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泡泡（伍凤春 配音）是一条十分平凡的小鲤鱼，某日，它的家乡鲤鱼湖遭到邪恶的赖皮蛇（贾小军 配音）的祸害，无奈之下，泡泡只能背井离乡，过起了颠沛流离的生活。泡泡得知，唯有借助龙的力量才能够打倒赖皮蛇，于是踏上了寻找龙鳞的旅途。 沉默寡言稳重可靠的阿酷（李金艳 配音）、歌声优美动听但身体孱弱的小美美（陈红 配音）、耳根软，丝毫没有主见的双面龟（张云龙 配音），泡泡一路上结识了这些性格迥异但都同样善良的伙伴们，彼此成为了最坚持和稳定的依靠，众鱼在历尽艰险受尽迫害的过程里建立了深厚的感情，亦磨练了意志。最终，泡泡成功的找回了散落各处的五片龙鳞，来到了赖皮蛇的面前。
在群山环绕的鲤鱼湖里有一条叫泡泡的淘气的小鲤鱼总是闯祸。他又因为带头玩跳龙门的游戏——就是逆流跃上小瀑布，让胖头鱼摔伤了，胖头小鱼的父亲把此事告诉鲤鱼奶奶。小鲤鱼受到了村民和奶奶的责备，可是他对外面的世界充满了好奇，又跑去玩“跳龙门”。这次，他在路上他捡到了一个奇怪的植物——刺刺球，没想到刺刺球一摔在地上就以几何级速度繁殖，向整个村子蔓延。大人们慌忙出来铲除害草，不少人被刺伤。泡泡看到自己闯了大祸，决定离开鲤鱼湖。
泡泡怎么也跳不上小瀑布，最后却因为落下时坐在了一个刺刺球上，一下跳上了小瀑布，正好和从伪龙宫里逃出的双面大总管龙虾出现，把两人一起抓回伪龙宫。泡泡在伪龙宫见到了癞皮蛇，把他误认为真龙，非常景仰。癞皮蛇大喜，并问泡泡刺刺球从何而来，因为刺刺球能治他身上的奇痒。天真的泡泡说自己的家乡鲤鱼湖里就有，并主动要带癞皮蛇去。
双面龟想把癞皮蛇的真面目告诉泡泡，可是每次要说都被意外的情况打断。泡泡一直蒙在鼓里，他心里还美滋滋地想，村民们要是看见他把真龙带回去，该有多威风啊！鲤鱼湖，村民奋力铲除了刺刺球，却找不见了泡泡，大家怕出什么意外，十分着急。癞皮蛇让自己的手下大龙虾和肥鲶鱼准备好了泥鳅部队，他不但要找刺刺球，还要霸占鲤鱼湖。
泡泡带来了“真龙”，鲤鱼湖沸腾了，所有村民都来瞻仰真龙的威仪。癞皮蛇十分得意，并询问刺刺球的消息。鲤鱼奶奶正怀疑癞皮蛇身份的时候，泡泡却找来了刺刺球。癞皮蛇喜出望外，泡泡却顽皮地逗弄癞皮蛇不把刺刺球给他。两人在争夺的过程中，癞皮蛇不小心弄掉了自己的伪装，现出了原形。癞皮蛇恼羞成怒，逼迫所有人叫他龙王。泡泡宁折不弯，不肯改口。癞皮蛇气急败坏要害死泡泡。危急时刻，奶奶挺身而出救了泡泡，并嘱咐他一定要找到真龙，解救所有受苦受难的水族，然后奶奶化为泡沫。泡泡带着奶奶的嘱托，踏上寻找真龙的征途。
泡泡在水世界里流浪，碰到了艺术团的魔术师阿酷。天真的他以为阿酷的魔术能把奶奶复活，于是一定要加入水下艺术团跟阿酷学艺。无奈章鱼团长却不肯收留泡泡。泡泡只好偷偷溜进雨伞剧场，他吐出五颜六色的泡泡衬托歌星小美美的表演获得了观众喝彩，这引起了章鱼团长的注意，暂时答应他留在艺术团。癞皮蛇依然很痛苦，因为他一直在寻找变真龙的方法，而这个秘密只有巨鳌知道。癞皮蛇对龙虾下了命令不管用什么办法，一定要让巨鳌开口。
巨鳌被饿了三十年，一直守口如瓶。龙虾想出坏主意，在巨鳌面前摆满了无数美食，让他想吃吃不着。巨鳌忍受着痛苦，依然不肯说出秘密。泡泡终于留在了艺术团，可是阿酷和小美美为了争头牌经常闹矛盾，泡泡必须同时伺候他们两人，非常受累。阿酷为了证明自己是真正的头牌，准备了一个既惊险又神奇的魔术“粉身碎骨”。可是在表演的时候发生了意外，巨大的石球砸碎了石柱，阿酷受了重伤。
阿酷身受重伤，只有水灵芝才能救阿酷的性命。泡泡为了救阿酷只身前往寒水潭。寒水潭一带出没着凶恶的黑鱼，泡泡好不容易躲过黑鱼的追杀，又险些落入鳄鱼之口。幸亏章鱼团长及时赶到，他们一起克服重重困难，终于拿到了水灵芝。阿酷喝了水灵芝汤终于得救了，泡泡再次恳求他用魔术把奶奶复活。阿酷不愿再欺骗泡泡，告诉他魔术都是假的，他根本没有办法把他的奶奶变回来。泡泡顿时绝望了。
泡泡伤心地离开了艺术团，路上遭遇泥石流，危急时刻章鱼团长用金色鳞片的力量保护了泡泡。金色鳞片的神奇力量让泡泡看到了新的希望，他决定留下来跟章鱼团长学习本领，等到能运用鳞片力量的时候找癞皮蛇报仇。龙虾继续想各种坏办法审问巨鳌，虽然巨鳌坚决不说，但是龙虾意外地从他身上得到了一张神秘的地图。龙虾断定这张图一定藏着真龙的秘密，于是他没有向癞皮蛇报告，偷偷地据为己有。不想这一切被肥鲶鱼偷偷看在眼里。
泡泡在艺术团苦练本领，凭着吐泡泡和变脸的绝技成了艺术团的明星。不过泡泡并不在乎这些，他一心想着怎么跟癞皮蛇报仇。 伪龙宫，癞皮蛇因为审巨鳌无功大发雷霆。龙虾讨癞皮蛇欢心，说要为他办盛大的庆典，并让肥鲶鱼寻找表演团来助兴。肥鲶鱼找到了水下艺术团，带着手下的泥鳅兵耀武扬威，和阿酷发生了冲突。幸亏小美美的出现，她的美貌和歌声镇住了肥鲶鱼，竟然乖乖的听小美美的使唤离开了梦幻团。章鱼团长预感到肥鲶鱼不会善罢甘休，命令大家收拾行囊准备逃跑。
水下艺术团逃跑未遂，被肥鲶鱼半道截住带到了伪龙宫。章鱼团长为了剧团的未来忧心忡忡，不过小美美却很高兴，因为这是她展现自己歌喉，一举成名的大好机会。而泡泡也有一个惊天计划，他让阿酷帮助他在庆典上当众揭穿癞皮蛇的伪装，拔下他头上的龙角，让所有人知道他的真面目。肥鲶鱼偷偷向癞皮蛇告状，说龙虾私审巨鳌，还私藏了一块神秘的地图。癞皮蛇要肥鲶鱼先不要声张，看看龙虾能干出什么事来。
盛大的庆典开始了。小美美出场了，可是却被逼唱龙虾为讨好癞皮蛇写的歌《今夜无人入睡，因为大王不痒痒》。众人哄笑，癞皮蛇大怒，逼着大家承认挠痒痒是高贵的行为。在泡泡变脸绝技的烘托下，阿酷上台表演魔术。阿酷告诉癞皮蛇，自己有一个精彩的魔术，但是需要癞皮蛇配合，正在兴头上的癞皮蛇欣然同意。 阿酷和泡泡拿布蒙住癞皮蛇的眼睛，再用绳子一圈一圈把癞皮蛇捆起来……
癞皮蛇很容易地挣脱了束缚，勃然大怒，要严惩艺术团所有的人。章鱼团长在关键时刻喷出一个墨囊，把龙宫里的水搅浑，掩护大家逃跑。泡泡和阿酷逃出伪龙宫非常自责，决定重返伪龙宫救人。在双面龟带领下，泡泡他们救出章鱼团长和小美美。可是，癞皮蛇得到消息率领追兵已经赶到，章鱼团长勉力抵挡，身受重伤。危急时刻，金色鳞片飞了出来，镶嵌在泡泡前额上。重伤的章鱼团长让泡泡喊出金色鳞片的口诀。一时间，鳞片光芒四射，泡泡变身了！
借助金之鳞的力量，泡泡他们逃出了龙宫。高傲的阿酷不顾小鲤鱼的挽留，一个人走了。只剩下泡泡、小美美和双面龟三人。他们决定一起去寻找真龙。 正在发愁要到什么地方去寻找真龙，泡泡头上的鳞片发出金光，与双面龟从龙虾房间里偷出的地图发生感应，地图自己折成一个青蛙，指向东北。双面龟突然想起什么，以前癞皮蛇经常提起金蟾乐园里好像有什么“跳龙门”，既然有龙门，可能就有真龙！泡泡他们欢欣鼓舞，向金蟾乐园方向出发。
泡泡一行人来到乐园，被这里奇妙的游乐设施深深吸引。他们尽情地玩了一天，最后喝着名叫“醉生梦死”的饮料沉沉睡去。夜里，静谧的乐园里令人震惊的景象出现了！！所有的娱乐设施竟然开始活动，原来他们都是被施了魔法的各种水族动物。第二天，泡泡他们花光了所有的钱，为了继续玩，他们用贝壳代替钱币。结果贝壳卡在吃币口，引起整个游乐系统的紊乱，秩序大乱。警报声四起，乐园大门封闭，所有的游人乱作一团。
喇叭里传来了乐园主人三爪金蟾的搜查命令，让泡泡他们吃惊的是执行搜查命令的人竟然是带着蛤蟆打手的阿酷。无情的阿酷把泡泡他们带到了金蟾的房间，金蟾把小美美变成了娱乐唱机，双面龟被变成射击游戏的目标。金蟾正要对泡泡施魔法，忽然魔力没有了。金蟾有些不甘心。泡泡因此逃过劫，被编入乐园后勤队。晚间，泡泡看到了变回原形的小美美和双面龟，他们都失去了意识，泡泡很伤心，只恨当初太贪玩。
癞皮蛇派龙虾到金蟾乐园收帐，密探老蛤蟆向龙虾报告金蟾藏着一片神奇的宝贝箱子。龙虾逼迫金蟾交出箱子，但金蟾留了个心眼，把开箱子的钥匙藏了起来。深夜，泡泡被秘密带到金蟾房间。金蟾想让他去龙宫偷回宝贝箱子，并答应只要得手便恢复双面龟小美美的真身，泡泡为了救朋友同意了。泡泡巧妙地躲过龙宫的重重门卫，摸到龙虾房间，看到龙虾把宝箱藏到大型钳子里。泡泡模仿龙虾的口诀，打开钳子拿到了宝箱，可是正好这时癞皮蛇来了。
泡泡抱着宝箱吓坏了。不过，奇怪的是癞皮蛇对他竟然视而不见。原来，金鳞与宝贝箱子发生了感应，泡泡变成透明人隐身了。因为泡泡能隐身，它很轻松地扛着箱子，在众目睽睽之下离开龙宫。泡泡把宝贝箱子交给金蟾。金蟾却不信守诺言，并使出魔法把泡泡变成了碰碰鱼。不过泡泡有金鳞，泡泡的意识没有被剥夺。它装作失去意识的样子，暗地里却决心解开宝贝箱子的秘密。原来宝贝箱子里藏着一片神奇的会说话的蓝色鳞片，金蟾的法力就是那片蓝色的鳞片赋予的。
泡泡偷偷走进秘道，正要打开宝箱，阿酷突然出现了。阿酷丧失了意识完全站在金蟾一边。泡泡无奈之下和阿酷厮打起来。争斗中，蓝鳞从箱子里掉落出来，唤醒了阿酷的意识。阿酷运用智慧答出了蓝鳞出的谜语，得到了宝石蓝鳞的使用口诀，他大喊着：“智勇双全，我心飞翔！”变身了。阿酷运用蓝鳞的法力巧妙地制服了金蟾。可是金蟾不肯服输，不过当泡泡告诉他癞皮蛇一直欺骗他的真相时，金蟾终于悔过了。
愤怒的金蟾偷走了蓝鳞，独自去找癞皮蛇算账。龙宫里，金蟾虽然有蓝鳞的法力可是毕竟打不过癞皮蛇，危急时刻，泡泡他们赶来了，金蟾非常感动。泡泡大胆地冲向癞皮蛇冲了过去，大家都惊呆了。不过，就在泡泡靠近金蟾的一霎那，奇迹发生了，金鳞蓝鳞发生作用，金蟾和泡泡隐身了，癞皮蛇找不到对手，只是一下下被打，毫无办法。泡泡他们逃离了龙宫，金蟾把蓝鳞还给了阿酷，与泡泡他们告别，祝愿他们早日找到真龙。
泡泡他们再次逃脱，癞皮蛇大发雷霆，龙虾和肥鲶鱼又被一番痛打，还得马上去抓泡泡他们。泡泡他们来到了水葫芦泽，肥鲶鱼早已设下埋伏，还找来和自己有交情的水葫芦王帮忙。泡泡他们纷纷被抓。水葫芦王审讯泡泡等人为什么要为非作歹，紧要关头一只原住在水葫芦泽的老泥鳅说出自己与众乡亲被肥鲶鱼骗走并投靠癞皮蛇的经过，肥鲶鱼如何帮着癞皮蛇为虎作伥，并说泡泡是好人。肥鲶鱼知道瞒不住了就要杀水葫芦王灭口，幸被众泥鳅救下，水葫芦王终于认清了肥鲶鱼的真面目。肥鲶鱼受到了应有的惩罚。泡泡他们告别了水葫芦王继续寻找真龙。
