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在这个以架空历史为背景的故事中，一场神秘的瘟疫导致男性人口迅速下降，该国的女性被迫承担起江户社会的核心权力角色，符合条件的男子则在大奥的宫墙内担任女幕府将军的妃嫔。德川幕府的第八任幕府将军吉宗很好奇为什么女性在继承家族血脉时要用男性的名字，她查阅了一份名为“末日编年史”的大奥档案，该档案可以追溯到德川第三任幕府将军家光时代。在通读这本书时，吉宗开始揭开内室的历史。
在这个包含主线剧情序幕的加长集中，一个男孩被一只野熊袭击，带回一种只会感染男性的瘟疫。
一位名叫有功的俊俏住持前来江户觐见，引起了春日局的注意，春日局试图迫使他放弃住持职位。
有功与玉荣一起开始新的生活。他了解到一个被精心保守的秘密，以及他现在应该扮演的角色。
有功的伤口终于愈合，他被介绍给大奥的其他男人，但他们对他并不友好。
家光命令男人们穿上女装逗她开心。她回忆起自己小时候春日局把她从家里带走的情景。
虽然被爱情滋润着，但家光仍然没有怀孕。春日局在镇上发现一个不检点的男人，他与功有的长相惊人地相似。
带着意想不到的善意，有功迎接舍藏来到大奥。就在一切似乎进展顺利的时候，意外发生了。
家光亲眼看到城外的情况变得多么绝望。她下令立即采取行动，以防止农民暴乱。
春日局病倒，人们担心她去世后的局势变化。瘟疫入侵大奥。
家光公开露面，宣布她的意图，举国上下迎来重大变革。
