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骸骨騎士様、只今異世界へお出掛け中
“亚克”在玩线上RPG的过程中玩到睡着，一醒来发现自己以游戏角色的样貌出现在未知的异世界。而他的样貌，竟是外面穿着盔甲、里头全是骨头的骸骨骑士。觉得要是自己的真面目曝光，可能会被当成怪物消灭掉。因此他决定要尽量低调，然而却无法对眼前的恶行置之不理，骸骨骑士亚克无意识中“改变世界”的异世界奇幻故事，就此展开！
亚克以据说有“解咒之泉”的“风龙山脉”为目标，与精灵战士艾莉安、兽人族忍者千代女、精灵兽碰太一同继续旅途。由于无法对陷入困境的人置之不理，他们一路帮助他人，结果来到了一座远离目的地风龙山脉的村庄。可是，村里的居民一看到亚克他们，便无一例外地害怕逃走！？
按照艾莉安的希望，亚克决定前往兰德巴尔特领。兰德巴尔特的领主似乎与一名精灵女性结了婚，他们正是为了探查真相而来。看到看似恩爱的领主佩脱勒斯与他的精灵妻子泰瑞雅莎，亚克一行人松了口气，然而佩脱勒斯却向他们透露，接连发生了企图夺取泰瑞雅莎性命的事件！？
来到罗登王国霍邦领的亚克一行，决定调查当地接连发生的绑架事件。亚克发现，以攀墙杂技为生的少年希尔牵涉其中。希尔似乎有一个因伤势而饱受痛苦的妹妹希亚，为了治好妹妹的伤，他被迫替主导绑架的那伙人做事。
应艾莉安的姐姐伊玟召集，亚克一行抵达安妮特山脉。他们受托调查位于德内尔村、负责保护精灵族的设施“莉莎之村”。据说，这座设施会暂时收留获救的精灵族，并帮助他们返回故乡。然而，至今似乎还没有任何一名精灵回到精灵村落。
感受到“死亡的污秽”后，亚克在调查莉莎之村的地下洞窟时，出现在他面前的是无数不死者。由于在洞窟内施展了地形魔法，岩层随之崩塌，众人被分隔成艾莉安与碰太、亚克与伊玟两组。救下正在坠落的艾莉安和碰太的，正是同样在调查莉莎之村的千代女——。
抵达龙冠树后，映入亚克眼帘的——是一座巨大的鸟居。看到这座本不该存在于异世界的建筑，亚克不由得丢下艾莉安等人，朝鸟居飞奔而去。慌乱间，亚克踩到了龙王维里亚斯菲姆；因被踩了一脚而勃然大怒的维里亚斯菲姆，突然发动了攻击……
亚克因“解除诅咒之泉”的副作用而失去意识，醒来时刃心一族的新村落已经建成。受到刃心一族族长、二十二代半藏的邀请，亚克参加了庆祝新村落落成的祭典，也借机参观村落。耳熟能详的六忍之名，以及令人联想到日本文化的表演和摊位，让亚克惊讶不已……
得知丹卡在南方大陆遭到一名身手高强的双剑使袭击后，亚克一行人前往南方大陆，踏上了他们的首次海上旅程。出现在他们面前的，竟是一只巨大的克拉肯。面对这个奇幻世界中的经典魔物，亚克兴奋不已。另一方面，千代女却忧心忡忡：袭击丹卡的双剑使，会不会正是她敬若兄长的六忍之一佐助……
亚克一行人抵达了南方大陆的港口城市普利茅斯，据说丹卡正在那里疗养。然而，丹卡早已启程前往名为塔吉恩特的城镇。为了赶往塔吉恩特，亚克借来虎人族用作坐骑的德里夫托普斯，但想要骑上它，似乎必须先与其比拼力量，让它认可自己为主人——
杀死黑巨人的婴儿，将其当作诱饵引导黑巨人接连袭击虎人族的幕后黑手，竟是六忍之一的佐助。佐助身上缠绕着“死亡的污秽”，这表明他曾经失去过一次生命。千代女深受打击，然而佐助又利用一枚可疑的吊坠操纵了大批不死者。
为救出被囚禁的精灵族和兽人族，亚克一行闯入塔吉恩特。来袭的黑巨人、不死者与奋力抵抗的士兵混战在一起，城中已是一片惨叫连天的人间地狱。亚克遇上了锡尔克教会七大枢机之一的巴鲁鲁莫，并得知一个真相：无论是那些惨无人道的实验，还是将佐助变成不死者，幕后黑手都是锡尔克教会……
在战场上纵横驰骋，为了将人们从困境中救出而四处奔走的亚克面前，出现了化身为怪物，吃人的希尔克教会七红衣主教之一的查罗斯。从缠绕着巨大魔力的查罗斯的身体里，可以听到至今为止被吃掉的人们的怨恨和叹息——面对邪恶怪物的方舟，现在要下神圣的制裁！
