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マシュランボー
在遥远的未来，地球由一些被称为新生命体变形人人的生物支配，地球上的人类也完全灭绝，只剩下一个叫白云的女孩。主角们为了恢复人族，必须保护这个最后的人类。故事主线围绕着他们完成这项任伤所进行的冒险历程而展开。
八云和战蓝宝遭到昆虫卡特拉斯兄弟的袭击，马修拉变身后把其中两个弟弟打回卡片原形，正准备杀死卡特拉斯时被八云阻止了，卡特拉斯逃跑。白马的燃料用尽了，在小镇里遇到了马修拉的旧识萨果，八云和马修拉了解到小镇的石油被废墟船里面的统治者垄断了，八云劝说马修拉不要用暴力去取石油，并请求废墟船里的统治者把石油分享给大家，卡特拉斯暗地里引爆废墟船，指出八云是人类并诬陷他们是引爆废墟船的元凶，居民们吊起并准备烧死八云和战蓝宝，被萨果救下，卡特拉斯出现，吞了另外两个兄弟的卡片变身，萨果才发现原来马修拉也是变身马托利古萨。
变身后的超级马修拉打败了卡特拉斯，正准备给他最后一击时八云求他再次放过卡特拉斯，萨果惊叹八云居然能把暴戾的马修拉说服，暗中跟随。库塔鲁抱着想尝一下“传说中的恶魔”的人类的味道决定和八云一起行动，并自称到过“中央”要为他们带路，马修拉怀疑，单纯的八云请求库塔鲁带路，大家在水蜜蜂的巢穴再次遇到了萨果，遭到了狩猎蜂的袭击，马修拉指出库塔鲁是嘴馋才把八云带到这么危险的地方的，但八云仍然相信库塔鲁，并为他包扎伤口，库塔鲁很感动，与马修拉、萨果联手打倒了狩猎蜂。蜂后抓住八云，但被变身后的马修拉打败。卡特拉斯吞了蜂后的卡片，变身后袭击八云，第三次被战蓝宝打败，马修拉三次放过卡特拉斯，见他死不悔改最后把他打回卡片。萨果要求和八云同行，八云同意了。
在库塔鲁的“指路”下八云长途跋涉，终于累倒了，大伙决定在前面的西部小镇让八云休息养病。萨果三人猜拳决定由马修拉照顾八云其余两人先去吃饭，马修拉忍受不了饥饿跑出房间吃饭，受到了酒馆老板的热情款待。小镇的统治者银依达带着喽啰来到酒馆，一方面和马修拉交战，另一方面暗中掳走了八云。金依达听说吃了人类的肉可以长生不老，要吃了八云，马修拉一伙赶到，库塔鲁和萨果变身，救下了八云，马修拉变身打败了金银兄弟，金银兄弟求饶，马修拉看在八云的面子上放他们一马，金依达吞了弟弟的卡片变身再次袭击马修拉，马修拉一怒之下秒杀之，连卡片一同毁灭让他们无法复活，八云生气了，打了马修拉一巴掌并说无法和他同行了，马修拉一气之下离开了大家。
再次孤单一人的马修拉我行我素，四处大闹，但凡一提到“同伴”一词就感觉很不高兴，想起自己一开始被村民们孤立，被八云拼命救下的往事，感到很寂寞。闲逛之下看到一群萤火虫在修建游乐园，听说是为了对付三个怪物于是决定帮忙设置陷阱。另一方面八云一行人来到萤火虫村，受到村民的热烈欢迎。村长以“第十万名游客”为由举行宴会留住八云一行人，暗地里设置各种陷阱想抓住八云。宴会过程中八云开始想念马修拉，决定返回寻找马修拉。村长见八云要离开，谎称马修拉有危险把众人引到游乐园附近并对三人发动攻击。马修拉救下八云打败了变身后的萤火虫boss，这次他没有把卡片销毁而是交给了八云，四人再次踏上旅途。
马修拉意外的救下一个叫桐的人类女孩，女孩自称从中央逃出来，说八云是救世主请求一同去中央救出困在里面的其他人类，八云决定让桐带路去中央。桐十分反感新生命体变形人，极力排斥马修拉、库塔鲁、萨果三人，这让八云十分为难。桐把八云带到了昆虫王杜格古的城堡，并说那个是中央，马修拉请桐带路避开追兵但被桐以“杀害父母的眼神”讨厌，桐说八云其实也是很不喜欢变身马托利古萨，在桐的离间下，马修拉和库塔鲁萨果相继离开了队伍。最后八云被抓，昆虫王杜格古出现在众人面前。
八云被抓仍然担心桐，这时杜格古答应八云见桐一面，原来桐是一个叫吉塔伊的马托利古萨变成的，杜格古决定在凌晨处决八云。萨果和库塔鲁想混入城堡内部营救八云，假装想投靠杜格古，结果三人都被抓。杜格古的手下用寄生虫想控制马修拉三人，被白马赶到阻止，萨果和库塔鲁制造混乱，马修拉负责营救八云，被吉塔伊变成八云的模样迷惑，关键时刻马修拉辨别出了真的八云，三人合力打败了杜格古，白马利用杜格古的卡片将众人带到了爬虫王的领域。
八云一行人一直尾随他们的零、千、三寿三兄妹，三个孩子想跟随他们履行，被库塔鲁拒绝，马修拉提出要三个孩子试胆，如果能独立穿过墓地到达河对岸的教堂就让他们三人跟随。八云洗澡时被一群鳄鱼马托利古萨袭击，但目标是马修拉，想确认打到昆虫王的超级马修拉的实力，最后马修拉打到了敌人，三个孩子也成功通过了试炼。在试炼过程中三寿在河边捡到一个人类的玩偶，八云决定沿着河流上游寻找可能存活的人类。
八云一行人来到一废旧学院，大家分头寻找线索时八云遭到爬虫马托利古萨贝里的袭击，马修拉变身后与贝里一度陷入苦战，突然爬虫老大加萨出现，杀死了贝里，原来贝里只是加萨的一根头发（蛇一样的头发）变成的，加萨十分强大，八云被加萨头上的蛇咬了变成了石像并被丢入强酸沼泽中，激战就要展开。
八云被变成了石像，只有打倒加萨才能让八云恢复原样，白马和三只小猫想尽办法想把八云从酸沼泽中救出，另一方面，加萨能用皮肤记忆收到的攻击然后换皮重生，十分强大，变身后的马修拉三人不敌，库塔鲁、萨果先后战败并变成卡片！正以为马修拉一筹莫展的加萨高兴之际，马修拉与库塔鲁、萨果变成的卡片合体！
马修拉、库塔鲁、萨果三人合体，变成了传说中的战士战蓝宝，战蓝宝以压倒性的实力打败了加萨，与此同时白马把酸沼泽中和成无害的水池，战蓝宝跳入水中救八云，发现八云不在池中反而在悬崖边上发现了八云的石像！战蓝宝意识到加萨还没死。果然不久后加萨突然出现，并吸收了大量蛇的卡片变成超级加萨，激战再开！
变身后的加萨拥有可以反弹攻击的铠甲，战蓝宝与之战斗一度处于下风，昏厥过去。加萨抓住八云把她恢复原样要当着她的面杀死战蓝宝，八云拼死保护，用泪水唤醒战蓝宝，战蓝宝克服了加萨的幻觉催眠终于成功彻底打败加萨，加萨变回一堆卡片。
白马突然一动也不动，八云一行人一时无法前行。一个叫达巴的仙人？出现在众人面前，马修拉不信，其他人都解开了达巴拿出的九连环，认为达巴就是一个骗子，唯独马修拉解不开，看到达巴变花（小魔术而已），马修拉十分崇拜并决定拜他为师，达巴称入门的条件是把石头垒到山一样高（不可能的）并说只要集中精力不可能都会变可能，马修拉真的去做了，无数次失败后终于做到了，这时之前不断挑衅的黑塔雷用人类研究所里的生化植物袭击八云，马修拉关键时刻想起达巴的话集中精力学会了释放并操纵火焰，事后马修拉还想继续学变花，但是达巴消失不见离开了，白马也醒了，旅程再开始。
八云做了一个梦，梦中看到战蓝宝以恐怖的力量肆虐破坏，旁边一个神秘的男子说战蓝宝是破坏之神，八云从梦中惊醒，一直惴惴不安。八云在街上遇到了梦中的那个神秘人，原来他就是爬虫王龙马，龙马告诉八云是他让八云做那个梦的，目的就是要告诉她其实战蓝宝就是当年毁灭人类世界的破坏之神。龙马放出三头巨龙格兰多拉破坏城镇，马修拉三人变身后不敌，只好合体成为战蓝宝，就在这时，龙马把一张黑卡打入战蓝宝体内，三人合体变成了暗黑战蓝宝。
被黑卡影响的暗黑战蓝宝开始了疯狂的破坏，爬虫王龙马把八云掳回城堡强迫八云做他的新娘。在举行婚礼的时候暗黑战蓝宝闯入城堡，轻易地打败了格兰多拉，还把用格兰多拉的卡的卡强化后的龙马打回卡片，并向八云一伙发动攻击，白马告诉八云要想拯救地球只有和暗黑战蓝宝战斗，最后八云用真情把暗黑战蓝宝感化，黑卡消失了。意识到合体成战蓝宝的危险后马修拉三人决定不再变成战蓝宝了。
八云一行人遇到了机械城（メカノシティ）的博鲁特一伙小孩，得知机械城的尼帕国王与鸟兽族马托利古萨勾结占据了孩子们的游乐园建造了吉加多姆，马修拉和八云等人救了被警察追捕的博鲁特一伙。库塔鲁和三个弟弟妹妹们在寻找厕所的途中碰巧闯入吉加多姆，弟弟妹妹们目睹了尼帕国王与鸟兽族的德斯库罗诱骗一些马托利古萨把它们做成蛋卡的阴谋。
博鲁特得知八云是人类十分高兴，请八云发动了巨大机器人大吾，大吾是制造这个机器人的人类的名字，和八云父亲名字一样。马修拉和博鲁特驾驶机器人想去夺回游乐场，库塔鲁没有听弟弟妹妹们的劝告继续留在吉加多姆结果被抓。八云从一朵金属玫瑰变成的卡片里得到神秘信息，说要想知道人类的秘密就必须去找尼帕国王。八云和萨果见到了尼帕国王，结果被抓，萨果和库塔鲁变回卡片。德斯库罗和马修拉发生激战，德斯库罗战败逃走，并用蛋卡重生获得了更强的力量。八云被尼帕关进一个杂物房，发现里面还有一个神秘场所，里面摆着一架钢琴，上面写着“致亲爱的女儿八云”。
云遇到了躲在钢琴里的三寿一伙，成功与马修拉汇合，房间的立体投影讲述了300年前人类灭亡的原因以及八云和父亲的告别场景，在那过程中他们看到了300年前尼帕的身影——新栋博士的助手！这时尼帕出现了，向八云坦白了自己为了保住机械城假装听命于鸟兽族马托利古萨的事实，八云接受了尼帕。这是用蛋卡强化后的德斯库罗来袭，马修拉变身后仍然无法战胜，并且最后被打回了卡片！
尼帕把八云带到了秘密研究所，在那里尼帕告诉八云用蛋卡可以赐予马修拉三人新的力量并唤醒他们，但德斯库罗为了报复尼帕的背叛大肆破坏城市，八云独自驾驶机器人大吾对抗德斯库罗，虽然大吾最后全力发飙但仍然不敌，尼帕被德斯库罗破坏，强化后苏醒的萨果和库塔鲁第一时间赶来帮忙，但由于德斯库罗速度太快而且只针对八云乘坐的大吾攻击，关键时刻马修拉苏醒赶到救下八云，并使出绝招打败了德斯库罗。尼帕在弥留之际告诉八云要想到达中央，必须打败马托利古萨的七位将军获得卡片，第七位最强的将军只看到黑影。突然鸟兽王对机械城发动攻击，机械城瞬间被毁。愤怒的马修拉变身后要与鸟兽王路西菲妮决战。
库塔鲁和萨果动身追赶马修拉，八云也想出一份力，萨果说会成为累赘劝她在原地等待，八云后面还是跟了上去。马修拉一路破坏了鸟兽族的哨岗，最后遇到了鸟兽王路西菲妮，被路西菲妮强大地力量压制住。萨果和库塔鲁赶到，最后路西菲妮使用绝招把三人送到了异空间，在人类仍然存在的300年前，马修拉三人目睹了了300年前的杀人魔战蓝宝！
路西菲妮向八云发动了攻击。马修拉三人在次元空间亲眼目睹了战蓝宝毁灭了全人类和中央，杀死八云父亲新栋博士的全过程，在战蓝宝要哦杀死八云的瞬间，八云力量爆发，双眼发出强光压制住了战蓝宝，马修拉三人乘机阻止了战蓝宝回到了原本的空间。在路西菲妮攻击八云的时候，八云也爆发出了这种力量，路西菲妮说出了战蓝宝就是第七位将军的过去和人类灭绝的真相，包括八云父亲死于战蓝宝之手，原因就是300年前陨石撞地球时有两股神之力降临，一个是在战蓝宝身上，另一个则是八云，新栋博士发现了这股力量因此被杀，八云就是靠这力量打败了300年前的战蓝宝，被称为恶魔，是全马古托利萨的敌人。路西菲妮吞下了猛兽王代汉迦、海洋王古拉勤、幻兽王基米拉斯以及昆虫王杜格古和爬虫王龙马的卡片，变成将军怪兽，马修拉三人因知道是自己毁灭了全人类和杀死了八云父亲，内疚自责无法与八云继续同行，八云孤身遭受将军怪兽的攻击前行。最后马修拉三人回想起与八云相遇时的约定，合体成为黄金战蓝宝誓要保护八云。将军怪兽也利用六将军的力量穿越时空召唤出了300年前的战蓝宝，战蓝宝秒杀将军怪兽，吸收了六大将军的卡片，变成了撒旦战蓝宝，与黄金战蓝宝发生激战。
