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危机边缘
第三季的故事是延续第二季未讲述完的故事继续的，主要讲述奥莉维亚在平行空间探索的故事。
在一系列令人震惊的事件之后，奥利维亚被困在“那边”的世界，她努力寻找回家的路。同时，彼得和沃尔特在不知情的情况下，与另一个世界的奥利维亚一同继续他们的生活。
故事转到“这边”的边缘小组，他们调查一起神秘案件：一些人被发现处于恍惚状态，最终导致死亡。不太可能的嫌疑犯：一个神秘的盒子。彼得和沃尔特合作研究它的性质，而另一个世界的奥利维亚则对毫无防备的彼得施加压力。同时，当沃尔特和尼娜在巨型动态公司阅读威廉·贝尔的遗嘱时，有关未来的关键信息被揭示。
在这个案件中，时机至关重要，一系列异常事件导致边缘小组调查一些致命事件，这些事件伴随着不可思议的巧合。随着这些怪异犯罪的继续发生，团队与时间赛跑以保护潜在受害者。同时，主教部长与布洛伊尔斯上校分享了他的战略计划，而奥利维亚则在心跳加速的幻象中挣扎。
牛顿担心一个涉及高级官员的令人不安的发展带来的后果，被迫召唤一个沉睡的变形者。沃尔特和团队收集证据后，将调查移至巨型动态公司，在那里奥利维亚高度警惕，而沃尔特发现自己处于危险境地。
另一个世界的边缘小组调查了一起令人震惊的安全漏洞，当一个双胞胎从隔离的琥珀区域救出他的兄弟时。团队试图破解这一复杂案件的同时，沃尔特奈特在那边对奥利维亚进行更多实验，她再次进入水箱。同时，彼得的幻象继续困扰着奥利维亚，让她想回到“另一边”。
回到“这边”，边缘小组调查一种离奇现象：东海岸上15人因听同一频率的短波广播而患上逆行性失忆症。令沃尔特不安的是，彼得继续拼凑大规模毁灭装置。正当另一个世界的奥利维亚和彼得的化学反应加深时，奥利维亚的回归迫在眉睫。
当一个连环绑架犯“那边”再次作案时，这个情感上熟悉的案件触动了布洛伊尔斯上校，奥利维亚决心揭开更多绑架案的细节。与此同时，奥利维亚继续奋战，与亨利重逢，招募他执行一项紧张而秘密的任务，返回家乡。
彼得努力应对最近的事件；奥利维亚寻找盟友；一个能够在两个宇宙间通信的装置被发现。
当小组调查一起受害者心脏被取出的案件时，这只是连锁神秘和复活事件的开始。同时，彼得开始接受他与奥利维亚关系的现实。
一个观察者联系了边缘小组，帮助纠正一个错误。与此同时，沃尔特与1970年代他最喜欢的乐队“紫色轿车”键盘手罗斯科·乔伊斯成为朋友。沃尔特将了解到乐队解散的真正原因，并意识到这两个从未见过面的男人的生活以奇怪和意想不到的方式重叠。
当边缘小组访问巨力集团组装末日装置时，沃尔特对彼得的健康非常担忧，因此他求助于尼娜，希望借助她的智慧理解彼得与超级武器之间的关系。同时，一个尸体的发现引发了紧张的调查。
当一名科学家在摄入一团致命的蓝色粉末后倒地身亡，且骨头在体内解体时，疾病控制中心怀疑是生物攻击。随着边缘小组进一步调查，沃尔特过去与奥利维亚有联系的一个人不情愿地同意协助这个紧张的案件。
故事再次转回“那边”的生活，布洛伊尔斯上校的缺席改变了边缘小组的动态，他们调查一名生物恐怖分子，这个恐怖分子使用一种以人肉为食的昆虫。与此同时，另一个世界的奥利维亚与她的恋人重逢，沃尔特奈特决心拯救他的世界，但发现有些界限他不能跨越。
一系列边缘事件导致团队来到一名因丈夫去世而悲伤的女人家里，彼得和奥利维亚努力修复他们之间的情感裂痕
在上季“彼得”闪回集的后续故事中，全新的“六个月后”一集回顾了主教家族和奥利维亚的一个感人时期。
边缘小组调查一群能够打破重力法则的盗贼。同时，沃尔特试图延缓他对宇宙结构造成的损害。
当边缘小组调查一名显然是自杀的受害者时，他们发现了一组第二指纹，这将他们引向一个具有不死之身的女人。
“那边”的生活愈发紧张，奥利维亚发现自己身处致命危险之中。
为了将贝尔的意识从奥利维亚的头脑中移除，彼得、贝尔和沃尔特进入奥利维亚的潜意识，试图找到她藏身的个性。
当沃尔特找到一种在“这边”制造混乱的方法时，末日的开端被触发。
