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举头三尺有神探
清末民初的南国祥城，民智未开，恶势力横行。捕头孔雪笠和仵作方栋，不畏邪恶，用自己掌握的现代科学知识和装神弄鬼的黑暗势力展开了一次又一次的斗争，揭穿了他们丑恶的嘴脸。老百姓也在正邪势力的对抗中，逐渐觉醒起来。孔雪笠与方栋虽性格迥异，但都有一颗赤诚的正义之心，两人在破解江湖秘术、扫除封建迷信的过程中，成为了一对生死与共的好兄弟。此间，孔雪笠和酒楼老板娘一见钟情，却因黑暗势力从中作梗险些劳燕纷飞。最终老板娘冲破迷信的束缚，有情人终成眷属。
众人送孔雪笠出城，孔雪笠按照地址果然见到了一个狐狸打扮的女子，而女子怀里正抱着一个小狐狸。狐狸女子引孔雪笠进入销魂宫，孔雪笠感慨这阵仗还真是不小。来到二楼，一个狐狸装扮的男子与孔雪笠谈话，他试图用百两黄金贿赂孔雪笠，孔雪笠不接受贿赂并揭穿狐狸男就是张驴子。
百姓们聚齐后，孔雪笠讲述了狐仙用纸和木头搭建销魂宫的障眼法，并说出张驴子以狗装狐狸的诡计。紫薇星门派大师兄袁淳风等在孔雪笠等人回城的必经之路，这人是张驴子的大师兄，袁淳风不仅会装神弄鬼，还有很大的野心。
周围群众仓皇逃离，孔雪笠以为胡汉生死了，便给他立了一个简易的坟冢。方栋没有找到胡汉生的尸体，或许他还没死。鉴于今天看到的怪物，方栋想起了山海经的怪物九婴，传说九婴叫声如同婴儿，有九颗脑袋，危害人间，后被后羿射死。魔术师王道一借宿于破庙，对于孔雪笠的来访并不意外，而孔雪笠上来就揭穿了他拙劣的魔术演技。
小铃铛带路，孔雪笠找到了郝有钱，郝有钱告诉他们，方栋在鬼市出事了。昨晚方栋在鬼市看到了买卖人口的恶劣勾当，他们把活生生的人当成货物一样买卖，方栋愤慨地摘下面具，亮明身份，本以为他们会因此忌惮，却不曾想对方狠戾，直接将方栋打晕了。郝有钱假惺惺地说自己正准备去县里报案，小铃铛一语指出他走的明明是出城的路。
他一一揭穿了王道一的拙劣魔术，但他放松了警惕，被王道一一脚踢进了枯井。方栋找陈天官调人，将破庙围了个水泄不通。小铃铛带着方栋进去找枯井，但枯井早已被王道一填平，孔雪笠也不知所踪。破庙里关着四只羊，方栋知道这代表着四个妇女的意思，因此对这个人面兽心的王道一恨得牙痒痒。方栋抓走了王道一，一行人将王道一押解回府，不料在回去途中看到了怪物九婴出现在空中。九婴朝着他们喷火药，瞬间把众多捕快炸飞，小铃铛为了救方栋也不慎受伤昏迷。
等王道一以为自己胜券在握，孔雪笠这才说出自己的计策，让王道一人财两空。王道一愤怒地将空空如也的盒子丢向孔雪笠，但丢中的却只是一个无知妇孺。孔雪笠命令旁边的人炸王道一，王道一所在的小船瞬间被炸得全是碎片。百姓调转枪头，指责孔雪笠，孔雪笠被逼跳河逃遁。等他回来才发现，牢狱里失火，张驴子趁乱逃跑了。孔雪笠没死，连海萍惊吓过后是庆幸。担心民众会再度来找孔雪笠的麻烦，方栋让他先去自己家中躲避。
李石头的尸体漂浮在水上被人发现，民众中间开始传河里有水鬼，孔雪笠将李石头的尸体捞上来，方栋验尸后发现他是溺水而死，但李石头的脖子上有淤青，所以他的死极有可能并非是意外。另外，李石头擅长水性，按理说不会溺水而死，更加坐实他是被人害死的事实。裁缝宋老三跑来告诉孔雪笠一个重要情报，杀猪的高一刀和李石头都喜欢花魁张翠兰，高一刀还曾放言要杀了李石头，所以他怀疑李石头是被高一刀害死的。
孔雪笠和连海萍立即赶往河边，他当机立断拿了鱼叉跳下河，叉中了那个纸人之后，将张翠兰救了上来。救上来的张翠兰手上有印记，方栋更加认定那个水鬼就是连潮生。孔雪笠不信邪，在河边候着这水鬼现出原形。胡萱萱来找他，孔雪笠等不及，跳进了水里。方栋和连海萍在河边祭祀连潮生，孔雪笠从河里爬了起来。另一边，胡萱萱还在等着孔雪笠从水里出来，不过孔雪笠没等到，她却看到了一条船飘过，船上还有一个披头散发的纸人，吓得胡萱萱跑回去跟孔雪笠大喊说有鬼。
方栋随后来到此处，他们一起把这里的全部东西都拿了回去，其中就有上次胡萱萱看到的“鬼”。那颗骷髅头其他部位的骨头基本上都拼凑齐全，方栋查验后确定此人约死了六个月，死因就是头颅上的伤口。孔雪笠知道这件事与宋老三绝对脱不开关系，他特地装作什么都不知的样子带宋老三去连升酒楼吃饭喝酒，然后两人勾肩搭背地回去。孔雪笠故意让人在桥下放出纸人，宋老三吓得撒丫子跑没了影儿。孔雪笠回到警察局，给每个人都布置了任务，方栋负责搞定张翠兰，刚刚他们负责宣扬抓水鬼一事。
陈天官变了脸色，孔雪笠表示自己会对于其他的事会得过且过，陈天官这才平静。夜间树林里，孔雪笠看到一个脸色煞白的人突然睁开眼，然后一蹦一蹦地远去。孔雪笠被吓得一个趔趄跌倒在地，可奇怪的是，旁边连海萍什么都没看到。孔雪笠第二天问方栋，方栋同他讲了赶尸的事。今天的孔雪笠脾气暴躁，带人查封了详城里的大大小小烟馆。祥和烟馆是陈天官的产业，孔雪笠也照样不留情面。郑桥提醒陈天官，万一孔雪笠不知道祥和烟馆是陈天官的，那可就麻烦了。
孔雪笠带着他们到处寻找“僵尸”，走进树林后，天色逐渐暗了下来。“僵尸群”出现，这些尸体不怕火枪，追着他们跑。刘胖胖和胡萱萱互相捂住鼻子不呼吸，但他们没能支撑太久。孔雪笠虽身穿护甲，可也还是被刺伤，方栋带着连海萍和小铃铛及时赶到，赶走这些“僵尸”，救回孔雪笠。张驴子趁乱进入孔雪笠的房内，拿走了他夹在书里的信件。孔雪笠并无大碍，胡萱萱觉得是连海萍的命不好，连累了孔雪笠，并借此逼连海萍离开孔雪笠，没想到孔雪笠十分维护连海萍，令胡萱萱难过得直哭。
方栋和连海萍他们正愁该如何让王坤自己承认是他找杀手扮作僵尸装神弄鬼，连海萍想到了一个办法——假扮成僵尸，来一个以其人之道还治其人之身。当晚，小铃铛、胡萱萱和方栋扮成“僵尸”吓王坤，王坤躲在柜子里瑟瑟发抖，被三人用刀架在脖子上威胁着从柜子里出来。小厮报案后，打打四人来到烟馆，发现是胡萱萱他们假扮僵尸，便装作什么都看不见，任由他们带走了王坤。陈天官给孔雪笠准备了一顿断头酒和菜，他已经决定明天就对孔雪笠行刑。
孔雪笠特地让老百姓看到这个僵尸不是真的，减少他们的恐惧感。回到县衙，孔雪笠又试着说服郑桥揭穿陈天官，届时祥城就是他郑桥的天下了。袁淳风再度出手，这回他请来一个唱戏的兰老板，让他去专攻重情的孔雪笠。方栋查验这个“僵尸”，发现他虽然是活人，但他只剩下了脉搏。孔雪笠表示，他可能是因为吸食鸦片过多，再加上食用了能让人神经错乱的东西，所以才会变成这样。此外，有人故意拿僵尸做幌子运送鸦片，陈天官让他拿出证据，郑桥就站出来揭穿陈天官的所作所为。
孔雪笠去到姚子成家里，看到他病卧在床，看着像得了疟疾。正好陈天官那里新装了电话，孔雪笠便用这个电话打给省城医院熟人，让他帮忙弄一些奎宁药物。陈天官请来省城的名角兰老板唱戏，之后设宴请吃饭，孔雪笠同坐。陈天官贼眉鼠眼，丝毫不掩饰自己对兰老板的垂涎，三番五次想让孔雪笠先回去。
兰老板排了一出戏，方栋看到后感触万分，戏台上的戏子所演的戏和当初姚子衿离开方栋的情景一模一样。连海萍问孔雪笠，戏台上的戏和姚子衿册子里所写的是不是一样的，孔雪笠点头。随后他去质问兰玉春，兰玉春表示这个剧本是自己在来祥城的路上，一个乡村教书先生给她的。兰玉春不似在撒谎，孔雪笠暂时打消疑心。册子里写到姚子衿脱离了苦海，但无法忘记那段经历，飞升以后，她就与过去诀别了。孔雪笠和连海萍都担心，这个诀别了的意思是离开人世，这也是他为什么不把册子给方栋的原因。
孔雪笠刚走出没几步，郑桥就一头撞在柱子上死了。孔雪笠为此去找陈天官，陈天官答应放了郑桥的妻儿。胡萱萱发现姚子成的妻子胡惠之最近天天跟兰玉春在一块，她将这件事告诉孔雪笠，而孔雪笠坦言，自己让她去查这件事，就是不想让她出现在自己的面前。方栋劝说连海萍不要相信所谓的宿命，可连海萍一根筋，什么都听不进去。胡惠之过于迷恋兰玉春，姚子成不得已去找连海萍帮忙，让她去跟兰玉春说说这件事。
郑响欲行刺孔雪笠反被抓，郑响对他误会颇深，孔雪笠不与他这个孩子计较，郑响说是兰玉春告诉他，孔雪笠是杀害自己父亲的凶手。孔雪笠联合众人，打晕兰玉春后带走。另一边，兰玉春的人把胡惠之带出祥城没多远，就将她推下了悬崖，幸亏何打打他们发现了吊在悬崖半山腰的胡惠之，将她救了下来，但胡惠之重伤晕倒。
真兰玉春被孔雪笠打晕后带走，假的兰玉春却正在跟陈天官喝茶，听他说他对付孔雪笠天衣无缝的计划，让陈天官心花怒放。假兰玉春想游说连海萍把这里的酒楼盘出去，跟他双宿双飞，不料连海萍与他开诚布公，她根本不喜欢兰玉春，之所以装出一副喜欢他的样子，是为了让孔雪笠死心。兰玉春劝说不成，正要强硬地打晕连海萍，被即使闯进来的孔雪笠打断。他发现了兰玉春的秘密，兰玉春被押进来，无非就是一对雌雄大盗，上演一出蜂麻燕雀的燕字门，说白了就是四种诈骗手段。
一大早，有人在街上说孔雪笠是祥城的祸害，不久后祥城即将会井里冒火、蝙蝠满天飞、雷公下凡。孔雪笠这边说服大家不要迷信，那边就有人传来井里冒火的事。大家伙过去一看，井里突然爆炸，冷静过后，孔雪笠下令封锁祥城所有的水井，闲杂人等都不能靠近。有人去找陈天官说要追究孔雪笠的责任，陈天官不好插手，但他表示自己会睁一只眼闭一只眼，不会干涉他们处置孔雪笠。
夜幕降临，噬人蝙蝠出现，大家躲躲藏藏，方栋和另外两位老爷子被迫躲进连海萍酒楼的二楼，连海萍极尽讽刺之言，仍不解心中万分之一的气。翌日，孔雪笠骑马回归，给祥城老百姓演示井里发生爆炸的原理，然而众人还是不相信，方栋不惜站上前，逼着孔雪笠放下枪。孔雪笠自然不能对他开枪，只能束手就擒，任由他们把自己抓走。大家开始商量怎么处置孔雪笠，方栋装出一副正义嘴脸，提议办一个仪式以示上天，然后再处置孔雪笠，他这么做，实则是为了姚子衿。
