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《很纯很暧昧》这部网络剧改编自鱼人二代的同名小说，主要是讲述了一名普通学生的主角杨明，某一天收到了一份礼物，一只神奇的隐形眼镜，从此生活变得丰富多彩的故事。一个高中生杨明意外从街头摆摊的老头手上得到一副神奇透视隐形眼镜，最主要的是，这副眼镜居然能看清别人的想法。多姿多彩的生活一下子降临在了杨明的身上……...
松山大学学生金刚带领手下福禄寿三人为难摆摊老人，校友杨明看到后帮老人解围，老人为表感恩之情送给他一对隐形眼镜。杨明带上眼镜后感觉浑身充满了力量，他自信满满去挑战四大金刚结果闹出乌龙，幸得李博亮仗义解救。杨明失手拽掉了校花陈梦妍的裙子，随后去她那里领取参加雄风计划的申请表时受到了无视。美瞳王子王志涛支招为陈梦妍出气，没想到弄巧成拙让杨明与陈梦妍产生了近距离接触。美少女蓝凌在街头遭恶人凌辱，杨明仗义相救，随后蓝凌看到杨明受伤为他进行了特殊治疗。
清晨杨明听见一阵悦耳的女生，他询问是谁后突然掉入了虚拟空间内，美女机器人阿尔法为他详细介绍了情况，杨明看到美女气血上头，回到现实后也不能平复躁动的身体。包租婆上门讨要房租，杨明知道她害怕狗便打口哨引来大狗吓跑了包租婆。雄风计划初试开始，大部分人首轮便遭到淘汰，杨明凭借高超的记忆力顺利通过初试。在复试中金刚暗中捣鬼想挤杨明出局，但杨明用已经开发的异能力完成了测试。王志涛为为难杨明，利用雄风集团接班人的身份再度设置了障碍。
杨明西装革履参加舞会却被清洁工泼了一身脏水，王志涛好心带他换了一身衣服，谁知却跟服务生的服装一样。陈梦妍出现在舞会现场，杨明通过特异功能透视眼看到了陈梦妍的裸体。面对王志涛的挑衅杨明当场回应，但在决胜的关键时刻杨明失去的特异功能。张滨通过DV录下了金刚与王志涛作弊的场景，在场的人对王志涛的印象大打折扣。周佳佳答应帮王志涛追陈梦妍，但条件是他必须帮自己追杨明，俩人一拍即合。王志涛想通过英雄救美的方式俘获佳人芳心，谁知陈梦妍却被真劫匪绑架。
杨明与警察合作顺利从劫匪手中救下了陈梦妍，随后他得知陈飞警官是梦妍的父亲。梦妍和周佳佳身着泳装出现在大众视野中，因为杨明的英雄救美梦妍对他刮目相看，周佳佳询问王志涛才知道真劫匪也是他安排的，但因缘巧合之下为杨明做了嫁衣。杨明倚仗着特异功能去赴王志涛安排的鸿门宴，虽然躲过了暗算但被更为强大的对手侯震撼制服。杨明苏醒后发觉自己成了欺凌幼女的嫌疑犯，在阿尔法的帮助下大致明白了事情经
杨明欺凌幼女的报道在学校传的满天飞，梦妍看到宣传单后心情很糟，在与王志涛的约会中频频出神。蓝凌通过陈飞给的照片认出了杨明，杨明看到蓝凌后受惊险些坠楼，考试在即在蓝凌的帮助下杨明逃出了医院。蓝凌为杨明熬制了爱心汤药，谁知却因为与体内的异能量相冲导致杨明晕倒。杨明赶到学校时再剩十分钟便要交卷，他奋笔疾书引来了全体同学的注意。杨父很欢迎蓝凌的到来，父子俩人吃过蓝凌的黑暗料理后气血乱涌。
杨明想知道陷害自己的幕后黑手，去酒店查询出事当天的记录，而陈飞此时也来到酒店，俩人发现异常后联手救出了一群被绑架的少女。王志涛代替父亲召开会议，虽然侯震撼有异议但王志涛得体的言辞获得众人赞许。梦妍得知杨明是无辜的，专门做了饼干给他赔礼道歉，俩人卿卿我我忽视了王志涛的存在。梦妍无意中闯进十八禁圣地，好奇之下一一探索。阿尔法探测到有异常能力入侵，杨明为了保护梦妍强行使用时空冻结术。
手下行动失败，侯爷在志涛面前丢了面子。陈梦妍话语中对杨明充满感激，陈父以感谢为由索要杨明家的地址。四大金刚来挑衅，杨明欲教训却因强行用异能被冻结。陈飞为杨明救下女儿的事登门致谢，并挑明杨明是异能者的身份，继而道出自己是MBI的身份。陈飞欲抓捕最大的卖淫头目侯爷，杨明要求参与行动。经过一番比拼，陈飞击败侯爷夺走血晶。侯爷乞求志涛再给自己一次机会，但是却被志涛无情拒绝。
蓝凌给杨明吃下感应丸，杨明心里面想什么蓝凌都能感应到。杨明得知蓝凌的身世，他开始同情起蓝凌。杨明跑到学校献花给陈梦妍，陈梦妍虽然拒绝但内心却十分开心。志涛掌握雄风集团，他因个人恩怨故意漏掉杨明获奖学金一事，没想到杨明机智为自己挽回荣誉。蓝凌闯入学校，杨明欲带她离开却碰到陈梦妍，陈梦妍大吃飞醋。松山大学校长撮合孙女佳佳和志涛在一起，志涛表示默许。
陈梦妍因被淋湿而发烧，杨明借机示好却被蓝凌打扰。蓝凌在药中动手脚，陈梦妍跳艳舞来勾引杨明，杨明感觉难以自控。为寻找父亲，杨明乔装成女人进入各个包间寻找。陈梦妍在家中泡牛奶花瓣澡，杨明以为她家没人便用陈飞给的钥匙进入。杨明看到出浴的陈梦妍，他想入纷纷，此时的陈梦妍感觉十分尴尬。雄风集团女总监孙洁来到学校实验室，众学生对她的美色垂涎不已。
杨明见到雄风集团的总监孙洁，他回忆起与孙洁在会所见面的场景。生物系校草张滨暗恋孙洁，他保护醉酒的孙洁回家。杨明和蓝凌喝醉，他向蓝凌道出了心中的事。杨明带陈梦妍回家借宿一晚，蓝凌大吃飞醋而对陈梦妍充满敌意。与此同时，孙洁来杨明家了解杨父失踪之事。蓝凌向孙洁讨问追男人的方法，孙洁毫不吝啬予以指点。为了夺回血晶，志涛命孙洁牺牲身体取得杨明的信任。
为了战胜坏人救回父亲，杨明在蓝凌的陪伴下加强体能锻炼。趁着蓝凌睡着，杨明和李博亮一起赴约绑匪去救杨父，结果两人中计，幸亏孙洁相救才免于被困。与此同时，暴三立将事情办砸令志涛十分气愤。暴三立用假血晶换回了另外一颗假血晶，志涛闻后更加愤怒，他将全部怨气撒在孙洁和暴三立身上。因为孙洁暴露，担心雄风集团受到牵连志涛让孙洁背了黑锅。
实验室蟑螂出没，杨明受惊便找人消灭蟑螂，这时对手在办公室装了窃听器。陈梦妍意外听到了志涛和佳佳的谈话，此刻她才了解到志涛的本来面目。暴三立绑了杨明和李博亮，但是因为受命于志涛也不敢对杨明下黑手。暴三立玩弄女性证明自己，杨明借机解开绳索大战暴三立。孙洁身着黑衣鬼鬼祟祟来到杨明住处被发现，杨明从孙洁处得知父亲不在雄风集团。
病床上的王父操控了一切，他叮嘱右长老按照自己的意愿去办事。杨明上赌船救父，赌船女主人柳画眉放话只要杨明牌技战胜自己便放了杨父，谁知柳画眉反悔。杨明用眼泪让柳画眉吸收了负能量值，继而将柳画眉击败。杨明受伤住院，梦妍陪伴左右。志涛突然失明，但是他不愿在佳佳面前承认这一事实。志涛眼疾提前恶化，他感觉上天对自己不公平并对杨明更加生恨。
梦妍帮助杨明小便感觉十分尴尬，而杨明却十分享受。右长老欲借机夺走杨明存放在柜子里的血晶，但是血晶已经被蓝凌提前拿走。看到护士从身边经过，蓝凌的第六感察觉出杨明有危险。护士们围绕在杨明身边，蓝凌冲上去将众人用水驱散。蓝凌再次预感到杨明有事发生，她匆忙冲入病房，杨明被惊醒打退袭击者。蓝凌和梦妍扮成护士去抓伤害杨明的人，结果蓝凌发现灭族人的凶手右长老。右长老带走梦妍，他让杨明用血晶和蓝凌来交换梦妍。
梦妍苏醒，她发现监禁自己的人是志涛。新一批眼球抵达，右长老帮助志涛做了手术，志涛重见光明。因为梦妍不屈服，志涛被激怒逼迫梦妍穿上女仆装，继而狠揍梦妍泄愤。王父感觉自己时日不多，他提醒儿子要防备有野心的右长老。蓝凌找右长老为族人报仇，结果被右长老的生化人抓了起来。与此同时，杨明智斗志涛救梦妍。杨明和志涛大战时导致维生系统被触碰，王父因而离世，志涛认定杨明是杀父凶手。
因为要面对的是强大的生化人，博亮为杨明准备了带附加功能的电击枪。杨明带着梦妍和博亮去救父，三人完美配合顺利潜入雄风集团。杨明误中志涛的诡计，他的双眼暂时失明。生化人强势来袭，杨明等人用电击枪将生化人制服。经历重重困难，杨明终于见到了父亲，并将志涛制服。被困的志涛表现的十分得意，他告诉杨明压轴大戏即将开始，这时杨父的肉体消失。
看到父亲变成生化人，杨明异常心痛。杨父的记忆没有被完全抹除，他让杨明赶紧离开。面对变成生化人的父亲，杨明回忆起往事继而与父亲展开厮杀。杨明亲手杀死了变成生化人的父亲，此刻他泪流满面。志涛向右长老索要血晶，右长老露出本来面目将志涛推下高楼，佳佳跟着志涛一起坠落。危急时刻，蓝凌相助杨明灭了右长老。一年后，杨明的生活似乎恢复了平静，但是另一些坏人却在蠢蠢欲动。
杨明告诉梦妍自己要当一个真正的英雄，梦妍闻后感到欣慰。一辆货车疾驰而过，杨明挺身保护险些被撞的梦妍。得知实验室中生化材料被盗，杨明积极去寻找。一个仓库里，光头男责备手下办事不力。杨明去寻找丢失的生化材料，他险遭不测。光头男进入实验室，他杀了教授班杰明并穿上了其的皮囊。杨明发现班杰明与往常不一样，他对班杰明身份产生怀疑。
假教授班杰明上课为同学讲述了一万年前正邪之战，随后借助梦妍解决了让自己为难的化学方程式。松山市突然出现大量蚊虫，后攻组织启动抓捕蚊虫计划，成员们分头研究蚊虫特性，利用蚊虫受到电击会晕厥的特性成功捕获一只，但当李博亮研究时蚊虫突然自焚。杨明读心术异能被激活，他用这一技能窥探梦妍内心。陈飞告诉杨明近期有不明势力对世界构成了威胁，俩人正在查看孙四孔带来的消息时受到了蒙面人的袭击。
李博亮说过的话和秘钥魔方上面的记录有所出入，杨明旁敲侧击询问李博亮，并邀请他参加行动彻底进行试探。杨明内急被张滨堵在卫生间，无奈之下只好告诉张滨有人觊觎化石。张滨冒充警察在展馆内四处巡逻，意外抓住了偷拍女生的猥琐男子，李博亮捡起女生掉在地上的书本时与化石有了接触。陌生男子闯入展馆，这时四大金刚也掺和进来，男子趁乱劫持李博亮，杨明寻机将男子制服。
