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神仙、妖魔和凡人共存的古代，仙人长耳与徒弟小良在浮光洞中隐居，平静的生活被追踪而至的妖王大鹏打破。懦弱的小良被迫与聪明油滑的书生江诚、果敢固执的武僧冲明结伴，踏上一段寻找传说中仙人住所云中居的旅程。旅程中，三子将面临重重难关、体验怦然心动的浪漫、经历友情和生死的考验。同时，一个牵扯了三界势力的大阴谋正在围绕他们展开……
执着于求仙问道的江诚这天正前往一处道观寻找仙人，在半山腰休息问路时竟遇到很多妖怪。原来小妖们是在追击仙人长耳和小良。长耳将昏迷的小良安顿在道观后，搭救了江诚和凡人。江诚遇到仙人十分惊喜，想拜于长耳门下但被拒绝。长耳回到道观，要带终于醒来的小良立刻前往云中居。没想到在门外偷听的江诚也是云中居的有缘人。江诚再次拜师被拒，长耳正要离开时发现妖怪已经追来，便留下小良和江诚，只身引开妖怪。在道观的小良不堪江诚骚扰，不小心坏了长耳设下的保护，引来了虎妖。两人陷入危险之时，幸得冲明及时赶到。解决虎妖后，冲明说事出紧急要小良带他去找长耳，但三人出门发现妖怪已经包围了道观。
三子被众小妖围困，长耳及时赶回，将众妖赶走。冲明向长耳报信，说话间听到了青铜狮子传来捉拿长耳的号令。长耳嘱咐冲明一定要带小良去云中居，并让江诚也同行。小良想留下但被长耳呵责，长耳让三人都必须立刻去云中居，且允诺一旦脱困便会传讯和他们会和。青铜狮子找了过来，长耳将他引开。另一边，白狼没有和狮子一道，而是选择去追小良。在小良等人前往云中居入口的途中，冲明发现妖王大鹏已杀到。长耳和青铜狮子激烈对战，在长耳要给狮子致命一击时，大鹏出现抓住了长耳，并威逼他说出灵骨的下落，长耳抵死不从。众妖前来集合，大鹏发现白狼不在，得知其是去捉拿长耳的弟子。大鹏意识到灵骨可能在长耳的弟子处，便率众妖追了过去。
小良三人依照长耳的指示，打开了前往云中居的通道。冲明和江诚提议先行前往，但小良忧心还没来会和的长耳，不愿挪步。这时白狼首领率众狼妖找到了三人的踪迹，企图发起攻击但被云中居入口的结界拦住。大鹏抓着长耳飞向云中居通道，长耳费力传讯让小良快走。小良三人刚刚出发，大鹏便赶到并将长耳摔在地上。看到重伤的长耳，小良护师心切，激发出了灵骨状态，但这却让大鹏发现小良、冲明、江诚三人都是变成人形的战神灵骨。长耳为了保护灵骨，选择与大鹏同归于尽。
小良晨起练功时打盹被师父长耳发现，长耳用金刚罥索将小良倒挂在树上以示惩罚。长耳将乌头白剑作为生辰礼物送给小良。小良趁师父出去买酥糖之际偷学了开门的禁制，用计把师父困住，溜出浮光洞玩耍。蝙蝠精受鹏王命令寻找云中居长耳，夜晚在林间认出了小良剑匣上的云中居徽记，决定捉走小良。长耳及时赶到救下小良，但师徒二人行踪已经暴露给大鹏妖王。
长耳自爆后，大鹏也身受重伤，只得休养生息，命手下妖众去活捉三子。小良从噩梦中惊醒，不愿相信师父已死的事实，在树林失魂落魄奔跑寻找师父身影，在跑到悬崖时看到师父的幻影消散成了碎片。与此同时，冲明江诚二人发现小良不见了，寻找小良途中遇到妖怪伏黄，双方大战一触即发。
冲明与江诚与伏黄展开激烈战斗，伏黄假意不敌却在暗中跟踪二人找到了小良的所在之处。三子与伏黄展开一场大战，江诚用计给予伏黄致命一击，伏黄身死。三子行至万年寺，小良心灰意冷、生念全无，江诚拿出仙书谎称云中居有重生之法，小良重新燃起了希望，冲明虽觉江诚此举不妥，纠结之余不忍说破。三子继续踏上去往云中居的旅程。
三子行至方家村，摘了几颗芋头并留下钱财，被姜大龙、陆忠、张贵三个盗贼盯上。在村侧竹林中，冲明传授小良还灭剑法之时察觉有人跟踪，捉住三贼。三贼谎称林中夜路害怕想与三子同行，却趁三子不备在篝火中撒入迷魂草，窃取钱财。三子醒后回到方家村找丢失的盘缠，遇村中老者告之最近妖怪横行，三子决定留下除妖。村中老者原来是受三贼威胁诓骗三子，三贼决定假扮妖怪吓走三子。
三子回到祠堂稍作休息，夜晚姜大龙假扮妖怪调虎离山，将冲明引向林中，小良没能跟上妖怪，和江诚留守祠堂。姜大龙、陆忠、张贵三贼在祠堂前设下陷阱，江诚中计跌落坑中。小良与三贼大战，实战之中发挥出了还灭剑法的威力，三贼求饶、还回盘缠。众老者向三子诉苦，请求三子带走三贼以免再为祸乡里，三子带着被捆绑的三贼继续上路。
蝙蝠精兄弟探查到三子行迹，狮王统领的手下石崇兽三兄弟先一步拿到情报，来到璇玑洞准备活捉三子。姜大龙、陆忠、张贵被三子捉住，在黑暗中试图逃跑未遂。璇玑洞被破坏，众人兵分两路，冲明、江诚、姜大龙对战石大，小良、陆忠、张贵对战石二和石三，双方即将展开一场大战。
小良在危险时刻挡住石二石三的进攻，让陆忠张贵先逃，二人良心发现决定留下来和小良并肩作战。小良在性命攸关之时激发出了潜能，打败了石二石三后，帮助冲明江诚等人脱困。三子与石崇兽们展开大战并赢得胜利。三子放姜大龙三兄弟回家，三兄弟在感怀恩情决定从此向善。遭逢白狼副统领率领狼群包围了逃至密林中的石崇兽们，并逼问出三子下落，危险迫近。
春三娘因为族人命魂在黑山魔老手中，被迫听魔老命令从空元大师身上取到念珠，争斗中致使空元大师身亡。春三娘获得了空元大师身上的念珠和云中居钥匙，自己也身负重伤。在湖滩休息疗伤时遇到给同伴摘野果的冲明，二人初相遇。不料狼妖追至此地，冲明为护三娘与狼妖战斗起来。同时，小良和江诚则出山洞去溪边烤鱼吃，听到了狼妖的声音，担忧冲明安危决定去与他会和。
狼群追至冲明和春三娘所在之处，冲明中了白狼妖术晕倒，春三娘功力恢复，弹奏相思引、使用幻术与狼群缠斗并击杀白狼首领，后与昏迷的冲明作别。小良和冲明逃跑途中探听到狼妖已发现冲明行踪，决定跟随狼群踪迹去找冲明，途中受相思引影响晕倒在地。三子转醒后会合，看着满地被打倒的狼妖，带着些许困惑继续前行。
三子在林中赶路，遇到吴员外家巡逻的家丁，家丁们看到三子会法术认为是仙人，请他们来降妖。吴员外告知家中近日有妖怪吃人，妻子春二娘又临产在即，因此出宅避祸，请三子捉妖并护妻子周全。原来春二娘就是那蜘蛛精，吃人是为了吸取力量让孩子诞生。春三娘迷晕众人，来劝说姐姐春二娘跟自己走。冲明一路跟随妖怪踪迹而来，发现真相，内心生出了复杂的情绪。
春二娘临盆在即，吴员外一行人和三子来到一屋中生子。春三娘赶来想帮二娘，却被三子拦在屋外，双方展开对战，僵持不下。二娘法力不足，害死稳婆才得以生下孩儿。吴员外心中担忧，闯入屋内，看到化作蜘蛛原型的二娘，惊吓过度而神志不清。春三娘眼看就要杀了吴广福偿命，法力枯竭、虚弱至极的二娘悲痛欲绝，临死前恳求妹妹春三娘饶吴广福一命。冲明埋葬了婴儿，三子历经此事，对是非善恶有了新的思索。
三人终于行至西京，准备前往金塔寺寻找空元大师拿到云中居钥匙。黑山魔老幻化成空元模样招待三子，并用自己会重生之法可以复活长耳来蛊惑小良，想要打探灵骨下落。魔老曾被达摩镇压于金塔下，如今金塔结界松动。魔老想要恢复力量，建造永乐世界，命令春三娘彻底破坏金塔结界。春三娘为了族人的生命安危只能听命于魔老，却也在暗中提示冲明有危险。
三子对空元大师身份渐生疑窦，决定先离开金塔寺再做打算。魔老怀疑三子和战神灵骨有关，派出武僧魔傀儡打算捉住三子。三子打败武僧魔傀儡后，受到西京市民误解，偶遇姜大龙、陆忠、张贵三人，姜大龙感谢三子救命之恩，请三子先去自己家中休息。春三娘破坏金塔结界后想逼魔老放了自己族人，魔老哄骗三娘继续为其卖命。西京城正在魔老影响下逐渐黑化。与此同时，大鹏妖王受重伤还未恢复，命令青铜狮子去活捉三子。
三子去往姜大龙家的途中，江诚的包袱被毛贼抢了去，这毛贼原来是姜大龙的女儿姜楚英，二人不打不相识，在拌嘴和玩闹之中感情升温。小良提出想重回金塔寺寻求重生之法，冲明担心其落入陷阱，情急之下说出世间并无重生之法的真相。小良无法接受师父不能复活的事实，精神震荡下激发灵骨之力，击退想要阻拦他的江冲二人，朝金塔寺而去。 魔老命令春三娘去找三子探查灵骨，春三娘自知不敌魔老，又觉察魔老不会信守承诺放过她的族人，暗中打算和三子联手对抗魔老。
小良和江冲二人分道扬镳后，来到金塔寺前，碰上来捉他的青铜狮王，酣战之际爆发灵骨印记。魔老发现小良就是灵骨化身，大喜过望，打败并吸收了狮子法力后现出真身，蛊惑小良跟随自己，实则是想吸取他的灵骨之力。江诚冲明追小良的途中遇到拦截他们的春三娘，春三娘陈情自己被逼无奈，为了族人性命才受魔老要挟。提出要和二人联手对抗魔老，并许诺一旦救出族人，会将自己的性命和云中居钥匙一并交给冲明。三人望着小良远去的方向陷入沉思。
小良为复活师父，以自身灵骨之力和魔老做交换。不曾想魔老并未真正复活长耳，而是在永乐世界中捏造了假长耳意图困住小良。小良在永乐世界中结交了雁丘子这一朋友。现实世界中魔老放出大批魔傀儡吸取西京市民的命魂，想要将整个西京变为永乐世界的一部分。冲明、江诚决定和春三娘联手打败魔老，于水深火热中保护西京，救出小良。
黑山魔老派出魔傀儡去吸食西京民众的命魂，意图把整个西京变成被他操控的永乐世界。混战中姜大龙也受害变成魔傀儡，春三娘告知众人魔老的阴谋，并说出解救众人之法是去黑山把命魂罐打碎。众人决定由江诚姜楚英一行人引开街上的魔傀儡，冲明和春三娘趁机去黑山救出大家和小良。小良魂陷永乐世界，魔老为其捏造了一个假长耳。幻境中日复一日的重演同样的事情，小良逐渐觉察到异样，生出不安和恐慌的他找雁丘子求证，而雁丘子只是不断劝他忘记往事、一起饮酒度日。
