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本剧以明朝晚期的“妖书案”、“诅咒案”、“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”等几大疑案为线索，以立储、皇权交替为关键点，讲述了明朝万历、泰昌、天启年间二十年中围绕宫廷的权力斗争，表现出君臣、父子、夫妻、同僚在权力面前交错的党争关系及体现出来的复杂情感，描绘出明朝危在旦夕的 夕阳晚景。该剧着重暴露了138影视明朝权力交替制度的弊端及吏治腐败、党派斗争、宦官专权、特务横行等一系列政治乱象，批判了黑暗的宫廷斗争，并讽刺了大臣们的愚忠。与此同时，用俯视的角度向观众展现了皇室的家庭生活，及夫妻之间、长幼之间的情感纠葛。
明朝万历皇帝宠爱郑贵妃及其皇子朱常洵，不肯立长子朱常洛为太子。常洛生母恭妃请求李太后把常洛过继到王皇后名下以保太子地位。郑贵妃派太监崔文升给王皇后送毒月饼，皇后转送恭妃品尝。郑贵妃堂妹男扮女装的玉萍药铺偶遇裴文中。礼部侍郎郭正域将学生文中推荐给常洛。常洛立为太子，常洵为福王。册封典礼上，常洛深知自己的太子地位仍未稳固。
皇帝派各地税监为太子大婚筹集银两，激起民愤，百姓打伤税监，皇帝病倒。病中皇帝下旨废除矿税，不料一日变卦。文中提醒太子常洛居安思危。第二年，借太子大婚，郑贵妃在皇帝耳边吹风，何时封她为后。朝中大臣都收到了皇帝要废太子立福王的匿名书信，一时人心惶惶。皇帝大怒下旨各地追查妖书元凶。锦衣卫来人抓走了京城名医沈令誉。
县衙之上，沈令誉被逼承认与郭正域合谋制作妖书，目的是把内阁大臣沈鲤也牵涉入内。官兵又抓捕与沈郭二人关系交好的达观和尚，屈打致死。皇帝召太子入宫，安慰太子不会动摇其地位。礼部侍郎郭正域在文中的安排下离开京城暂避，不料被锦衣卫都督陈汝忠扣下。太子受文中指点亲访东厂提督陈矩寻求帮助，查证妖书一案。
礼科给事中钱梦皋受沈一贯指使上书举报妖书出自郭正域之手，郭正域幕僚毛尚文受锦衣卫都督陈汝忠指使当堂指正郭正域，不料被审问的陈公公识破谎言。国舅郑国泰派锦衣卫指挥使王日乾暗中杀掉郭正域，文中拜访陈公公提醒他保护郭正域。皇帝下旨放出郭令誉，并放郭正域南归，妖书一案重新侦缉。药馆中，文中再次遇到玉萍，方知她原来为女儿身。
皇帝认定嫌犯在民间，在中书舍人赵士祯的提示下，锦衣卫锁定嫌犯皦生光，在徐匠家中将其抓获。太子宫中，文中告诉太子嫌犯是谁不重要，案件的结束才是目的。赵士祯来牢中探望皦生光，请求他为保国家社稷了结此案，并承诺保住其妻儿。赵士祯也自缢身亡。妖书案告一段落。文中陪太子游街，偶遇福王和陪读孔学，孔学邀文中猜谜，文中讲解的绘声绘色。
郑国泰派人夜绑回府途中的文中，不料被锦衣卫指挥使王日乾救下。皇帝得知，京城官员议论福王久滞京城不回蕃地之事又是内阁大臣沈一贯等人挑起，气愤不已。王日乾被国舅郑国泰收买监视文中言行。皇帝下旨户部筹集福王大婚银两四十万，大臣为难。药馆中，玉萍叮嘱文中喝药，文中赠送玉萍诗集。沈鲤请老太后出马，劝说皇帝收回四十万两谕旨。
为答谢救命之恩，文中在酒馆宴请王日乾。太后宫中，皇帝得知太子妃已有身孕，派人赏赐。太后督促皇帝让福王尽早回蕃地。皇帝下旨精简福王大婚银两，内阁大臣兴奋不已。都察院左都御史等百名官员联名上本罢免矿税，皇帝不理。成祖皇帝墓前石碑被雷劈裂，皇帝下令整顿朝纲。六部官员借天象请愿废除矿税，皇帝置若罔闻。
皇帝下旨以工价折抵现银修建洛阳福王蕃邸。太子宫中，郑贵妃看望刚生下的孩子，并送来奶妈侯客氏。王日乾夜访文中，托文中为其向玉萍说媒，文中无奈答应。沈大夫为文中传话，玉萍回绝。皇帝收回谕旨，改由户部操办福王府邸修建事宜。但却罢免沈鲤、沈一贯内阁大臣头衔。皇帝对沈鲤上书的奏折文采夸奖不已，派陈矩暗中查访得知为文中所写。
沈鲤上书推荐内阁成员李廷机和叶向高，皇帝应允。告老还乡前，沈鲤得皇帝口谕前来叙别。沈鲤劝皇帝为稳固国本，宜尽早废除矿税，让福王离京，皇帝大怒。为求公平，皇帝也召见了沈一贯。国丈府中，郑贵妃欲让福王早去蕃邸，父亲与弟弟劝其静待时机，以求翻身之日。酒馆中，日乾向玉萍澄清自己并非国舅一党，更惹来玉萍怀疑。礼科给事中钱梦皋受沈一贯指使上书举报妖书出自郭正域之手，郭正域幕僚毛尚文受锦衣卫都督陈汝忠指使当堂指正郭正域，不料被审问的陈公公识破谎言。国舅郑国泰派锦衣卫指挥使王日乾暗中杀掉郭正域，文中拜访陈公公提醒他保护郭正域。皇帝下旨放出郭令誉，并放郭正域南归，妖书一案重新侦缉。药馆中，文中再次遇到玉萍，方知她原来为女儿身。
新一届内阁首次与六部议事，内阁大臣叶向高提议促成福王离京乃稳定国本之头等大事。皇帝答应郑贵妃将玉萍赐婚辽东总兵李成梁三子李如桢。文中试探日乾说起福王蕃邸因监工庞保阻挡工期缓慢，不料验证日乾确为郑家办事。文中将计就计，拿来郑府物品交与日乾收买太监庞保。玉萍抗议婚事，被郑府软禁。皇后深夜晕厥，太后前往探望。皇帝认定嫌犯在民间，在中书舍人赵士祯的提示下，锦衣卫锁定嫌犯皦生光，在徐匠家中将其抓获。太子宫中，文中告诉太子嫌犯是谁不重要，案件的结束才是目的。赵士祯来牢中探望皦生光，请求他为保国家社稷了结此案，并承诺保住其妻儿。赵士祯也自缢身亡。妖书案告一段落。文中陪太子游街，偶遇福王和陪读孔学，孔学邀文中猜谜，文中讲解的绘声绘色。
受太后应允，太医用药性猛烈的回春还魂汤救活皇后。文中告之日乾玉萍被囚郑府，日乾悔悟，二人商议应对之法。郑贵妃派崔公公告之国舅在民间寻懂厌胜之术的人诅咒皇后，弟弟国泰找孔学帮忙。沈大夫跟随师兄杜大夫来郑府给玉萍瞧病，暗递玉萍纸条并建议其到寺庙祈福以便早日康复。抬玉萍的轿子在前往寺庙途中被官兵挤翻，玉萍被救走。郑国泰派人夜绑回府途中的文中，不料被锦衣卫指挥使王日乾救下。皇帝得知，京城官员议论福王久滞京城不回蕃地之事又是内阁大臣沈一贯等人挑起，气愤不已。王日乾被国舅郑国泰收买监视文中言行。皇帝下旨户部筹集福王大婚银两四十万，大臣为难。药馆中，玉萍叮嘱文中喝药，文中赠送玉萍诗集。沈鲤请老太后出马，劝说皇帝收回四十万两谕旨。
李如桢限日乾两日内搜出玉萍下落。白衣庵中，玉萍文中互诉衷肠。日乾将妖人诅咒皇后之事告知锦衣卫都督李如桢。李如桢与日乾前往抓捕。当场撞见国舅郑国泰和孔学，证据被国泰藏匿桌下。锦衣卫抓走了巫师和孔学，日乾因谎报军情入狱。日乾托狱卒带信给医生沈令誉与文中，提醒他们早作打算。郑贵妃派崔公公命李如桢出动锦衣卫，全城搜索玉萍。为答谢救命之恩，文中在酒馆宴请王日乾。太后宫中，皇帝得知太子妃已有身孕，派人赏赐。太后督促皇帝让福王尽早回蕃地。皇帝下旨精简福王大婚银两，内阁大臣兴奋不已。都察院左都御史等百名官员联名上本罢免矿税，皇帝不理。成祖皇帝墓前石碑被雷劈裂，皇帝下令整顿朝纲。六部官员借天象请愿废除矿税，皇帝置若罔闻。
锦衣卫全城搜查，惊动了东厂。文中将诅咒皇后之事告之陈公公。陈公公审问并放走日乾，默许其将此事告知皇帝。文中劝日乾远走高飞，日乾不肯。李如桢受陈公公提醒，把孔学交与刑部审查。夜晚午门雷炮，日乾亲自求见皇帝。皇帝为平息此事，决定杀掉孔学王日乾二人，并答应内阁大臣叶向高，若能凑足庄田四万顷，便准福王即刻回蕃地。皇帝下旨以工价折抵现银修建洛阳福王蕃邸。太子宫中，郑贵妃看望刚生下的孩子，并送来奶妈侯客氏。王日乾夜访文中，托文中为其向玉萍说媒，文中无奈答应。沈大夫为文中传话，玉萍回绝。皇帝收回谕旨，改由户部操办福王府邸修建事宜。但却罢免沈鲤、沈一贯内阁大臣头衔。皇帝对沈鲤上书的奏折文采夸奖不已，派陈矩暗中查访得知为文中所写。
国丈病逝，郑贵妃携福王回家奔丧。刑部主事王之寀来找文中，请求文中请内阁大臣叶向出面彻查诅咒皇后一事。叶向高拒绝，但给文中一次探监日乾的机会。文中来到大牢，日乾托文中不要将自己的死讯告知父母。皇帝暗中派陈矩去河南查证福王筹募庄田之中是否存在荒地。日乾坟前，文中答应玉萍，待福王去蕃地之后，便与玉萍远走高飞。沈鲤上书推荐内阁成员李廷机和叶向高，皇帝应允。告老还乡前，沈鲤得皇帝口谕前来叙别。沈鲤劝皇帝为稳固国本，宜尽早废除矿税，让福王离京，皇帝大怒。为求公平，皇帝也召见了沈一贯。国丈府中，郑贵妃欲让福王早去蕃邸，父亲与弟弟劝其静待时机，以求翻身之日。酒馆中，日乾向玉萍澄清自己并非国舅一党，更惹来玉萍怀疑。礼科给事中钱梦皋受沈一贯指使上书举报妖书出自郭正域之手，郭正域幕僚毛尚文受锦衣卫都督陈汝忠指使当堂指正郭正域，不料被审问的陈公公识破谎言。国舅郑国泰派锦衣卫指挥使王日乾暗中杀掉郭正域，文中拜访陈公公提醒他保护郭正域。皇帝下旨放出郭令誉，并放郭正域南归，妖书一案重新侦缉。药馆中，文中再次遇到玉萍，方知她原来为女儿身。
国舅托陈矩给皇帝送来福王筹集的一箱珍宝，皇帝兴奋不已。叶向高以无法凑齐福王庄田数目为由，向皇帝辞官，皇帝无奈，求助于太后。太后召见郑贵妃，教导其不要再从中作梗福王之国之事，郑妃悻悻答应。皇帝答应郑贵妃待太后七十大寿过后，再命福王离京。叶向高封还圣旨，皇帝大怒派兵包围内阁。众大臣力挺向高，太子亲临内阁慰问。新一届内阁首次与六部议事，内阁大臣叶向高提议促成福王离京乃稳定国本之头等大事。皇帝答应郑贵妃将玉萍赐婚辽东总兵李成梁三子李如桢。文中试探日乾说起福王蕃邸因监工庞保阻挡工期缓慢，不料验证日乾确为郑家办事。文中将计就计，拿来郑府物品交与日乾收买太监庞保。玉萍抗议婚事，被郑府软禁。皇后深夜晕厥，太后前往探望。皇帝认定嫌犯在民间，在中书舍人赵士祯的提示下，锦衣卫锁定嫌犯皦生光，在徐匠家中将其抓获。太子宫中，文中告诉太子嫌犯是谁不重要，案件的结束才是目的。赵士祯来牢中探望皦生光，请求他为保国家社稷了结此案，并承诺保住其妻儿。赵士祯也自缢身亡。妖书案告一段落。文中陪太子游街，偶遇福王和陪读孔学，孔学邀文中猜谜，文中讲解的绘声绘色。
郑贵妃召见叶向高，想要说服其延迟福王之国的时间，向高拒绝。陈矩为向高求情，被皇帝关押。酒馆中，文中与东林党人相谈甚欢。太后召见皇帝，以各藩王尚不能擅自进京向太后祝寿为由，点醒了皇帝。太后病逝，皇帝悲痛不已，郑贵妃强词夺理，惹怒了皇帝。国舅贿赂陈矩，请求其向皇帝为郑氏美言。福王启程前往蕃地，临行前，父子话别。受太后应允，太医用药性猛烈的回春还魂汤救活皇后。文中告之日乾玉萍被囚郑府，日乾悔悟，二人商议应对之法。郑贵妃派崔公公告之国舅在民间寻懂厌胜之术的人诅咒皇后，弟弟国泰找孔学帮忙。沈大夫跟随师兄杜大夫来郑府给玉萍瞧病，暗递玉萍纸条并建议其到寺庙祈福以便早日康复。抬玉萍的轿子在前往寺庙途中被官兵挤翻，玉萍被救走。郑国泰派人夜绑回府途中的文中，不料被锦衣卫指挥使王日乾救下。皇帝得知，京城官员议论福王久滞京城不回蕃地之事又是内阁大臣沈一贯等人挑起，气愤不已。王日乾被国舅郑国泰收买监视文中言行。皇帝下旨户部筹集福王大婚银两四十万，大臣为难。药馆中，玉萍叮嘱文中喝药，文中赠送玉萍诗集。沈鲤请老太后出马，劝说皇帝收回四十万两谕旨。
郑妃眼看福王离京，心中许愿报复。郑国泰与锦衣卫都督李如桢合谋借找玉萍之事扳倒文中，使太子失去羽翼。郑贵妃向皇帝状告文中与玉萍失踪有关。陈矩托叶向高询问文中玉萍失踪一事，文中如实相告。向高提议文中以回乡省亲为由，暂避风头。沈令誉告之文中玉萍已落脚南京，文中赶往。客栈之中，文中偶遇陈矩派来保护他的余子介。李如桢限日乾两日内搜出玉萍下落。白衣庵中，玉萍文中互诉衷肠。日乾将妖人诅咒皇后之事告知锦衣卫都督李如桢。李如桢与日乾前往抓捕。当场撞见国舅郑国泰和孔学，证据被国泰藏匿桌下。锦衣卫抓走了巫师和孔学，日乾因谎报军情入狱。日乾托狱卒带信给医生沈令誉与文中，提醒他们早作打算。郑贵妃派崔公公命李如桢出动锦衣卫，全城搜索玉萍。为答谢救命之恩，文中在酒馆宴请王日乾。太后宫中，皇帝得知太子妃已有身孕，派人赏赐。太后督促皇帝让福王尽早回蕃地。皇帝下旨精简福王大婚银两，内阁大臣兴奋不已。都察院左都御史等百名官员联名上本罢免矿税，皇帝不理。成祖皇帝墓前石碑被雷劈裂，皇帝下令整顿朝纲。六部官员借天象请愿废除矿税，皇帝置若罔闻。
李如桢严刑逼供沈令誉，要其说出玉萍下落。余子介一路跟随文中，夜晚同宿客栈。陈矩带走牢里已昏迷的沈令誉并救活他，同时喂其吃下哑药。文中主仆半路遇李如桢部下劫持，余子介赶来救下，玉萍同时赶到。玉萍同意随文中回江夏成亲。郑贵妃告知皇帝陈矩没按皇旨办事，皇帝下令将其革职，发配南海子，同时准许叶向高告老还乡。锦衣卫全城搜查，惊动了东厂。文中将诅咒皇后之事告之陈公公。陈公公审问并放走日乾，默许其将此事告知皇帝。文中劝日乾远走高飞，日乾不肯。李如桢受陈公公提醒，把孔学交与刑部审查。夜晚午门雷炮，日乾亲自求见皇帝。皇帝为平息此事，决定杀掉孔学王日乾二人，并答应内阁大臣叶向高，若能凑足庄田四万顷，便准福王即刻回蕃地。皇帝下旨以工价折抵现银修建洛阳福王蕃邸。太子宫中，郑贵妃看望刚生下的孩子，并送来奶妈侯客氏。王日乾夜访文中，托文中为其向玉萍说媒，文中无奈答应。沈大夫为文中传话，玉萍回绝。皇帝收回谕旨，改由户部操办福王府邸修建事宜。但却罢免沈鲤、沈一贯内阁大臣头衔。皇帝对沈鲤上书的奏折文采夸奖不已，派陈矩暗中查访得知为文中所写。
郑贵妃派太监刘成半路截杀陈矩，余子介赶来营救。崔文升托太监李进忠寻到一位武功高强之人为郑贵妃效命，并同意以太子儿子的奶娘客氏与进忠对食作为交换条件。文中玉萍看望恩师郭正域，诉说变故。农夫张差手持木棍夜闯太子行宫，被当成刺客抓了起来，案件扑朔迷离，审讯官欲以张差有疯癫之症平息此案。众大臣不满，纷纷上书要求彻查。国丈病逝，郑贵妃携福王回家奔丧。刑部主事王之寀来找文中，请求文中请内阁大臣叶向出面彻查诅咒皇后一事。叶向高拒绝，但给文中一次探监日乾的机会。文中来到大牢，日乾托文中不要将自己的死讯告知父母。皇帝暗中派陈矩去河南查证福王筹募庄田之中是否存在荒地。日乾坟前，文中答应玉萍，待福王去蕃地之后，便与玉萍远走高飞。沈鲤上书推荐内阁成员李廷机和叶向高，皇帝应允。告老还乡前，沈鲤得皇帝口谕前来叙别。沈鲤劝皇帝为稳固国本，宜尽早废除矿税，让福王离京，皇帝大怒。为求公平，皇帝也召见了沈一贯。国丈府中，郑贵妃欲让福王早去蕃邸，父亲与弟弟劝其静待时机，以求翻身之日。酒馆中，日乾向玉萍澄清自己并非国舅一党，更惹来玉萍怀疑。礼科给事中钱梦皋受沈一贯指使上书举报妖书出自郭正域之手，郭正域幕僚毛尚文受锦衣卫都督陈汝忠指使当堂指正郭正域，不料被审问的陈公公识破谎言。国舅郑国泰派锦衣卫指挥使王日乾暗中杀掉郭正域，文中拜访陈公公提醒他保护郭正域。皇帝下旨放出郭令誉，并放郭正域南归，妖书一案重新侦缉。药馆中，文中再次遇到玉萍，方知她原来为女儿身。
皇帝派人找回陈矩商量张差执木棍“梃击”一案。陈矩建议皇帝赦免文中玉萍，邀其回京辅佐太子，皇帝应允。皇帝让郑贵妃向太子认错以平息群臣议论，郑贵妃无奈答应。文中玉萍来到汉口沈令誉师兄刘璞家中暂住。陈矩告之内阁大臣方从哲、吴道南皇帝旨在平息此案，同时给皇帝带来张差明日宣判斩立决的消息，皇帝方才松一口气。国舅托陈矩给皇帝送来福王筹集的一箱珍宝，皇帝兴奋不已。叶向高以无法凑齐福王庄田数目为由，向皇帝辞官，皇帝无奈，求助于太后。太后召见郑贵妃，教导其不要再从中作梗福王之国之事，郑妃悻悻答应。皇帝答应郑贵妃待太后七十大寿过后，再命福王离京。叶向高封还圣旨，皇帝大怒派兵包围内阁。众大臣力挺向高，太子亲临内阁慰问。新一届内阁首次与六部议事，内阁大臣叶向高提议促成福王离京乃稳定国本之头等大事。皇帝答应郑贵妃将玉萍赐婚辽东总兵李成梁三子李如桢。文中试探日乾说起福王蕃邸因监工庞保阻挡工期缓慢，不料验证日乾确为郑家办事。文中将计就计，拿来郑府物品交与日乾收买太监庞保。玉萍抗议婚事，被郑府软禁。皇后深夜晕厥，太后前往探望。皇帝认定嫌犯在民间，在中书舍人赵士祯的提示下，锦衣卫锁定嫌犯皦生光，在徐匠家中将其抓获。太子宫中，文中告诉太子嫌犯是谁不重要，案件的结束才是目的。赵士祯来牢中探望皦生光，请求他为保国家社稷了结此案，并承诺保住其妻儿。赵士祯也自缢身亡。妖书案告一段落。文中陪太子游街，偶遇福王和陪读孔学，孔学邀文中猜谜，文中讲解的绘声绘色。
