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Stargate Atlantis
曾经，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知什么原因，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。亚特兰蒂斯的故事紧接着《星际之门：SG-1》的第七季，在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goa'uld人的舰队之後，各国合作建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中，他们发现了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是，为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城，从而揭开了传说中的亚特兰蒂斯之谜。 但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Warith（在电视剧中被称作“幽灵”），他们技术先进、体格健壮，性情粗野残暴，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命（有一个例外，在编者的印象中有一集中又使Sheppard中校返老还成年）。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Warith是Ancient试验的产物！为了对抗强大的Warith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球，与飞马的原住民联系，试图找到抵御Warith的方法，经历了一次次险象环生的旅程。
谢泼德从四万八千年后的未来返回，得知了蒂拉的下落，随即率队赶往迈克尔的基地。然而他们的到来触发了陷阱，整座建筑轰然倒塌，谢泼德和罗农被埋在废墟之中。卡特上校组织营救行动，却不知道迈克尔也正在同一片废墟中搜寻幸存者。与此同时，伍尔西正式接替卡特成为亚特兰蒂斯的新任指挥官。
一种神秘的外星生物在凯勒医生体内生长，将她当作宿主。刚刚复活的贝克特医生和全体医疗人员争分夺秒寻找血清，阻止这个不断进化的入侵者渗透整座城市。与此同时，伍尔西正式接任亚特兰蒂斯探险队指挥官。
罗农被泰尔捕获，泰尔打算将他交给幽灵以换取自己在幽灵阵营中的地位。然而交易出了岔子，泰尔被幽灵抛弃等死。亚特兰蒂斯小队说服泰尔合作营救罗农。但幽灵已经将罗农改造成了一名幽灵崇拜者。
亚特兰蒂斯在太空中发现了一艘被遗弃的达达尼尔号飞船。谢泼德小队登船调查时，飞船神秘消失——他们很快意识到这艘船来自平行宇宙，搭载着一台“平行现实引擎”不断穿越不同的现实。小队被困在这艘飞船上，必须在引擎彻底烧毁之前找到回家的路。
谢泼德小队在一次任务中无意间将一个神秘实体带回了亚特兰蒂斯。他们很快发现这个实体不是别人，正是被复制者俘获后被认为已经牺牲的韦尔博士。这个脱离了肉体的复制者意识体开始系统性地破坏城市的技术基础设施。
麦凯感染了一种名为“第二次童年”的疾病——这是飞马座星系中与阿尔茨海默症类似的疾病，患者的记忆和认知能力会迅速退化至孩童状态。唯一的救治方法在塔鲁斯星球上的一座古人圣坛中，但那里如今已被幽灵占据。麦凯的妹妹珍妮赶来与他做最后的告别。
贝克特医生被召回协助调查迈克尔废弃的一处实验室。小队在实验室中发现了一批处于静滞状态中的实验体。然而一名村民为了寻找失踪的妻子释放了这些实验体，局面迅速演变成了一场活死人之夜般的噩梦。
亚特兰蒂斯计划利用迈克尔数据库中的实验性基因疗法来消除幽灵对吸食生命能量的依赖。为了说服幽灵领袖“主脑”接受这一方案，蒂拉必须假扮一位蜂巢女王。托德同意协助提出这一大胆的提议，却暗中另有打算。
凯勒医生前往外星球为一座受幽灵威胁的村庄提供医疗援助时被绑架。麦凯和罗农展开追踪营救，却发现绑架者其实是一名被幽灵追捕的“逃亡者”——与罗农当年一样的命运。
丹尼尔·杰克逊博士造访亚特兰蒂斯。他和麦凯在城中发现了一间隐藏的古人实验室，这项发现引来了一股新的敌人。
亚特兰蒂斯与一个新外星种族发生了接触。与此同时，达达尼尔号迎来了一位幽灵盟友，参与一项特殊计划。
一群人类文明组成了“联盟”，以危害飞马座星系和平的罪名对亚特兰蒂斯探险队进行审判。
联盟对亚特兰蒂斯探险队的审判仍在继续。亚特兰蒂斯必须在法庭上为自己在飞马座星系的一系列行动辩护。
迈克尔带着他的混种大军潜入了亚特兰蒂斯。他切断了星门操作区和周边楼层的通路，企图夺取蒂拉的孩子并摧毁整座城市。小队奋起反击，必须在迈克尔带着他想要的东西离开之前夺回城市控制权。
伍尔西正在接受国际监督委员会的绩效评估，期间遇到了一位美貌的新科学家。然而这位科学家并非表面看起来那么简单。与此同时，谢泼德被一个他以为早已死去的宿敌捕获并严刑拷打。麦凯和泽伦卡则在海底发现了一个神秘物体。
亚特兰蒂斯举办了一场跨星系科学会议，多位顶尖科学家齐聚一堂。
托德的蜂巢母舰突然出现在亚特兰蒂斯上空，发出求救信号。谢泼德率队登舰调查，发现全体船员都感染了一种疾病——正是亚特兰蒂斯当年帮助研制的那种基因疗法的并发症。
凯勒医生的身体被一名狡猾的盗贼妮娃·卡索尔无意中占据了。妮娃试图逃离亚特兰蒂斯，而凯勒的意识则被困在另一颗星球上，面临死刑判决。小队必须争分夺秒在凯勒被处决之前将她换回自己的身体。
在平行宇宙的拉斯维加斯，警探约翰·谢泼德正在调查一系列离奇的谋杀案——每具尸体都呈现出诡异的干枯状态。随着调查的深入，他追查到了51区，发现凶手竟是一名藏匿在地球上的幽灵。
小队获悉一支叛变幽灵派系获得了多枚零能模块，用来驱动一艘威力惊人的超级蜂巢母舰，并且这艘母舰正在朝地球驶来。亚特兰蒂斯全体出动，必须在母舰对地球构成威胁之前将其摧毁。这是亚特兰蒂斯探险队的终极之战。
