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怪獣８号
在怪兽出现率首屈一指的日本——怪兽无情地蹂躏着这个国家，践踏人们的日常。曾经立志要成为防卫队员，而今从事怪兽专门清扫行业的主人公日比野卡夫卡在某一天因为受到谜之生物的影响，身体开始怪兽化。担任讨伐怪兽工作的日本防卫队将这样的他称作“怪兽8号”。
这是个怪兽已成为日常威胁的日本。曾立志加入「日本防卫队」讨伐怪兽的日比野卡夫卡，放弃了这个梦想在专营怪兽清洁公司里工作。在对无法与现活跃于防卫队的第3部队的队长兼青梅竹马・亚白米娜完成一同消灭怪兽诺言的自己感到失望的日子里，他遇见了立志加入防卫队的后辈・市川雷诺。
卡夫卡被一个神秘的小怪物寄生，自己也变成了怪物，他担心国防军会把他抓起来，于是带着雷诺逃离了医院。这时，他们发现一对父子正在被怪物袭击。不顾一切的卡夫卡与怪兽对峙，奋力挥拳。
身为「怪兽8号」被防卫队所追捕的卡夫卡，在雷诺的帮助下隐藏身分，参加防卫队员选拔的第二次测验。卡夫卡对来到会场的臭屁女孩、四之宫琪歌露夸下海口，却在体能检定里惨遭滑铁卢。卡夫卡打起精神决定要在接下来的最终评选里扳回一城，但其测验内容居然是「讨伐怪兽」！
测验一开始就被发现实力不如人的卡夫卡在雷诺的帮助下再次站了起来，但在琪歌露的活跃下，转眼间最终评选就已结束。所有考生都被琪歌露的惊人实力所辗压。就在这时，考场里出现了神秘怪兽。这个意外状况，让现场陷入一片混乱。
在防卫队入队仪式上没看见卡夫卡的身影，琪歌露露出了失落的神情。就在这时迟到的卡夫卡出现了。虽然没能通过测验，但他在第3部队副队长・保科的推荐下成为了防卫队的候补队员。伴伙们因卡夫卡的加入而元气大增。但保科心里却有着其他想法。
相模原出现怪兽！新进队员的初次任务，是在大部队后方讨伐余兽。被点名「若在三个月内没有表现的话就要被开除」的卡夫卡充满干劲，难掩对这份梦幻工作的兴奋之情，雷诺被这样的卡夫卡所打动也士气大振。怪兽讨伐作战开始了！
突然出现的神秘人形怪兽毫不留情的攻击了雷诺和伊春，雷诺为了保护受伤的伊春奋力抗争，随后回忆起琪歌露透露初次遭遇神秘人形怪兽的情报，艰难的与怪兽战斗。
卡夫卡为了拯救雷诺他们，变身成怪兽8号。但就在击退人型怪兽之后，怪兽8号随即遇上了保科！卡夫卡苦于抵挡保科的猛攻，却也害怕他的反击会伤到对方，使得他打得极为保守。卡夫卡在千钧一发之际成功逃走，但保科却在这场战斗里感到了一股异样感。
在寻找伪装成人类的“怪兽9号”的同时，一群怪物突然袭击了米娜缺席的立川基地！指挥不蜂拥而至的翼龙怪物的野兽是一种新的“大怪物”，具有理解人类语言的智慧。怪物似乎很享受这场战斗，并瞄准了基地中最强的干员——保科宗四郎。
新进队员不断发挥训练成果逐渐击退来袭的翼龙系怪兽，另一方面，巨大化后的「怪兽10号」攻势愈发猛烈！虽然保科不断应对敌人动作并确实给予伤害，但终究是来到了极限。这时保科心里浮现的，是米娜认同自己的剑技，将自己的背后托付给保科的话语。
卡夫卡终于因为暴露其怪兽8号的身分而遭到逮捕，在日本防卫队长官・四之宫功的命令下被移送至总部基地。卡夫卡加入防卫队的梦想破灭，内心也因背叛伙伴而自责不己。在肃杀的押送过程中，与卡夫卡独处的米娜慢慢打破沉默。
当第三部队的成员们奋力拯救卡夫卡的生命时，八号怪兽和四之宫功继续在有明临海基地进行殊死搏斗。可以自由操纵大型怪物力量的四之宫功，展现了一度被誉为自卫队史上最强的能力。但怪兽八号却失去了卡夫卡的控制，以令人震惊的攻击进行反击，不关心自己身体受到的伤害，无情的攻击将四之宫功逼入绝境。
怪兽10号袭击重创立川基地，日本正迎来新的危机纪元。以“怪兽8号”身份遭羁押的日比野卡夫卡去向未明之际，第3部队的新人队员们已确定调任其他部队，即将奔赴各新岗位执行任务。获配属至“防卫队最强”第1部队的四之宫琪歌露前去向队长鸣海弦报到，然而……
品川突遭特大塌陷。从巨大地穴中现身的，是无数蚁型怪兽。隶属于第一部队的卡夫卡与琪可露奉命出击，队员们在鸣海的指挥下迅速展开行动。当琪可露接连将怪兽击破并达成预期战果时，身处防卫队监视之下的卡夫卡，为证明自身价值也毅然迎战怪兽。
再次现身的“怪兽9号”分裂成两只，将防卫队玩弄于股掌之间。卡夫卡与琪歌露合力应战，但在战斗中不断进化的怪兽9号面前只能勉强招架，更糟的是，卡夫卡试图变身成怪兽8号却失败了。陷入绝境的琪歌露，想起了与已故母亲・四之宫光立下的约定……而另一边的鸣海，正与分裂出的另一只怪兽9号展开激烈的攻防战。
能通过基库鲁话语变身为怪兽8号的卡夫卡，终于发挥出原本力量，彻底压制了怪兽9号。凭借鸣海、基库鲁与卡夫卡的活跃表现，第一部队向日本防卫队长官四之宫功证明了“最强部队”的实至名归。然而胜利的余韵未消，警报突然炸响，怪兽9号留下“怪兽的强大力量，我会继续壮大”的险恶宣言后消失无踪。此时防卫队正面临史上最大的危机！
装备了识别怪兽兵器2号（怪兽2号）的四之宫功被怪兽9号吸收，使其成功夺取了“怪兽2号”的强大力量。鸣海弦与日比野卡夫卡以拼死的攻击将怪兽9号逼入绝境，却在最后关头功亏一篑，让其逃脱。四之宫功牺牲的消息传遍日本全国，带来了深切的悲痛和对未来的不安。在这样的氛围中，鸣海弦与四之宫琪可露各自在心中刻下了新的决意。而卡夫卡则不得不面对自身力量所带来的代价。
被第3部队拘押的“怪兽10号”恢复了意识，并向指定的第3部队副队长保科宗四郎提出了某个建议。另一方面，在有明临海基地召开了东方师团会议。就在会议上讨论如何应对已成为最大威胁的怪兽9号时，从保科口中说出了令人震惊的情报。
继承了“怪兽6号”的力量、被选为识别怪兽武器6号适配者的市川雷诺。识别怪兽武器6号被视为“最强大且危险”的兵器。成功度过第四部队队长绪方重吾设置的试用期后，雷诺装备识别怪兽武器，迎来了首次实战。另一方面，同属第四部队的古桥伊春，对飞速成长的雷诺心情复杂。
叱咤激励着险些被怪兽6号力量吞噬的雷诺，伊春挺身对抗本体怪兽。瞬间释放高强解放战力的伊春，正逐渐展现出与绪方相同的“瞬间适配者”资质。凭借对彼此的信任，伊春与莱诺一步步逼近胜利契机。此情此景令绪方回想起昔日与同事四之宫光的一段对话。
