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机动战士高达SEED
在人工卫星生活的新人类“COORDINATOR”，在认知世间开始了数十年后…C.E.70.02.11…地球联合与Z.A.F.T.因为经济的摩檫而引起对立，正处于胶着状态，两者试图循外交手段来解决纠纷，但种种问题把两方塞在岔道中，最后终于宣布开战。两派的战与和在所谓的“血染情人节”事件后变成了彻底的战争，情人节期间，人类利用核弹攻击了新人类的卫星，造成大量伤亡。两方势力的全面开战直接导致了一些事件的发生，比如将第三方中立势力拖入战斗，也把一些少年卷入战争的旋涡。基拉·大和是一名的工业大学学生，曾与新人类势力的最高权利人士萨拉议长的儿子阿斯兰是非常要好的朋友，阿斯兰回国后，基拉过着平静的日子。一直到有一天与一帮朋友去学校，却碰到ZAFT军来这里抢夺高达，基拉便因此得以进入高达内部开始驾驶高达，并与自己儿时的好朋友阿斯兰作战。
札夫特军和联合军开战至今，已过了11个月。 中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯，悬浮在L5区。基拉・大和是在该地的工业学院就读的学生，他与平常一样出席研讨会时，在那里碰上了入侵太空殖民地，欲夺取高达的札夫特军。 配件所发生爆炸，太空殖民地内部也被MS基恩入侵，整个赫利奥波利斯陷入一片混乱。札夫特军不仅突袭成功，就连联合军秘密地制作的五架机动战士高达，也有三架落入他们手中。 找寻避难所的基拉，为了追逐一名未能及时逃脱的少女，在工厂区域内迷了路，并无意中在那里看到幸存的两架高达。同行的少女看到它们后，不知为何惊声尖叫。基拉设法让那少女找到了地方避难，自己却无处可躲。 在现场的联合军官玛硫・拉米亚斯，原想指引他到幸存的MS强袭高达中，但却遭到札夫特士兵袭击！而那个人，正是基拉的儿时好友阿斯兰・萨拉。
熊熊大火中，阿斯兰夺走剩下的MS神盾高达后逃走。这时基拉和玛硫已坐上强袭高达，勉强从崩坍的工厂中逃出。然而札夫特军的MS基恩已经驻扎在外面，负伤加上根本不会驾驶的玛硫无法操纵高达。在这千钧一发之际，基拉代替玛硫操纵高达。他极速修改了高达的OS，解放强袭高达的潜能，以压倒性的力量击败基恩。虽然基拉和朋友逃过一劫，却因知悉军方机密，而被玛硫拘留。尽管他们曾尝试反抗，但最终被迫服从。 与此同时，由于基恩被破坏，克鲁泽也开始采取行动，察觉到这事的穆，也前往赫利奥波利斯，两机在战场相遇交战，闯进了太空殖民地的内部。 另一方面，娜塔尔等人被困在爆炸后的矿山区中，他们聚集幸存的人启动大天使号。太空殖民地传出诡异的鸣动声。期间，克鲁泽操控的MS席古，与强袭高达展开激战。被身经百战的克鲁泽耍得团团转的基拉，虽然有穆的支援，也无法改变形势。在这个节骨眼上，大天使号冲破岩壁，强势登场！
基拉等人遭克鲁泽操纵的MS席古袭击，大天使号在这个时候出现在他们面前。战况正酣之际，本来想狙击克鲁泽的强袭高达，意外射穿了太空殖民地，所有人都被这种威力吓呆了。克鲁泽眼看形势不妙，暂时撤退。 基拉等人登上了大天使号，士兵们惊奇地发现这个孩子竟能操纵高达。穆则看出基拉是调整者。 另一方面，回到战舰中的克鲁泽，由于感到高达性能所带来的威胁，决定再次出击。没有获准出击的阿斯兰，私下乘坐神盾高达，前往基拉的所在地。 被基拉修改了OS的高达，只有他一个人能操纵。虽然他拒绝再次驾驶高达，但由于敌人的接近，他已无路可退。 战斗再次展开，太空殖民地所受的破坏也愈来愈大。基拉击落了米歇尔驾驶的吉恩，再次与驾驶着神盾高达的阿斯兰相遇。双方的敌对立场，让两名少年都感到很迷惘。 另一方面，他们四周的战斗更加白热化，赫利奥波利斯受了致命伤，开始崩溃。
基拉带着救生艇从崩溃的赫利奥波利斯宙域逃脱，一同返回了大天使号。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔狄弥斯。克鲁泽虽然追丢了大天使号，却推测出了大天使的行动，并谋划了封住大天使号道路的作战。 基拉回到战舰后，和托尔等人一同留在难民居住区。穆叫他去维修高达，他却反驳说自己不是驾驶员。 另一方面，阿斯兰被克鲁泽质问有关上次出击的事，他说自己想说服故友基拉，并发誓若不成功，会亲手解决他。 战况就如克鲁泽料算的一样，大天使号遭前后夹击。在一片战斗部署的声响中，托尔等人体谅到基拉的苦衷，决定自愿承担战舰的工作。独自苦恼着的基拉，被穆的话语和朋友的行动所打动，决定再次驾驶高达。 大天使号启动引擎的同时用特装炮展开炮击。敌舰仿佛收到讯号一样，随即派出MS队。 基拉在弹射器上高呼：「基拉・大和，高达出击！」
出现在强袭高达面前的，是四架被抢夺的高达。札夫特军把夺取的高达全部投入了战场！基拉和阿斯兰再次在战场上相遇，决斗高达也闯入二人之间，就连暴风高达和迅雷高达都加入战团，战况一片混乱。 另一方面，穆驾驶着梅比乌斯零式先行出击，突袭梅萨琉斯号战舰。遭突袭的梅萨琉斯号被迫逃离战场，然而处于上风的伊扎克和提亚哥，漠视撤退命今，继续攻击基拉。尚未习惯作战的强袭高达耗尽了能源，导致相转移装甲消失，陷于九死一生的危机中！ 就在这时，以MA形态出现的神盾高达，将基拉抓住。阿斯兰打算把基拉带去札夫特军，基拉动弹不得，无从反抗。此时穆闯入并支援基拉，替他更换能源盒，才让他好不容易地击退伊扎克等人。 大天使号终于脱离险境，安全抵达地球联合军的要塞阿尔狄弥斯，然而又一场危机却在那里等待着他们……。
大天使号好不容易才摆脱札夫特军的追击，逃进军事要塞「阿尔狄弥斯」，然而，原本的盟友方士兵们却举枪恭候，大天使号的成员被要塞司令贾西亚软禁。 虽然同为地球军，但玛硫等人所属的是「大西洋联邦」，而阿尔提密斯则是「欧亚联邦」的要塞，两者不算是同路人。贾西亚打算抢走大天使号和高达，作为返回欧亚本土的交换条件。他用基拉的朋友要挟基拉，要他为高达解锁。 与此同时，在远处包围阿尔狄弥斯的卡莫夫号战舰采取了行动。阿尔狄弥斯拥有一种名为「全方位光波防御带」的特殊防御兵器，能够完全反制敌人的攻击。 然而，迅雷高达的「幻象粒子」（即将机体隐形）模式，却能够攻破这种兵器。阿尔提密斯受到突如其来的攻击。由于士兵们一直对光波防御带充满信心，所以纪律散焕，被意料之外的情况弄的措手不及。基拉乘这空档突围而出，返回强袭高达，迎击闯进来的迅雷高达！此外，决斗高达和暴风高达也在外围向阿尔狄弥斯展开攻击。强袭高达与迅雷高达的战斗也因塞破坏而终止。基拉与脱身的大天使号，一起离开了完全崩坏的无敌要塞。
虽然大天使号利用札夫特的攻击，成功逃离阿尔狄弥斯要塞，但舰上严重缺乏物资，弥漫着的不安情绪也愈来愈浓重。穆心生一计，建议前往废弃区域，在被遗弃的舰艇上寻找物资。在「血腥情人节」中遭破坏的尤尼乌斯7也在该处。克鲁泽返回PLANT，并出席最高评议会的研讯会，说明「赫利奥波利斯崩溃」的经过。他在那里与暗中有联系的PLANT国防委员长派屈克・萨拉，将会场的气氛诱导至倾向消灭自然人的方向。 另一方面，托尔等人继续在尤尼乌斯-7的残骸中搬运物资。漂浮中的大陆残骸，生动地呈现出战争的现实。负责巡逻的基拉，遇上侦察型基恩，搬运的地方就在它的侦察路线上！基拉的希望落空，吉恩发现了托尔等人。 强袭高达击败了吉恩，基拉第一次体会到亲手夺走别人性命的那份沉重。他在那里发现了救生艇，以及里面的拉克丝•克莱因。这次命中注定的邂逅和哈罗一起翩然而至。
废弃区域中救出的救生艇内，有一名少女，以及一个小小的机器人。少女是拉克丝•克莱因，机器人是哈罗。她是PLANT最高评议会议长西盖尔・克莱因的女儿，为了出席「血腥情人节」悲剧发生一周年的追悼仪式，以慰问团团长的身份来到这里。天真烂漫的她为气氛紧张的大天使号，带来了奇妙的安心感。惟独天生讨厌调整者的芙蕾・阿斯达，拒绝接受她。 与此同时，在梅萨琉斯号维修期间先回家的阿斯兰受到召集，奉命搜寻未婚妻拉克丝•克莱因的下落。阿斯兰承担了把她救出来，以英雄身份返回PLANT的义务。 另一方面，大天使号在就如何处置拉克丝而出现争执的时候，收到期待已久的第8舰队先遣部队发出的救援信号。这个好消息让舰上的阴霾一扫而空，然而，札夫特军的梅萨琉斯号，也正逐步逼近救援舰队……。
期待已久的救援来临，大天使号终于可以放松神经了。和舰艇会合的是第八舰队的蒙哥马利号、伯纳德号和罗尔号三艘舰只。芙蕾的父亲、地球军外务次官乔治・阿斯达，也在蒙哥马利号上。舰队遭到札夫特军袭击，临危受命的大天使号马上前往支援，见到的却是瞬间击沉伯纳德号和罗尔号的神盾高达。基拉驾驶强袭高达出击，却被阿斯兰挡住去路，两雄互不相让。札夫特军舰梅萨琉斯号逼近蒙哥马利号，父亲危在旦夕！ 芙蕾目睹这个情况，将被软禁的PLANT评议会议长女儿拉克丝•克莱因拉到舰桥上，打算用她的生命来确保蒙哥马利号的安全。可惜她的希望落空，蒙哥马利号在芙蕾眼前，被梅萨琉斯号的炮火击沉。芙蕾的提亚哥惨叫声响彻云霄！娜塔尔心意已决，以拉克丝为人质，迫使梅萨琉斯号停止攻击。
虽然大天使号以拉克丝・克莱因作为人质，制止了札夫特军战舰梅萨琉斯号的攻击，但看到救援舰队在眼前遭敌军全部消灭的景像，舰上的人们士气大跌。特别是父亲被杀的芙蕾，陷于半疯狂状态的她把愤怒发泄在基拉身上：「你也是调整者，所以才不愿认真作战吧！？」 基拉大受打击，沉默不语，应被软禁的札夫特军歌姬拉克丝，来到他身后和他攀谈。拉克丝认识基拉的挚友阿斯兰，同时是他的未婚妻。基拉回想起昔日的好友，如今二人却兵戎相见。她温柔的低声说道:「若你们二人能不用战斗就平息事件……那该多好。」 经过一番犹豫，基拉决定把拉克丝送回阿斯兰身边，并借着朋友的协助，在未经批准的情况下启动强袭高达。强袭高达和神盾高达、基拉和阿斯兰第四次相遇。基拉把拉克丝交到阿斯兰手中，在好友的呼唤中转身离去，二人各自走上自己的命运，正式决裂。
基拉按照约定返回舰上，玛硫衡量利弊后，对于他擅自把拉克丝放回札夫特军一事，决定不作追究。 托尔等人虽然被先遣部队在眼前遭毁灭的景像所打击，但很快就因无须再战斗而感到安心…除了芙蕾之外。雪上加霜的是，卡兹告诉芙蕾，他无意中听到夺走芙蕾父亲性命的神盾高达驾驶员，曾是基拉的好朋友。 然而芙蕾在基拉和朋友面前出现时，不知为何道了歉，意外的言语让基拉感到不解。这个时候传来警报，札夫特军的三架高达，想在基拉等人与舰队会合前，作出最后一击！一名难民少女和芙蕾对基拉说：「请保护我们」，基拉听到后，向战场出发。 札夫特军看穿了大天使号的战斗模式，攻击极为猛烈，迅雷高达摆脱强袭高达和梅比乌斯零式，逼近大天使号，使它走投无路！这个时候，基拉体内出现异变，强袭高达一下子就击退了决斗高达。由于伊扎克受伤，其余两架高达也被迫撤退。
大天使号终于成功地与地球军第八舰队合流。一片慌乱中，恋恋不舍的基拉努力整备着强袭高达，玛硫前来感激他一直以来的帮忙。旗舰墨涅拉奥斯号的舰队司令哈尔巴顿提督亲自登上大天使号，他是「Ｇ」计画的最大支持者。大天使号和他进行会议后，被告知要前往位于地球军总部所在地阿拉斯加。会议期间也因对基拉的处置方式而出现纠纷，娜塔尔主张强行让他继续驾驶强袭高达，但却被哈尔巴顿驳回。 为了方便行动而加入军队的塞等人，得到了娜塔尔发出退伍令，然而芙蕾却要求加入军队，她表示是为了继承亡父的遗志，终结战争。朋友们也受到她的感召，继续留在军队。目送进入逃脱用舰船难民的基拉，拿到了朋友们递过来的退伍令，并被告知他们都已成为了军人。这时警报突然响起，原来克鲁泽的舰队在重整战力后，发起了总决战。基拉的脑海中，浮现出玛硫，哈尔巴顿，还有难民少女的说话。他把退伍令丢弃，奔向强袭高达。
第8舰队在地球轨道上与札夫特军展开了壮烈的会战。虽然地球军在数量上占有优势，但在克鲁泽队的基恩和四架高达面前，地球军节节败退，不断被击落。 激战之中，大天使号提出紧急降落地面。这不是要在敌人前面逃跑，而是要以身为敌军目标的大天使号作诱饵，让舰队免于全灭的命运。基拉为了守护船舰，决心再度出击。然而，一心复仇的伊扎克，驾驶装上突击护甲的决斗高达，挡在基拉的面前。降落的倒数继续进行，逼近突入临界点时，札夫特军舰卡莫夫发动自杀式攻击，千钧一发之际，哈尔巴顿提督把墨涅拉奥斯号撞向卡莫夫号，在宇宙中灰飞烟灭。 然而趁双方激战启航的难民们的救生艇，被怒火中烧的伊扎克击中，基拉一路守护着的难民，竟都在他面前丧命……。虽然大天使号最后成功降落地球，但代价却是第8舰队的重大牺牲。
在与第八舰队决战的前夜，拉乌在威萨利乌斯号自己的房间里回顾了自赫利奥波利斯遇袭以来的所有事情，并且提到了乔治·格雷恩——第一个调整者。 乔治·格雷恩是在受精卵阶段接受了人为遗传因子操作而诞生的人，因此无论是智力还是身体，他都比一般人更加优秀，所取得的成就也令普通人望尘莫及。在乘坐自行设计的宇宙船执行木星探测任务的时候，乔治·格雷恩公布了自己出生的秘密。随着调整者的逐渐增多，其与自然人的冲突也愈演愈烈，乔治·格雷恩本人也死于自然人的暗杀。
为了拯救和决斗高达战斗的强袭高达，大天使号大幅偏离了原定轨道，降落在属于札夫特军势力范围中的非洲。 基拉虽然获救，但伤势严重发高烧晕倒了，芙蕾意外负起照顾基拉的责任。身为调整者的基拉，开始展现惊人的恢复速度。 然而，基拉看到芙蕾带来的小折纸，却陷入了恐慌状态。因为这是那名乘坐救生艇离开、却在基拉眼前丧生的少女送给他的东西。芙蕾像慈母一般安慰狂乱的基拉，怀抱伤痛的二人因此拉近距离。然而，芙蕾心中却打着别的主意，她心中一直默念的是：基拉要战斗，再战斗，然后死亡。藏在她心底深处的，不是对基拉的倾慕之情，而是复仇的暗火。 另一方面，一支游击队发现了在沙漠降落的大天使号。其中一名队员，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈……她是基拉在赫利奥波利斯的战火中，曾有过一面之缘的少女。
大天使号在北非的沙漠着陆，舰上的人还没来得及喘口气，就遭到札夫特军的夜袭。率领精锐部队来袭的猛将，是安德烈・巴尔菲鲁特，又名「沙漠之虎」。 不想再有人死了！基拉无法抑制想战斗的心情，在黑暗中出击。然而他不习惯沙漠战，连姿势也无法好好控制。这时以四脚行走的MS巴库来袭，幸亏基拉身为调整者，战斗能力十分卓越。他配合沙漠的环境调整触地压力，迅速修改数据。巴尔菲鲁特对这种速度惊讶不已。 沙漠之虎的旗舰雷塞布斯用主力炮进行炮轰，巴尔菲鲁特也终于开始认真。就在这时，基拉等人收到神秘通讯。他们听从指示，把巴库引到沙模的地洞中，用奇袭将其一举击溃。拯救基拉的，是卡嘉莉•尤拉•阿斯哈率领的游击队「光明沙漠」，是一支对抗沙漠之虎的部队。
凭借反抗组织「光明沙漠」的协助，强袭高达几经辛苦击退了由巴尔菲鲁特率领的巴库部队的强烈攻击。与等待天明的大天使号会合的「光明沙漠」队员中，基拉认出曾在赫利奥波利斯遇袭时，有过一面之缘的少女卡嘉莉•尤拉•阿斯哈，彼此都有些吃惊。 在反抗组织首领赛布带领下到达秘密基地的玛硫一行人，得知地球军在非洲的据点「维多利亚基地」已经失守。如今大天使号只能横越红海，通过太平洋进入阿拉斯加。然而「沙漠之虎」巴尔菲鲁特和地上航母雷塞布斯，却驻守在这条航线上。 与此同时，巴尔菲鲁特正准备对「光明沙漠」进行报复攻击。夜幕再次低垂，大天使号上的人稍作休息。为了与雷塞布斯作战，正在调整强袭高达的基拉，被卷入芙蕾与塞的争执中。芙蕾公开了自己与基拉的关系非比寻常，被惹恼的塞向基拉求证。一直压抑着感情的基拉，终于忍不住爆发。这个时候，夜空染成了火红色，反抗军的家人居住地塔修鲁，正在燃烧。
巴尔菲鲁特的「沙漠之虎」，袭击了抵抗组织居住的村庄塔修鲁。巴库发射的导弹把村庄变成了一片火海。幸好他们预先发出攻击警告，没人伤亡，只有村庄被焚毁。 另一方面，前往救援塔修鲁的穆和反抗组织成员，看到敌人撤退后留下一片灰烬，愤怒异常。「用这种程度的报复来了事，算是他们的仁慈吗？」穆的话语，让反抗部队成员义愤填膺。 结果，数名一心想复仇的反抗军，鲁莽地驾驶越野车追击，然而完全不是MS巴库的对手。在反抗部队被打得人仰马翻之际，强袭高达前来营救。基拉在战斗中改写热对流的参数，迎击巴库。收集了强袭高达实战数据的巴库部队，眼见形势不利，自行退却。 然而，卡嘉莉在这一仗中失去了战友亚夫门德，崩溃痛哭，更因为基拉说这种战争一点意义都没有，而向其大发雷霆。 不过下一秒，基拉扇了卡嘉莉一耳光，大声喊出「只会感情用事，又能保护什么！？」
基拉和卡嘉莉为了补充欠缺的物资，潜入札夫特军基地所在的班纳迪雅市场。二人偶然结识了正在那里吃饭的安德烈•巴尔菲鲁特，被过份热情的安德烈折腾的够呛。这时他们突然遭到反调整者的激进组织「蓝色宇宙」的游击队袭击！ 巴尔菲鲁特为感谢二人的帮忙，邀请他们到家中作客。在那里，安德烈的恋人爱夏，替卡嘉莉换上裙子。两人对这种诡异的热情招待，感到困惑不已。 其实巴尔菲鲁特早已看穿二人的身份，他用枪指向基拉，质问他应该如何结束这场战争，是不是要把敌人完全消灭才能完结？然而，他又出乎意料的收起手枪，放走二人，还说很高兴能和他们交谈。 另一方面，在大天使号内，塞在机库中擅自启动强袭高达，引起骚动。塞对于自己无法随心操作，丧气不已，目睹这件事的芙蕾，也不禁眼泛泪光。
在久违的休息日中，阿斯兰驱车前往拉克丝的家。克莱因府位于PLANT的高级住宅区中，二人在里面开心地聊天。 阿斯兰从拉克丝口中，得悉基拉仍非常珍惜她送的礼物-托利，不禁惆怅起来。 与此同时，二人的父亲正在最高评议会中，就继续战争，还是与自然人共存进行激辩。稳健派的西盖尔•克莱因，一边压制企图发动「割喉作战行动」的强硬派屈克・萨拉，一边苦恼如何能走上和平之路。 另一方面，驻留在反抗组织基地中的大天使号里，也正在拟定突破「沙漠之虎」防线的策略。穆认为以地雷区为主要战场的诱敌作战，会造成大量牺牲，而忧心忡忡，但反抗部队成员的心意已决。 这个时候，基拉推开准备投入自己怀抱的芙蕾，跑出房间。准备迎接新的战斗。
铃村健一
Shinn Asuka (voice)
坂本真绫
Lunamaria Hawke (voice)
关俊彦
Rey Za Burrel (voice)
折笠富美子
Meyrin Hawke (voice)
小山茉美
Talia Gladys (voice)
高桥广树
Arthur Trine (voice)
石田彰
Athrun Zala (voice)
保志总一朗
Kira Yamato (voice)
田中理惠
Lacus Clyne (voice)
进藤尚美
Cagalli Yula Athha (voice)
三石琴乃
Murrue Ramius (voice)
子安武人
Mu La Flaga / Neo Roanoke (voice)