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ヤマトよ永遠に REBEL3199
时值公元 2207 年。距离伽米拉斯母星与伊斯坎达尔星覆灭的那场浩劫，已然过去两年 ——。 就在此时，神秘巨型造物巨溯方舟突然现身太阳系。地球防卫军奋力抵抗却徒劳无功，巨溯方舟轻易冲破层层防御网，从容降落在地球新首都。 空降士兵无声无息蜂拥而至，多脚战车陆续登陆。转瞬之间，新首都便被步步占领、全面掌控。 难道地球已然束手无策、再无反抗之力了吗 ——？ 就在这一刻，原大和舰队全体船员收到一道绝密指令：“向大和号集结！！” 耳畔萦绕起神秘的歌谣之声。一名神秘男子低声呢喃：“终于回来了。” 侵略者那令人难以置信的真实身份究竟是什么？赌上整个人类的命运，宇宙战舰大和号的航程，此刻向着未知时空正式启航。
公元 2207 年 10 月。已然解散的大和舰队船员各自奔赴四方任职，古代进也作为土星修复舰队监察官，搭乘波动实验舰银河号服役于此。 就在此时，迪萨利亚姆的飞行巨型造物「巨溯方舟」闯入太阳系。地球防卫司令部启动DAD 作战予以迎击，可巨溯方舟接连冲破数层防御网，径直降落至地球。 事态随之升级，DAD 作战进入下一阶段。伴随 “向大和号集结” 的指令讯息，一道绝密命令下达：将原大和舰队全体船员紧急输送至大和号。
遵照最高指令，银河号、飞鸟号、日向号三舰即刻出动，执行地面船员收容回收任务。 然而地面战火已然燃起，加之内部出现通敌者，地球防卫军节节溃败，各大军事设施接连被摧毁、占领，日向号也不幸遭敌军俘获。 降落地表的古代进与雪重逢，和其他幸存队员汇合后一同计划突围撤退，混乱之中雪负伤掉队、被迫留守。 危急时刻，银河号发起决死牵制，搭载着古代进等人的飞鸟号趁机脱离地球圈空域。
航向目的地的飞鸟号舰内，痛失雪的古代进深陷失意消沉。 另一边地球上，侥幸活下来的雪在阿尔方居住的官舍中苏醒过来。 同一时间，迪萨利亚姆圣元首斯卡尔达特向全球发表演说：迪萨利亚姆人正是千年之后的地球后裔，为扭转濒临毁灭的未来，偶然发现时空结节点，穿越而来抵达这个时代。 斯卡尔达特慷慨激昂的宣讲，加之演说期间当场击溃闯入领海的波拉联邦舰队，让对未来倍感不安的无数地球人看到了所谓希望，纷纷转而接纳、认同迪萨利亚姆的到来。
迪萨利亚姆正式确立自身地位，成为地球政府特设咨询机构。 为完成巨溯方舟的最终建造，迪萨利亚姆将目标锁定为承载伊斯坎达尔碎片的大和号与萨莎。 古代进一行人抵达目的地伊卡洛斯天文台，在此与大和号再度重逢。山南司令、真田等人亲自出迎，亦与承载斯塔莎遗愿的萨莎重逢相聚。 就在此时，自动行星戈尔巴的其中一座兵器要塞来袭，企图夺取大和号。自伊卡洛斯升空出击的大和号，动用新武器波动弹药炮，一举将戈尔巴要塞彻底击毁。
地球上，认同迪萨利亚姆与抵触迪萨利亚姆的两大阵营各怀心思、暗流涌动，迪萨利亚姆人的移民定居计划也正式开启。 与此同时，大和舰队发现并登临检查自遭遇巨溯方舟后便下落不明的第十一护卫队。 调查结果惊人：巨溯方舟极有可能搭载着能将人类大脑初始化的重核子炸弹。 就在探查期间，格罗迪斯舰队突然来袭，大和舰队艰难将其击退。为彻底查证迪萨利亚姆口述历史的真伪，山南舰长决意航向迪萨利亚姆母星。
飞鸟号奉命搭载第十一护卫队伤病船员返航地球，而古代进因精神状态原因被解除大和号舰长职务，调任至飞鸟号服役。 不料飞鸟号与大和号分开不久，格罗迪斯舰队再度突袭大和号。古代进火速驰援，可此番袭击仅是佯攻，早已潜入舰内的阿尔方趁机掳走萨莎。 古代进追上阿尔方与其对峙，最终还是被对方逃脱。古代进即刻赶往主舰桥下令追击，可彼时他已不再是大和号舰长，加之本身追踪难度极大，他的指令最终被众人无视。
奔赴迪萨利亚姆母星的大和号，驶入凶险的奥尔菲宙域。 格罗迪斯率领舰队发动突袭，而这一切早已在山南舰长的预料之中。 依托全新装备 —— 全周天雷达指挥室，大和号调转锋芒，强势展开绝地反击！
留守地球的抵抗组织发起大规模反抗迪萨利亚姆作战，行动目标直指由南部派系首脑主办的政商名流晚宴。 此次作战的核心战力，便是停泊在船坞中、悄然完工的新锐战舰亚利桑那号！
受迪萨利亚姆阴谋挑拨，地球境内排斥伽米拉斯人的思潮愈发高涨。两大势力关系剑拔弩张之际，大和号抵达连通加尔曼・伽米拉斯领域的亚空间之门。
大和号被迫卷入与迪乌斯拉三号的正面激战。本想规避战事的大和号，却被迪乌斯拉三号的猛烈攻势步步紧逼。 土门将大和号托付给古代进，偕同扬羽一同驾驶宇宙猎犬战机编队出击 ——
在拉詹德拉舰队压境的加尔曼星，古代进邂逅了一位称呼自己 “叔叔” 的 17 岁少女。 她便是萨莎，更是维系迪萨利亚姆历史、串联时空之环不可或缺的关键之人！
地球之上，弗勒尔前往北海道，与翼的家人朝夕相处、相伴度日，在平凡日常中体悟 “生存” 的真正意义。 另一边，心怀负罪感、执意奔赴迪萨利亚姆母星的萨莎，因内心焦躁不安，频频与身边人产生矛盾冲突。
雪受邀出席一场联谊晚宴。各方势力的算计与私心交织缠绕之际，母核迪萨利亚姆的隐秘计划正悄然推进。 与此同时，一枚足以毁灭行星的恐怖导弹，正瞄准加尔曼・伽米拉斯蓄势待发。
出现连波动引擎都能冻结的神秘极寒异象，被称作「乌拉莉亚魔女」的未知存在，正不断侵蚀周边各大星系。 以大和号为核心的调查舰队，驶入传说中魔女栖身的黑色气体星云深处，意外发现一座巨型迪萨利亚姆中间补给基地！
大和号与泽兰达尔号艰难摆脱迪加布拉斯追击，平安返航加尔曼星。 汇总收集到的所有情报后，真相终于浮出水面：迪萨利亚姆的兵器运转，必须依赖外部相位能源供给；迪加布拉斯正是其能源中继枢纽；而相位能源泄漏，正是导致加尔曼星、巴斯星陷入极寒冰封的元凶。舰队当即下定决心，全力摧毁迪加布拉斯基地。 恰在此时，由日向号护航的移民船团抵达加尔曼星近域。船团不幸遭遇波罗斯舰队袭击，危急时刻大和号及时驰援解围，日向号就此编入联军，加入迪加布拉斯攻略作战。
由大和号、日向号与加尔曼・伽米拉斯组成的联合舰队，正式打响迪加布拉斯要塞攻坚战。 迪加布拉斯拥有名为「相位力场」的超强防御屏障，想要攻克要塞必先切断其能源供给。舰队兵分两路，尝试摧毁相位能源输送线路，以及兼具护卫与能源储能功能的两座戈尔巴要塞。 联军成功摧毁能源线路与其中一座戈尔巴要塞，剩余一座却因阿尔方座机、格罗迪斯舰队的阻挠破坏，攻坚宣告失败。 得到戈尔巴要塞能源补给的迪加布拉斯迅速恢复战力，身处最前线的古代进航空小队，被困在相位力场结界之内。无路可退的古代进迫降基地，在此与阿尔方再度宿命相遇。
与古代进对峙的阿尔方坦言：戈尔巴要塞的能源储备已然抵达极限，他提议以保障基地全员人员安全撤离为条件，交出迪加布拉斯要塞。 二人一同前往与基地司令交涉，却震惊发现：迪加布拉斯竟是由人工智能全权管控的无人要塞，内部早已空无一人。 这一真相连阿尔方都全然不知，知晓实情的他陷入巨大迷茫与错愕。 另一边，联合舰队持续猛攻迪加布拉斯。得到波拉本土许可、拉姆舰队赶来增援后，联军终于成功击破迪加布拉斯要塞。 激战落幕之际，夏尔巴特・伊斯坎达尔的圣音响彻宇宙，加尔曼星的伊斯坎达尔远古遗迹随之苏醒，大和号的纯正版波动核心亦解封真正神力。 战火平息后，解锁新机能「超级增幅装置」的大和号自加尔曼星启航，开启连续跃迁，奔赴银河系中心。
日向号返航太阳系，准备带回迪加布拉斯覆灭的战报，却在此与依附迪萨利亚姆势力的飞鸟号爆发交战，最终坠毁于月面。 迪加布拉斯崩坏时负伤的阿尔方，精神传送系统出现故障，陷入长久昏睡。 为拯救阿尔方，雪潜入他的意识梦境，在其中看到两股记忆洪流：阿尔方的童年过往、以及来到地球之后的所有经历。 不久后阿尔方安然苏醒，可伊吉多尔却突然性情大变，悍然袭击雪。 他声称大和号无视迪加布拉斯投降意愿，肆意屠戮数万迪萨利亚姆同胞，这与阿尔方亲历的真相完全相悖，迪萨利亚姆人遭到记忆篡改的嫌疑随之浮现。 与此同时，抵达银河系中心的大和号，借连续跃迁之力冲入时空结节点。 可穿越结节点后映入眼帘的，并非千年后的未来宇宙，而是公元 2026 年的东京上空。
The Yamato is transported back in time to 2026 Japan.
The young crew of Yamato decide to change history.
