...
探検ドリランド-1000年の真宝-
美琴的冒險的1000年之後所有的獵人幾乎都消失了於現今獵人已經成為禁忌一個名為哈鋼的少年渴望著成為獵人哈鋼發現了代代相傳的鑽劍並用其用其打開了次元門「真寶門」小小的国度艾鲁阿的公主美琴以小时候拜访过的镇上的某个人为契机决意成为一个搜遍多利大陆中埋藏的宝藏猎人一天，美琴和仆从沃伦斯开始了探险的旅程途中，巧遇到了做梦都想成为英雄的猎人宝隆，流浪的骑士潘恩于是四人一同踏上了旅程但在旅途中，美琴一行人得知了多利大陆上迫在眉睫的危机好似要掩盖这场危机一般。
命公主冒险的大约1000年后。猎人从托里兰托消失、被视为禁忌的时代，少年哈根憧憬着猎人。发现家传钻头剑的哈根打开了次元之门“真宝门”，来到了托里兰托的另一个世界。
哈根让化为卡牌的猎人基巴丸从千年的封印中复活，拼命寻找消失在真宝门中的哈鲁卡，却未能发现。出现在两人面前的，是唯一活过千年之久的猎人帕恩。帕恩讲述了千年间发生的事件与猎人卡牌之谜。
泰鲁尔——那是由位于托里兰托世界中央的“黑色太阳”照耀、真宝王戈德支配的世界。被希尔德抓住的哈根与基巴丸被带到戈德城的王座前。戈德欲将一切猎人卡牌化为己有，试图吞食基巴丸的卡牌，但哈根机智地解开束缚，勉强逃脱！
借助帕恩的真宝之力从泰鲁尔逃脱，来到另一个世界的哈根与基巴丸。那里是温泉乡的入口。少女菲琳熟络地将手臂搭在浮现问号标记的哈根等人肩上，将他们引至温泉旅馆“汤乐”。那里是猎人们秘密经营的温泉旅馆！
为阻止戈德的野心而计划让三位女神复活的哈根等人，前往花蝶神姬玛琪的神殿。然而等待着他们的，是将古老神殿改装而成的华丽建筑“魅惑殿堂帕里伍德”！愕然的哈根等人听到的是女性的悲鸣。哈根等人试图救助柔弱少女……。
作为慈爱女神备受人们敬仰的月天使克拉拉。如今克拉拉被戈德囚禁，哈根等人决心做自己能做的事——寻找剩下的两位女神。意外的是流水指明了线索。一行人前往据说存放着从神殿运来的女神像的乡土资料馆……。
哈根解开了被誉为火属性最强的第二位女神——玛琪的卡牌封印。然而时隔千年复活的玛琪心情不佳，向哈根等人下达了要让她心情变好的无理命令。横行霸道的玛琪把哈根等人当跑腿使唤。但被黑暗侵蚀的克拉拉出现在这样的玛琪面前！
为寻找最后的女神索菲亚而来到荒野世界的哈根一行，遇到了自称怀尔德的猎人。见识到怀尔德强大实力的哈根请求拜师却被断然拒绝。目睹女神间激烈战斗的哈根感到必须变强的紧迫感。于是他请基巴丸指导训练……。
被贴在脸上的奇诺比吓得失去理智的基巴丸独自朝错误的方向跑去。亲眼目睹基巴丸厌恶奇诺比的哈根等人追赶时发现了奇诺比之村。他们在村中找到了僵住的基巴丸，却被马修与马什内兄妹敌视……。
菲琳的样子有些奇怪，似乎不太想继续前进。还没来得及说明，踏入结界的哈根等人被扔进了陌生的空间。那是菲琳曾经学习过的真宝学校。看到千年后依旧不变的校舍，菲琳感到怀念，却面露忧色。
哈根买了够多的帝王香蕉，把旅费花得一干二净。一行人为寻找宝物挑战“螺旋迷宫”。哈根在那里获得一张卡牌并解除了封印。现身的猎人是与哈根想法完全相反的神风卡西姆。与卡西姆不合拍的哈根分道扬镳……。
哈根等人沿着“螺旋迷宫”的地下通道前进，到达了戈德军将女神神殿改建而成的前线基地。那里正在进行“国王怪物的卡牌化”。普拉尔的计划正在稳步推进——操控此地的人类，装备用完即弃的国王怪物卡牌，使其成为搜寻卡牌的士兵。
为拯救被迪亚斯抓走的基巴丸，哈根等人下定决心制定作战计划。他们利用哈根读取地脉的能力，试图破坏黑暗基地的地基制造营救机会。然而作战关键的最后一处地脉穴位始终无法破解。哈根等人只能在条件未备齐的情况下发动攻击。
穿过真宝门坠落时被巨大蜘蛛网缠住的哈根等人，被流水曾经的搭档烈火兽将凯伊所救。流水一直认为是自己的失误导致凯伊丧命，重逢的激动难以言表。然而凯伊并不理解与流水分别后已过去1000年的事实……。
在真宝门及其夹缝空间中，哈根发现了一张猎人卡牌。解除封印后，自称时之看守者莎拉出现在哈根等人面前，与他们一同回溯1000年的时光。那里有命公主等人迎战戈德率领的黑暗军团。突然被抛入战场的哈根等人惊讶不已。而且戈德竟穿过了哈根等人的身体！
菲琳追击袭来的国王怪物。然而回到哈根等人身边后，她的样子有些奇怪。她说要回自己房间吃晚饭，却偷偷溜出了旅馆。尾随其后的哈根等人看到的，是菲琳在治愈并照料受伤的国王怪物的身影。
哈根等人为寻找女神索菲亚的卡牌而造访钢铁都市雷特隆。曾经靠科学力量发展繁荣的雷特隆如今已经腐朽，黑色太阳笼罩头顶。在暗之力作用下逐渐消逝。一行人在那里遇到了唯一留下的少女艾莉森。据说她正在进行某项研究……。
哈根等人在钢铁都市雷特隆中徘徊寻找女神索菲亚的神殿。哈根与艾莉森独处时遭到幽玄兵泽尔加德的袭击。被逼入绝境的哈根试图在地下寻找生机而挖掘地面！但地板本身崩塌，他与泽尔加德一同坠落到了下层！
哈根终于抵达女神索菲亚的神殿，获得了卡牌。但随即被希尔德夺走。哈根等人试图夺回，却被借助黑色太阳暗之力强化后的希尔德彻底击溃。即将消逝的钢铁都市雷特隆，时间已经不多了……。
第三位女神索菲亚终于复活！然而索菲亚断言“哈根无法打倒戈德”。愤怒的哈根面前，玛琪出现为他辩护。克拉拉也现身，三大素女神之间的战斗拉开帷幕！面对主张应该消灭被黑暗侵蚀的克拉拉的索菲亚，玛琪主张要拯救克拉拉……。
