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アンダーニンジャ
忍者现在也存在于日本。其数量约为20万。 被称为“NIN（National Intelligence of NINJA）”的忍者组织不受国家文官统制，那些精锐们秘密地从事暗杀和破坏活动。 然而，还有一个与“NIN”敌对的另一个忍者组织“UN”。 忍者和忍者——暗斗的最后将会是什么结局？ 然后，被投入战斗最前线的云隐九郎等下忍的命运是？
东京练魔区的一套廉价公寓里，有个整天无所事事的名叫云隐九郎的男人——他的真实身份是个职场吊车尾的忍者。中忍加藤找到九郎。加藤带来的『某项工作』是什么？九郎出于忍者的职业操守，着手展开行动……
『猎屌三根，方成忍者』东京发生了猎屌事件。罪魁祸首是一名外国人，他的女儿被犯罪组织劫持为人质。给予这名外国人的任务是潜入忍者内部并找出他们的秘密。由于误会，外国人最终与天才忍者佐佐魔展开了战斗……
九郎等人代表的『ＮＩＮ』与『掩护工作二课（掩护）』在讲谈高中展开了忍者之间的战斗。与九郎同一阵线的女忍者铃木在前一段时间，也接到了割老二外国人的逮捕任务。有时候是女子高中生，有时候又是历史小说家・吉田的责任编辑，而她的真实身分其实是……铃木作为忍者的实力，如今即将揭晓。
日比加入了铃木与割老二外国人之间的战斗。在这场乱战中，同样接到忍务、前来逮捕外国人的九郎会—— 另一方面，发生在讲谈高中的战斗也有了新进展，身为『第二种房中术』高手的蜂谷将「掩护」中的脸谱辣妹・真子引诱到保健室……
解决割老二外国人的事件后，九郎开始处理本来的忍务——潜入讲谈高中一事。前去参加转学考试的九郎，邀请了在学校认识的女高中生野口回公寓。并带她到川户的房间闲聊，试图从野口口中打探出情报。在打探的过程中，川户的电视机里开始播放一个名为『跟大叔一起』的电视节目——
作为学生潜入讲谈高中的九郎，与作为主事潜伏在学校的『顺风耳高手』展开对峙。与此同时，加藤把在国外进行忍务的部下、鬼首召回。「下一个战场在哪里呢？」面对如此提问的鬼首，加藤这样回答。「下一个战场，就在这里。」
与『ＮＩＮ』敌对的另一个忍者组织，『ＵＮ（地下忍者）』终于有所行动了。为了寻求战场、倒戈到『ＵＮ』的猿田的凶刀，向铃木袭来。察觉到这是『ＵＮ』的行动的佐佐魔，召见了单独行动且形迹可疑的加藤。在那里等着加藤的，是『ＮＩＮ』的最高干部・七人众的其中一人——
忍者们每晚都会来到历史小说家・吉田身边，向他诉说那些过去发生过、却埋藏在历史阴影底下的『忍务』。其中只有一个人诉说了未来的事，而那个女人是……九郎和日比准备毫无理由地前往充满濒危物种不良少年的杨纪伊高中打一架。与此同时，学校第一美少女・山田来到了瑛太的家里——
陷入疯狂的猿田挥舞着刀刃，在讲谈高中掀起了血雨腥风。突如其来的隐形连续杀人犯在校内随意杀人，使讲谈高中的师生顿时陷入恐慌。另一方面，九郎和日比来到杨纪伊高中，此时，有一位『UN』的忍者出现在他们面前。出乎意料地，那个人的真实身分是——
跟九郎和日比对峙的『ＵＮ』的忍者——其真实身分正是山田。此外，为了压制在讲谈高中大开杀戒的猿田，铃木和鬼首以及峰谷开始展开行动。不过在面对穿着『ＵＮ』最新型外套的猿田，铃木等人陷入了苦战。最后终于，连加藤也加入了战斗——
站在实力深不见底的山田面前，日比完全不是她的对手。而在一旁冷静地观察这场战斗的九郎，究竟有什么意图……讲谈高中那边，在与猿田交战的过程中失去一只脚的铃木离开了前线。随后她和野口等人一同跟着主事的指示，来到一个秘密通道，那里沉睡着『ＮＩＮ』与『ＵＮ』鲜血淋漓的过去。
在讲谈高中，鬼首和猿田展开了激烈的厮杀。加藤要求忍研发射『ＮＩＮ』引以为傲的最终兵器・『遁』。多亏如此，『ＵＮ』的计划得以一步步迈向成功，原来他们真正目的是……与此同时，九郎终于握住刀了。抱着同归于尽的觉悟，他挺身与山田决斗，最终的结果究竟是——
