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トモちゃんは女の子！
男孩子气的女高中生相泽智向初中前一直把自己当成男生的青梅竹马久保田淳一郎表白，却收到了“我也爱你！挚友！”的回答。想要被喜欢的男生当成“女孩子”看待！“男孩子气女生”校园爱情喜剧，开幕！
相泽智（小智）在高中入学的时候，向心仪已久的童年玩伴久保田淳一郎告白了。然而淳一郎却只把她当成死党，沮丧的小智请另一位童年玩伴——美铃给她建议，想不到却……
小智的同班同学卡洛儿.奥尔斯顿，是空手道社的社长御崎光助的未婚妻，因此对小智充满敌意。为了打倒小智，卡洛儿在某人的建言下，接受淳一郎的特训，听到这件事的小智忍不住杀到现场。
在小智的逼问下，美铃娓娓道出国中跟淳一郎交往的经过。另一方面，淳一郎终于知道御崎原来是男生，放学后两人在公交站巧遇，淳一郎在聊天时不禁说出他对小智的想法。
田边想让扑克牌脸的美铃露出笑容，却从淳一郎口中意外得知原来美铃常露出笑容。而跟女孩般嬉闹的小智，意外地惹怒了某人。小智出面摆平了纠纷，背后却有个她不晓得的小插曲。
卡洛儿邀小智与美铃到家里玩，几天后，三人到美铃家准备期中考。大考后，淳约小智来家里打电玩，当晚她才知道淳的爸妈居然去旅行。
小智迎接生日，淳一郎跟美铃、卡洛儿都送她意想不到的礼物，而美铃与卡洛儿更决定周末帮小智大变身，在两人的巧手下，小智穿着有女人味的衣服，化妆去采买东西，没想到她遇到了淳一郎。
夏季，碧海蓝天，小智一行人到海边戏水，美铃与卡洛儿建议小智换上新泳装。小智浑然忘我地玩水，忘了自己穿着令人害臊的泳装。另一方面，小智触碰到淳一郎时，他整个人动弹不得。
在暑假接近尾声时，美铃跟卡洛儿去小智家住，三人玩着国王游戏时，美铃抽到了国王的签，她命令小智单独跟淳一郎去烟火大会。到了当天，小智打算再次告诉淳一郎她的心意。
御崎在废弃工厂的事件后，为了追求守护卡洛儿的力量，拜入相泽道场的门下。第一天，就有可怕的训练清单在等着他，首次对练的对手还是淳一郎。另一方面，卡洛儿不晓得御崎的想法，赌气约了淳一郎。
全校学生一起参加马拉松大赛，小智与淳一郎对这场久违的切磋相当兴奋。比赛一开始小智与淳一郎就遥遥领先，在两人激烈地竞争时，女生的折返点迫在眼前。这场比赛的胜负究竟会如何呢？
淳一郎的生日快到了，小智为了存钱买礼物，接受田边的提议，跟美铃与卡洛儿到他老家的拉面店打工，而淳竟然来店里。校庆要演话剧“灰姑娘”，大家开班会讨论由谁饰演剧中角色，没想到……
淳一郎意识到小智是女孩，后夜祭时，他邀小智跳舞，不禁说出类似告白的话来。时序入冬，小智依然回避谈起这件事，束手无策的淳一郎向御崎寻求建议，而为了与过去划清界线，他还去找了美铃。
小智跟淳一郎总算两情相悦，在美铃的建议下，圣诞节她跟淳一郎去看有吻戏的电影。小智想依美铃说的，在吻戏的时候，将手放在淳一郎的手上，没想到电影演的不单纯是吻戏。
