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雨夜，一个黑衣男人攻入永照王宫，扬言要报灭族之恨，这个男子就是霖川族的少主赫连曦。三年后，北陆朔云族，凉蟾正专注地画着自己梦中见到的树，朔云世子昔旧打猎归来，迫不及待来见未婚妻凉蟾，满心期待他们的婚礼。凉蟾失去全部记忆，她对昔旧告知自己的身份半信半疑。为了寻找梦中树的真相，凉蟾来到集市打探是否有人认出了画上的树，却遭一个刀疤男挟持。危机关头，赫连曦出手解决了歹徒。赫连曦一眼认出凉蟾便是自己苦寻的凤鸢。
赫连曦正想带走凉蟾，昔旧此时赶到，听到昔旧称凉蟾为世子妃，令赫连曦心中充满困惑，于是他命下属琴桑去调查凤鸢的身份。连曦偷潜入世子府，并确认了集市上贩卖的树的画确是凉蟾所画。凉蟾醒来，被赫连曦劫走。凉蟾被赫连曦带到自己的住所，赫连曦逼问其连理枝的下落，凉蟾却完全不知何意。几番刺激试探下，赫连曦发现凉蟾果真失忆了。
凉蟾向昔旧提议推迟婚期，她觉得自己和这个神秘男人的关系会给朔云带来麻烦，昔旧却表示一定会守护她。为了让凉蟾想起过往，赫连曦用树心将她带到了神树的神识之境。触碰到神树的一刹那，回忆闪现，凉蟾开始相信赫连曦所说的话，或许他们曾经真的是夫妻，而他寻找的连理枝也只有自己知道在何处，于是凉蟾下决心厘清自己身世，并向昔旧退婚。
凉蟾向昔旧表明赫连曦的身份，提出退婚。昔旧态度决绝，表示在凉蟾恢复记忆之前绝不答应退婚。赫连曦带凉蟾回到南枝苑，琴桑早已认出凉蟾便是曾对自己有救命之恩的霖川少夫人凤鸢，也知道她如今失忆，友好地与她分享往日她们在霖川吃的水果石榴。
凤鸢得知昔旧因执意不肯退婚被大君关入大牢受刑，于是凤鸢去找大君悔婚，并按朔云族规承受三天三夜日晒雨淋的刑罚。昔旧被释放，得知凤鸢为了退婚宁可受刑，紧急赶往刑场。在了解凤鸢的真实想法后，彻底放弃凤鸢，将她交还给赫连曦。
赫连曦决意前往永照国，取回一样可能会帮助凤鸢恢复记忆的东西。与此同时，安排刺杀凤鸢的神秘人抓捕了众多有霖川血统的朔云族人，想用他们的血激活神树树心。昔旧回到凤鸢曾住过的屋子，拿着凤鸢当初作为信物的石榴簪子，想起三年前狩猎在树林里遇到浑身是伤、奄奄一息的凤鸢。
赫连曦从永照国带回可治百病的神树树魄，昔旧却赶来夺走，并要留下保护凤鸢。原来他查探出三年前永照宫变，永照很可能与霖川有不可磨灭之仇，他担心凤鸢一恢复记忆，赫连曦达到目的便痛下杀手。而凤鸢却愈加发现赫连曦是个心软的人，凤鸢险些摔倒时，赫连曦奋不顾身相救，自己却被火烧伤。
赫连曦惧火，凤鸢用荧石做灯，点亮他的黑夜，直言这段时日对赫连曦新的认知，要求喝下树魄熬的汤来恢复记忆。赫连曦将汤药给凤鸢服下，本以凤鸢会恢复记忆，但迎来的却是凤鸢吐血昏倒。昔旧得知此事紧急赶往南枝苑，与赫连曦大打出手。
昔旧查出失踪的百姓均为有霖川血统之人，并得到一个劫匪的戒指，戒指图腾与赫连曦衣着上的一致，他不由怀疑赫连曦的目的。昔旧调集云卫擒拿赫连曦，但这正中了云暮的诡计。云暮趁乱逃离大牢，潜入南枝苑，掳走凤鸢。
三年前，凤鸢在凤垠的胁迫下带着刺杀赫连曦的任务远嫁霖川。赫连曦早对凤鸢一见钟情，婚后更是尊重她，照顾她。面对母妃被凤垠威胁，身在霖川的凤鸢心中惴惴，将希望寄托于离宫前传给乌韭将军的求救信，但信却被凤垠派在她身边的宫女花娥截获。
一场刺杀赫连曦，双手沾满血腥的噩梦后，凤鸢幡然醒悟，她不能伤害无辜的赫连曦。面对步步紧逼的花娥，凤鸢一边从容与其周旋，一边再次悄悄传信给乌韭将军求救。赫连曦察觉了凤鸢的事，为确保凤鸢的求救成功，他决意出门亲自将信件送达给乌韭将军。
花娥见形势不利，干脆放火烧树。凤鸢及时赶来，可大火已烧起，凤鸢竭尽全力抢救，绝望之际，大雨落下，火被扑灭。众霖川族人在椿婆婆的带领下赶来，凤鸢筋疲力尽摸向神树，昏迷前与神树结印成功。
凤鸢捡到身着永照骑兵铠甲的姑娘琴桑，并用赫连曦留下的神树树魄救活了她。凤鸢深感赫连曦对自己的好，静待着石榴花开。得知赫连曦归来的那一刻，凤鸢迫不及待冲出门迎接。二人回到南枝苑，情意绵绵，欲语还休。
凤鸢得知赫连曦不仅帮她解决了所有事，而且一直知道凤鸢来的目的是要杀死自己，凤鸢愧疚不已。赫连曦瞒着凤鸢让椿婆婆为自己连理入骨，并忍受剧痛，进行了有朝一日也能保护族人的结叶式。
凤鸢收到父君病危的信件，于是劝服赫连曦留下，在琴桑的陪同下回永照，约定石榴花开时便归来。凤鸢回到永照宫，惊悉父君已死，侄子凤庆继位，宫中由凤垠保持。凤鸢被囚禁，并发现自己怀有身孕。
永照现任君王凤庆内疚，偷偷见姑姑凤鸢，此时凤鸢已身怀六甲，却被告知赫连曦来到了永照。凤鸢被刺激，腹痛早产。大殿之上，赫连曦不见凤鸢，心中焦急，凤垠手下云暮借乌韭将军部下之名给赫连曦毒酒，凤鸢痛苦生产中，赫连曦毒发被擒。
凤鸢向昔旧确认三年前自己的心口并无连理枝，而连理枝是赫连曦复苏神树，解封族人的希望。凤鸢带着愧疚在神树灵识之境找到了当年遗失的另一只耳环，面对回不去的霖川，她不敢承认自己恢复了记忆。昔旧向赫连曦道谢，谢他舍命救族人之恩，两人自此化解误会。
赫连曦从天乩云盘中见到当年凤鸢为救自己被凤垠追杀，坠崖前用连理枝自戕换他活下来。凤鸢将积郁在心头的过往与昔旧坦白。赫连曦匆匆赶回，悔恨不已，他拉开凤鸢的手臂，终于明白那伤疤的由来，凤鸢因再没连理枝而愧疚痛哭。
两人的女儿石榴在凤鸢表妹石罂的照顾下长大，她唤石罂娘亲，赫连曦为叔叔。凤鸢面对女儿，不敢言明自己的身份，只告诉她自己是她的姨母。石罂挽留凤鸢留在医馆住下，可她看着两人彼此深爱互相依偎的模样，心中又苦涩又欣慰。
赫连曦在天乩云盘中看到一个戴琵琶簪的女人放火烧神树，虽然大君未言明这就是结局，但若神树被烧毁，再无复苏的希望。赫连曦在街头寻找琵琶簪时，遇上刚到永照的昔旧。昔旧因一桩误会与石罂不打不相识。
