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炎帝（郝一平 饰）在取得灭魔之战胜利时，遭伏魔突然袭击，被压在镇魔石下。伏魔天神义和（张天舒 饰）盗得炎帝日光神镜，杀死刑天（吴奇隆 饰）击伤夸父（温海波 饰），受伤的夸父救走刑天的儿子后羿（李解 饰），逃往北极冥海之下。刑天死前神力已凝在后羿体內，将来只有后羿能战胜义和。义和欺骗众神说炎帝乃被刑天压在炎谷中，将有千年之劫。偷梁换柱的义和成为神界天帝，但对逃走的夸父和后羿一直心存恐惧。他隐瞒內心罪恶，表面上对炎帝女儿精卫（舒畅 饰）疼爱有加，风神西王母（贾娅 饰）怕精卫横遭不测，一直将她带在滛池。千年之后，后羿成为神射手，精卫也辩明了真正的敌我，她决定联手后羿去打共同的敌人义和......
太阳神炎帝带领天神义和、战神刑天和星神夸父在追杀地魔兽时，不幸倒在万年毒火中。战神刑天被杀，夸父救走刑天的儿子后羿，逃往北极冥海。邪魔从恶水中得到幽暗之灵，统治了大地上的人类。太阳神炎帝不忍人类遭受残害，联手众神建起不周仙山，到人间驱逐妖魔、治理水患。炎帝爱上了人间女子，并有了可爱的女儿精卫。西王母一直暗恋炎帝，将精卫带到瑶池抚养。炎帝遇害的真相流传着不同的版本，小精卫还不知道父亲正在经受的苦难。战神刑天临死之时，将他的神力凝聚在圣灵石中，加在儿子后羿体内。
由于天神忙于内乱，忽视了保护人类的职责，竟使大地上妖魔又起。人间有穷国遭到瘟疫的伤害，国王让巫师离洛祭祀天神，请求天神拯救爱女湘瑶公主和百姓。西王母在抚育小精卫的同时决心用自己的方法拯救炎帝。小精卫在瑶池已度过一千多年，学会了仙术神咒，是个快乐的小神仙。被天神视为邪魔的刑天遗留在人间的儿子后羿也已长大成人，成为一个猎人，在武伯的保护下，浑然不知自己身世。
武伯担心被天神发现，就让后羿和他一起逃走。龙王和精卫去不周仙山告诉天帝发现了亮魔兽，天帝又给了精卫一件法宝。青鸟用法术偷听到天帝说的醉话，才知道是天帝把太阳神打到炎谷，西王母震惊了。人间有穷国国王听从了邪恶巫师白灵法师的建议，用人来祭祀邪魔白帝。
西王母决心让精卫一起承担救出炎帝的重任，精卫并不能明白王母的心意，盗取了王母的神兵白虎令，独自前往炎谷。青鸟拦住了精卫，精卫用白虎令赶走青鸟，从一条暗道闯进充满危险的炎谷。精卫手持白虎令，终于闯到镇压炎帝的镇魔石下，却被镇魔石上的封印所困，危急万分。炎谷的镇守神火神祝融视太阳神为仇敌，和天帝走到一起，他们救出精卫，却布下了更为阴险的圈套。
白灵法师盯住了正孤身打猎的后羿，施计将其捉住。后羿体内的圣灵石已苏醒，在他遇到危险时，能自动发出神力来保护他。后羿挣脱了白灵法师的束缚，惊恐的武伯领着后羿奔向迷雾鬼林。雷神龙王被后羿的神力引到森林，想置后羿于死地。武伯为了保护后羿，牺牲了自己的生命，临死之前说出后羿是天神的儿子，让他去寻找叫做老鬼的魔怪。火神狂怒中祭起了四大神兵之一的朱雀旗，后羿陷于生死关头。
西王母和精卫也感受到朱雀旗上的太阳神力，精卫想起父亲，忍不住就要飞身前去擒杀小邪魔后羿，却被西王母紧紧拉住。西王母深知神兵互相攻击，会破坏不周仙山的天维之力，为了救出炎帝，她流着痛苦的泪，还是毫不犹豫地举起了白虎令，白虎令发出巨大的太阳之灵，将后羿从朱雀旗下救出。西王母讲出一番令精卫极度震惊的话，天帝义和才是暗害炎帝的元凶。
西王母告诉精卫，只要和后羿联合起来，就能打败义和，这也正是她救后羿的原因。精卫怎么也不愿和暗害父亲的仇人之子联手，可这又是解救父亲的唯一希望。后羿昏倒在路边，被善良的蒙大爷救回家中。将军归丁对国王宠信巫师离洛早就心怀不满，故意用得罪过国王的蒙蓬子来充当祭祀白帝的祭品，后羿自愿代替蒙蓬子。白灵法师捉住化为人间少女的精卫，两人一同被充作祭品，被推到河水中。
后羿天生具有的灵力使他挣脱束缚，他安慰着精卫，说一定会救出她，精卫没有想到仇人之子竟如此善良勇敢，但还是利用幻术暗中整治了后羿一番，弄得后羿狼狈不堪。精卫为了取得后羿的信任，与后羿一起深入白帝的洞穴。
白帝卷起浪潮，将精卫和后羿吸入水穴深处，精卫和后羿勇敢地扑向白帝。精卫以为白帝只是个小小的邪魔，能轻松打败，却不料白帝竟拥有魔界最厉害的蓝灵珠，他们中了白帝的圈套陷入蓝灵珠中，精卫失去了拥有太阳之灵的法力。但拥有圣灵石的后羿却不怕蓝灵珠的幽暗之灵。危急时刻，后羿勇敢地冲向白帝，以突发神力打得白帝措手不及。
精卫发现白帝竟是炎帝过去手下的神将，白帝却早已知道精卫的真实身份，说他吃下精卫后就能增加千年的修行，要是再吃掉后羿，得到圣灵石，他就能直接得到幽暗之灵的力量，那时他将统领三界。白帝和精卫、后羿陷入激战，精卫和后羿心心相印，打得白帝逃入洞壁。精卫趁着地魔兽冲击封印引发的地震，和后羿联手将白帝的洞府捣毁。精卫为后羿勇于除魔的力量所震撼，首次对后羿产生异样的情感。
精卫和后羿打垮白帝后，来到了岸上。后羿不停地向精卫询问着自己的一切，不想他昏摔过去。暗中保护精卫的青鸟来了，让精卫赶快带着后羿去迷雾鬼林，因为王母与龙王马上就要来了。王宫中也是一片混乱，国王认定是祭祀白帝使天神发怒了，他命令将祭祀白帝的白灵法师和归丁抓起来。白灵法师和归丁仓皇逃出城外。
白灵法师和归丁忽然发现了精卫和后羿，归丁认定是二人的逃走才使白帝发怒，引发了地震。精卫眼看一时说不清楚，又担心天神发现了后羿，就发出一道灵风咒，带着后羿从空中飞速而去。西王母和龙王也来到有穷国，后羿想杀了龙王，为武伯报仇。精卫却说这一切都是天帝造成的，武伯的死应该算在天帝头上。后羿要到迷雾鬼林中去找老鬼弄清自己的身世。
精卫带着后羿迷路在林中，他们怎么也找不到老鬼。青鸟发现了仍在迷雾鬼林的离洛，让精卫带着后羿跟在离洛身后，终于找到了老鬼的藏身之处--雾林神柱。老鬼趁精卫不备，使出迷魂咒，将精卫困在迷雾鬼林，飞身带着后羿来到郊外。老鬼让后羿远离精卫，不要信任任何天神。老鬼使出激将法，轻松精卫气走。
老鬼正准备赶走离洛，却被后羿阻止了。后羿劝说老鬼先去有穷国救人，再去冥海找夸父。精卫和西王母听着后羿的话，真希望后羿的父亲刑天没有参与谋害太阳神，她们也决心不再伤害后羿。为了教训后羿这个不听话的小主人，老鬼躲了起来，手五寸铁的后羿和离洛被归丁和白灵法师捉住了。
精卫偷听老鬼和白帝的对话，知道老鬼利用白帝来缠住她，不让她接近后羿。老鬼赶走白帝后，又化成白帝的模样，使急于讨好白帝的归丁和白灵法师将捉到的后羿、离洛拱手交了出来。老鬼故意在后羿面前说着精卫的坏话，后羿大为恼怒，他挣脱了绳索，扑向老鬼，在后羿的心目中已不能容忍任何人说精卫的坏话。
国王高兴地迎回了离洛和他们心目中的天神老鬼和后羿。为了防止后羿和夸父会合，祝融再次来到人间，不惜与白帝联手。老鬼在有穷国轻松地除去瘟疫，但对于瘟魔种在公主湘瑶身上的魔根，他一时有些为难。离洛为了心爱的公主，断然请求老鬼将毒虫移到他身上。后羿却说自己体内有圣灵石，让老鬼将毒虫移到他的体内。湘瑶苏醒了，在那一瞬间，他爱上了天神哥哥后羿。
后羿处在危急状态，老鬼拉着后羿溜出公主的寝宫，女乐官素女拦住了去路，请求天神们不要忘记人间灾难。老鬼带着后羿正准备乘乱溜走，却又被火神祝融拦住去路，老鬼带着后羿躲进王宫后花园，但后羿已发现白帝又在祸害人间，他不顾老鬼的阻挠，冲到了王宫外，体内战神的原力爆发，将狼头魔兵打得四散而逃。
精卫也现身用天雷咒将魔兵全部杀死，归丁也死在国王的箭下，只有白灵法师乘乱逃走了。精卫和后羿有久别重逢的感觉，精卫拿出瑶池玉露琼浆，刚给受伤的离洛喝下，就被一团魔力黑雾包围了。精卫驱走黑雾，却发现后羿、老鬼、公主、离洛和素女都不见了。原来是银灵子使出了迷幻术，将素女和后羿等人一起抓到他的幻境中。
精卫害怕银灵子会伤到后羿，在青鸟的帮助下闯进了幻境，与银灵子展开殊死搏斗。西王母和龙王也赶到神庙，西王母拿出神兵白虎令对准了银杏树，她要打碎银灵子的幻境，救出精卫和后羿等人。西王母正准备摧动白虎令，白虎令上却感应幻境中还有凡人，西王母不能让白虎令伤害无辜，她只得收起白虎令。龙王化为一条巨龙冲入幻境。
精卫想出绝妙主意，让众人爬在龙王的胡须上安全离开幻境。龙王回到雷泽后昏昏沉沉地睡去，精卫一行人趁机爬下龙王的胡须，但失去了灵力的众人对一望无际的雷泽束手无策。精卫说出天帝正在修炼天地无敌和金鸟，震惊中的老鬼这才明白精卫的一片苦心，但他内心总认为精卫接近后羿是有阴谋。
