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明朝万历三十七年，江南蠹县县城，接连发生凶案，死者身份各异，彼此毫无关联，尸体被布置成离奇的姿势，每个案发现场都留有一句话。作为第一个受害者的徒弟，小捕快曲三更协同小伙伴展开调查......随着调查的深入，三教九流、士农工商各色人等纷纷登场，迷雾重重之中，二十年前的一宗旧案浮上水面。究竟凶手会是何人，又有怎样的目的？
明朝万历三十七年间，江南蠹县齐家堡麦田里惊现一起离奇命案，县衙快班两名捕快（曲三更和高士聪）接到报案后，急忙赶往现场，只见麦田中央有一个穿戴整齐的稻草人，曲三更用木棍掀开稻草人的大草帽，一张熟悉的面孔映入眼帘，死者脸色异常苍白，曲三更顿时瘫坐在地，这个被绑成稻草人形状的尸体，竟是自己的师傅-冷无疾。
根据林四娘提供的线索，冷无疾于酉正时分离开翠华楼直接往家走，曲三更和高士聪沿路走访。几天前，冷无疾正是在翠华楼后门附近的一个院子里被设计勒死，后院墙上露出一个洞，当时冷无疾一眼看到里面空地上摆了很多银子，出于好奇便将头伸进破洞，结果墙内侧马上有人将绳索套在冷无疾脖子上，不一会功夫，冷无疾便被勒死。
曲三更跟随冷无疾学办案时，曾经对访行打行意见非常大，认为该把这些人绳之以法，冷无疾告诉曲三更，抓了这些人，马上会有人接班，况且快班查案很多时候需要他们提供线索，灰色地带有存在的意义，如果曲三更实在看不惯，可以私下收集访行打行为非作歹的证据，最好将他们收取的钱财摸查清楚，一旦越线或不为自己所用，随时可以查办。
万历十七年，陆宅是蠹县最富裕、又最冷清的宅院，没有女眷和孩童，只有几个仆人追随陆远暴，作为当地名气较大的员外。陆远暴收养了一流浪儿，一直在养在家里，起名陆直，前几年跟在老管家陆忠身边，逐渐长大后，越发聪明机灵，陆远暴十分喜欢，便将其留在身边做了书童。
经过魏知县两次请示，府台终于开始重视蠹现发生的命案，派夏捕头到蠹县进行调查。夏捕头一上任，就先给快班所有捕快打了一顿板子，除了责罚快班破案无进展以外，更重要是树立自己的威望，魏知县面对夏捕头的下马威，一言不发。
张继祖和神秘中年男子商量凶手接下来的目标，从捕快冷无疾，教书王夫子，到挂起陈旺尸骨，三个人二十年来没有改变过身份，想要查明三人之间的勾连，还得从二十年前找答案，还有两人和惨死的三人情况相似，张继祖表示会和师兄将其当做关注的对象。神秘男子关心是否还娴熟于曾经的业务，张继祖回答：三更灭灯火，不闻五更鸡。
张继祖告诉神秘男子，猴妖身手了得，很有可能就是幕后凶手，神秘男子不赞同，如果猴妖只是凶手放出来的幌子，那猜测的两个受害人也就不成立，自己已经落单。张继祖有些畏难，凶手在暗处，并且对自己的行踪完全了如指掌。
看到张贵私藏柳十七，陆忠心里马上有了主意，示意鲍胜看住躺在病榻上的柳十七、赵亮落了单，陆忠即刻扭断了赵亮脖颈，张贵见状，急忙接应解决了鲍胜。陆直目睹了整个事发经过。程逸致惨死的消息传到府台后，夏捕头拿猴妖交差的手段被揭露，聂台大人愤怒，将夏捕头贬为捕快，发落回蠹县。众捕快见夏捕头失势，一心要施行报复，拿着板子将其围攻，吕三处处阻拦。
死在翠华楼的美丽妇人，正是林四娘。出事前，冷桂儿曾到翠华楼拜访林四娘。冷桂儿第一次见林四娘，忍不住打听了父亲和林四娘的过往，自己很早就知道林四娘和父亲的关系，母亲也知道，终于有机会见面，冷桂儿想更多了解关于冷无疾的经历。
陆忠找到陆直，竟开口讲话，小时候，陆忠的确被浸坏了嗓子，但不久后痊愈，陆忠发现当哑巴是个不错的生存之道，别人不知道自己不会说话，便没有防备之心，陆忠干脆就继续把自己当个哑巴。将陆远暴的计划全盘托出后，对于陆忠的坦诚相见，陆直受宠若惊，但自己并没有反抗的力量，只能任凭发落。
陆近信的出现宣告陆直的计划完全落空，即使陆远暴断气，继承财产的人也轮不到自己，陆直便告诉了陆忠。陆忠也才知道，多年来陆远暴一直提防自己，原先只听陆远暴讲起自己犯了官司离开家里，之后便再没有回去。不想这么多年来，陆远暴一直瞒着所有人，通过商号柜上给胞弟陆近信传递钱财，陆远暴能感觉到自己时日不多，所以特意让陆近信赶到蠹县。
尤二加入陆直的复仇计划队伍后，几人开始商量平分财产对策。一把火将陆家人全部烧死，由一个仆人继承财产，难免不让外界产生怀疑，衙门也很难唬弄过去。陆直表示对付这些自己有办法，难的是如何让陆家人安稳待在陆家，眼见大火降临而不逃跑。
