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斗龙战士
相传在恐龙消失之后，宇宙空间中遗留了八大恐龙空间，龙源纪是继斗龙世界、星龙圣域、以及古烈山之后，科学家发现的第四大恐龙空间，也就是恐龙起源地之一。然而几百年前龙源纪迎来一场浩劫，一道不为人知的指令藏在龙脉山峰，黑暗力量就此蔓延。人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵。
恐龙凶兽龙始祖入侵的原因和龙源纪的一道镇守令，“龙的密令”遗失相关，只有拿到龙的密令才能恢复力量。阿迪、匹匹龙、卡维力和森美拉作为人质被劫持到龙源纪，关在龙号角岛。情况危急，凯风等人向太古教授求助，但太古教授也不知道龙的密令是什么，大家只得求助于斗龙战士。
卡维力和森美拉被带到龙号角岛、蓝天画和东方末先行赶去营救，对于东方末不顾团体的行为，小熠十分不满。随后，担任队长的小熠和伙伴们也启程前往龙源纪。小熠、凯风、百诺、子耀、狄古穿越时空，召唤升级后的宝贝龙，展开龙源纪冒险之旅。
斗龙战士们面对的敌人是黑化东方末和黑化蓝天画，联手六头怪龙对付小熠等人，卡维力和森美拉也被修改成暗属性成了反派。而另一边，阿迪和匹匹龙撒谎逃出魔掌，遭遇这里的恐龙。大家都不愿相信东方末和蓝天画要造反，东方末则称自己要重组斗龙团队，代替小熠的队长之位。
东方末和蓝天画与斗龙战士彻底决裂，凯风召唤进化版加比纳。现在雷古曼和加比纳都进化了，就在大家松了一口气时，东方末和蓝天画也召唤出进化版卡维力和森美拉，战局再次对斗龙战士们不利。在莱达星兽基地，太古教授复活十二星龙。雷古曼和加比纳惨遭秒杀，众人陷入危机。
凶兽龙劫持东方末和蓝天画，以及卡维力和森美拉，把他们直接丢在岛上。凶兽龙要东方末等人找回龙的密令，以帮他们成为最强的斗龙战士为交换条件。凶兽龙将恐龙令交给东方末和蓝天画，恐龙令能召唤凶兽龙，还能复活原始恐龙，拥有强大的黑暗能量。东方末等人服下毒龙芯，若是十四天内找不到龙的密令，他们就会毒发身亡。
东方末复活一匹原始恐龙后，把他们带回人类世界。东方末一众来到某处地下遗迹，用恐龙令的力量把这里改造成基地，随后便向圣龙学院出发。小熠等人在圣龙学院四处寻找作乱的原始恐龙，在天台遭遇自称“斗龙天团”的东方末一伙人。
斗龙战士与斗龙天团在学校天台比试，雷古曼和加比纳失足摔下教学楼，幸好加比纳的水柱把它们送回天台。卡维力进化成铠甲战龙，非要打败雷古曼它们不可。雷古曼和加比纳也进化成铠甲战龙，双方展开激战，东方末威胁小熠交出斗龙卡册。另一边的龙源纪世界，阿迪和匹匹龙打算挑战凶兽龙。
小熠的斗龙手环被没收，斗龙战士们准备先撤退，却被斗龙天团围住。东方末逼小熠交出斗龙卡册，小熠誓死不从。百诺要索里保护小熠，索里却被变身的森美拉擒住，斗龙战士失去了所有的战斗拍档，情况十分危急。最后在百诺的提醒下，小熠吹响斗龙号角，召回了斗龙手环。
东方末逃走，子耀和吉亚多与大家会合，并把遇到土剑龙的事告诉大家。土剑龙称已经有六只原始恐龙来到人类世界，但如今只有三只露面，为了找到剩下的恐龙，小熠和伙伴们决定去东方末家调查。在基地，东方末强行给原始恐龙注入黑暗能量，他究竟打算干什么？
东方末要原始恐龙寻找龙的密令，为了从太古教授那里获取密令的新情报，他们首要的目标就是抓住小熠。小熠也在探测东方末的位置，却一无所获，太古教授和百诺猜测东方末用黑暗力量屏蔽了信号。深夜，斗龙战士们各自回家，小熠和雷古曼被火焰伶盗龙袭击。
雷古曼和小熠被群龙围攻，雷古曼寡不敌众，身中重伤却坚持保护小熠，最后不得已才回到了斗龙手环。小熠利用斗龙手环进行穿越，误打误撞来到了龙源纪，刚才和他对战的伶盗龙也一起被传送过来，小熠再次面临危险。阿迪和匹匹龙摔下瀑布，意外发现一处遗迹。
加比纳与土剑龙展开激战，加比纳过于轻敌，它的水球被土剑龙的沙球击回。加比纳决定采取近身战，但还是被土剑龙击败了，见状吉亚多进化铠甲战龙，与土剑龙比试。同为土属性的吉亚多很快击败了土剑龙，但没多久东方末就带着原始恐龙们现身了。在龙源纪，匹匹龙和阿迪又将有何发现？
蓝天画带着披风神翼龙计划袭击百诺和索里，披风神翼龙只顾着攻击百诺，完全没注意来往车辆，被撞了个正着。索里用恐龙呼吸救醒披风神翼龙，一直被孤立的披风神翼龙感动不已，它们成了好朋友。百诺要披风神翼龙带他们去东方末的基地，蓝天画带着森美拉拦住他们。
人类世界这边，卡维力变身黑暗重甲兽龙，夺走了披风神翼龙的能量卡在龙源纪的遗迹，阿迪遇到了神秘的老恐龙，阿迪要想离开这里，必须打败老恐龙才行。阿迪提出要和老恐龙比烤鱼，老恐龙听闻龙的密令丢失，又被阿迪感动，于是把双龙核和毒龙芯的解药给了它，要它去拯救恐龙世界。
在人类世界，雷吉兽龙的能量消耗完毕，小熠等人面临危机。在龙源纪，狄古也来到遗迹，找到匹匹龙，阿迪坐着双龙核归来。阿迪和匹匹龙服下毒龙芯的解药龙魂珠，众人离开遗迹，双龙核突然发出耀眼的龙魂之光，所有恐龙的恐惧都消失了。狄古带阿迪和匹匹龙回到阿莱达。
斗龙战士们被斗龙军团紧紧追击，情况越发危机。狄古、阿迪和匹匹龙回到阿莱达，见到了太古教授。太古教授对双龙核进行研究，他认为双龙核不仅是坐骑那么简单，应该是某个超级武器。千帆和十二星龙前往龙的世界收集密令的资料，至今未归。卡维力再次向雷古曼发起攻势，雷古曼能否逃过一劫？
凶兽龙召唤蓝天画，命令他们尽快寻找龙之密令和双龙核。卡森兽龙袭击雷古曼，凯风赶到救援，加比纳获得水象能量卡，也拥有了合体的能力。雷古曼和加比纳合体变成雷加兽龙，大战卡森兽龙。而另一边，索里用星之私语驱散闪亮三角龙的黑暗能量，闪亮三角龙把自己的能量卡交给索里以表感谢。
卡森兽龙的战斗力异常持久，雷吉和加索必须速战速决。战斗从晚上打到白天，雷吉和加索依旧不敌卡森，加索的力量消耗殆尽，就在卡森准备对加索痛下杀手时，阿迪坐着双龙核赶来救场，这下子阿迪成了众人的目标。
恢复神智的闪亮三角龙回到基地，救出其他原始恐龙。雷吉获得双龙核的力量实力大增，重新大战卡森，这次雷吉成功打败了卡森，东方末见状不妙躲入地底基地。原始恐龙们逃出魔掌，躲到圣龙学院，初次流浪的原始恐龙们能好好生存下去吗？
