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《你是我兄弟》讲述了在上世纪末一个贫困家庭中，四个亲兄弟历经共同的磨难和不同的人生机遇，互相扶持成长的亲情故事。通过改革开放的社会变迁，以性格迥然不同的四兄弟的不同生活态度，编织成独具特色的生活传奇。
盆儿胡同住着一户姓马的人家，家里有四个男孩。一天，老二马学军为了给住在同一个四合院的女孩英子打抱不平而惹了祸。老大品学兼优，老二却爱闯祸惹事，成绩不好。马家突遭变故，四兄弟的父母出车祸身亡。父亲临终前给孩子们留下遗言：学好。兄弟四人靠着抚恤金过日子，四个人都不会过日子，每天下馆子吃饭，驰大妈让马学武放弃学业到工厂工作。马学军路过六号院门口的时候，见到了一个漂亮的女孩子--刚搬到这里来的部长的孙女"一枝花"花蕾蕾。第二天，马学军所在的班级来了一位新同学，就是"一枝花"。老二做起了租小人书的生意，有人抢他的书，被老二教训。抢书人找来帮手，老二被逼爬上树，却意外从树上摔下，摔断了手腿。
给老二治伤花掉了马家已经不多的钱，马家的生活更加困难。老大看到老二天天摆摊租小人书，不好好上学，一怒之下撕烂了老二所有的小人书。老四爱喝牛奶，老二偷牛奶被发现，被追打，遇到了一枝花和部长爷爷。部长爷爷拦下了丢奶的人，随后还派通讯员给马家送来了奶粉。老二从学校溜出来找了一份弹棉花的工作，这让老大分外着急。长兄如父，失去父母之后，老大觉得自己有抚养弟弟的责任。虽然不甘心，但是学习成绩优秀的老大还是选择了进工厂接父亲的班，学习开车。师父老纪对待徒弟极其严厉。有一回老纪打骂马学武被女工萧红梅看到了，她劝住了老纪，而且从此经常照顾马学武。老四突发急性阑尾炎，驰大妈劝老大送走老四。
老大把四儿送走，老二发现后与大哥发生争执，打了一架。老大领工资后，给老四送去了奶粉，老二跟踪老大找到领养老四的那户人家，接回孩子。红梅来马家为四兄弟做饭，小四对红梅感情很好。秋天到了，全国的学校改成秋季开学。小四在这一年成了一名小学生。一枝花请同学去家里做客，马学军发誓总有一天要买下六号院。老二教训了在学校附近截一枝花的混混，学校因此开除了老二。
老二好几天跟踪花蕾蕾，被一枝花发现，老二大胆说出自己对一枝花的爱慕。趁一枝花不注意，抱了她，一枝花给了她一巴掌。老二被开除的事让大哥知道，大哥悲伤痛哭。心急如焚的老大找了学校，也找了一枝花的部长爷爷。最终老二也没能复学。老二成为社会青年，四处寻找工作的门路。老二从英子那里套一枝花在学校的情况，被英子损了一通。老大在工厂里挣的死工资应付不了一家人的开销。萧红梅提议由她出钱、老大出力，俩人合伙做服装生意。于是老大利用到南方送货的机会往回捎带服装。生意做得不错，给老大带来了一笔急需的额外收入。厂里发现萧红梅在兼职卖服装，严厉批评萧红梅。小四是老大最操心的。老大去给小四的老师送礼，拜托老师多照顾小四。
老二在小商品市场看到正在做生意的金老板，决定和他学本事。萧红梅把所有罪过都揽到自己一个人的身上，没有提老大马学武。这让老大感激不已。在国营单位工作的老大看不上老二所谓的事业，而且也对老二担心，经常在家念叨老二。同时，萧红梅要离婚了。因为离婚的事情，萧红梅找老大哭了好几回。一枝花对老二说人活着应该有追求。
老二开始跟着金老板干，老二的义气让金老板开始关注这个小伙子。一次去南方进货，遇到了抢劫。老二拼了自己的性命救了金老板的命。金老板看重他，慢慢扶持马学军发展起了属于自己的势力。没多久，萧红梅离婚的事情在全厂传开了，老大开导红梅姐。一枝花的爷爷病逝了，一枝花高考落榜，英子考上了大学。爷爷的葬礼过后，一枝花离开六号院住进了组织安排的楼房。没有了部长爷爷，一枝花身上的耀眼光环也消失了，成了一个普通的姑娘。
老大提醒老二虽然一枝花从天上掉下来了，老二也够不着她。一枝花离开北京要去厦门，老二竭力挽留，临走前一枝花送给老二一个吻。老大在路上遇到一枝花才知道她已回来，一枝花让老大不要告诉马学军。老二想跟着一枝花去当兵，却没被录取。
上了大学的英子经常跟着老二，老二也对这个妹妹一样的人很好，把能搞到的各种时新玩意送给她。老二想自己单干，自己闯一番事业，老二承包了金老板的录像厅。老二收服了三个混混，当了兄弟。英子谈了一个男朋友，带回大杂院的时候遇到了老二。老二跟这位大学生谈了一会，话不投机。俩人互相瞧不上。
一枝花跟爷爷曾经的秘书的儿子谈起了恋爱。前秘书为一枝花在税务局安排了一份工作，和局长夫人秦大姐同在一间办公室。秘书母子对一枝花的冷嘲热讽让花蕾蕾感到世态炎凉。同事赵远志向花蕾蕾百般献殷勤。老二看到一枝花与肖辉谈恋爱，一枝花让老二忘了她。
前秘书的儿子并不是真心喜欢一枝花，没过多久就抛弃了一枝花。 马学军看不过去，揍了前秘书的儿子一顿，也因此进了派出所。老大托金老板把马学军捞了出来。金老板被警察查了，他包给老二的录像厅也被查封。老三帮助警察抓住了小偷，老大想让老三当警察。
老大觉得红梅贤惠能持家，想把她娶回家，红梅觉得两人年龄差距大，没有答应。无事可做的老二买下了老大厂里的报废卡车，开起了搬家公司。除了搬家，老二的公司还顺便做废品收购的业务。老二在东郊买了一处破产企业的仓库，没多久这个仓库就被各种货物堆满了。老二请一枝花吃饭打听税务消息。
虽然老二反对这桩婚事，可是最终老大还是把萧红梅娶进了家门。心情难受的老二找一枝花倾诉。两年后，老二做大了搬家生意，为了扩大生意又做起了废品收购。一枝花厌倦了税务局的工作，赵远志向她讲其中的学问。老二贷款买了二手车，遭老大训斥。
一枝花病了，老二前去照顾，一枝花再一次拒绝了他的好意。一枝花上了电大。老大所在的工厂与港资公司合资经营，萧红梅下岗了。老二请大嫂去自己的公司帮忙，可担心老二生意不正经的老大死活不同意。老纪开着一辆旧红旗轿车找到老大，商量着跟他合伙开出租。
老大利用晚上的时间开夜班出租车，没想到挣得比进了外企的英子还多。老大因为开夜班出租，在单位老打瞌睡，修车时居然睡着了。英子毕业进了外企，男朋友却去了美国，这让英子伤心不已。一枝花在税务局不会拍领导马屁，使领导生气。丝绸总公司老板欣赏花蕾蕾的才能想挖走她，可是税务局不放人。老二见到一枝花又提起了他对一枝花的爱慕。老大把车借给厂里的一个同事，没想到那人居然用这辆车去偷厂里的轮胎。
警察顺藤摸瓜抓到了老大。查清楚以后，发现老大没参与盗窃，可是却有一条非法营运的罪。老大没供出老纪，可是怎么也说不清楚车的来路。这时候老二到警察局来，提供了车辆的买卖手续。原来车是老二的，请老纪跟老大合伙开出租是变着法的帮老大。被放出来的老大备了案底还被工厂开除，这让老大恨透了老二。认为要不是老二的这辆汽车，自己不会丢掉工作。老大到老二的公司，把他的办公室砸了个稀巴烂。出来找工作的老大四处碰壁，他的学历水平已经远远达不到时代的要求了。
老二再次向一枝花示爱，被一枝花拒绝。一枝花向领导表态想分配到地税。老三从警校毕业，进了派出所当实习警察，这跟他想去分局刑警队的愿望相去甚远。在老大的叮嘱下，老三悄悄盯着老二的公司，防着老二做非法的生意。马学军让老三劝大哥到他那儿上班。一枝花对英子说之所以拒绝老二是为了激励他。老大找工作，正好碰到一辆抛锚的货车。老大帮车主修好了车，不要酬谢，只要求能在货运站找一份工作。
货运站蔡老板发现老大有技术有能力，答应把老大留下。老二的搬家公司接了一个长途搬运的活儿，借着这个由头，老二决定买入新车，扩大公司规模。赵远志求一枝花与他假结婚为的是他的父母，一枝花心软答应。赵远志借看房之由欺负了一枝花。一枝花在嫁给了赵远志，为此老二伤心不已。
一枝花结婚了，老二为此不吃不喝，伤心沉沦。老三实习结束留在了派出所当了基层民警。小四在这一年要高考了，他的生活都是由大嫂萧红梅照顾。报志愿的时候他听从了大嫂的意见，报了计算机系。老大在蔡老板的“金帆”货运站渐渐干出了名堂，深受蔡老板和老板娘柳夫人的赏识。
老大慢慢开始琢磨做生意的门道了，为此他开始经常去老二的公司走动。老二教其做生意的门道。高考成绩出来，小四考了理科全市第三，全家人为此高兴不已。蔡老板和柳夫人分道扬镳，蔡老板带着“金帆”回了南方，柳夫人留下来开了"扬帆"货运站。老大留在柳夫人手下，做了运输队队长。柳夫人对老大莫名的信任，手把手教他怎么做货运生意。英子爱着老二，她主动追求老二，老二没有答应。难过的英子跟踪老二，发现老二其实是有女人的，只不过不是认真的关系而已，可是这依然让英子心中一片悲凉。
赵远志经常往家里拿钱，一枝花提醒他，却被羞辱。老二在饭店遇到一枝花，倍显尴尬。老二交了一个女朋友。老大帮柳夫人完成了不少生意，取得了信任，并提拔老大为副总，给了他一辆汽车。王大炮从牢里出来，和老三打起来，老三因此背了处分。
