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宇宙戦艦ヤマト
公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻击而濒临灭亡的危机。游星炸弹所释放出的放射能污染了地球表面，人类不得已只能逃到地底苟且偷生，连最终希望的地球防卫军宇宙舰队，也在冥王星战役中惨遭全灭。 正当人类陷入绝望之际，远在14万8千光年外的伊斯坎达尔星却为地球带来了希望。配备了「波动引擎」的大和号正缓缓地启动，即将展开一场来回29万6千光年的浩瀚旅途…… 冥王星越来越近了，为了解除游星炸弹对地球的威胁，大和号于是计划攻击冥王星基地，而加米拉斯冥王星基地司令则打算利用最新武器「反射卫星炮」加以还击。大和号进入了反射卫星炮的射程范围，却因为冥王星上还有其它生物，因此无法以波动炮展开反击。在反射卫星炮集中火力攻击之下，大和号的制动装置开始产生异常，最后沉入冥王星的海底深处…… 由于大和号在冥王星一役的英勇表现，终于解除了游星炸弹对地球长期以来的威胁，但也因此引起了加米拉斯帝国大总统德斯拉的注意。脱离了太阳系之后，大和号一路朝着伊斯坎达尔快速前进，却在途中遭遇德斯拉机雷防卫线的阻挠。面对如此庞大的雷区，冲田舰长决定利用机雷部署的间隔直接穿越雷区以节省时间，不料机雷群却悄悄地缩小间隔并团团围住大和号，令大和号陷入动弹不得的险境之中……
加鲁曼帝国舰队向波拉联邦舰队发射的行星破坏质子导弹中，有一枚射入太阳系，击毁地球的太阳观光宇宙船后命中太阳。2205年，得知太阳异常核融合加速使地球人类生存极限仅剩一年后，司令长官独断任命古代为舰长，命大和号探索可移居行星。
整备中的大和号迎来旧乘员归队，但新人扬羽武被下达了乘员解任命令，原因是扬羽财阀在司令部运作。岛在检讨移居探索航路时发现5000光年外的航路图一片空白。接到阿尔法星前线基地遭加鲁曼帝国达贡舰队攻击的报告后，司令长官要求古代舰长尽快让大和号出航。
大和号出航3天前，相原在南十字岛机场对一位不知名的女性一见钟情。相原到大和号报到后，加鲁曼舰为追击敌舰队而误入地球上空，被大和号雷击机队击破。古代舰长确信太阳系附近正在发生星间战争，给了全体队员选择的机会。
大和号在火星空域开始战斗、救护、修理的全舰训练。训练持续16小时后，土门等人目睹了古代舰长的射击训练以及平田炊事班长的支援，深受感动。
通过海王星时，大和号面前出现了无法航行的波拉联邦巴尔斯星船“拉杰德拉号”。古代本想保持中立，但司令长官批准了24小时的滞留、机关修理和医疗食品补给。从到访大和号的拉姆舰长处，古代等人得知了银河系中心的加鲁曼帝国的存在。此时，追踪拉杰德拉号的达贡舰队侵入了太阳系。
达贡舰队同时攻击拉杰德拉号与大和号。拉姆舰长表达感谢与遗憾后，拉杰德拉号轰沉。大和号收容战斗机后急上升、反转急降下进行反击。达贡将军牺牲其他舰船撤退。开始特攻的达贡残存舰队中一艘撞上大和号左舷中央部，敌兵冲入食堂展开白兵战。
联邦政府终于开始应对时，一边修理一边驶出太阳圈的大和号收到了阿尔法星第4行星的SOS。真田希望利用当地设备进行修补，重视任务的岛表示反对，但古代下令紧急前往阿尔法星。那里没有敌舰的身影……。
地球上，黑田博士转用太阳能中继系统的太阳冷却作业以失败告终。大和号到达导弹发射源伯纳德星第1行星，未发现敌基地，为追寻不明通信，战斗班与生活班6人乘科斯莫猎犬号登陆探查。遭到光线枪攻击后，古代等人追踪人影，遇到了拒绝与外界交涉的开拓者山上老人一家3人。
大和号苦于伯纳德星第1行星背面的加鲁曼帝国前进基地的新型反射卫星炮攻击。古代等人的科斯莫猎犬号在成层圈发现搭载反射板的机体，击破1架。从前线基地出击的加鲁曼帝国护卫机袭击科斯莫猎犬号，科斯莫虎式战机前来救援。古代在地表发现了众多反射卫星炮的中继基地。
加鲁曼帝国东部方面军司令部的盖德尔提督将新锐航母舰队交给了达贡。大和号在人马座罗斯星附近救助了因宇宙气流遇难的地球宇宙开发气象局船。目击大舰队的团船长请求大和号护卫，在食堂与扬羽相遇后得知了大和号的使命。取消请求的团前往观测站时，达贡的新锐舰队出现了。
因敌方鱼雷攻击导致机关故障的大和号被卷入红色离子流的宇宙龙卷。德川提议用分析仪胴体的分析器找出故障回路，完成修理的大和号以全功率突破宇宙龙卷。然而加鲁曼舰载机用瞬间物质移送机继续攻击大和号。全部主炮故障、战斗机发射口被弹的大和号，以全机炮的主导操作进行应战。
太阳膨胀至约2倍，总统决定扩大新行星探查计划。藤堂兼任宇宙移民本部长，计划5州国战舰出发探查。调查了13个行星的大和号到达1500光年处的巴吉德星系第4行星。遭到威吓攻击后，那里是拉杰德拉号拉姆舰长的故乡巴尔斯星，大和号作为恩人获准寄港3天并采集植物。
约70名从巴尔斯星强制收容所逃脱的囚人侵入大和号机关室，要求前往传说的星沙尔巴特。古代等人在土门等人处得知囚人使用了冲击枪后，从舰内检查的非常通路侵入机关室上部，成功制压囚人。古代要求宽大处理，但视察巴尔斯星的贝姆拉泽首相下令即刻处刑。
从巴尔斯星出发20天后，大和号判断距地球1万2000光年的N8081星系不适宜移居，遭到加鲁曼帝国中拥有“加鲁曼狼”异名的弗拉肯大佐的次元潜航艇的亚空间鱼雷攻击。偶然发现潜望镜的土门提议用跃迁观察敌方反应。古代任命先行进行异次元战斗的土门为战斗参谋。
右臂负伤的古代舰长开始紧急手术。次元潜航艇的弗拉肯大佐中止攻击，采取将大和号逼入东部方面军前线司令部宇宙要塞的作战。古代的手术顺利结束，使用完成的亚空间声纳的战斗指挥代理土门，以波动爆雷和主炮攻击开始反击看不见的潜航艇。然而大和号眼前出现了巨大的宇宙要塞。
大和号接受德斯勒的邀请，到达加鲁曼帝国本星。古代一直想询问德斯勒在银河系内进行侵略行为的真正意义。与戈尔巴之战后，德斯勒在银河系中心部发现了加米拉斯民族与祖先加鲁曼民族的双连星，并扫除了将加鲁曼民族奴隶化的波拉联邦的支配。
节日翌日，到访大和号的德斯勒向古代提议用加鲁曼·加米拉斯帝国的科学力控制太阳，并准备了弗拉乌斯基技术少佐以下的太阳控制工作船。古代询问是否不将帝国的科学力用于和平，德斯勒称是为了构筑和平的宇宙。工作船出发时，波拉联邦的跃迁导弹突破防线飞向加鲁曼本星。
加鲁曼·加米拉斯的弗拉乌斯基少佐与工作船团在土星轨道受到藤堂长官的迎接。弗拉乌斯基用抑制反应热的磁气护盾包裹太阳，真田等人的第2船团使小行星岩块突入，紧接着将搭载太阳核融合等离子装置的质子导弹打入。然而太阳核融合未能平息，磁气护盾被破坏。
大和号在前往德斯勒告知的幻影星途中，在气体星云包裹的小行星带收到救助信号。那是为寻找沙尔巴特星持续旅行25年的巡礼者宇宙船，因故障着陆在小行星带。得知理由后古代等人协助修理，巡礼船出发时，波拉联邦哈金斯中将的第8新亲卫舰队出现。
到达的幻影星与地球一模一样，探查数据显示是充满自然、人类可生存的行星。但分析仪主张“登陆危险”。古代等人的最终调查班乘科斯莫猎犬号降下幻影星，分头开始地表调查。然而土门与扬羽各自发现了自己的父母，古代发现了冲田十三。
