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1947年夏天，任国民党上尉军官的地下党员马昀飞被任命为国防部特勤小组组长，带领其他四人将制造南京大屠杀的元凶之一、乙级战犯石岩夫引渡到中国首都南京进行审判。一行人踏上了曲折迂回，危机重重的押送战犯的历程：从东京到大连，从天津到武汉，从芜湖到上海途中，他们遇到明里暗里交替出现的两股敌人—日本军国主义死硬分子和尚未暴露的军委会汉奸高官。特勤小组一行人始终以民族大义和国家利益为宗旨，斗智斗勇，最终将石岩夫押上法庭；同时揭露了当年出卖三百部下给731细菌部队当“马路大”的惊天大案！已经完成任务的马昀飞脱身在际，却惊闻石岩夫旧部劫狱。他不顾个人安危，重又返身扑向险丛中，他的壮举引起了一直监视他的特勤小组副组长孟凡彬少校的敬重。
1945年日本正式投降，盟军总司令部和远东军事法庭日以继夜的大规模搜查和甄别日本战犯，东京大审判成为战后最为重要的事件之一。为安全引渡战犯来华受审，军委会高参董玉清被任命为负责该项特大任务的总督察，而与他宿有嫌隙的国防部军法司司长钟杞达，则被任命为总指挥。
马昀飞利用黑衣人转移警卫的目标，成功逃离档案馆，在街上与密室黑衣人相遇，并在偶然间偷听到原日军K师旧部准备劫狱营救石岩夫的行动计划。
消息传来，国民党内部高层气愤不已，钟杞达更感觉自己徒劳一场，而董玉清却显得异常冷静。日本羽田机场，马昀飞为买不到回国机票而焦躁不安，忽然，看到了卡本德，遂灵机一动，意欲搭个便机。
河野满和铃木杏却已经提前混上飞机，并杀害了驾驶员和机组成员。而此时，马昀飞被铃木杏设计关在了行李舱中。飞行员被杀，卡本德只得亲自上阵驾驶飞机，机舱内只剩下石岩夫、河野满和铃木杏三人，五分钟后，他们就要跳伞，石岩夫马上就会得救。关键时刻，马昀飞成功钻进机舱，铐住了想要逃跑的石岩夫，救援计划又一次破裂。本以为已经成功度过危险的卡本德，又突遭一辆战机袭击，火力十足想要彻底消灭他们。
董玉清离散10年的女儿董丽娜突然由日本回国。在机场，满心喜悦的董玉清却认不出自己的女儿，董丽娜如此巨大的变化，不由使他感到丝丝不安。
特勤小组内部出现分歧，彭易泽对日军充满了仇恨，一心要杀死石岩夫，马昀飞不以为意，而副组长孟凡彬对他这种放任自流的态度感到厌恶，二人发生激烈的争执。
接踵而至的突发事件，使得马昀飞临时决定改变押送石岩夫的路线——明日转押石岩夫，由原定乘坐的快车改为同时出发的慢车。
慢车上，特务暗杀了列车送餐员，并将事先准备好的有毒盒饭偷偷放进餐车。一心只想采访到石岩夫的董丽娜，主动要求替他送饭，好借机溜进8号车厢，特务欣然同意。
8号车厢底突然发现定时炸弹，马昀飞命令大家立刻撤离车厢，但石岩夫仍被铐在车厢卫生间，鲁一平一时又发现无法打开手铐。
为完成安全押送石岩夫的任务，马昀飞决定切断特勤小组与外界的一切联系，突然间，特勤小组的所有成员，包括董丽娜，全部“失踪”。
老令公暗中派杨四调查事情的真相，决定大摆鸿门宴套出何尖的真话。杨四来请何尖回家看望年迈的姥姥，爱面子的何尖最终还是没能抵挡住杨四的激将法，决定回家探亲，走之前向马昀飞表示绝不沾酒。
但特勤小组的这个计划，早有人告知老令公，一场军民地道战马上开始。深夜，特勤小组准备秘密逃出杨家店，可吉普车却意外丢失。
石岩夫谎称拉肚子，实则为营救他的人留下记号。特勤小组到达三河镇，石岩夫又称要去厕所，马昀飞感觉其中有诈，在他上厕所时突然闯入，石岩夫的伎俩被彻底拆穿。
死里逃生的马昀飞和特勤小组继续前进的路途险阻重重，摆在他们面前的只有两条路，山道和沼泽。为保险起见，大家只得徒步穿越山道。
特勤组的子弹已经剩下最后六颗了，马昀飞不顾众人反对作出决定，让妮子带特勤组穿越沼泽区。途中，石岩夫试图逃跑，陷进沼泽，董丽娜也跟着跳了下去。
董丽娜看到一辆准备出发的邮车，特勤组抢了邮车走公路迂回。河野满等K师团旧部在路上碰到被甩下的邮差找到线索，押着邮差抢在特勤组之前赶到了他们的目的地汉口。
石岩夫猝死的消息让染子（董丽娜）也失去了方向，她不得不违背出发前的约定，去找自己的情人河野满，告诉他这个消息，河野满的表现却很平静。
出发前，孟凡斌问董丽娜怎么办？马昀飞说既然是秘密行动，就不带她了。董丽娜从父亲的电话里得知特勤小组已经走了，不顾父亲的劝阻追到船上。
彭易泽身上也有一个一样的牌子，他告诉大伙儿那是军校篮球队的队徽。对于他们的秘密行踪为什么暴露，孟凡斌分析问题可能出在南京的三位领导那里。
风哥假装是河野满一伙，想等石岩夫靠近的时候杀了他，彭易泽在追回石岩夫的时候受伤了。石岩夫被救上船，彭易泽却中弹牺牲了。
