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ウルトラマンネクサス
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
在不远的近未来，人们生活的世界似乎没有什么变化。但事实上，世界各地都传出了源起于异生兽的诡异事件。为了暗中解决这些事件，人类成立了跨国联合性的组织TLT。而其中TLT日本分部的TLT-J中的实战部队“夜袭队”为了铲除异生兽而在不为人知的情况下持续着战斗。 孤门一辉是一名为了救人而选择就职救助队的青年。某日，突然有位谜一般的中年绅士现身在他的面前。这个人的出现大大改变了孤门的人生，孤门因此被选为“夜袭队”的队员。正当孤门对于自己的命运感到迷惑的同时，在他的面前突然出现了谜样的银色巨人。这位银色巨人正是奈克赛斯奥特曼。
被选为迎击从宇宙飞来的神秘生命体“异生兽”的“夜袭队”队员孤门一辉，为了能够进入状态而进行了严厉的训练。他握紧了大型枪，眼睛盯准了标靶。而他实际要面对的敌人是专门食人的“异生兽”，所以绝对不能有一点疏忽大意。但就当训练课程告一段落的同时，曾经袭击过孤门的那种“异生兽”再次出现在了人们的眼前。
有两名人类被“异生兽”威作人质。正当“夜袭队”的队员们苦思对策时，银色巨人再次出现并救出了人质。不知道这个谜般的巨人是不是同伴。就在这个时刻，奇特的事发生了，巨人的身体突然从银转红，接着巨人就和“异生兽”一起消失在队员们的视线中。 曾被巨人救过的孤门一直主张着巨人是同伴的说法。但是副队长却以“眼前所见的不一定就是真像”这点泼了孤门冷水。为了让孤门理解这句话真正的意义，副队长带着孤门前往了一个地方。
之前那只异生兽再次出现了，这次进化得更为强大。异生兽只要与强者对决过就能“吸收”对方的情况进而达到模仿并进化的目地。为了将潜伏在隧道内的异生兽歼灭，夜袭队进入了出击准备的状态。 被称为“预知者”的谜般美少年——吉良泽优作战参谋下达了作战配置的指示。身为最后一道防线的孤门在心中作下这新的决意。孤门、西条、吉良泽三人将各自心中对于巨人的想法收起来的同时，战斗的时刻立即到来。
在姬矢眼前出现了一位自由记者。这位知道姬矢过去的男人名为根来甚藏。拼命想隐瞒事实的姬矢，回想起灰暗的过去记忆。 另一方面在TLT基地里，关于奥特曼新的分析报告出炉了。奥特曼会在战斗的时候做出特殊的空间，并将敌人引入其中而战。孤门主张其举动是为了将战斗时对人类造成的灾害降低。但孤门提出的“奥特曼是人类盟友”这项意见却不被任何人接受。就在这个时候，新的异生兽出现了。
孤门开始找寻那位被他认定是奥特曼本体的男人。当孤门触碰到那已消失的石头般飞行物体时，“他”艰辛的记忆流入了孤门的心中。回响的枪声，四处逃窜的人们，在混乱中有一位少女发现自己并跑了过来。但是，这个少女的身影却和同时爆炸的声音同时消失在了这个世上。基于这段记忆，孤门开始找寻“他”到底是谁。 姬矢准，一位在战争中拼命拍下战争的真实的男人。从曾和姬矢在同一间新闻社工作的同事那儿，孤门得知了姬矢曾亲眼所见如梦般的故事。那是个伴随梦想而成长，不可思议的体验。
得到了新的异生兽潜伏在废工厂的地下的报告，夜袭队马上出动了。在那儿孤门发现了留在地基处的小女孩及一只小狗。同时姬矢也感知到异生兽的存在，就在准备变身为奥特曼战斗之时，突然有发光弹袭向姬矢，在散去的烟尘中有位姿态诡异的魔人出现了。 自称为“浮士德”的魔人，以自己所造出的“暗黑领域”打破奈克赛斯正在形成中的美塔领域并将奥特曼带入其中。并且因为这个空间所带来的电波障碍的影响，孤门等人无法探知异生兽的动向，也无法进行外界联络了。
逗留在有异生兽出没的废工场中的少女里奈，在孤门及西条的保护下奇迹般的生还了。但是为了救助里奈而违背命令单独行动的孤门，却被上级追究了责任。也因此孤门那“不能牺牲任何一人的生命”的使命感被驳斥为“毫无价值的理想”，孤门因而感到困惑。 在这样的事态中，孤门遇见了住院中的里奈小妹妹。但是里奈却一点都不记得有关孤门的事。在为此陷入混乱的孤门面前，“记忆警察”的领队“首藤沙耶”出现了。
比起救助少数的牺牲者，歼灭异生兽及消去被害人的相关记忆更为重要，了解了TLT的这个做法后，孤门开始苦恼并失去自信。对这时的孤门而言，心中唯一的支柱就只有身为恋人的莉子了。但邪恶的魔爪也正悄悄的接近莉子。孤门所无法想象的凄惨现实正在进行中。
孤门及副队长所搭乘的战斗机因故紧急迫降在山区。在那儿孤门发现了自己的恋人莉子。倒在孤门怀中的莉子手上握有刻有“沟吕木真也”的身份牌。副队长在看见这个名字后脸色大变，问莉子是否有见到名为“沟吕木”的男人。 为了歼灭异生兽“莱芙丽雅”，夜袭队再次进行称为“强击队形”的作战计划。“强击队形”是为了进入奈克赛斯所作出的美塔领域，三台铬金切斯特战斗机所进行的合体动作。孤门居然被指名为合体完成后的“强击切斯特”的射手。
副队长无法隐瞒对于行踪不定的“沟吕木”产生的心中阴影。另一方面孤门与其女友莉子的羁绊越来越深，逐渐产生了为其而战的决心。 可是就在这个时刻，孤门的“通讯器”传来了一段诡异的讯息——“你将失去你最重要的人”。为此孤门冲出了基地，直接朝向莉子所在之处而去。但在路上他却看到了意外的事情发生。
副队长终于与沟吕木再次碰面了。另一方面孤门的女友莉子从病院失踪了，从记忆警察那得知了关于她的惊人情报：早在半年前就因异生兽而身亡的四人家族，其中的女儿竟然就是莉子。而握有其事件关键的沟吕木真也的身份也将逐渐明朗。
因为女友莉子的身亡，队长认定孤门现在的状况不适合出任务，让他休假。孤门去了与莉子相识并常去的那个动物园散心，但失去莉子的伤痛却只是不断的加重，再怎么样也只能痛苦得不能自已。
孤门对于沟吕木所说的莉子是他所操纵的人偶一事感到绝望，他开始认真思考副队长所说的“将愤怒转化为力量”。就在这时异生兽出现。被害者是孤门之前在动物园遇到的幸福的四人家族，父母身亡两名孩子被当作人质带走了。 看着深感责任重大而心思混乱的孤门，沟吕木笑了，现身成为黑暗的巨人“暗黑梅菲斯特”。就在这时，沟吕木在孤门面前出现了。对于沟吕木所道出的“事实”，孤门感到气血翻腾。沟吕木以游刃有余的神情将这样的孤门给带进了暗黑领域去了。
孤门放着被异生兽“诺斯菲尔”劫持的少女不管，去攻击异生兽。少女的命虽然留了下来，但是他哥哥却说：“我一辈子都不会原谅你。”让孤门很是苦恼。 在这时，姬矢出现了。为了让孤门对过去和未来的生活有信心，姬矢开始向孤门谈起了自己的过去和自己和奥特曼的相遇。另一方面，姫矢原来的同事佐久田也来探察姫矢的底细。
孤门攻击异生兽失败后从现场消失，受到了夜袭队的追捕危机。根来出现在那里强行带孤门到自己的隐匿处，根来强迫孤门说出了自己的秘密，这时候沟木吕又出现了。
孤门解开了迷惑，选择了与异生兽作战的道路。那时候袭击孤门的就是由异生兽操纵的人类。无法战斗的孤门请求援助，西条就用麻醉枪射击。但是那个睡着的年轻人据说早就已经死了。
西条消失了，也许会以逃亡罪论处被消除记忆 。和仓确信沟木吕还在，因此违反命令带着孤门继续寻找。同行的孤门，从和仓那里听说了沟木吕的过去。沟木吕曾经是夜袭队的一员，是最优秀的“异生兽狙击手”。他和西条有着共同的资质，也因此产生了矛盾。在一年前的某时，他就变成了一个可怕的恶魔。
新的异生兽格鲁格来姆出现了，以半透明体出现的格鲁格来姆为了让自己具有受到奥特曼攻击以后就可以逃到别的空间的力量，必须制造一种新的空间，这样的话所在地居民就要成为人质。 一共180秒，在这期间夜袭队不知可否捕到异生兽格鲁格来姆。
根来终于拿到了因为格鲁格来姆牺牲的摄相师拍的照片，向社会公布了“格鲁格来姆出现”这一决定性证据。 另一方面，针对格鲁格来姆的异空间移动的特点开发了新战斗机“铬金切斯特德耳塔号”，能算出格鲁格来姆的位置，同时可以随着异空间移动进行追击。孤门坐进了这个新型机。奥特曼又出现了，正觉得终于可以抓到格鲁格来姆时，意外的事情发生了。
