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魏晋时代政权更迭频繁，战乱不息，政治黑暗。曹爽、司马懿、司马昭等为了自己的利益，争相拉拢名士出仕，而皇甫谧和嵇康、阮籍等名士，以正气凌暴虐，不肯降志辱身，拒绝出仕，乃至逃官、弃官，嵇康因此付出了宝贵的生命。皇甫谧和反抗“窃礼教以杀人”宗族势力的才女香蘅、逃出深宫的贵人云娘之间的生死恋情，以及嵇康与长乐亭公主波澜横生的传奇般的至爱 。
魏晋时期,皇宫突发一起血案，宫女英慧在双亲被杀，英慧携带青囊经从皇宫出逃，皇上命王赞、司马魁共同追查。皇甫谧与师傅刚给太子看完病，赶着封赏马车回家，途中与追查官兵相遇，正寒暄之时，宫女乘机躲进马车里。司马魁嘱咐手下，一定要先找到英慧。善珍师傅带着金银绸缎等封赏回来了。众弟子急忙从房间起来迎接。宫女乘机从马车里出来逃跑。
官兵得知是皇上赐婚，便不敢搜查，只得离去。司马魁提议梁庆邦与梁柳前去祝贺婚礼。皇甫谧拜托好兄弟布准把英慧带走保护她，布准答应。善珍二徒弟元亨前来道喜。官兵们奉司马魁之命包围了神针堂，搜查捉拿山贼和英慧。一翻打斗之后，布准和英慧成功逃脱，皇甫谧和香苓被捕和神针堂一起接受盘问。梁柳一番侮辱，慧英气急攻心，没有了脉象，无力回天。
官兵奉命带上山贼的底盘搜查宫女，却巧遇英慧，布准小弟急中生智，演了一出戏，把官兵糊弄过去了。皇甫谧和香苓打开了师傅的遗物宝盒，里面是英慧所著的医术红囊经，皇甫谧决定要好好研习这本医术。梁庆邦将仇人灵位放在自己家中，引来梁柳不满，与其爹争吵大打出手，失手害死了自己的爹。梁柳迁怒神针堂，前去神针堂算账，但没有占到便宜。
知县审理善珍死亡一案，司马魁，王赞旁听，皇甫谧和香苓据理力争，可是毫无用处，元亨做了假证，皇甫谧和香苓被判处死刑。布准和大伙商量劫狱。梁柳去监狱劝说香苓做他小妾，香苓不从，在狱中与皇甫谧互相深情告白。皇子病又发作，皇上命令皇甫谧先进宫治病，案件日后再查。
皇上倾心香苓，以了解案情为由，与之交谈。皇上深情表白，要纳香苓为妃，香苓婉言拒绝。丽妃悄悄去见皇甫谧，恳请其医治自己。丽妃带皇甫谧来到花园为自己治病，皇甫谧趁机逃走。神针堂的弟子们视元亨为仇人，梁柳让元亨进宫在皇上面前说出证词，指证皇甫谧。皇甫谧前去找香苓，被丽妃逮个正着，关进了牢里。
皇甫谧离开嵇康家之时被丽妃派人拐走为其治病，皇甫谧告诉她草春堂的药也许能治她的病。皇甫谧和英慧都去祭拜慧珍。布准在神针堂外抓住鬼鬼祟祟的慧珍，带进神针堂质问。慧英不愿说实话，假装晕了过去。梁柳的密探向其汇报英慧的踪迹。皇上想念香苓，无心早朝，于是便微服私访和王赞一起去神针堂接香苓和皇甫谧。
皇甫谧和梁柳在皇上面前争抢香苓，梁柳不知眼前的是皇上，出言不逊，最后皇上赐香苓贞节牌坊。英慧被打晕带进了草春堂，皇甫谧等人干着急，然后发现红囊经不见了，猜测是英慧拿走了，她可能是宫女。梁柳装好人接近英慧，皇上因为香苓三番五次拒绝自己而喝的烂醉。梁柳断定英慧是宫里出逃的宫女。
红囊经被梁柳掉了包。梁柳从司马魁处得知红囊经的来龙去脉，原来英慧的父母是司马魁派人杀得，为得就是不让皇上得到红囊经，而归自己所有。皇甫谧和布准来到梁柳家兴师问罪，梁柳趁机挑拨英慧与他们的关系，最后皇甫谧拿回红囊经。善珍的长老们为神针堂赶到骄傲。皇甫谧用计阻止了贞节牌坊的建造。
西域二王子和将军胡安被县令仗打，司马魁赶到，带走了他们。胡安将军与司马魁商讨谋反之事，西域二王子前来寻求能治好其父母病的封衡，若能医治，就把通天玉双手奉上。司马魁也想找到封衡，独吞通天玉，治好皇子，巩固自己地位。二王子和胡安被袭，通天玉被劫走。梁柳出门寻找封衡。皇上早朝，商讨国家大事，司马魁为皇上分忧。
司马魁请求让假封衡为皇子看病，不需要皇甫谧，嵇康之言惹得皇上不满，将其打入死牢，择日问斩。香苓和英慧撞见梁柳和司马魁在一起，司马魁就是害死英慧爹娘的真凶。嵇康与皇甫谧在狱中相见，相谈甚欢。王赞得知胡安在牢里，前去查看，叫手加派人手，以防遭司马魁杀害。又见皇甫谧和嵇康，于是王赞让皇甫谧治好胡安和西域二王子。
皇甫谧打败假封衡，治好了胡安，又想治好二王子。王赞告知皇上，司马魁结党营私，私吞通天玉，皇上心知肚明，但时机未到，不敢动司马魁。边关各部落有动向，意图造反，皇上派人紧盯。英慧在梁柳家找到医术。皇甫谧为治好二王子需要西域红草，于是布准潜入草春堂寻找此药。皇甫谧治好了二王子。
香苓用计救出了英慧，英慧告知梁柳娘自己真实身份，梁柳娘把其中一本青囊经给予英慧。英慧成功逃脱，并且烧了梁柳的假药材。梁柳紧追不舍，香苓不幸被抓。梁柳欲对香苓不轨，县太爷来到，抓走了香苓。慧将其中一本青囊经交给皇甫谧。皇甫谧随后去牢里看望香苓，发誓会把她救出去。王赞和司马魁提议出征部落，由刘将军带军，皇上御驾亲征。
皇甫谧治好了刘将军，御医元亨欲下毒手，被皇甫谧阻止，这时梁柳赶到，告知皇上香苓烧了朝廷专供药材，香苓有口难辩，李公公建议，先让香苓休息，日后再查明此事。皇上赐婚，让云婉嫁给皇甫谧，好霸占香苓。
梁柳和元亨商讨怎么除掉皇甫谧，打垮神针堂之事。皇甫谧在草春堂偶遇元亨和梁柳，得知梁柳已是宫中御医馆的主管大人。丽妃叫香苓去为她把脉，香苓担心，丽妃醉翁之意不在酒，以看病为名，实则是让香苓陪自己解闷。梁柳用金钱和计谋收买了御医馆的御医。梁柳拜会丽妃，企图拉拢丽妃，收买人心。
皇甫谧用被掉包的银针给皇子治病，也扎了自己，皇子病入膏肓，司马魁趁机发难，皇甫谧后用兜里没被掉包的银针治好皇子。告诉众人自己的银针被掉包了，娘娘限王赞三日之内找到凶手。元亨看不惯梁柳的做法，与之争吵。皇甫谧病危，香苓前去求助丽妃，并找来大师兄进宫为皇甫谧治疗。王赞怀疑是梁柳下的毒，前去查探。布准担心，欲带皇甫谧离宫。
丽妃问梁柳拿到春药，自己服下，欲与女扮男装的香苓发生男女之事。不料皇子病发，皇甫谧和香苓改去看望皇子，梁柳去看望丽妃误喝了药酒，情欲难挡，与丽妃发生了关系。第二日，梁柳和丽妃已知铸成大错，决定隐瞒此事。梁柳出走之时被云婉撞见。香苓女扮男装被梁柳识破，欲告知皇后。皇甫谧和香苓求丽妃放他们出宫。
皇上凯旋而归，前去看望皇子，得知有人刻意要置皇子和皇甫谧置于死地，皇上交代皇后要看好皇子。云婉因看见梁柳从丽妃房中走出，害怕有人杀人灭口，要害自己，请求皇甫谧保护。司马魁打定主意让丽妃和皇上行房，生下孩子，假冒皇上龙种。皇上见丽妃呕吐，叫来梁柳为其把脉，梁柳蒙混过关。皇上得知皇甫谧让香苓女扮男装还送出宫去，大发雷霆，让皇甫谧闭门思过。梁柳为丽妃调配汤药，喝了，让人发现不出怀孕。
瘟疫爆发，皇上命司马魁去救治百姓，处理此事。司马魁下令将得了瘟疫之人全部活埋，被皇甫谧撞见，救下了春生奶奶。皇甫谧恳请皇上让他去控制瘟疫，救治百姓，皇上不悦，赶走了皇甫谧。梁柳趁瘟疫抬高药价。梁柳和司马魁想到妙计，想置皇甫谧于死地。梁柳去请皇甫谧与自己一同去疫区治病，言辞诚恳，皇甫谧答应。
皇甫谧和香苓一同前往疫区救治百姓，布准带领弟兄们和英慧也一同前往。梁柳进言，让皇甫谧立下军令状，若半月之内治不好瘟疫，就封锁疫区焚烧病原。皇甫谧来到疫区，得知朝廷的救济粮和药材并没有发到百姓手里，这里一片狼藉，民不聊生。元亨自告奋勇前去疫区救治百姓。梁柳威胁元亨让他监视皇甫谧元亨无奈答应。
布准夺取药材后又被埋伏的官兵给抓住，梁柳刚好顺理成章的说好的药材被山贼毁了（实则自己藏了起来）把好药材据为己有，还把罪名怪在布准头上。皇上把布准打入死牢，择日问斩，命梁柳重新筹备药材。王赞告知皇甫谧此事，皇甫谧让香苓去找爹娘通知药农筹集药材，途中遇到元亨。云婉用计救出布准。香苓带回药材，经过一番救治，百姓病情有所好转。
