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《五号特工组2》是2009年慈文传媒集团有限公司出品，由赵青执导，于震、王丽坤、刘琳、施京明等人主演的谍战剧。2012年5月21日在浙江，江西，天津，云南电视台同时首播。 该剧以抗战时期几大谍战势力混战为背景，讲述五位身手不凡的特工，在硝烟弥漫的战场上，执行一个个“不可能完成之任务”的故事 。
1937年2月，纳粹德国在希特勒的批准下，启动“铀计划”，即大规模杀伤性武器，原子弹的研制工作。整个计划在实验初期，进展非常顺利，但最 终，由于制造反应堆的石墨纯度难以达标而受阻。几年后，美国利用从德国出逃的科学家，正式启动“曼哈顿计划”，迅速掌握了石墨的提纯技术，使原子弹的研究 工作，获得了巨大进展。
欧阳剑平、高寒和李智博赶往昆明。马云飞虽然嘴上没有答应老于，但还是担心高寒等人的安危。最终，马云飞和何坚做火车也赶往昆明帮助五特其他几 人。火车上，遇到美军滋事，马云飞英雄救美，结识了化装成女学生的女日特酒井，而酒井之所以要去昆明，就是作为最高领导，指挥昆明日特处理吉川情报的事件。
双方一通激战，双方互有损伤，最危急时刻，马云飞与何坚赶到，击败了酒井等人，但同时，吉川也趁乱逃走。见到马云飞到来，高寒自然高兴，但不免对马云飞一阵奚落，马云飞一笑而过，大伙儿商量下一步的对策。同一时间，吉川猛夫从临安堂逃走后，无处可去，只得找到自己在昆明的奶妈，临时住在奶妈家里。
五特等人通过调查和分析，得出结论，整个资料被盗事件，很可能是在基地内部出了内奸，否则，日特不可能渗透进基地并取得资料。如果是这样，吉川在昆明的药店没有搞到消炎药品盘尼西林，很可能将通过基地的同伙，搞到这种药品。因为盘尼西林是管制药品，美军基地中相对容易搞到。于是，马云飞等人立刻赶到了史迪威基地。基地负责人听完五特的分析，表示同意，于是授权魏明磊协助五特查找基地内部的内奸。
五特这边，准备先不点破魏明磊。既然知道了魏明磊是内奸，那么只要顺藤摸瓜，一定就可以找到吉川的下落。于是五特不露声色，开始悄悄跟踪魏明磊 的行踪，果然，几天后，众人确认了吉川的大致藏身地点。然而，就在五特即将行动之时，一场灾难降临了。原来，狡猾的吉川与魏明磊早就感觉到了来自五特的威 胁，如果不解决五特，他们将很危险。于是两人密谋，为今之计，必须要找到一个替死鬼，才能让吉川暂时安全。而唯一的方法，就是制造伪证，将窃取情报的事 情，嫁祸给五特!商定好后，魏明磊立刻赶回基地。
魏明磊将五特抓捕后，立刻按照吉川的建议，用高寒的电台，给德国人发了一封电报，告诉德国人，自己手里有重要的原子弹资料，希望和德国人交易。 马云飞与何坚一筹莫展，这是老于赶到昆明。三人商议，由于各种证据都不利于自己，所以必须要先找到魏明磊的通敌证据，才能彻底洗刷自己，营救出高寒等人。
马云飞自然不会还回电台。第二天一早，就是预定的高寒三人的行刑时间，时间紧迫。于是当晚，马云飞与何坚化妆前去劫狱，但狡猾的魏明磊准备充分，马云飞两人没有成功，而且，何坚也被捕了。何坚进去之后，给博士传递了一句话，结婚。原来，这是马云飞事先设计好的连环计，如果劫狱成功，万事皆好，但如果劫狱不成功，何坚就要假装被捕，传递这句话给博士，因为按照美国法律，死刑犯允许结婚，而且如果结婚的话，可以将行刑日期拖延几天。
魏明磊果然如约赶到，马云飞与魏明磊挑破了整件事情的全部情况，包括魏明磊的真实身份，魏明磊与吉川如何设计陷害五特等。而同时，躲在一旁的美 军基地负责人则听到了两人的全部对话，真相大白了，五特彻底洗脱了嫌疑。魏明磊困兽犹斗，最终被马云飞抓获。而就在这时，日特酒井也顺藤摸瓜，带领大批日 本特务赶到此处，试图劫走魏明磊，马云飞等人寡不敌众。老于率领大队人马赶到，与日特一通混战，最终魏明磊被打死。酒井等人趁乱而退。
马云飞等人很快查到了吉川的这个临时藏匿地点，立刻赶赴这座边境小镇。经过一番周折，马云飞等人成功找到了小百合，并顺着小百合的线索，最终找 到了吉川。经过一番激战，众人抓住了吉川。然而，就在众人要将吉川押回的时候，酒井带领大批日特赶到，原来，酒井顺藤摸瓜，也找到了这里。众人激战，马云 飞掩护吉川和小百合边打边撤。
马云飞正在酒吧放浪形骸，正巧高寒亲自下厨打电话让他回去，马云飞何坚只好离开酒吧。回家路上，两人被哨卡拦截。询问才得知，重庆周边县城 万县，正成为日军细菌武器的投放区，万县成为瘟疫疫区，万县百姓沦落成为疫区灾民。为了防止疫情蔓延，国军只好沿途设哨卡，阻碍灾民进入重庆。
五特与交通员见面，得知桥本喜欢去一家炙酒屋消遣，五特计划在炙酒屋动手抓捕他。对圈街时发生的神秘人枪战，中村推测极有可能是五号特工组已经 潜入夏家梁，想对基地以及桥本下手，命令渡边对桥本严加看护。桥本给二丫注射病毒后，打算去炙酒屋消遣，中村却以桥本的安全收到威胁为由将桥本软禁起来， 不许他踏出基地半步，桥本大怒却也无可奈何。桥本趁看守不备逃出基地，来到炙酒屋。
回到基地，中村狠狠的教训了桥本一顿，为此两人大吵一架。中村制止了渡边对高寒的严刑逼供。但是中村威胁要给高寒注射病毒，把她也变成马路大。何坚内心自责，冲动的要去营救高寒，被马云飞拦下来，最后还是李智博想到利用滤水车潜入基地。马云飞何坚劫持了给基地送水的滤水车，冒充工作人员顺利进入 基地。在基地内部，马云飞打探到关押高寒的囚室位置，两人顺利救出高寒。
情急之下高寒打昏马云飞，主动暴露自己吸引日军的注意，趁机何坚带马云飞逃出基地。高寒再次被抓，中村逼问五特的下落，使用电刑依然不能让高寒 开口，最后中村竟打算让渡边侮辱高寒!就在这时桥本闯入刑讯室，强要高寒做他的马路大，如果不从桥本就用自己的身体做病毒实验。
中村恼怒，却发现暴雨冲刷下的高寒竟然复活了!中村急忙将高寒送回基地抢救。得知高寒复活，桥本十分的兴奋，让手下对高寒严加保护，甚至自己病 重的身体，桥本也绝舍不得使用一点高寒的血清来救治。桥本加紧了对高寒的实验。五特消沉，老于说服了五特继续完成任务，提出假扮马路大混入基地的计划。祭 奠高寒之后，马云飞何坚老于三人扮成流浪乞丐，被汉奸招入基地。
中村发现军火库被盗，意识到五特潜入了基地，急忙带领大批日军搜查，三人安放的炸弹很快就会暴露!更糟糕的是五特无法救出高寒，而炸弹的位置离 高寒的房间很近，爆炸一定会伤到高寒。完成任务还是解救高寒成了两难的抉择，最后马云飞毅然选择了完成任务，按下了引爆的按钮。
由于汽油耗尽，众人只好弃车徒步赶往目的地--猫儿渡。桥本趁机在沿途留下标记，为身后的日军指路。由于途中多次被日军追上，引起了五特的怀疑，最后发现竟然是桥本在捣鬼。五特决定将计就计，一方面高寒李智博押着桥本离开，另一方面马云飞何坚制造假标记，把敌人引到伏击圈，狠狠的教训了敌人。
众人发现桥本逃走，急忙追赶，终于抓到了桥本，救回了高寒，可是高寒的病情却突然加重，桥本意识到高寒可能濒死，撑不到重庆，提议带高寒回基地 治病。五特经过一番思考，决定冒险同意桥本的意见，回基地救高寒。五特设计偷盗救护车，快速赶到基地。五特威逼桥本合作，众人混入夏家梁基地，顺利的进入 实验室寻找治疗血清。
深夜，一个男子被一群黑衣人追杀。男子中枪，逃到五号别墅，喊出高寒的名字后，昏倒。五特和黑衣人激战，击退黑衣人后，带昏迷男子去医院。路 上，男子醒来，交给高寒一个发卡，告诉高寒是齐南征给她的，高寒听到齐南征的名字，愣住。突然，一辆车横冲过来，拦住五特的车，又是一群黑衣人。
酒井假扮欧阳，想从齐南征那得到钨金下落。齐南征识破酒井，拒绝合作。李智博分析出酒井在重庆可能的藏身地点，老于派手下以查户口为名，查到酒 井住处。五特和日特发生激烈枪战，但还是晚了一步，酒井已经把齐南征带走。齐南征留下密码，告知高寒钨金线索，但被酒井发现。酒井将计就计，把密码中荣昌 修改成武昌。高寒发现密码，众人正要去武昌之际，高喊发现密码被改过，真正的地点应该是荣昌。
五特找到北郊农村的一间农舍，和日特一番激战，终于救出凯恩。五特从凯恩那得之钨金地图藏在海州会馆的一本佛经中。高寒救齐南征心切，一个人独自前往海州。五特发现后，也立刻赶往海州。酒井已经带着齐南征来到海州会馆，拜见目前住在会馆的日本黑龙会藤原半藏。酒井请求藤原协助一起寻找钨金。
