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电视剧《海之谣》是一部别出心裁的谍战题材电视剧，也是一部精彩绝伦的爱情史诗，兼具了谍战与爱情两条主线，故事从抗战时期缓缓叙述到改革开放之后，讲述了两骨肉兄弟和美丽女子跨越海峡两岸的起伏人生，既有两岸人民对和平的向往，又有满腔热血的爱国情怀，展现了海峡两岸血脉相连、不可分割的骨肉亲情。
平静的大陈岛上突然传来一声枪响，刚刚从美国军校毕业归来的皇甫泰丰之子皇甫再青大吃一惊，策马奔去。国民党司令长官陈盛文一心想进驻下大陈，屡遭皇甫军司令皇甫泰丰反对，此次为试探而来，却被身手不凡的再青阻止而离去。青梅竹马的孙忠义和孙景春，在海边为饱腹捉鱼却被驻岛特工组长高国昌以匪谍之名欲强行带走，被赶来的再青拦下。美貌的阿春却吸引了再青，这一幕被忠义看在眼里，急切向师父孙仲传提出要娶阿春遭到反对。一心想让女儿阿春过上好日子的孙仲传震怒，欲将忠义赶出家门。为尽快解放一江山和大陈岛，我解放军官兵积极投入渡海作战练兵。忠义为证明自己能让阿春过上好日子，聚集渔民闯到皇甫府请愿出海。
孙宅附近一座废弃的小屋，滴滴答答发报的声音传来，地下党员赵参谋长向我军发送情报。突然，高国昌率人赶来，见到的却是阿春。高国昌借机对阿春心怀不轨，被恼怒的阿春踢中要害，气急之下，高国昌举枪对准阿春，却被赶来的再青救下。孙家老小中毒昏迷，再青转身向外冲去。为了报答再青对孙家的救命之恩，想到父亲和妹妹们日后的生活，阿春点头嫁给再青。大陈岛上，娶亲的队伍锣鼓喧天，而海面上，一个身影艰难向岸上爬去。随着一拜天地、二拜高堂的呐喊声，大难不死的忠义得知阿春嫁给再青，只身向皇甫府冲去。忠义的回岛震惊了高国昌，一群特工向忠义追去。
为救忠义，阿春答应皇甫母。被释放的忠义再次潜回皇甫府，要带阿春逃向解放区，却被高国昌发现。阿海和高国昌对忠义展开了一番激烈的围捕。眼看忠义、阿春被追兵抓住，却被赵参谋长率人拦住。高国昌执意要将忠义抓捕，危急时刻，皇甫泰丰赶到，保住忠义。皇甫府，皇甫泰丰接到上峰指令，处决忠义。而赵参谋长的一席话却令皇甫泰丰大惊。高国昌要亲自动手处决忠义，赵参谋长在皇甫泰丰的暗示下，抢先将忠义推进了大海。椒江对岸，解放军女护士唐晓华突然发现昏迷的忠义……团长华冠雄万万没有想到，在忠义身上发现的情报竟是我军急需的大陈布防图，而忠义竟是他寻找多年的烈士叶阿大之子。
我军指挥所，华冠雄暗下决心要把忠义培养成一名优秀的战士。岩石上，晓华动情的与忠义一起喊着“姐，我们一定回来救你！”......而在大陈，回娘家的阿春却突然被两名特工拦截，罪恶的身影狞笑着扑向阿春，猛然傻大青发疯地举起石块向特工狠狠砸去，枪声响了，大青倒在血泊中......谁能想到大青回娘家却竟然丧命，皇甫母看着大青的尸体，悲愤气绝。一时间，皇甫府丧失两命，高国昌大惊，急忙密报陈盛文。陈盛文担忧皇甫泰丰兵变，布兵悄悄包围皇甫府，并率队前来向皇甫泰丰“请罪”。一声枪响，杀害大青的特工当场毙命.....海面波涛汹涌，身携情报任务的忠义在大海中奋力向大陈岛游去……再青伤愈归来，踏门而进，家里已是灵堂……
台湾下令袭击我军椒江，再青深知此战凶多吉少，劝父亲留在大陈。皇甫泰丰向再青说出自己多年的担忧。为保全再青性命，皇甫泰丰下令自己带队前往，并将当年缴获日军的战备物资隐藏地图悄悄塞给再青...... 皇甫军只得奉命偷袭椒江，忠义率领战士们杀回区政府，却发现领军来袭的竟是皇甫泰丰。皇甫泰丰被俘，忠义却下令释放皇甫泰丰，战士们惊讶之际，高国昌伺机发起攻击，炮弹向忠义等人接连飞来……忠义等人被炮轰而陷入昏迷，再青赶来救起父亲，见忠义“已死”，带着受伤的皇甫泰丰撤离椒江……
皇甫府，阿春追问再青忠义的消息，却得到忠义已被高国昌的炸弹炸死的消息。阿春心里充满了对高国昌的恨意，拿起再青遗忘在桌上的手枪，冲出门去…… 深夜，阿春为忠义复仇而来。谁料，高国昌早有预感，布下层层埋伏等待阿春。阿春潜入高国昌房内，举枪射击却遭到围捕，危难之际，赶来的再青举枪，掩护着阿春，跑向海边......皇甫府，闪进一条黑影，原来是忠义奉命完成争取皇甫泰丰起义的任务。赵参谋长护送忠义刚要离岛，突然枪声大作，高国昌带着一众特工冲来，危急时刻，赵参谋长把忠义推入大海......皇甫泰丰因不向我军开枪令高国昌怀疑，一场加害他的阴谋悄然展开......荒凉的小岛上，因为小艇汽油耗尽，再青和阿春只能在此躲避等待救援。再青充满着求生欲望，抒发着对阿春的爱恋之情，而阿春却转身离去......
再青用洞里的汽油带着阿春终于回到了大陈岛，却没想到高国昌以放走忠义为名抓捕了赵参谋长，密谋以通共为名陷害皇甫泰丰，而当陈盛文亲自审讯时，枪声响了......践行对阿春的诺言，再青请求孙家再次将阿春嫁给自己时，孙仲传的脸上露出了笑容，却遭到二女儿阿菊的指责。一直怀恨皇甫家和孙家的高国昌收到了一份情报和胶卷。当他看到胶卷中的内容时，高国昌的脸上露出了狡黠的微笑......高国昌的收网行动开始了，皇甫泰丰被软禁，阿菊的老师林香仪被捕，再青也被抓走，阿海带着卫队来找高国昌谈判，却被高国昌反将一军。正在阿海要被高国昌羁押之际，阿海以藏宝图为挟，要求高国昌放了自己，为了藏宝图，高国昌放走了阿海。
椒江，我军一江山的战役即将打响，誓师大会上，给忠义献花的姑娘竟然是被送往杭州医学院学习的唐晓华，她深情地望着忠义，塞给他一把种子，嘱咐他一定要平安回来。战斗打响了，先锋连战友的身影一个个倒下，被任命为代理连长的忠义在敌军强烈的炮火下率领战士们向敌军冲去......大陈岛监狱外传来隆隆炮声，阿春黯淡地说自己不能亲眼看到大陈解放，林香仪却紧紧握住阿春的手坚定给她希望......敌军强迫全部岛民撤往台湾的“金刚计划”开始实施了，刹那间，喊声哭声笼罩着整个大陈......杭州医院，额头缠满绷带的忠义痛苦的挣扎着，敌人的弹片镶进头部，然而为了解放大陈岛，倔强的他毅然放弃手术。到了台湾，再青冲向父亲追问阿春下落，阿海怒斥再青不顾别人，只顾阿春。被激怒的再青拔出手枪，击中阿海......
椒江，一个小屋里，传来滴滴答答的声音，神秘的林香仪正在紧张的接收着电报......欢庆解放的晚会上阿春的表演博得了阵阵喝彩声，而林香仪的目光却悄悄投向了华冠雄......阿春高兴的告诉忠义是林香仪给她安排的工作，然而，却被忠义要与她立即结婚的消息惊呆了......阿春来到病房探望阿海母。阿海母冷言驱赶，却被告知救她的正是忠义与阿春，阿海母愣住了……林香仪为了促成忠义与阿春的婚事来找华冠雄。当忠义兴高采烈的找到阿春，告诉她上级已经批准他俩结婚，谁想，阿春却拒绝了他。原来，她发现自己有了身孕......
抗战时期，大陈岛乡绅吴匡时拉起武装对抗日寇，渔民叶阿大为保护吴家二少爷再青，被日寇杀害。叶阿大儿子叶忠义与吴再青结拜为兄弟，兄弟俩同时爱上了戏班班主的女儿阿春。叶忠义遭迫害逃往大陆，成为解放军军官；吴再青随大陈人迁往台湾成为高级特工，但他仍念念不忘阿春。已是阿春丈夫的海防部队军人叶忠义为履行职责和保卫爱情，与再青展开新的角逐。改革开放后，分离了三十年的老人重逢并收获了各自的爱情。
阿春要离开大陈岛，忠义极力劝阻她却脑伤发作，剧烈的疼痛让阿春放心不下。而晓华眼见忠义心里仍深爱着阿春，暗自淌下泪水。阳光普照着椒江，华冠雄来到林香仪宿舍直率地向她求婚。林香仪竟欣然答应，但要求与忠义和阿春一同举行婚礼......阿春宅的庭院，涌进兴高采烈的人群，原来阿春终于同意嫁给忠义，又将皇甫家藏的“宝藏”交给了政府。台湾，皇甫再青接到指令，潜回大陆重组浙东站，他深知这是高国昌想借共产党的手干掉自己的阴谋，但为能见到阿春却欣然领命......大陈岛出现了再青的身影，来照相馆接头的他却巧遇阿春等人，而阿春隆起的肚子更加引起了他的追问......再青的出现令林香仪大吃一惊，更想不到的是再青竟出现在她的身后。原来，阿海早就告诉过他，阿春被高国昌威胁成为“潜伏人员”，再青要除掉林香仪，解除阿春的危险。然而却在林香仪的劝阻下悄然离去......
华冠雄、忠义两家人的婚礼如期举行着，忠义露出幸福的笑容，但阿春心里却难以轻松......新房里，地上早已铺好了一床被褥，当听到忠义“如今他终于娶到了他这一辈子最想娶的女人，却只能睡在地上”的话语时，阿春悄悄擦拭着泪水......阿春的孩子降生了，取名建军。见忠义抱着建军十分疼爱，阿春欣慰不已。而在台湾，再青也在挂念阿春，他执意再次潜回大陈带回阿春和孩子，这正中了高国昌的阴谋......深夜，一条黑影潜上了大陈岛，他正是再青。巡逻的忠义突然听到有人打听阿海母的消息，拔枪追踪而去......俱乐部门口，阿春正在等待忠义回家，却突然出现了再青。阿春告诉再青她将孩子打掉了……忠义的追捕近在咫尺，再青只得含泪离去.....
华冠雄办公室，忠义无论如何也想不到，阿春竟然在离婚报告上签了字。他失去了理智，怒吼着宁可脱军装也不可能离婚！......深夜，林香仪在悄悄发着电报——很快，高国昌接到发来请求“猴子”休眠的密电，大为恼火，这一幕被突然闯进的再青看到了，他知道，自己再一次牵连了阿春。阿春走了，带走了相框里二人的合照。忠义独自坐在沙发上，看着空空的相框，含泪思念着阿春……台南，孙仲传一家迁到这里，生活的艰难。为了糊口，看了一间生意惨淡小铺却被当地人的歧视。倔强的阿菊不愿接受再青的资助，为了养家糊口，她决意一边打工一边读书。夜校，一位英俊的老师出现在阿菊面前，他是阿菊的老师孟公子。听说阿菊的境遇之后，孟公子决定帮助阿菊。
将建军交给忠义的阿春，回到渔业队独自生活，她不想让忠义和建军因为她受到伤害。当忠义抱着建军来找她时，她只能忍泪将建军推给了忠义……紫阳街，晓华走进了阿春的房门，试图劝说阿春尽早与忠义回家团圆。不想，阿春却把忠义和孩子都托付给了她……台湾，阿菊勤奋的在孟公馆打扫着房间，却遭到女管家桂美的百般刁难，但孟公子对她的无微不至的关怀让她感到温暖。孙家小妹阿果厌恶学习，惹事生非，竟逃学跑到台北去找再青…… 椒江，忠义外出野训，关爱建军的华冠雄突然在医院发现建军是AB型RH阴性血，他知道建军明明是皇甫再青的骨肉，而这罕见的血型却和忠义相同，他们究竟有着一种什么样的关联？他的内心埋下了疑惑……阿春离开后，忠义每日酗酒，为了尽快恢复忠义的正常生活，华冠雄想到了唐晓华……台湾，阿菊阿果看着天上的圆月，思念着分离多年的阿春和忠义……华冠雄接到报告，警备师大院发现异常发报信号，公安人员怀疑与阿春或阿海母有关，华冠雄极力为阿春辩解，但阿春还是被调往边远山区。吉普车开动了，听到建军的哭喊声，阿春的心碎了
阿海日夜思念着母亲，心急的他等不了再青的回答，暗自托人询问阿海母的下落，却被忠义获知。公海船上，阿海似乎看到了母亲的身影在向他伸出双手，他热泪盈眶，痛声呼喊着母亲，这却只是一场梦……谁料此时，台湾当局却密令抓捕了孟公子。阿菊央求再青搭救孟，再青却告诉阿菊孟是个“危险分子”，劝她离开…… 偏远的山区，来探望阿春的忠义却突然见到热情帮助阿春的“红薯哥”，看到这位热心的男子，忠义锁紧了眉头......林香仪设法将阿春调回台州。消息传来，忠义喊着：“这下我们终于可以复婚了！”而晓华的眼里却滚出泪水......阿春在填写着入职报告，突然，看到林香仪手上那颗黑痣，阿春震惊了，仿佛监狱里逼她填表的那双手就在眼前，愤怒的阿春摔门而去......似乎从噩梦中醒来的阿春向华家奔去，然而，当她得知林香仪已经怀有身孕的消息，想说的话突然止住了……林香仪回到家，得知阿春来过，她心里顿时明白了一切……阿春拒绝文化局的工作，令忠义不解……而在医院，当阿海告诉再青，阿春的确把孩子生下来了时，再青欣喜若狂。
为逃避感情的唐晓华只身来到荒岛，忠义从柏队长的嘴里得知此事后迅速赶来，劝说她回大陈岛。而唐晓华心里爱他，却说不出口。丁赞的行径被林香仪发现，她痛斥丁赞不准接近阿春，而忠义却不知道阿春故意接近丁赞，是想成全他和晓华的婚事。忠义一气之下脑伤发作，阿春焦急万分，而丁赞却向忠义投来凶狠的目光。看到酗酒成性的忠义，华冠雄拍案而起，命令忠义必须与唐晓华马上结婚。但忠义的心里挂念的却是阿春。痛苦的忠义来找阿春，不想却被丁赞拦住，冷嘲热讽，顿时一团怒火涌上忠义心头。丁赞的宿舍，阿春喝的咖啡里被他偷偷下了药，当他露出狰狞的笑容扑向阿春时，自己却晕眩着倒了下去，原来他的举动早被阿春看在眼里……
晓华为了建军，试图实现忠义一家人团圆的愿望。而当忠义把建军抱到阿春眼前时，阿春含泪夺门而去。阿春家，丁赞又来纠缠。为了忠义和晓华，阿春故意挽起了丁赞。华冠雄家，被忠义打得鼻青脸肿的丁赞前来告状，却被林香仪当场揭穿，悻悻而去。林香仪来找阿春，劝她远离丁赞。阿春仍因“认罪书”的事对林香仪耿耿于怀。华冠雄对自己的支持让林香仪感动，忍不住问他，如果自己是个“特务”。华冠雄却斩钉截铁的回答自己会大义灭亲。 忠义仍然对阿春抱有一线希望，他等待阿春来看建军，然而，推门而进的却是晓华，看着眼前酗酒的忠义，晓华敞开了心扉。
忠义的脑海里，回想起了晓华对他的点点滴滴，她的真诚打动了忠义。但在新婚之夜，晓华深情地望着忠义，而忠义的目光却在躲避着晓华。晓华理解忠义，默默地在地上铺好了被褥……阿海母告诉阿春忠义和晓华的“秘密”。阿春警告忠义，他这样对晓华不公平。面对忠义的愧疚，晓华却含泪告诉忠义，他俩的结合自己无怨无悔。晓华温柔和包容，令忠义泪流满面，他将晓华紧紧拥在怀里.....
军情局特训班毕业归来的阿果一心想回大陆探望姐姐阿春，只身前来请缨。军情局以她动机不纯为由拒绝了。然而，心怀鬼胎的高国昌却发现阿果竟然是阿春的妹妹，一条毒计油然而生……谁料，机灵的阿果却中途跳海，摆脱了特工小组，只身来到台州。然而，阿果的身份，却逃不出林香仪的眼睛......为了不让阿果怀疑，阿春只得与忠义假扮夫妻……
林香仪在悄悄地发报……将阿果返回的行踪发给了在台湾的再青……再青下令台湾海军不惜一切手段营救阿果…台州，公安人员怀疑漏网的人是阿果，林香仪得知消息，立即告诉了阿春，派阿果来台州正是高国昌公报私仇的险恶用心。茫茫大海，阿果只身奋力游着，凭借着对亲人的信念向前游着......在她精疲力尽之际，被再青派去的海军救回……看着阿果，高国昌不相信她还能活着回来，残酷的测谎、审讯一一袭来，阿果忍受着百般折磨，谁想高国昌手下爪牙竟向无力反抗的她扑来......
