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豪华公馆内，日本高官与南京当地卖国政要举办联欢会，庆贺傀儡政权——南京维新政府成立半年。军统女特工慕容秋化装潜入，在同伴掩护之下，施行美人计，从日军大佐手里窃取情报后火速逃亡。
慕容秋在回雀山途中，路过兰竺镇探望父亲慕容尚，不想却看到一门屠尽的惨境，并在幸存的下人口中得知害了父亲的是叶万泉和松桥。
潘杨与庞健相助百合夜盗叶万泉尸体。叶百合亲手埋葬父亲，掩面咬唇，痛泣不已，并在父亲坟头发誓，父亲的罪行，她将用自己的行动代他偿还。
进入雀山城内，百合偶遇吴雄，质问他为何要与日军勾结，导致其父惨死。吴雄抵口不认，暗中命副官严斌派人将百合灭口。
日军紧逼，山上不再安全，且面临粮尽弹绝之境地，方兰筹谋脱险之策，慕容秋前来找方兰，提及队伍中内奸一事。
医疗队冲入雀山城，不料却被吴雄扣押到礼堂内。他想以新四军医疗队为筹码献给松桥，换得自己和妻儿平安离开中国。
宋鹏程和叶百合的对话被门外的慕容秋听得一清二楚，慕容秋无法掩饰自己的悲伤和仇恨，拔出枪想要杀了百合为全家报仇。
宋鹏程派人去接应山林中的新四军，新四军与国军合力将鬼子的特种分队全部歼灭了。日军大佐勃然大怒，下令火力全开，攻打雀山。
秦凡达按照上级的命令，将帮助雀山城团部转移，他同时还提醒宋鹏程，国军与新四军终究是两个阵营，要与新四军划清界限，止于雀山，各走各路。
国军战地医院的祁主任知道了百合与慕容秋之间的不和，为了考验百合，祁主任命令百合负责对慕容秋进行治疗，直到慕容秋不再厌烦百合为止。
疲惫的百合还没来得及休息，便听到了病房中传出的吵嚷声，她立即赶到病房，将老六救出，和赶来的小武一同扑灭了床单上的火，百合的手也因此受伤。病房中的火灾让护士长刘梦欣终于抓到了百合的把柄，对她一阵冷嘲热讽。
百合喝退了刘梦欣，立刻温柔地帮小武换床单被罩，这让小武和其他战士十分感动。当晚，小武就接到了通知，让他迅速返回现场。百合把治疗尿床的药制作成了药丸，让他带着上战场。小武无意中告诉百合，慕容秋知道自己的病已经被治好了。
旅长的死吓坏了刘梦欣，她在慌乱中谎称自己把病人交给了百合看守。而百合表示没有接到刘护士长的任务，那时的她正在慕容秋的病房，慕容秋可以为她作证。
在秦凡达的暗示下，刘梦欣终于承认了是自己的失误造成了此次医疗事故。然而，秦凡达并没有信守对刘梦欣的承诺，而是将她开除军籍就地正法了。
叶百林在妓院买醉，宋鹏程现身劝说，叶百林坚决反对加入行动，以枪相对。在打斗中，宋鹏程负伤，幸而被一直尾随的慕容秋所救。
叶百林急忙送走日军长官，立刻将百合领出大院。叶百合刚上车就立刻昏迷了。叶百林抱着妹妹冲回酒店，原本等在医院做接应的宋鹏程和慕容秋，接到消息也立刻赶回住处。
百合强忍着悲痛被宋鹏程带走，当百合再次醒来时，发现自己身在医院，而自己的哥哥确实已经不在了。
国军医院召开了考核大会，经过了三个月的考验，新四军医疗队的同志们全部通过考核。小乔等三人成为了正式护士，百合成为了国军医院的正式医生。
在国军医院中，留守的护士们和病人们都深深挂念着百合。然而，日军的战斗机并没有放过这里的人们，数架飞机掠过医院上空，投射下无数炸弹。
一路走来，部队上的药品越来越少，而众人又得了疟疾，这更加剧了药品的短缺，百合决定不能再坐以待毙，祁主任的病情一天天严重下去，她不能辜负祁主任对自己的嘱托和信任。
