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赛尔号
准备回到赛尔号的赛尔先锋战斗小队在途中发现了海盗的运输飞船，结果发现了一只身体虚弱的精灵。海盗首领听到佐格与艾利逊的汇报，发布了吉约的通缉令。吉约知道后，全军捉拿赛尔先锋战斗小队！飞船受损的赛尔先锋战斗小队，无法离开。卡璐璐修理时，被打成重伤，一怒之下的队友，加速逃离。
赛小息、阿铁打着急把卡璐璐和格林给送去治疗。肖恩博士出来后而说不出话让赛小息与阿铁打以为卡璐璐牺牲而哭了一场。后来，赛小息与阿铁打得知卡璐璐没事后，又说道宇宙之眼的航线图只有卡璐璐知道。小琳把卡璐璐的记忆芯片给了肖恩博士去提取！突然，格林把派特博士给打晕了，经过一番打斗后，晕倒的格林在嘴里说着什么，小琳告诉雷蒙教官与罗杰船长，格林说的是“雅丹星云洞”。
太空站遭遇海盗法尔多斯和卡罗尔的袭击，贾斯汀率领赛尔们奋力抵抗，最终寡不敌众。关键时刻，谱尼出现，与海盗交手，虽然成功击败了海盗，但是伤势未愈的谱尼因此生命垂危。谱尼从而接受成功率极低的基因改造治疗。索伦森命令莫迪西斯、阿洛纳斯、阿瑞波斯消灭谱尼！
法尔多斯和卡罗尔离开太空站后，侦察兵发现了吉约藏身的星球，开始前往捉拿吉约。赛小息与阿铁打准备送回地球，但他们不愿放弃，雷蒙教官告诉他们需要通过三级考核。赛小息与阿铁打报名，却缺少一人！最后，他们来到治疗室，用激将法让小琳加入了赛尔号先锋战斗小队，成功报名。
在进入正式的竞技场前，赛尔号先锋战斗小队经过努力打碎了冰块。雷蒙教官利用镜像之战让小琳的精灵格林胆怯而不战斗。回到治疗室的小琳看到了卡璐璐手中的照片，立即抱着格林前往竞技场进行对战，赛小息与阿铁打也赶了过来，最终成功完成挑战。另一边，太空站遭到了莫迪西斯、阿洛纳斯、阿瑞波斯的攻击。
肖恩博士破解了通往宇宙之眼的航线图，发现所有路线都通往雅丹星云洞，众人断定，雅丹星云洞一定是前往宇宙之眼的必经之路。另一边，莫迪西斯、阿洛纳斯、阿瑞波斯大闹太空站，贾斯汀因不敌他们而被抓住。赛老爸看见后，立即前往营救贾斯汀。艾琳娜副官即将被阿洛纳斯、阿瑞波斯干掉，赛老爸再次营救了艾琳娜副官。最终，谱尼成功了DNA改造，击退了莫迪西斯、阿瑞波斯、阿洛纳斯，但是丧失了记忆。
谱尼成功击败了进攻太空站的三天王后，突然感觉到有人在召唤他，于是急忙离开了太空站。法尔多斯和卡罗尔来到吉约藏身的星球后，却中了煞德罗与海盗们的陷阱，而吉约趁乱开着飞船离开。卡罗尔则利用煞德罗丢出的海盗，用自己的利刃插在了飞船上。法尔多斯则把煞德罗与海盗抓捕！吉约被卡罗尔抓住后，让法尔多斯和卡罗尔一起追捕赛尔号！
即将进入雅丹星云洞的赛尔号却受到了海盗的攻击，罗杰船长让所有先锋小队迎接海盗。海盗吉约趁机进入了赛尔号，在控制室乱斗后，被吉约丢出的海盗按到了赛尔号的加速按钮，赛尔号即将被吸入雅丹星云洞，而吉约则被雷蒙教官的机关掉下了赛尔号飞船，撤离了赛尔号。赛尔号先锋小队正前往支援，被跟踪导弹追踪，被迫降落了陌生星球。
在陌生星球上，梦神赫尔墨斯为摆脱原住民的围剿，将计就计的把麻烦嫁接给赛小息等人，自己成功逃脱。原住民们便对赛小息等人展开围捕，最终将赛小息一行抓获。
赛小息等人之间的情谊让市长明白了它们并非赫尔墨斯所制造的。之后，市长讲述了幻象星与赫尔墨斯的故事。另一边赛尔号在穿越雅丹星云洞时被梦境结界阻挡，被迫向全宇宙发出求救信号。
市长告诉赛小息等人，只要找到梦神赫尔墨斯撤销雅丹星云洞内的幻象结界，赛尔号就能冲出雅丹星云洞。可就在此时城市彻底消失，大家乘船成功逃离。居民们要找赫尔墨斯报仇来到赫尔墨斯研究所却无法逃过防御系统，而赛小息小队用挖地道的方法成功潜入赫尔莫斯研究所。
赛小息等人在赫尔墨斯研究所知道了幻象星的真相，原来赫尔墨斯来到幻象星给幻象星人提供幻象球是为了启迪他们的智慧，让他们成为宇宙中科技最发达的星球。然而幻象星人的贪婪和懒惰使得幻象球的能量被快速用完，而幻象星人却认为这是赫尔墨斯的错。而这时赫尔墨斯给了赛小息等人一个抉择，是撤销幻象结界还是原谅幻象星人。
赛小息小队还是选择帮助幻象星居民，赫尔墨斯放出魔化星灵龙与它们对战，答应如果他们战胜魔龙就帮助幻象星居民。最终赛小息小队与魔龙苦战一番却还是被击败，幻象星人陷入沉睡赛小息等也被催眠。危机关头小米进化为米瑞斯与魔龙战斗。
米瑞斯击败了魔化星灵龙，之后与赫尔墨斯展开大战。另一边赛小息小队在梦境中遇见魔化星灵龙。米瑞斯在与赫尔墨斯的战斗中陷入噩梦，在梦境之中赫尔墨斯暂时压制了米瑞斯。危机时刻米瑞斯领悟到了光之奥义而爆发新绝招诺亚的光辉战胜了赫尔墨斯。
赫尔墨斯将赛小息小队和幻象星居民唤醒，幻象星居民靠自己打败魔化星灵龙后如梦初醒，向赫尔墨斯道歉，双方重归于好。而幻象结界也被撤销，赛尔号成功冲了出去。赫尔墨斯让居民修好了飞船，赛小息小队前往雅丹星云洞与赛尔号汇合。回航路上法尔多斯追击三人，最终赫尔墨斯开启结界炸飞海盗。
赛小息等人回归赛尔号，赛尔号决定着落检修。另一边，谱尼被神秘力量感召也来到了雅丹星云洞，但是谱尼遭到了陨石的袭击。谱尼利用虚无封印成功突破了幻象结界，但是陨石还是紧追不舍。最终谱尼一脚踹飞陨石，在机缘巧合下，陨石撞击到了能源不足的赛尔号，却成功让赛尔号着落到了一片新的大陆上。
谱尼前往一片神秘大陆寻找神秘力量，赛尔号坠落到了一片美丽而陌生的大陆上。赛小息在营地醒来后，三人一同出发寻找能量矿石，并遇到了许多精灵。小琳的精灵格林意外遇见失踪的朋友布鲁，但是布鲁却一直逃避格林。格林追踪布鲁，赛小息等人也寻找布鲁，途中从海盗手中救出许多被抓的精灵。布鲁最终被吉约抓住。
库鲁赠予了赛尔号许多能源矿石，并讲述了矿石的来历。这时格林赶来，告诉了小琳布鲁被抓的消息，小琳匆匆离开，赛小息、阿铁打和库鲁一起前往带回小琳。三人看到布鲁被吉约抓住后三天神赶到将其救下痛击吉约，危机关头吉约二人被迪恩救走。
赛小息等人被神域三天王发现遭到攻击，谱尼及时出现吓退了神域三天王。谱尼来到云霄灵池重新修炼提升自己的力量，却遭到索伦森的偷袭。赛小息小队带着布鲁来到营地养伤，布鲁受到索伦森的召唤，挣脱众人再次逃走。
迪恩宣读判决令后带吉约去暗黑十字堡，吉约用激将法使迪恩与其展开精灵决斗，虽然吉约阴谋频出最终还是被迪恩击败，吉约最终用炸弹炸伤迪恩逃走。而赛尔号的营地则被前来讨要布鲁的神域三天王袭击。
