藏和小次郎。成功通过试炼、获得鬼铁刀“裂空八重樱”的小次郎，与武士们一同前往大东矿山讨伐鬼神。另一方面，试炼失败而绝望的武藏面前，出现了神秘男子犬饲四郎。“终于找到了。黑曜的女神。”四郎将武藏推入洞中。那里是因四郎的技法而出现的熔炉。武藏头朝下坠向熊熊燃烧的熔岩……四郎的目的，是将武藏变成鬼铁刀！
内心深处的过去被揭露，武藏深受打击。他的身体正加速被黑色矿石侵蚀。另一方面，前去讨伐鬼神“阿形吽形”的小次郎和津久美遭遇了“刀狩”。“刀狩”即为夺取鬼铁刀之力而杀害其持有者。但这群“刀狩”强盗的样子很奇怪。“你也能成为鬼铁刀哦。”来者正是四郎。他的目的是让武藏拉小次郎作伴。四郎的同伙犬坂七绪也加入战斗……
七绪的剑技“鞭剑七刀流·轹杀车”将武藏、小次郎和津久美耍得团团转。锡杖柄化作七把剑，接连袭向三人！其间，小次郎找到了突破口，三人转为反击。小次郎的作战完美成功，逼得七绪走投无路！下一个对手是四郎。四郎的招式能切割并操控四方空间进行转移，是一种超乎人知的未知力量。面对这未知之力，武藏等人陷入绝体绝命的危机。此时，沉睡在武藏体内的黑曜之力觉醒了……！
沉睡在武藏体内的“黑曜女神”觉醒。她是能吸引并操控所有“刀气”的“鬼铁刀支配者”，但能在现世存在的时间有限。黑曜女神聚集武士们的刀气，竭尽最后的力量……！次日，在大东矿山举行了葬礼。鬼铁刀是武士生命的证明。看着人们合十祭奠、悼念亡者的身影，武藏心中萌生了一个决心：要再次接受“刀的试炼”。最终的结果是——
向东行进的武藏、小次郎和津美遇到了猿渡满。满正要去参加隶属上杉麾下的战斗，并邀请武藏他们是否要一同前往播磨。想要了解父亲往事的小次郎，以及渴望更加了解武士之道的武藏，他们前进的方向是……
到访播磨港的武藏、钟卷小次郎、服部津美。那里有着以讨伐吞噬淡路岛的巨大鬼神“炮战龙·八岐大蛇”为目标的上杉武士团，以及隶属于上杉的岛津秋弘、尼子胜巳等来自各国的武士们的身影。偶然与武田武士团团长武田尚虎重逢的武藏等人，为了打听出钟卷自斋的事，试图接近上杉武士团团长上杉龙臣。然而，却被龙臣的部下直江兼龙怀疑为可疑人物……
武藏被征为上杉联合的一员，与钟卷小次郎、服部津美分开了。被单独送去的兵舍里，与武藏同辈的武士——岛津武士团当主之子岛津秋弘和尼子武士团当主之子尼子胜巳，正因为该由谁来指挥小队而对立。武藏也加入其中，形成了三足鼎立的状态。气氛在最糟糕的情况下，小队被决定作为第一阵出征淡路岛近海。
在与巨大鬼神“炮战龙·八岐大蛇”所生小鬼·绿色鬼“口裂鬼”的战斗中，武藏痛感自己的无力。出现在烦恼的武藏面前的是尼子胜巳。“你能变强”——被胜巳的话语鼓励，武藏重新下定决心。同时，与猿渡满的距离也拉近了，武藏感到高兴。然而，满却有着秘密……
武藏被当作潜入上杉联合的敌间，遭到军师宇佐美黑子逮捕。在刑场被处以磔刑的武藏面前，阻挡去路的是岛津秋弘。“你是碍事的障碍物”——秋弘的鬼铁刀逼向武藏的脖颈。此时，突然有一大群能操纵言语的“鬼”袭击了刑场。她们称呼满为“姐姐”……
上杉武士团与发动奇袭的“鬼”展开激战。然而，在只差一步之遥时，黑曜石八人之一的犬饲四郎出现。他手中紧握着上杉龙臣的鬼铁刀……。而且四郎的同伙犬川静六也加入战斗，拦在了直江兼龙面前。另一方面，被四郎的招式抛到淡路岛的武藏，与满一同对峙犬田八咫郎。
为了拯救失去龙臣、因八岐大蛇与四郎、静六而濒临崩溃的上杉武士团，直江兼龙将据传能解放“黑曜女神”力量的上杉秘宝交给了武藏。面对秘宝，武藏重新坚定了与敌方武士战斗的决心。于是，“淡路岛夺回作战”开始行动。为了同时完成讨伐八岐大蛇、救出上杉龙臣、讨伐黑曜石八人这三项目标，在军师宇佐美黑子的指挥下，武藏等人终于开始反击。他们的计策究竟是？
宇佐美黑子与犬川静六的军师对决，以黑子的胜利告终。然而，真正的战斗现在才开始。怀着上杉武士团赤刀第一的骄傲而战的直江兼龙面前，拦路的是能如丝线般操控刀气的静六。此外，被誉为日之本最强的“五杰将”之一武田尚虎，再次与深不可测的男子犬饲四郎兵刃相交。在这之中，武藏跑向了犬田八咫郎所在之处。这次一定要救出满。
一直笼罩在谜团中的犬饲四郎力量的秘密，终于被揭开。四郎过去竟然是几乎不存在的白色刀轮的持有者，被称为最强的白刀武士。四郎嘲笑身为青刀武士的武田尚虎是“失败的颜色”，但尚虎脸上浮现无畏的笑容，说道“我会证明即使是青刀也能成为最强”。另一方面，武藏等人为了与犬田八咫郎战斗而前往淡路岛·谕鹤羽山的深处，但……
