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故事发生在明朝中叶。锦衣卫杨傲（彭敬慈 饰）与御医李鹤龄（黄志忠 饰）本是同门师兄弟，因杨傲爱上师兄鹤龄未婚妻霓裳（吕一 饰），便嫁祸师兄奸杀慧妃，为救李鹤龄，霓裳被迫嫁给杨傲。李鹤龄无奈远走他乡，逃至山西原仓县开了家医馆谋生。多年后，因一桩离奇案件，他与原仓县令刘福星（张卫健 饰）相识相交，联手破获许多疑案。在一桩杀人案中，查获杨傲手下范泰（房振华 饰）的情妇，从其口中得知当年杨傲陷害自已的真相。鹤龄上京求皇帝（宗峰岩 饰）为自己平反，得到了旧爱霓裳的鼎力相助，杨傲一怒之下杀死霓裳。鹤龄联手福星除掉杨傲这颗灾星，谢绝御医首席的美差，和福星重返江湖......
御医李鹤龄被人冤枉奸杀惠妃娘娘，被打入天牢。李鹤龄偷逃出来，改名换姓来到原仓县行医，人称金胡子。令狐非杀死方家一家十七口，嫁祸给媳妇方徐氏徐姿，但其至死都不肯招供。知县章大人勾结盐枭富豪令狐狮，想要草草结案。方许氏弟弟，即金胡子徒弟来风，连同辣椒去河北找候任知县刘添爵申冤。途中遇到轩辕七杀的手下也去找刘添爵。
令狐狮派人贿赂刘添爵，被严词拒绝。刘添爵派人送信给轩辕七杀，告之李鹤龄一案有疑点，谁知信件被人送去神秘人那里。刘添爵一家提前启程去上任，在路上遭遇令狐狮所派杀手跟踪。刘添爵娘亲带领一家人设计让添爵和他舅舅一同逃脱。不料，让杀手识破，杀死了刘添爵一家，并追杀添爵和舅舅至野外。令狐狮出手要杀死刘添爵，逼他交出官印和委任状，但添爵提前把这些东西埋好。另外，刘福星被巧巧逼婚。
神秘人打走令狐狮，要杀刘添爵灭口。刘福星从巧巧那里逃出来，遇到奄奄一息的刘添爵，刘添爵交待完后事，含恨而终。另外，金胡子和弟子三人赶到客栈，赶走了杀手。刘福星拿着官印和委任状，代替刘添爵到原仓县上任。令狐狮疑惑，设计与刘福星假扮的刘添爵见面。小辣椒带来风去监狱找表姐，探望姐姐，方知姐姐是因为肚里的孩子才宁死不屈。
令狐狮在万花楼设宴招待刘福星及舅舅唐狮。令狐狮在宴席上百般试探，都搞不明白，只因刘福星早有准备。金大夫怀疑刘福星是假冒的，买通县衙看门人调查此事。金胡子找刘福星当面对质并追到野外。刘福星听进去了金胡子的话，没有选择逃命离开，而是选择留下为方徐氏翻案，金胡子陪同查案。金胡子和刘福星一行人等半夜去义庄准备开棺验尸，不料令狐狮派人一直监视，并派人放火烧义庄，企图杀人灭口、毁尸灭迹。
刘福星连夜升堂，证明徐姿没有动机杀人。此时，突然冒出一个奸夫李二牛，刘福星设计证明李二牛不是奸夫，结果李二牛在狱中上吊。金胡子证明李二牛被人谋杀，在事实面前，章大人无言以对。令狐狮气极，将素琴，刘添爵的未婚妻，软禁在章府中要挟刘福星。刘福星一纸休书将素琴休了，拿素琴的命下赌注，且有高手在暗中相助，令狐狮最终将素琴放了回来。刘福星不让素琴住在府邸，而去不欺医馆修养，让素琴心生疑惑。刘添爵恩师马巡抚到访，但刘福星害怕身份被识破，不敢前去想见。
金胡子帮助刘福星装病应付马巡抚。小辣椒无意中知道令狐非可能躲在灵空寺，金胡子带领三人来到灵空寺探听消息。小辣椒和来风假装戏子进入灵空寺借宿，引得色心大起的令狐非破门而出，被金胡子逮住，押回原仓县。无奈，令狐非编故事编得天衣无缝，刘福星欲用刑试探其武功，刚好章材远到来，被刘福星赶走。刘福星将令狐非囚在狱中，设计引他说实话。令狐狮找来马巡抚，要挟刘福星放人。刘福星设计让令狐非咬伤他，使得他收监七日，并派人在狱中引其斗殴生事。不料，令狐狮安排高手到牢房中保护儿子。
刘福星找辣椒去金胡子处偷毒药，引来金胡子不满，众人制造内讧的假象。在马巡抚的压力下，刘福星没法，只好将令狐非放走，在中途遇到辣椒和来风袭击。一干人等利用其好色之心将其引到偏僻之地，令狐非最终使出鹰爪功。刘福星等人将令狐非缉拿，游街示众，并进行公审。
令狐非终于认罪，并且使出鹰爪功欲行刺县官，令狐狮同时出手，救走令狐非。金胡子乔装后追击令狐狮父子，令狐非使诈却误杀了自己，灵空寺主持在令狐狮重伤时救走他。徐姿终于无罪释放。素琴越发怀疑刘福星的身份，但也没说什么。刘福星和唐静路遇已为大将军杨傲妻子的霓裳被人偷玉佩，故而结识。霓裳听刘福星的建议，带干娘，就是李鹤龄的娘，去寻访名医，就是金胡子。金胡子怕身份揭穿，故而为母亲悬丝诊脉。霓裳在医馆闲逛，回忆起儿时与李鹤龄的相处时光。
金胡子夜探母亲，但不肯与之相认，但母亲已确定金胡子就是鹤龄，二人真情流露。杨傲派人接霓裳回京，老妇人因不适宜舟车劳顿，在原仓县调养。老夫人知道金胡子在窗外，于是将他失踪之后的事情告诉素琴。原来当年是老夫人恳求霓裳嫁给杨傲来救李鹤龄。杨傲安排一个犯人与李鹤龄掉包，但很快很识破，于是朝廷派出轩辕七杀追杀李鹤龄。
金胡子再次悄悄夜探母亲，母亲要他永不放弃，找机会为自己平反。刘福星怀疑李鹤龄和金胡子有联系，打算查清楚。于是他故意跟踪金胡子，与他打起了哑谜，金胡子假意以第三者的身份开始跟他讲述李鹤龄的故事。刘福星更加确定了，金胡子就是李鹤龄。
杨傲用北霸天替代李鹤龄斩首，六扇门捕头轩辕七杀一路追杀，并发现掉包之计。杨傲暗中派杀手追杀轩辕七杀手下十二生肖，嫁祸给李鹤龄。轩辕七杀怀疑杨傲，但苦于没有证据。沦为乞丐的李鹤龄眼看着自己生命中最重要两个女人在面前，却没法相认。杨傲派人毒杀乞丐，恰巧碰上善用毒物的师叔，捡回一条命。
李鹤龄师叔阎王债主要求和李鹤龄比医术，一个下毒，一个解毒。阎王债主不断地下毒，之后带人来让李鹤龄医治，其实阎王债主下毒的都是常年久病的人，让李鹤龄治医治后连旧患一起治好了。被阎王债主下毒后，李鹤龄的胡子和头发都变成了金色。刘福星感慨朝廷俸禄少，想拿令狐狮家中财物归为己有。杨傲派人调查金胡子，誓让李鹤龄再死一次。
刘福星矛盾不知该如何处理与素琴的关系。挣扎许久，终于决定去看望生病的素琴，并亲自下厨。令狐狮暗杀刘福星，素琴舍命相救。刘福星前往武宁府查案，路遇官员朱大人，其宠妾被情魔杀害。情魔寄情诗给王大人爱妾姬雪，刘福星被要求保护姬雪。马巡抚请刘福星协助女婿胡天禄调查情魔一案。
情魔易容成王大人模样，掳走姬雪。胡天禄追踪情魔，被情魔打伤。刘福星和唐镜在王府房梁上找到死亡的姬雪。自负的胡天禄因不满岳丈把案子交给刘福星，故意指使手下不配合查案。刘福星发现情魔所发的情诗月字有错体，而且胡夫人，云娘也收到情诗。而此时胡天禄需要上京，只好将夫人的安全托付给刘福星。
刘福星将云娘藏在何捕头家里，安排人手暗中保护，另唐镜在王府假扮云娘，设下陷阱引情魔出来。何捕快妻子银珠与云娘交换了衣服，惨死在情魔手下。刘福星去原仓县请金胡子协助调查情魔一案。胡天禄带云娘暗中离开，同时刘福星带大队人马护送假的云娘走，岂料在半路中，情魔出现，杀死云娘。胡天禄与情魔打斗，将其杀死，那人竟是捕快何九。胡天禄带人搜查何九家，发现许多有关情魔的东西，大家认定何九就是情魔。
马巡抚要求就此结案，但金胡子和刘福星都有所怀疑。刘福星故意装傻，四处游山玩水，实际上和金胡子一起暗中调查。金胡子带来风和辣椒来到树林中案件重演，刘福星和金胡子让来风、辣椒和唐镜去偷胡天禄的日记，后被胡天禄发现，让胡天禄心生怀疑，派人监视一干人等。
真正的情魔出现，要对来看望刘福星的素琴下手。刘福星赶走了胡天禄派来跟踪他和素琴的钟良，但却遇到了真正的情魔，中计被掳。情魔将二人安置在悬崖边的小屋里，为了逃命，二人跳下悬崖，恰巧金胡子等人赶到，将他们救走。金胡子和情魔正面冲突，情魔告诉金胡子真相。原来当日胡天禄故意引情魔到林子里，并且打伤情魔。身中奇毒的情魔被阎王债主救走。
原来胡天禄为了直步青云杀害自己的妻子，嫁祸情魔。刘福星等人设计抓情魔，情魔被及时赶到的轩辕七杀抓住。大学士庞大人从中作梗，押送情魔上京候审，原来胡天禄与庞大人的三女儿有私情。胡天禄在去京城路上布置了杀手，但中途让金胡子救走了情魔。情魔将自己的心病的来由讲给金胡子听。
情魔原是骆家少爷骆超，有个青梅竹马的女孩春红，因为有个赌徒爹爹而被骆家二娘嫌弃。二娘勾引骆，又嫁祸给他，为此他惨遭爹的毒打，不小心被打到要害，丧失了性能力。春红本与骆约定私奔，可最后终于没出现。骆回家发现爹被二娘连同奸夫打伤致死，所有家当被席卷一空，一怒之下，杀了二娘。后被心魔缠上，不断地杀人。素琴知道刘福星不是刘添爵，内心矛盾。胡天禄与庞大人三女儿遇之成婚在即，家中却不停出现怪事。
情魔掳走遇之，却遭胡天禄暗算，负伤逃走。情魔告诉遇之胡天禄的所作所为，胡在外听到，冲进来刺伤情魔。胡天禄终于当着遇之的面，承认自己的罪行。而刘福星一群人都听到了，在轩辕七杀帮助下，擒住胡天禄。刘福星放走情魔给他三天自由，之后情魔自首。情魔去杏花楼看望春红，并为春红和九斤做证婚人，看着他们成亲，终于解开了心结，之后回去自首。遇之受刺激太大，精神失常。庞大人为泄愤，在狱中杀死胡天禄。
