...
晚清末年，深宫之中，文渊阁里净坛密藏宝图失窃，为争夺这份几乎能改天换地的宝藏，各方势力蠢蠢欲动。身份各异的一行人卷入一场离奇的寻宝之旅，并在恢弘激荡的历史浪潮中，逐步坚定救国的理想。
天津大沽县一家客栈中九人惨遭杀害，捕快王地保前去调查，通过唯一幸存者林安静提供的线索，王地保推断案犯来自棱西。他以此线索追凶，拦截了准备离开大沽的融天剑派一行。王地保势单力薄，被围攻受伤，但仍不懈追凶。他在追查途中，再次偶遇林安静，向其承诺一定会将凶犯缉拿归案。另一边，皇宫文渊阁中一张神秘藏宝图失踪，与流言谋反一事息息相关。存清探查皇室族谱推断出祺亲王或牵涉其中，派人紧盯。与此同时，存清下令释放因参与维新变法而入狱十二年的乾清门侍卫门三刀，任命门三刀调查此事，揪出散播谣言、盗取藏宝图的幕后谋反者。
存清告知门三刀，宫中丢失的藏宝图指向了明朝富商汪直留下的巨额财富，此宝藏被南少林秘密封藏，称作“净坛密藏”。大清多年来曾派出数名顶尖高手寻宝，但都以失败告终。门三刀推测反党寻宝定是为芒种起事作准备，顺线追查，便能捉住谋反主使。于是他从微处着手，梳理脉络，先是找出了里应外合偷盗宝图的宫女婉和与御膳房厨师老姜，查出老姜将藏宝图给了赌鬼陈五。接着顺藤摸瓜，找到了乱党为造势起事在贡院布置的火药装置埋藏地，顺势揪出存清身边的祺亲王内应—汗赫。
天津府内，门三刀通过被灭口的九人尸体推断，他们死前遭受鞭刑用毒等，再结合陈五死前供词，可知拿走当铺银票的接头人有奇特装扮，种种线索都指向了融天岭一派。门三刀心知融天岭掌门卓不凡武功高超，或是难缠的对手，因此立即交待直隶厅紧急戒备，全力追查融天岭。汗赫也在酷刑下吐露出文渊阁的藏宝图实为残卷，而这次盗窃出宫正是为了携其与海外人士谭先相会，获取更多宝藏信息。存清大怒，勒令门三刀即刻启程去往上海，全力以赴追缉藏宝图下落之外，务必将谭先等人擒获。
伪装成进步学生的融天岭弟子唐雨，因为接受了同盟会思想的洗礼，故向众弟子传达出了参与革命的意愿，同门们也对此热情高涨。雨夜，他们在大车店歇脚，未曾想门三刀携大内侍卫顺着蛛丝马迹找到了他们的所在地突袭。弟子们仓皇应战，唯一从慌乱中逃出的唐雨却又被追凶的王地保堵截，步入绝境，死在其刀下，门三刀疾步赶到，劝令王地保返回大沽县衙，不要再插手此案，却被坚定追凶的王地保反驳。门三刀认为其无可救药，不再多费口舌，遂离去。随后王地保从唐雨所携带的册子上找到了接头时间和地点——四月初一，上海北郊，门兴旅馆。
客栈内，格泰向门三刀讲述出净坛密藏的传承原委——康熙年间，朝廷为寻得净坛密藏围剿南少林，最后一任方丈圆寂前，把藏宝图交给了戒律院首座，但其后人却出于贪婪投靠了朝廷，宝图因此便收藏于文渊阁。两人据现有的线索抽丝剥茧，推测谭先兴许就是掌握密藏的南少林传人之一。姜恨救治了浑身伤痕的王地保，二人相互交流了一番关于理想的愿景，但王地保并没有听进去姜恨的话，谢过后，便继续踏上追凶之路。而此时上海法租界内，门三刀、融天岭、日本人等多方势力在麦琪路上盘踞，暗自进行部署，一时间肃杀之气暗涌危机四伏。
融天岭等人率先出手，对王地保群起而攻之，门三刀有惜才之心，下令内务府保下王地保，自己则出手对抗卓不凡。门三刀和卓不凡对战数十回合，难分高下，但也能看出二人彼此有点英雄惜英雄之意味。三方混战开始，柳琳见此混乱局面，决定带着谭先试图趁乱逃走，却被野上寒拦下，僵局难破。大批巡捕蜂拥而至，将几方团团围住，举枪威胁。门三刀只得眼见领头官员将谭先和柳琳带走，日本人和融天岭也趁乱逃离。
卓不凡看穿了谭先和柳琳的计划，遂令霍芩潜入酒店逼问出谭先的秘密，卓不凡则在街道上拦截门三刀，以拖延时间。酒店内，谭先抗住了霍芩用毒的威压，把密件焚毁后服毒自尽，霍岑仓促间瞥到了上面的只言片字。卓不凡眼看霍芩归来，不再恋战，带人离去，此时的门三刀顿悟赶到酒店内，却只看到了被焚烧成烬的信函和死去的谭先。门三刀以帮巡捕房探长出谋划策为交换，得到封锁搜查谭先房间一个晚上的便利。搜查中，门三刀先是通过送进来没有被动的餐盘，得知晚上即将有一通电话打来找谭先，这个人很有可能就是真正的接头人。于是门三刀晚上来到电话亭，接到一通原本是打给谭先的陌生电话，但对方极其警觉，故一无所获。
乌兰珊邀门三刀前来一叙，并送给他一条吊坠，门三刀不由自主地忆起与格格在宫里初见时的情景，那时格格在宫中肆意的骑自行车，却无意间撞到门三刀，并且无意间扯断了门三刀的挂链，二人的缘分就此结下。门三刀按耐住悲戚的心情，有意提点乌兰珊下月离开京城。卓不凡和于焕杰得祺亲王召见，献上从文渊阁得到的藏宝图，并禀明补全宝图的秘密就在山西汾州府。为了摆脱内务府对寻宝的阻碍，卓不凡恳请祺亲王协助解决门三刀。
怀揣心事的于焕杰回来后受到卓不凡的训斥，愈加羞恼，但只能听从卓不凡的建议连夜赶路前往山西。王地保伤愈，门三刀出于欣赏，欲将其调入内务府，但遭到王地保言辞恳切的拒绝，他直言自己的目标只有一个，就是将大沽命案的凶犯缉拿归案。辞别后，王地保找到了尾随他至上海的林安静，他指出林安静种种行为的疑点，怀疑她是同盟会乱党。林安静却声泪俱下地哭诉自己的无奈与艰辛，引得王地保动摇恻隐之心。在王地保勉强相信时，林安静突然强吻王地保，恳求带她一起走，王地保慌乱中应下。而这一切，其实都是林安静的苦肉计，并旨在向暗藏在浴缸里的清伊信风表明自己的后续计划。王地保心知需靠门三刀才能探听到融天岭等人下落，二人正言语博弈时突遭钱七刺杀。一番恶斗，钱七就要败落之际，姜恨却突然出现把他救走，但此时钱七已回天乏术，逝于江边。王地保回到房内，偷偷听到隔壁门三刀等人在讨论接下来的案情走向。得知一行人即将出发去山西，王地保决定跟随一起前往。却没想到这其实是门三刀的“圈套”，意在借王地保敏锐的追捕能力，更快找到卓不凡，获得线索。
存清奉旨去上海赈灾，顺势与门三刀厘清当前局势，种种迹象表明，背后斡旋之人就是祺亲王，当务之急便是抓紧找到净坛密藏，助大清重振雄飞，于是门三刀带上格泰再次动身，赶往山西。赶路途中，卓不凡因关照到霍芩身体不适，决定留宿客栈。而这也给了王地保可乘之机，他通过调查融天岭曾光顾的饭店，很快便对他们落脚的地方有了头绪，林安静则在暗中策马紧跟。王地保孤身拦下融天岭众人，欲将其捉拿归案，但实力不敌，被卓不凡一招击倒，气若游丝。随后赶到的林安静和大内侍卫都认为王地保命之将尽而离开，林安静甚至在离开的时候，没有意思留恋，仿佛曾经二人经历的过往，都不值一提。
门三刀一行抵达汾州府，再次巧遇林浩瀚。多番巧合使得门三刀对其生疑，令侍卫将林浩瀚抓来。在一番询问之下，因为林浩瀚太过巧舌如簧，但又显得很诡计多端，依旧没有获得门三刀的信任。但因为每次相遇的时间和地点，都实在蹊跷，门三刀秉持着十分严谨的态度，决定将林浩瀚先绑在自己身边，时时刻刻盯着他的同时，也意在利用林浩瀚古董商人的眼力为自己所用。林安静暗中与清伊信风会面，汇报自己一路追踪到的融天岭行踪。野上寒对其十分不服，于是暗中动手，但没想到反被林安静钳制住。野上寒这才知道，清伊信风所说的，她就是最优秀的，是何含义。随后清伊信风对林安静下达行动目标——破坏搅局，让各方都无法找到净坛密藏。
王地保衣衫褴褛地抵达汾州府，几经波折终于找到北洋军驻地，想要当面求见龙池将军以递交信函，却没想到士兵瞧不起王地保的装扮，更是对他亮出的大沽县衙捕快身份嗤之以鼻，便将其像叫花子一样打发了。王地保无奈，只能拜托士兵帮忙把信函代转，而后离去。但没想到，龙池将军看信函后便大惊，立即下令将其寻回，奉为协军校，统领三十士兵，极力协助他追寻卓不凡一行人下落。但王地保走后，龙池给手下丁羽说，表面是协助王地保追凶，实则是跟着他，紧盯净坛秘藏的下落。这笔财富，一定不能落入别人之手。丁羽这才恍然大悟，直呼自己一定竭尽全力。
兆庄乱坟岗上，柳琳面对几十座荒冢一筹莫展时，数名融天岭弟子现身，少顷，门三刀也带着内务府一干侍卫抵达此处，两方势力剑拔弩张。同一时间，清伊信风、野上寒带着林安静和一队武士暗中赶到，藏匿在山头。林浩瀚一边撒纸钱，一边通过坟头土的年份判断“铲子”的墓穴，找到后，侍卫不消片刻便将其挖开。然而棺材里根本没有尸骨，只有一件布衣，包裹着一只瓷罐。卓不凡登时出手，与门三刀争夺瓷罐。就在融天岭占据上风之时，北洋新军突然出现，持枪将乱坟岗中的所有人都围了起来，一身戎装的王地保现身，众人震惊。威逼下，卓不凡假意归还瓷罐，实则瞬间将瓷罐击碎，趁乱带着弟子从容脱身。
深夜，门三刀与王地保约在酒馆见面，两人就近日发生的事情徐徐梳理后，达成共识。他们既是同为大清效力的一方，与其各自行动，不如就此联手。因此两人约定坦诚相待，展开通力合作。驿站内，林浩瀚费尽心力将瓷罐修复完成，唯有底面落款已碎成渣滓，无法再现。门三刀明察秋毫，看到瓷罐壁上隐隐约约显现出几行难以识别的古篆经文，林浩瀚艰难将其辨认出——吾建超世志，必至无上道，斯愿不满足，誓不成等觉！
林浩瀚其实一眼便看出了瓷罐的产地，本想以此换取便利。林浩瀚对柳琳一番花言巧语，意在想趁此机会接近柳琳。但机智聪慧的柳琳也早已识破林浩瀚的小心思，正打算利用他的诡计，将计就计，套出了瓷罐的出处——福建安慧寺。柳琳设局逃出驿馆，但被技高一筹的门三刀捉回。王地保和丁羽在街头吃饭，正巧遇到林安静伪装成了被妓院掳走的新妓。王地保不忍心，决定救下林安静，丁羽敏锐地察觉出二人关系不一般。但其实，这一切都是林安静的计划，故意让王地保发现并将其救下。王地保虽心中起疑，但还是心软把她带在身边。
晌午，王地保与门三刀在城郊官道碰头，二人皆被迷惑，故竭力追击莫堃、于焕杰一行。然而此时莫堃心下已然明了，这是在以自己作饵来调虎离山。于焕杰得知真相后暴怒，莫堃却颇为欣慰，认为卓不凡有成大事之资，遂令于焕杰带其余弟子速速南下，孤身一人迎战门三刀。莫堃已非壮年且不欲求胜，不多时便在对决中败下阵来，另一边王地保也已追杀了留下断后的秦沱。莫堃感叹程昱穷其一生推翻皇权统治，却不幸有了一个甘为朝廷鹰犬的弟子。门三刀听到自己师父的名号急切询问，而莫堃已坦然坐化。
北洋这边，钟海潮这才得知，净坛秘藏的秘密和祺亲王的阴谋，他终于明白，自己一直在被利用，十分愤怒。夜晚，林安静在车厢内对王地保温柔宽慰，令王地保动容，讲述出自己从读书人成为捕快的曲折无奈，以及自己武功师从破庙老疯子的过往。随后两人酒后交心，王地保坚持强国何须变法，重要的是调动人心，各自做好分内之事，为国分忧，此番天真无邪令林安静又觉可笑又不禁动心。
福建泉州，卓不凡正带着弟子们休整，于焕杰一行风尘仆仆赶到，与其汇合。于焕杰对卓不凡破口大骂，怒斥他无情无义，莫堃师叔早知计划却依旧甘愿赴死。卓不凡震惊，久久不能自己。晚上卓不凡和霍芩聊起过往，说自己曾经用这把破剑，击败三百精金，他虽然有才气和傲气，但也明白身上的重担和责任，决心继续忍辱负重，好好为祺亲王卖命。卓不凡一行到达浮土寺，却被寺内高僧渡厄大师拦下，对出口令才能进入。卓不凡苦于无口令，僵持再三。
寺门外，王地保率领北洋军列队赶到，三方继续混战，卓不凡落得下风，落荒而逃。而后王地保问门三刀寺内详情，门三刀坦言自己没有得到任何信息，也将自己身份一事隐瞒。鉴于秘密只有柳琳知道，门三刀不得不将其带在身边，并依靠柳琳带他前往下一个地点，于是二人达成君子协定，为彼此守住身份和宝藏的秘密。而败阵渡厄一事，虽令卓不凡倍受打击，他一人黯然看着一直陪伴自己的剑。这时霍芩发现他的失落，便来安慰他，鼓励他。卓不凡也有所慰藉，同时想到莫堃的话，这才意识到真的山外有山，天外有天。
林安静佯作生病，让王地保去日本人安排好的药店买药，以此将卓不凡等人已回京城的线索告诉王地保。王地保即刻决定前往京城，追踪桌不凡等人。祺亲王府内，祺亲王怒斥卓不凡办事不力，没有拿到菩提封印。卓不凡向祺亲王不卑不亢地分析当前局势，表示自己寻宝以来的每一步计划都没有落于内务府后，同时此行中他得到了一个重要线索，开启宝藏共需要三份宝图一个口令，缺一不可。如今他和门三刀各执一图，只要内务府不放弃追查，自己则有机会抢夺门三刀的宝图。面对卓不凡的分析和说辞，祺亲王不满，表面应允为他提高报酬，搜集更多线索。但待其走后便单独召见了于焕杰，以名利诱惑他将卓不凡的一举一动随时禀明。
