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剧本取材于流传在河南的伏羲、女娲神话故事，运用多种中国传统文化元素和现代制作手段，艺术化地演绎了伏羲、女娲的创世神话传说。围绕着盘古开天辟地、创造八卦、女娲炼石补天等传说展开。
天庭新任护天大将军比武，傲洪阴招胜雷神，雷神愤怒触犯天条被贬下凡冰封雷泽湖千年。千年后，紫竹怒犯王母，黄龙替其求情惹祸上身被变拐杖。紫竹为救黄龙触犯天条，黄龙紫竹被打入凡间。黄龙身孕华胥，华胥诞生成纪。
王母进一步的逼害紫竹和黄龙，令成纪大旱。华胥为救成纪，只身到雷泽湖求雷神为成纪降雨，误履神迹怀孕，孕育了伏羲的元神。王母进一步迫害，雷神带华胥离开雷泽湖，途中生伏羲。黄龙等人忍受不了连绵大旱，最终迁至宛丘。华胥思母心切，让白龟送伏羲到宛丘寻亲。
雷神得知伏羲为人皇。白龟水路送伏羲到宛丘，途中遇河伯，被捉入河伯府里。雷神与白龟河里救出伏羲，白龟为救伏羲而仙去。伏羲被注入太始之气长大成人，只身前往宛丘。在花龙帮助下，历尽艰辛来到宛丘。黄龙知伏羲志向，传功于伏羲。
黄龙传功伏羲后仙去。雷神受命昆仑山迎接女娲出生，中途遇袭受伤。雷神舍命降世女娲，华胥随夫而去。女娲受命东旅寻伏羲。傲洪躲难于东海，东海龙王施法藏傲洪。傲洪计劝龙王偷太阳。
凤凰受命助伏羲，伏羲下东海救太阳被捉。小龙女助伏羲救走太阳离开东海，凤凰带伏羲回到宛丘。小龙女思念伏羲，偷到宛丘见伏羲，被小孽龙发现后，向东海龙王搬弄是非。龙王大怒欲水淹宛丘。
龙王水淹宛丘，小龙女派彩霞通知伏羲。所有族人被淹逝去，伏羲跳上金葫芦获救。伏羲金葫芦内得雷神功力。伏羲东海向龙王寻仇，傲洪暗伤龙王嫁祸伏羲，小龙女误会伏羲伤父。伏羲受父指示西行觅女娲。女娲被捉于东海，龙女带同伏羲入海救女娲。伏羲救女娲后陷入傲洪黑旋涡，龙女舍命救伏羲女娲。
伏羲女娲逃回宛丘，伏羲得知父母已逝，誓要重建宛丘，除傲洪为父报仇。伏羲女娲相处初萌情，月老有意牵红线，夜托梦女娲。宛丘族人挤冥府，阎王捉女娲，伏羲下地府救出女娲，二人更生情。
龙王被软禁，傲洪取而代之。伏羲定兽王。二老牵线，伏羲女娲结发成夫妻。傲龙取得东海龙珠，开始修炼龙珠神功。伏羲女娲受梦河边泥土造九子，伏羲为九子定姓氏。麒麟受命到宛丘助伏羲。
伏羲教授九子人之初，性本善。傲洪修炼神功不得其法。伏羲将九子分发各方，为华族在中华大地繁荣昌盛之始。
伏羲巡视四方，解救各方族人。伏羲教授族人武功，发明火、陶，结鱼网、创熟食。伏羲扶种牡丹，得牡丹仙子钟爱。布谷仙子传五谷于伏羲，被王母变为布谷鸟万年。黄龙氏着迷牡丹，整天留恋牡丹花丛。
凤凰折花送女娲，伏羲请求仙子让折花重回花丛再博牡丹仙子钟爱。女娲误认伏羲移情别恋。凤凰见状夜倒牡丹花丛。伏羲获悉女娲心情，真心解释感动女娲，女娲相信伏羲对己情深，淡定自如，终获真情。傲洪练功有小成，伏羲功力亦有增。龙王逃走被打死，傲洪正式取代傲广。傲洪率将犯宛丘，伏羲傲洪决斗于宛丘，傲洪重伤伏羲失明。
伏羲命族人固守宛丘。傲洪闭关练功治伤。女娲为治羲眼疾，与凤凰西去求灵药。女娲西行前托牡丹仙子代为照顾伏羲。小孽龙获悉伏羲失明，河伯借女娲凤凰西去求灵药之际半路截杀，凤凰被捉，女娲掉下深渊被玉竹所救。
女娲毅闯三重关，真心赢取玉竹同情，取得雪山花蕊圣药救伏羲。黄龙氏整天流连牡丹花丛疏于固守。小孽龙带兵攻打宛丘，谷雨舍身救牡丹。伏羲厚葬谷雨，赶黄龙氏离开宛丘。黄龙氏长跪谷雨坟，最终感动伏羲获原谅。
牡丹仙子获悉伏羲对娲情，不顾后果求得百花丹增强功力。小孽龙再次来犯被牡丹仙子打退。伏羲担心女娲，派麒麟前往寻找。女娲返回路上遭伏击，麒麟及时赶到将雪山花蕊带走，女娲被捉。牡丹仙子将己元神化作药引，结合雪山花蕊治愈伏羲眼疾。伏羲赴汤蹈火救女娲。凤凰智逃半路遇麒麟。伏羲发现爆竹。
伏羲创文字，利用爆竹退年鬼。伏羲定婚嫁，创十二生肖。金蟾获复真身，前往东海探望傲广遇傲洪，被变蟾身送宛丘。族人误食金蟾触怒玉帝。
玉帝大怒降瘟疫于宛丘。普渡请药仙配药救族人。药引需用牡丹花。伏羲心痛摘牡丹，定牡丹为华族之花。
伏羲发明音乐。见鸟巢悟建茅屋。黄龙氏阅历八方十八年，授艺各方兄弟。宓妃长大，顽皮成性。
宓妃任性再惹伏羲生气。黄龙氏游历归来，言传身教。宓妃改过自身受父赞赏。妖孽再犯宛丘，宛丘开始不太平。
女娲常闻白龙氏呼唤，预感西方白龙氏有难。伏羲派黄龙氏麒麟前去查探。傲洪欲修四海龙珠功，施计诱骗西海龙王成手下。骗得西海北海二龙珠。傲钦欲借南海龙珠，遇拒绝。
仙女偷下凡间游玩，灵芝受辱自杀身亡。大力神报仇到南海，傲洪趁乱盗走南海龙珠嫁祸大力神。傲钦天庭状告大力神，玉帝派水火二神合力捉拿大力神。傲洪挑拨离间，令水火二神大战不周山，水神战败，撞断不周山身亡。西方天裂，凡间暴雨成灾。白龙氏为救族人，身受重伤。
