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该剧讲述上世纪三十年代初，日本占领中国东北三省，在一列从哈尔滨开往奉天的列车上，一方面日本人进行细菌战筹备中，秘密对相关生化专家及重要物资进行转移；另一方面南满伪政府中央银行将通过铁路秘密运送大批黄金...
余潇潇告诉乌鸦，特派员张本初今日抵达，滨城抗联的人也全部到位。乌鸦决定这次要将滨城抗联全部歼灭。今天谁子君担任滨城抗联特工队队长的第一天，这次接特派员是上任的第一次任务，必须成功。林子君安排好人员埋伏在各个位置。抗联的人刚接到张本初，林子君就被乌鸦挟持带走。这时抗联的人也被乌鸦带的人杀死，特派员张本初也在逃亡的路上被余潇潇杀死。好在信没丢。乌鸦将林子君带到没人的地方，林子君就和乌鸦动起手来，林子君不敌被乌鸦打晕，王妈走出来，问林子君的情况，之后就躲了起来。亮子赶来将林子君救走。亮子背着林子君回到据点，亮子怀疑林子君是叛徒，这次的事大家都觉得抗联出了叛徒。王妈唯一的女儿小芸被抓走了，王妈因为自己干出的事一时心虚不已。林子君觉得乌鸦没有将她杀了肯定是想通过营救她的人找到据点，然后将他们一网打尽。亮子还是怀疑林子君，因为这时林子桐在这时也消失了。林子君和白叔也觉得林子君不是叛徒，现在的首要任务是完成特派员给他们留下的任务。林子君回想起她被打晕那一刻听到的声音，还是想不清楚这个叛徒到底是谁。
黑衣人让王妈告诉林子君，第二天回到乌鸦到东来酒楼接人。赵大勇和黄一刀两人沦落到蹲在街口要饭，感觉就像当乞丐一样，两人饿的不行，这时，黄一刀突然闻到包子的香味，于是赶过去向童小乐要包子，童小乐乐呵呵的将包子分成了两半给了两人。黄一刀一把拉住要吃包子的赵大勇，问赵大勇，把包子吃了司令怎么办。两人还在商量要不要吃包子时，突然被要进东来酒楼的人撞掉了包子，结果包子正巧调到一只趴着的狗的面前，等两人愣愣的发现时，包子已经被吃了，两人反应过来，追着狗就跑了。
林子君从乌鸦的口中知道了国民党的计谋。白叔和林子君他们都觉得特派人交给他们的任务是抢黄金。董明和胡晓娥说了当初为什么要提醒抗联的人以及接下来的目的。林子君打算先找到运送这次黄金的负责人，告诉他们实情，看他们会不会放弃运送这批黄金的计划。黄一刀和赵大勇两人找吃的找到火车站，爬上了运送黄金的火车，他们在火车里看见了大量的黄金，开心不已。赵大勇叫黄一刀回去叫王司令来搬黄金。
林子君告诉了运送黄金的负责人胡是如南京执行社的特工要炸毁列车，在走的时候被童小乐看见，直到跑到了树林才摆脱了童小乐。林子君为了以防胡是如没有放弃这次的计划安排出下一步的计划，以防万一。黄一刀来到落魄军阀据点找到王复兴告诉他他和赵大勇找到黄金的事。胡是如担心黄金被抢于是决定和董明商量另换计划的事，结果被董明杀死。龙城警察厅特别巡视员陈晋从王二狗的嘴里知道了董明的计划，于是决定缉拿董明
突然传来的声音引起准备上车的林子君的注意。童小乐躺在放黄金的冷冻车厢里装尸体，保护黄金的安全。赵大勇奇怪怎么会有日本兵和有人装尸体。童小乐的跟班在车上遇见林子君，还说童小乐看上她了，现在还在找她呢，叫林子君好好珍惜童小乐这么好的男人。丁老师告诉董明，日本人在后面加的那节车厢是很特别的，就连车厢制作的材料都是贵重的金属材料。
成大运觉得董明有问题，于是偷偷的跟踪董明，发现董明在和余潇潇会面。余潇潇有种不祥预感，特别是日本人也上来后，于是决定要查日本人那节车厢，看看日本人在搞什么鬼。董明告诉余潇潇童小乐现在被关在那节冷冻车厢，到时一定要把童小乐干掉。成大运在座位上欺负一个小孩，还给钱那个小孩，叫小孩去打探洗手间里的人在干嘛。成大运以为洗手间里没有人，于是走了进去，瞬间被董明从天窗上用绳子勒住了脖子。林子君来到那个卫生间感觉怪怪的，于是推开了洗手间的门，救下了成大运。
林子君考虑到各种原因，决定挟持火车停车，兵分三路，一对疏散乘客，白叔和三招负责抢夺日军武器，林子君则去负责挟持驾驶员。童小乐在行李车厢遇见胡晓娥，两人在谈情说爱的时候突然丁老师和余潇潇推门进来。丁老师和余潇潇来到火车头将火车提速。日本军官发现火车提速后派人去火车头查看。苏剑不愿安装炸药，决定偷偷的把炸药破坏，炸药虽然破坏了，却被董明和余潇潇等人看见。苏剑走后，董明在车厢亲了余潇潇。胡晓娥看见了，气愤不已。
亮子被抓，林子君自责不已，觉得亮子说的没错，她没有那个能力带领好抗联，让抗联一次次的陷入被动之中。因此决定无论如何也要将亮子就出来，为了白叔，也为了抗联。董明用苏虹以及苏剑的母亲要挟苏剑给他安装炸药。胡晓娥告诉董明余潇潇没有将童小乐杀死，要想黄金姓董就去查一查。
成大运终于知道有人要劫黄金，自己才会接二连三的呗人追杀。于是决定要去通知在冷冻车厢的童小乐。三招将自己探查到的情况告诉林子君还将画出的草图给林子君，现在唯一的通向放行李的车厢只剩下火车顶了。童小乐在存放行李箱的车箱仔细的分析事情的经过，得出董明的目的是劫黄金，要杀他，那么成大运肯定有危险。于是童小乐决定去找成大运。王妈将乌鸦死了的消息告诉董明，让他放了小芸，王妈害死了那么多的抗联成员而不愿承认是自己害死了他们。董明告诉她，等小芸死了就知道是不是她害死的了。董明并没有打算放过小芸，王妈为了救女儿只能再次受董明利用。童小乐同天窗下来，遇见进洗手间的林子君。
童小乐为了让林子君相信他，于是带着林子君去看行李箱的炸药，林子君要将炸药丢了，被童小乐制止，因为不知道这趟列车上到底有多少的炸药，扔了只会让人发现而已。林子君将情况告诉白叔。林子君并不知道童小乐是不是真的会帮助她疏散乘客，还是只为了救成大运，于是吩咐白叔无论如何也不能让童小乐找到成大运。
林子君得知亮子即将枪毙的消息时，决定无论如何也要救出亮子。林子君并不知道这是西川休一专门设的陷阱，在两人跑上车顶时被西川休一追上，这时列车停了下来，林子君和亮子逃进林子，亮子为了让林子君不被抓走，单独一人拦截日军，最后不敌再次被抓。林子君被三招拖走。北川美幸命令西川休一将亮子杀了。以达到杀一儆百的作用。
王复兴等人终于在火车到站的时候赶到。童小乐跟踪董明，被董明发现，两人打了起来。这边林子君和余潇潇也打了起来。王复兴等人看见童小乐在和人打架，黄一刀说童小乐是他的恩人，于是决定去帮童小乐。董明刺激小六，说他不敢开枪，结果真开了枪。一声枪声引起了日本人的高度警觉，苏剑只得放弃安装炸药。
西川休一通知 董明，因为发现了潜在的威胁，所以已经封锁了豪华包厢。北川美幸将间谍相机给西川休一，相机内的胶卷一倍取走，不知道藏在了哪里。北川美幸觉得胶卷可能是被邮差送出去了，于是吩咐西川休一一秘密寻找。西川休一找了所有的信件都没有找到，西川休一觉得有胶卷可能被转移给了其他人，于是决定监控车上所有的人。陈晋让张雨顺解释为什么不出警车站检查。张雨顺借口说警员全被派出去抓小偷和土匪了。陈晋从张雨顺口里得知是陆军司令部的雷司令不让张雨顺出警的。陈晋出来，发现车不见了，正巧这时一名警员骑着一匹马来。陈晋抢了马继续追火车。童小乐和成大运发现理查德安德森的尸体，从证件上知道了理查德安德森的身份。
王复兴等人找到有利的地形，安排小六带人跳上火车找到赵大勇，王复兴和黄一刀则开车跟着火车。西川休一的到部下报告，被病毒感染的两个士兵再不进行医治就会很危险。西川休一决定让士兵将患者送往德海医院救治。董明知道前一站点的计划不会成功所以他又谋划了另外一个方案，苏剑和丁老师被排除在计划外，等计划成功后董明会将这两人杀了。林子君告诉那些感染病毒的人，如果没有专门的解药，就算逃出这里也没用，照样是死路一条，还会害了身边的亲人。
林子君和童小乐在寻找抗病毒血清的途中知道了日军制造病毒的秘密。三招被史蒂芬安达催眠，说出了自己的身份，以及这次行动的任务和队员。三招为了不被史蒂芬安达杀死，于是假死，在史蒂芬安达去开门时悄悄的爬起，然后将史蒂芬安达掐死，拿到了史蒂芬安达手上的金牌羊首。王复兴等人来到他们埋伏的地方，看见余潇潇和苏剑等人在铁路上安装炸药。林子君等人回到房间却发现包厢里感染病毒的人人全都死了。
北川美幸的狗跑进冷冻车型，意外救醒了赵大勇。林子君拉着成大运躲进座位，因为她看见董明来到了警务室，但是不知道董明要干什么。董明进入警务室，意外的看见了很多尸体，这时，突然听到日本军开门，只能装尸体躺在地上。林子君准备进去，好在被成大运及时拉住，不然差点被日本兵发现。日本兵进入警务室，发现里边有很多的尸体后立即报告了北川美幸。日本兵在清理尸体时发现胶卷，并将胶卷交给了北川美幸。
林子君经过车厢，撞见刚出洗手间出来的赵大勇，无意间看见赵大勇挂在胸前的吊坠，开始怀疑赵大勇可能是其中的一名带金者。北川美幸为了安全着想，为确保万无一失叫人将自己的兔首牌烫了自己的后背上。童小乐在德海医院等待白叔手术时，看见了被西川休一送来的两名感染士兵。林子君找到赵大勇，和赵大勇打了一架，趁着赵大勇不注意拿走了赵大勇胸前的吊坠。
火车在路上停了下来，王复兴带着人准备进车厢搬黄金时被日军发现，两方发生枪战，王复兴等人只能撤退。带着吊坠的其他三人找到赵大勇要赵大勇交出吊坠，赵大勇不给，于是就打了起来，赵大勇发现自己打不过他们，只能跳窗出逃，与王复兴等人汇合。赵大勇为了掩护王复兴等人撤退，单枪匹马与日军对抗，最后死在了日军手中。王复兴三人看着远去的火车，他忘记了夺取黄金，重建番号，他们的脑海里只有一个念头，就是为赵大勇报仇。
火车到达德海站后日军露出了本来面目，全面接手了火车的警戒工作。陈晋假扮成旅客上火车逮捕董明，然而他不知道董明已经被日军当成尸体运出了火车。小六和黄一刀假扮火车上的厨师，成功混上了火车。童小乐回到火车上告诉成大运，他以前做的事全是为了成大运口中的疯女人林子君，但是现在他决定了，他以后要做的事不单单只是为了她，还叫成大运不要再叫林子君疯女人，因为她没疯，抗联的人也没疯，疯的人是日军和董明。童小乐成功说服成大运帮他。两人在车上找了很久也没有找到林子君。陈晋找到尸体堆放处，虽然没有找到董明却意外发现了一些重要线索，赶出来时火车已经开走了。董明又重新回到了火车上。
王复兴在桌上要刺杀北川美幸，双方僵持起来，王复兴叫小刘不要管他，马上杀了北川美幸。彭大炮为了给乌鸦报仇，准备炮轰火车的，然就在陈大鹏准备炮轰火车的时候，北川美幸决定向王复兴屈服，下令列车停止前行。车厢内的其他人都不知所措。列车王厅长拉着陈晋不让陈晋在继续查黄金的事，还劝他不要再参合进去。陈晋不听，执意要追回黄金以及逮捕董明。
