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4400
The third season continues exploring the travails of the 4400 people who all at once returned in a ball of light to Earth; though the returnees had not aged physically, many of them reappeared with dramatic abilities ranging from enhanced reflexes to precognition.
乔丹·科利尔死而复生后，四千四百人的命运迎来了新的转折点。伊莎贝尔在一夜之间从一个婴儿长成了二十岁的妙龄女子，而莉莉却以同样惊人的速度衰老，变成了一个垂暮的老妇人。理查德被这双重变故击垮，他既要面对女儿突如其来的成年，又要眼睁睁看着妻子走向死亡。莉莉的器官迅速衰竭，肖恩竭尽全力也无法治愈她。
与此同时，参议院就抑制剂丑闻召开听证会，丹尼斯·赖兰德作为主导注射计划的负责人遭到严厉质询。就在听证会进行到关键时刻，诺瓦集团的成员T.J.金利用意志控制能力，操纵赖兰德身边的安保人员拔刀刺向赖兰德。赖兰德被紧急送往医院，汤姆和戴安娜接手调查。拥有读心术的回归者加里·纳瓦罗主动表示愿意协助调查，他提供了指向豪瑟的线索，但汤姆和戴安娜很快发现豪瑟已经死亡。他们意识到加里是诺瓦集团安插的间谍——他利用调查接近赖兰德，企图完成第二次暗杀。汤姆和戴安娜在加里再次动手之前将其抓获。诺瓦集团在广播中向全世界宣布，他们将在十月十九日展示自己的力量。肖恩经调查发现，他过去几个月一直在不知情的情况下为诺瓦集团提供资金。莉莉在理查德和伊莎贝尔的陪伴下走到了生命的终点，她在当年逃亡时居住过的那间山间小屋里，安详地闭上了双眼。
诺瓦集团放出十月十九日的威胁后，NTAC进入高度戒备。加里·纳瓦罗在严刑审讯中终于供出了幕后主使——诺瓦集团的领导人丹尼尔·阿曼德。但加里在转移途中被同伙救走，汤姆对此极为愤怒。汤姆被指控在审讯中枪杀了T.J.金。他坚称自己不记得开过枪，但所有证据都指向他——弹道匹配、监控录像、目击者的证词。一个名叫博伊德·格尔德的十七岁回归者拥有随意改变外貌的能力，他正是冒充汤姆行凶的人。博伊德此前潜入NTAC，利用自己的变形能力制造了这起陷害。汤姆被停职关押，戴安娜独自展开调查。她找到了博伊德的弱点，最终将其抓获，汤姆的清白得以证明。理查德带着莉莉的骨灰踏上旅途，将她安葬在他们曾经共同生活过的地方。戴安娜在调查中发现，凯文·伯克霍夫医生一直在给自己注射普罗米星，并且已经发展出了一种回归者能力。与此同时，伊莎贝尔在母亲的葬礼上表现得异常冷静，她找到马修·罗斯，表明自己拒绝接受他的操控。马修却告诉她一个令人不寒而栗的事实——一支小小的注射器就能杀死她。伊莎贝尔看着那支注射器，陷入了深深的沉默。
有人正在有组织地绑架年轻的回归者。玛雅在放学路上被一个自称是她姐姐的女人带走，这个女人名叫莎拉。戴安娜心急如焚，她和汤姆全力追查玛雅的下落。汤姆在调查中逐渐发现，莎拉并非玛雅真正的姐姐——她是一个来自未来的特工，被派回现在，目的是将拥有特殊潜力的年轻回归者带回未来。被绑架的孩子们包括玛雅在内共有五人，他们被集中关押在一个隐秘的地点，等待被送往那个遥远的时代。肖恩的过去给他带来了麻烦。他曾经的一个错误——在不知情的情况下为诺瓦集团提供资金支持——如今被诺瓦集团用来威胁他，要求他配合他们的行动。理查德在4400中心被赋予了一个管理职位，这是他第一次在回归者社区中拥有了正式的发言权。伊莎贝尔开始公开展示自己的能力，她在中心的大厅里用意志移动物体，让在场的人既惊叹又不安。戴安娜和汤姆在最后一刻锁定了莎拉的藏身之处，成功解救了被绑架的孩子们。但莎拉在消失之前留下了一句话，让戴安娜久久无法释怀——她说，未来的世界需要这些孩子。
玛雅回到了戴安娜身边，但她从未来带回来的经历让她变得沉默寡言。戴安娜试图帮助她重新适应正常生活，但玛雅频繁地陷入噩梦，梦中她看到的是那个她从未真正见过的未来世界。汤姆和戴安娜继续追查诺瓦集团的残余势力。一个名叫埃里克的年轻回归者主动找到NTAC，表示愿意提供关于诺瓦集团内部结构的情报。但在情报交接的前夜，埃里克被发现死在自己的公寓里，死因是心脏骤停——他的心脏被某种超能力远程停止了跳动。线索指向了诺瓦集团的另一名成员。与此同时，伊莎贝尔和肖恩的关系变得愈发复杂。肖恩试图引导伊莎贝尔走向正途，但她对力量的渴望和对马修·罗斯的依赖让两人之间产生了裂痕。理查德发现伊莎贝尔正在私下与赖兰德接触，他试图阻止，却被女儿冷冷地拒之门外。艾普莉对玛雅的态度发生了微妙的变化，她开始理解这个女孩所承受的一切，两个原本陌生的灵魂之间建立起了某种无声的默契。
诺瓦集团的领导人丹尼尔·阿曼德亲自出手，对肖恩发动了精神攻击。肖恩的大脑遭受了严重的损伤，他开始出现幻觉和失忆症状，连最基本的治愈能力都无法正常施展。伊莎贝尔目睹肖恩的痛苦，怒火中烧。她决定不再等待，不再忍耐——她要亲手终结诺瓦集团。伊莎贝尔一路追踪丹尼尔，利用她的能力摧毁了诺瓦集团的一个又一个据点。她的手段凌厉而果决，所到之处不留余地。汤姆试图阻止她，但伊莎贝尔的力量远超他的想象。最终，伊莎贝尔在一处废弃仓库中与丹尼尔正面对峙，她用意志将丹尼尔的身体压向墙壁，几乎要将他碾碎——直到肖恩的声音在电话中响起，虚弱但坚定地请求她停下来。与此同时，阿拉娜找到了那个九年前醉酒驾车撞死她丈夫和儿子的人。她站在那个男人的面前，手里握着枪，但最终没有扣下扳机。她选择了放下。戴安娜在调查中发现了一条关于凯文的线索，凯文·伯克霍夫的自我实验已经让他面目全非，他变成了一个半人半怪的生物，正在城市的阴影中逃亡。
丹尼斯·赖兰德重返NTAC，带来了他强硬的铁腕作风。在他的协助下，NTAC锁定了诺瓦集团最后一名在逃成员——加里·纳瓦罗。赖兰德的情报精准得令人不安，仿佛他对诺瓦集团的内部运作了如指掌。汤姆和戴安娜在赖兰德的指挥下展开追捕，但加里在关键时刻收到了一条匿名警告短信，成功逃脱了包围圈。汤姆怀疑NTAC内部有诺瓦集团的眼线，而这个人就在赖兰德的身边。阿拉娜被NTAC带走审问，理由是她在追踪杀害家人的凶手期间与诺瓦集团有过可疑接触。汤姆愤怒地发现，赖兰德正在利用阿拉娜作为诱饵，试图引出加里。他违抗命令，绕过NTAC的所有程序，独自展开营救。在4400中心，一个肖恩曾经深爱过的女孩找到了他。她的父亲患了胰腺癌，医生已经束手无策，她恳求肖恩出手相救。肖恩虽然精神尚未完全恢复，但还是答应了她的请求。当他将手放在老人身上时，他感到自己的治愈能力正在一点一点地回归，只是速度比他希望的要慢得多。伊莎贝尔冷冷地注视着这一切，她的目光中既有嫉妒，也有某种她自己都不愿承认的渴望。
一种名为“ 幻境 ”的新型毒品出现在街头，吸食者会在短暂的幻觉中看到自己最渴望或最恐惧的事物。一名年轻女子在吸食后从高楼坠落身亡，警方在尸体中检测到了这种药物。汤姆和戴安娜追踪来源，发现这种药物的原料来自一位名叫娜奥米·邦德曼的年迈回归者。娜奥米的双手能分泌出一种特殊的油脂，这种油脂经过提炼后可以制造出极其强烈的致幻剂。汤姆和戴安娜在调查过程中不慎接触了这种药物，双双陷入了幻觉之中。戴安娜看到了自己内心深处从未面对的愧疚——关于她妹妹艾普莉，关于玛雅，关于那些她一直试图回避的选择。汤姆则看到了凯尔，看到了那个他不曾尽到父亲责任的儿子。两人在幻觉中被迫面对各自最不愿触碰的记忆，直到他们凭借对彼此的信任，从幻境中挣脱出来。娜奥米最终坦白，是她的孙子兰迪偷走了油脂并将其制成了毒品。兰迪被逮捕后，娜奥米请求汤姆给她一个机会，让她亲自向受害者家属道歉。伊莎贝尔在这一集中做出了一个让所有人都措手不及的决定——她告诉肖恩，他们应该结婚。肖恩愣住了，他试图让伊莎贝尔明白婚姻不是儿戏，但伊莎贝尔的表情告诉他，她是认真的。
凯文·伯克霍夫的自我实验终于走向了灾难性的结局。他注射的普罗米星剂量远远超过了人体所能承受的极限，他的身体发生了可怕的变异——皮肤变得透明，血管在体外可见，整个人像一个行走的解剖标本。凯文在极度痛苦中逃离了实验室，在城市的阴暗角落里躲藏，靠偷窃药物维持最后的生命。汤姆和戴安娜追踪凯文的下落，他们需要他的血液样本来分析普罗米星对人体的影响。线索将他们引向了苔丝·多纳，那个住在精神病院里的回归者。苔丝曾经在凯文最困难的时候帮助过他，她掌握着凯文实验的关键数据。汤姆和戴安娜来到苔丝所在的医院，却发现苔丝早已不在那里。她留下了一盘录音带，里面的内容是凯文的实验日志——详细记录了他每一次注射的剂量、身体的反应、以及普罗米星如何一点一点地改造他的基因。戴安娜感到身体不适，她以为自己只是得了流感。但检查结果让她震惊——她怀孕了。戴安娜坐在医院的走廊里，手里握着那张化验单，久久无法做出任何反应。
一连串凶杀案让NTAC陷入恐慌。死者都是拥有一种名为“斯塔兹尔变异”的基因标记的人，这种基因标记在四千四百人中极为常见。凶手的手法极其残忍，每具尸体上都有被某种仪器反复穿刺的痕迹。汤姆和戴安娜深入调查后发现，这些谋杀并非随机——凶手在收集斯塔兹尔变异者的骨髓样本，而且他背后有一个庞大的政府项目在提供资金和技术支持。在4400中心，肖恩收到了一份来自另一位回归者的礼物——一支雪茄。这支雪茄被赋予了一种特殊的能力：当肖恩抽它的时候，他能够看到自己未来某个片段的画面。肖恩犹豫了很久，最终还是点燃了它。画面闪过的瞬间，他的脸色变得苍白。他看到了伊莎贝尔站在一片废墟之中，而他自己，站在她的对立面。汤姆和戴安娜顺藤摸瓜，发现斯塔兹尔变异的研究项目与赖兰德有着千丝万缕的联系。政府一直在秘密研究如何利用这种基因标记来识别和筛选回归者中的“危险分子”。而凶手的真实身份，则指向了一个为军方工作的科学家——他坚信斯塔兹尔变异者是人类进化的下一个阶段，而他正在通过谋杀来“收集”这些珍贵的基因样本。
凯尔·鲍德温已经在州立监狱中度过了数月。他因为枪杀乔丹·科利尔而被定罪，虽然他的父亲汤姆一直在为他奔走，但证据确凿，翻案的希望渺茫。然而，一个意想不到的访客出现在他的牢房外——乔丹·科利尔本人，活生生地站在他面前。科利尔的脸上没有任何愤怒或仇恨，他只是平静地看着凯尔，然后转身离去。消息传到NTAC后，汤姆和戴安娜立刻展开了对科利尔的搜索。他们需要知道他是如何复活的，以及他在这段时间里究竟去了哪里。NTAC和4400中心破天荒地达成了合作协议，双方共享情报和资源。肖恩正准备与伊莎贝尔举行婚礼。这场婚礼在4400中心引起了巨大的争议，有人祝福，有人反对，而理查德则陷入了深深的忧虑之中。他比任何人都更了解伊莎贝尔体内蕴含的力量，也比任何人都更害怕这种力量会走向失控。在婚礼筹备的过程中，肖恩做出了一个决定——他去找凯尔，他需要凯尔告诉他，科利尔在他面前出现时说了什么，做了什么。凯尔只是沉默了很久，然后说了一句话：“他原谅了我。”
诺瓦集团的在押成员发动了一场精心策划的越狱。在乔丹·科利尔的接应下，他们从NTAC的高度设防监狱中逃脱。科利尔的出现让整个局势发生了根本性的变化——他不再是一个隐藏在暗处的复活者，而是一个公开站在诺瓦集团背后的领袖。赖兰德对此做出了最激烈的回应：他宣布启动一项名为“雷霆之剑”的紧急计划，要在最短的时间内打造一支能够对抗回归者的特种部队。戴安娜向艾普莉坦白了她与本·肖的关系。这段感情在戴安娜心中埋藏了太久，她终于选择了面对。艾普莉的反应出乎她的意料——她没有愤怒，没有指责，只是静静地说了一句：“我知道。”肖恩和理查德在一次偶然的机会中发现，伊莎贝尔一直在暗中与赖兰德合作。她利用自己在4400中心的位置，向赖兰德提供了大量关于回归者能力和弱点的情报。理查德愤怒地质问伊莎贝尔为什么要这样做，伊莎贝尔的回答让他彻底沉默了——“因为我不想再成为任何人的棋子。我要做下棋的人。”
乔丹·科利尔向全世界宣布了他的计划。他将一种经过改良的普罗米星——一种可以让任何人获得回归者能力的注射剂——分发到世界各地。科利尔站在镜头前，平静地说：“你们一直在恐惧我们，因为你们不知道我们是什么。现在，你们可以成为我们。”消息一出，全球陷入了前所未有的混乱。有人欣喜若狂，有人恐惧万分，有人开始抢夺普罗米星，有人则在拼命阻止它的扩散。丹尼斯·赖兰德正式重返NTAC担任局长。他上任后的第一道命令就是全面封锁4400中心，并授权使用致命武力对抗任何试图分发普罗米星的回归者。汤姆和戴安娜发现，赖兰德所谓“对抗回归者”的计划远比他们想象的更加黑暗——他正在开发一种能够在基因层面消灭所有普罗米星携带者的生物武器。伊莎贝尔在4400中心的地下室里进行着最后的准备。她已经不再掩饰自己的意图——她要站在科利尔一边，不是因为信仰，而是因为她看到了一个机会，一个让她真正成为“下棋的人”的机会。肖恩试图阻止她，但伊莎贝尔只是笑了笑，转身走进了黑暗之中。汤姆和戴安娜站在NTAC的屋顶上，看着城市上空逐渐聚集的乌云。他们知道，一场无法避免的风暴即将来临——而这场风暴的中心，将是四千四百人，以及所有选择了普罗米星的人。
