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侦探已死
“你、来当我的助手吧。”有着被卷入事件体质的少年·君冢君彦，在高空一万米的飞机上，成为了自称是侦探的天使般的美丽少女·谢丝塔的助手。二人为了同世界各地的敌人战斗，三年来辗转于世界各地，展开了一系列惊心动魄的冒险。不久之后，侦探就去世了。动荡的日子已经过去了一年。已升入高三的君冢也沉溺在了名为日常的温水中，过着极其普通的学生生活。然而，他的身边却出现了一个委托人。“你就是名侦探？”以和同年级的少女夏凪渚相遇为契机，连接过去和现在的宏大故事再次开始了。
万米高空中的飞机被劫机了。少年·君冢君彦被自称是侦探的谜样少女·希耶丝塔指名为助手，一同前往驾驶舱。驾驶舱中一位自称代号叫蝙蝠的男人挟持机长为人质，要求希耶丝塔推理出他劫机的理由。
与希耶丝塔死别后1年，君冢已完全沉浸在日常生活之中，有天同年级的少女·夏凪渚出现，委托他协助寻找身分不明的人物X。君冢为了完成她的委托请求加濑风靡警官的协助，风靡带他们来到监狱，在此，君冢与过去决一死战的对手·蝙蝠再度见面。
突然出现在君冢和夏凪眼前的国中生偶像·斋川唯。她收到一封写着“在巨蛋演唱会当天将收下市价30亿日币的蓝宝石”的信。君冢和夏凪决定继承希耶丝塔的遗志，于是接受了斋川的委托。但在演唱会前一天的彩排上，忽然出现神秘男子接近站在舞台上的斋川……
“斋川在说谎。”君冢看穿犯人真正目的不是宝库仓库中的蓝宝石项链，而是斋川本人，因而在巨蛋演唱会当天与夏凪一同赶往会场。两人在演出正热烈的会场中搜寻潜身其中的犯人，但却徒劳无功。君冢越来越焦急，关键时刻也一步步地逼近了
故事的舞台为一年前。当时连续发生人类的心脏被啃食的诡异事件。希耶丝塔和君冢察觉事件是秘密组织SPES的成员地狱三头犬引起的，于是订定了诱饵搜查计画。担任诱饵的君冢制伏闯入全黑房间的人影，却发现来人竟是崇拜希耶丝塔的少女·夏露。
希耶丝塔和君冢成功战胜忽然现身的SPES最高干部·海拉，然而希耶丝塔也在战斗中受了要静养2周才能治好的伤势。君冢出门买东西时在小路中遇见睡在纸箱中的少女·爱莉西亚。一问之下才发现原来爱莉西亚没有至今的记忆……
君冢得在希耶丝塔疗养期间陪成为代理侦探的爱莉西亚一起寻找“蓝宝石之眼”。时光飞逝，3人一起来到餐厅庆祝希耶丝塔康复，希耶丝塔说希望君冢实现说好的补偿，朝他递出了玻璃杯……喝着喝着天色也越来越晚，回到房间后，希耶丝塔拍拍床铺对君冢说“你过来这边坐嘛。”
君冢和希耶丝塔发现之前见到的风靡是假货，就在为此事实感到动摇的期间，事件出现了第五个牺牲者。希耶丝塔一心为了打倒海拉选择不择手段，君冢则希望尊重遗族的心情，两人的想法出现了分歧。而3天后，这回变成爱莉西亚卷入了事件之中。虽然看见爱莉西亚没有大碍让君冢松了口气，却也让他注意到不愿接受的现实……
君冢、希耶丝塔和夏露三人为了救回爱莉西亚，终于抵达SPES的大本营。君冢和夏露与希耶斯塔分两路行动，与SPES的首领“席德”对峙，并且得知SPES的真正身分。与此同时，希耶丝塔再次见到海拉，尝试要抢回爱莉西亚。
君冢和夏凪本打算实现“一起去海边玩”的约定，却想不到因为跟斋川的价值观迥异，变成在她的招待下搭上前往爱琴海的邮轮之旅。三人享受着邮轮旅行，却在船上碰到君冢过去的同伴夏露。原来夏露是来调查据说沉睡在这艘邮轮中的“希耶丝塔的遗产”的。而隔天早上，船上就忽然播出了令人不安的广播。
虽然好不容易救出了夏凪，但君冢不得不与变色龙对峙面对敌人的猛攻。好不容易在夏露助阵下将敌人逼入绝境，但变色龙一击打穿甲板，将君冢一同摔入船舱。意识蒙胧中，君冢想起与希耶丝塔死别那天的记忆……
就在君冢的拳头和变色龙交会的刹那，从天花板射出的子弹贯穿了变色龙。毫无疑问是“名侦探”。“你做我的助手吧。”时隔4年的呼唤，让君冢想起了万米高空那令人怀念的记忆。名侦探和他的助手一边讲述着过去的故事，一边把枪口对准了变色龙。
