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巨兽现世，秘事随之。
在经历了哥斯拉对旧金山的袭击并幸存下来之后，凯特再次被一个惊人的秘密震撼。在巨大的威胁面前，她踏上环球冒险之旅，以了解关于她的家庭和神秘帝王组织的真相。
在官方宣布死亡数十年后，惠子的突然归来震惊帝王组织。凯特违抗命令救下肖尔，却意外释放出一头恐怖的新型巨兽。
李和惠子调查一个神秘封闭的村庄，村中有一个崇拜神秘生物的邪教。凯特碰上致命的偷渡者。
肖尔、惠子、大志和健太郎擅自行动，试图寻找神秘巨兽。凯特在内疚感中挣扎。一个被掩埋的秘密浮出水面。
为夺回大志的装置，肖尔和他的小队在顶点赛博科技展开一场惊险万分的突袭行动。
在圣索莱达，神秘巨兽成为顶点公司的目标，迫使肖尔和兰达一家潜入这项秘密实验。
肖尔和铃木测试了一支用来召唤哥斯拉的“巨兽电话”，却引发意外事件，使肖尔直面自己的过往。
肖尔收到一条不可思议的无线电讯号。凯特和惠子发现与神秘巨兽的古老联系。伊莎贝尔向健太郎提出了一项交易。
神秘巨兽在澳大利亚登陆，肖尔引诱哥斯拉与之决战。伊莎贝尔则利用这场激战作为掩护，执行她的秘密行动。
帝王组织带领人马前往骷髅岛。凯特试图说服健太郎，阻止伊莎贝尔的行动。肖尔和惠子则寻找比利失落已久的裂口。
金刚和神秘巨兽展开惊天对决，这场巨兽之战或将彻底改变骷髅岛的命运。与此同时，肖尔踏上一段危险旅程。
