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暗河，江湖第一刺客组织，由苏、慕、谢三家组成在朝能杀皇亲国威,在野能灭豪门大派,是令所有江湖人都畏惧的第一杀手组织。暗河大家长在刺杀唐门二老爷任务过程中身中奇毒，三家蠢蠢欲动，意图夺得眠龙剑，成为暗河新的大家长。苏暮雨作为暗河蛛影团首领"傀”带地支十二肖“卯兔”慕雨墨等人一路守护大家长。在医治路上，苏暮雨受到了昔日前辈苏喆、 好友苏吕河的阻拦,也因此结识了药王谷神医白鹤淮。经过重重对战,新一代暗河由苏昌河担任大家长，苏暮雨担任苏家家主。他们想要通过“彼岸计划”改变暗河，带来一个生活在光明之下而非阴影之中，不再是任何人手中刀的新暗河。为了这一目标，他们周旋于江湖各派与皇室之间，不断寻找新的出路……
明德十一年，魔教东征平息三年后，苏暮雨作为暗河蛛影团首领“傀”随大家长一同执行刺杀唐门二老爷的任务。任务完成，大家长却中了奇毒。而此次大家长中毒成了苏、慕、谢三家争夺权力的良机，只要夺得眠龙剑就能继任大家长。大家长命苏暮雨护送自己前往钱塘城，寻找神医白鹤淮解毒。在白鹤药府外，暗河苏家高手送葬师苏昌河、前一代傀苏喆已经到来，谢、慕两家亦是蠢蠢欲动，三方都想除掉白鹤淮以绝大家长生机。苏暮雨去钱塘城的路上遇见白鹤淮，随后安排蛛影团护送白鹤淮和大家长前往九霄城，自己留下断后。
一场暗河内部的权力纷争就此拉开帷幕。十五年前，幼年苏暮雨和苏昌河在暗河炼炉中相遇，小苏暮雨解救了受伤的小苏昌河，自此结下深厚情谊。七年后，冠姓之礼来临，每组十人唯有一人能存活并获得冠姓资格。总教习故意将二人分在同一组，苏昌河欲牺牲自己成全好友被苏暮雨阻止，苏暮雨誓要为二人搏一条生路。而现在，苏暮雨在赶赴九霄城途中，遇到苏昌离和苏止的阻拦，最终被苏暮雨成功化解。另一边，苏昌河安排唐怜月执行暗杀任务。大家长行踪暴露，慕雨墨留下断后与唐怜月相遇，两人相互吸引又彼此对立。
慕雨墨与唐怜月交战眼见就要落败，此时苏暮雨赶到，拦截唐怜月后带着慕雨墨一同离开。另一边，大家长一行人抵达九霄城暗河的秘密据点蛛巢，结果遭遇谢、慕两家埋伏，一番争斗后方才进入。唐怜月再度追上苏暮雨与慕雨墨，慕雨墨自信唐怜月不会杀自己，于是让苏暮雨先行离开。慕雨墨在与唐怜月的缠斗中精疲力竭，唐怜月终究不忍杀她，将晕倒的她带离战场。白鹤淮叮嘱大家长休养后离开房间，不料遭遇已潜入蛛巢的苏昌河。
苏昌河夜探蛛巢，白鹤淮与其交战性命攸关之际，苏暮雨及时赶到逼退苏昌河。第二天，苏暮雨找到蛛影中的内奸竟是丑牛，丑牛直言大家长应该让位，劝苏暮雨放弃，苏暮雨无奈只能放走了丑牛。暗河谢、慕两家皆已到了九霄城，他们将丑牛杀死，并决定联手撕开蛛巢那张坚硬的网。另一边，唐怜月带慕雨墨寻了个落脚客栈，却不料正是苏昌河与苏喆所在之处。苏昌河夜探唐怜月与慕雨墨的客房，出手试探唐怜月，知其对慕雨墨已有情愫，于是苏昌河让唐怜月留在客栈保护慕雨墨，大家长的头颅他会替唐怜月拿来。
大家长解毒当日，谢繁花率领谢、慕两家攻打蛛巢。与此同时，白鹤淮施展移魂大法进入大家长潜意识，意外发现大家长与苏喆的过往对话，通过苏喆颈下印记确认其为自己的生父。苏醒后的大家长察觉她另有目的，欲下杀手，此时突破阻拦的慕雪薇也赶到，同样意图杀害白鹤淮。千钧一发之际，白鹤淮不小心掉入密道，紧随其后的苏暮雨也毫不犹豫纵身跃下。另一边，苏家家主苏烬灰不满苏昌河在谢、慕两家行动时无所作为，苏昌河收到消息后与苏喆兵分两路。苏昌河前往蛛巢，在路上遇上谢繁花和谢千机，两方当街交战。
谢千机突然背叛刺杀谢繁花，原来他早就是苏昌河阵营之人。谢繁花死后，苏昌河又遇到慕家家主慕子蛰。与此同时，苏暮雨和白鹤淮在密室书库稍作休息，苏暮雨疗伤时白鹤淮发现他身上的生死同之术。苏暮雨和白鹤淮离开密室后，被慕子蛰之子慕白与慕青羊等人埋伏。苏暮雨欲引开敌人为白鹤淮开路，就在这时苏喆赶到准备杀掉白鹤淮，两人交手时苏喆通过白鹤淮的鬼踪步得知其是他的亲生女儿。苏暮雨、白鹤淮、苏喆三人赶回蛛巢，白鹤淮告诉众人治疗大家长的办法就是需要有人代替大家长而死，此时，驼背阿罗站了出来。
谢家家主谢霸因行动失败，决定请隐居的高手谢七刀出山。慕家这边，慕青羊谎称慕白被苏喆所杀。苏烬灰也告知苏昌河是苏喆杀了慕白，苏昌河因此得知苏喆已与苏暮雨同路。客栈内，慕雨墨受伤，于是她以需要照顾为由拖住唐怜月。另一边，大家长醒来后得知苏喆已与白鹤淮父女相认，也得知了自己解毒是驼背阿罗为他换命。大家长得知苏暮雨所中的生死同之毒早已解除，多年来的守护只是因为情谊与承诺，更加动容，于是将眠龙剑传给苏暮雨。
苏暮雨奉大家长之命，携眠龙剑请苏烬灰继任大家长，条件是让自己、大家长、苏喆、苏昌河等人离开暗河。苏烬灰应允，拔剑时慕词陵乘黑棺闯入，以阎魔掌夺走眠龙剑。苏烬灰与慕词陵对战，苏暮雨本想出手相助，被苏昌河拦下。慕词陵带着眠龙剑回到慕家交给慕子蛰，慕子蛰自以为成为大家长，此时谢霸与谢七刀出现阻拦，两家交战。另一边，水官在蛛巢找到大家长并指出真正的眠龙剑还在他手上。水官表示暗河就像别人手里的刀，其他人都没有决定它的资格，只有握刀的人才有，大家长却相信总会有人可以做到改变暗河。
苏暮雨赶回蛛巢发现真的眠龙剑还在此，原来是大家长想用假眠龙剑来试探苏烬灰。苏烬灰与慕词陵一战损耗巨大，而苏昌河已掌控苏家新一代弟子成立的“彼岸”组织，他最终击败苏烬灰并把他交给苏穆秋。与此同时，唐怜月去找大家长复仇。另一边，苏昌河找到苏暮雨并交给他彼岸的信物戒指，苏暮雨却想要解散暗河，他说暗河背后还有操控他们的势力，最终二人刀剑相对。此时蛛巢内大家长已不敌唐怜月，苏暮雨赶到时大局已定。大家长死后，慕词陵与水官出现，水官指使慕词陵去杀苏暮雨与苏昌河，二人反击。
苏暮雨与苏昌河二人联手打败了慕词陵。慕词陵与水官走后，苏暮雨继任苏家家主之位，苏昌河担任大家长，二人一起创造全新的暗河。谢、慕二家的争夺也因慕子蛰的下落不明、谢霸被谢七刀洞穿了胸膛而暂时结束。一个月后，南安城中新开了一座鹤雨药庄，里面坐镇的神医便是白鹤淮，而她身边有个药童，便是苏暮雨。另一边，苏昌河回到暗河，思考为什么得到眠龙剑才能当大家长，随后在剑柄处发现了“黄泉当铺”的钥匙。
苏暮雨在南安城期间，儒剑仙谢宣、雪月剑仙李寒衣先后到访药庄。夜晚饮酒时，李寒衣表示对苏昌河成为暗河大家长十分不满，苏暮雨向其解释，李寒衣最终放下杀意离去，谢宣也随之告辞。苏昌河向苏暮雨展示眠龙剑剑柄内“黄泉当铺”的钥匙，并猜测暗河的钱财或许藏于此，提议苏暮雨一同前去探寻，苏暮雨答应。苏暮雨、苏昌河二人在黄泉河边遇鬼差开路，在乘船时结识了会高超易容术的红婴。抵达黄泉当铺后，二人见到了神秘的王掌柜。
苏暮雨、苏昌河在王掌柜的引领下进入黄泉当铺的暗河宝库。库内藏有海量金砖以及雷门火药、奇毒暗器、奇门阵法图等战略物资。王掌柜透露想要取宝库中的物品需”黄泉”令牌,此时提魂殿三官突然现身。三官以令牌和宝藏作为筹码，邀请二人前往天启城见与暗河起源相关之人。苏暮雨拒绝后决定独自前往天启城探查，苏昌河则回到暗河集结力量。苏暮雨抵达天启城后，与影宗“鹰眼”首领乌鸦会面,得知对方是奉宗主易卜之命而来。之后乌鸦再度现身，邀请苏暮雨三日后赴易卜之宴。稍晚，苏暮雨提前闯入国丈府与易卜对峙。
苏暮雨与易卜不欢而散，随后传信给苏昌河，告知其暗河的背后是影宗。苏喆来到天启城与苏暮雨会面，苏暮雨锁定守卫严密的万卷楼，认定其中藏有影宗的机密，计划潜入并销毁暗河卷宗以摆脱控制。随后二人前往百花楼引蛇出洞，苏暮雨在百花楼结识了屠二爷。他们回程路上遇三官突袭，苏暮雨为护屠二爷与三官激战，白鹤淮、苏昌河等人赶到加入战局，水官趁机擒获苏暮雨，临走前让苏昌河听从影宗安排才能救苏暮雨，之后易卜将苏暮雨关入影狱。
乌鸦代表影宗以苏暮雨性命作为要挟，要求苏昌河取琅琊王萧若风的首级，苏昌河假意应承，暗中筹谋。苏昌河发现萧若风独自在碉楼小筑饮酒，借机与之对峙，交手时苏昌河未全力下杀手。李心月为护萧若风重创苏昌河，关键时刻苏喆赶到阻拦。萧若风念及旧情放众人离开，回客栈后，白鹤淮识破苏昌河的苦肉计。苏昌河以召集暗河三家精锐入天启城刺杀琅琊王为由，向影宗提出增兵请求并获准许。另一边，身陷影狱的苏暮雨陷入幻境，并在幻境中与父亲卓雨洛对话。
水官向苏暮雨透露易卜以其性命要挟苏昌河刺杀琅琊王，而苏昌河则要求易卜准许暗河精锐入城。苏昌河暗中布局，安排慕青羊将召集名单交予谢七刀，以解锥心毒为诱拉拢慕词陵，并集结慕雪薇、慕雨墨等暗河众人隐匿入城。易卜得知刺杀计划后，敲定三日后在风晓寺动手。风晓寺之战打响，苏喆牵制萧若风与忘喜大师，谢七刀率暗河杀手与李心月等人激战，故意示弱诱敌。关键时刻，苏暮雨凭借对父亲剑气的想象，冲破醉梦蛊的禁锢，暗河与影宗的对抗进入白热化阶段。
苏暮雨从影狱中脱困后直奔万卷楼，途中遭遇影宗高手谢在野的“七星连珠”箭招，双方陷入苦战。苏昌河率暗河众人突袭国丈府万卷楼，意图销毁记载暗河信息的卷宗。易卜识破风晓寺之战为调虎离山之计，却为时已晚，此时慕子蛰前来与易卜联手。国丈府内，慕词陵与慕子蛰激烈交手，慕词陵凭借斗志击败了慕子蛰，致其自焚而亡。万卷楼前，苏昌河及时支援苏暮雨击退谢在野。影宗三老现身阻拦，苏暮雨以十八剑阵对决，最终取胜。
苏暮雨进入万卷楼后，在谢在野的帮助下找到了关于自己与苏昌河的身世资料。谢在野虽接到影宗三老的暗杀指令，却因苏暮雨故意露出的“破绽”最终放弃。随后，苏暮雨决定烧毁万卷楼。另一边，苏昌河与易卜激战并将其击败后，拿走了他的“黄泉”令牌。苏暮雨、苏昌河二人在万卷楼烧毁后，决定即刻离开天启城，二人与白鹤淮告别，动身前往无名山村的“家园”。在那里苏暮雨与萧朝颜重逢，并遇到护卫家园的前暗河杀手苏协莫。
苏暮雨告诉萧朝颜，他从万卷楼获取的资料中得知暗河是无剑城覆灭的执行者，最终有18名幸存者隐居于家园，其中包括苏协莫。苏暮雨找到苏协莫质问，苏协莫透露他们在行动中发现雇主使用的是无双城的“九天剑法”，由此推测无双城是幕后黑手。事后，苏暮雨、苏昌河决定应白鹤淮之邀前往南安城。苏昌河带着萧朝颜抵达南安城，令白鹤淮颇感意外。另一边，苏暮雨正在与姬若风会面。最终，苏暮雨决定暂留南安城，与众人共同经营鹤雨药庄，开启新的生活篇章。
鹤雨药庄重新开业，苏昌河为壮声势特意安排了开张仪式，同时以假病人烘托白鹤淮的医术高明，成功吸引众多百姓。苏暮雨决定以无剑城少主身份问剑无双城，为此准备出发。白鹤淮赠予其名贵的鹤羽剑和白鬼蛛，苏昌河因身份不便同行。苏暮雨前往天下坊，用龙泪珠为赌注，以白鬼蛛斗赢两只八眼狼蛛，赢得无双令。苏暮雨持无双令前往无双城，在第一道关卡被弟子以违规为由索要钱财。大弟子卢玉翟听到苏暮雨对无双城的失望言论后，欲与其一战。
面对卢玉翟的刁难，苏暮雨以“惊龙变”震慑众人后继续前行。在最后一处关卡，苏暮雨面对众人质疑，最终以高超身手轻松击败问道四剑，令众人震惊。另一边，苏昌河返回暗河，识破了苏栾丹的叛变阴谋，随后苏昌河击败苏栾丹，坐稳暗河之主的位置。苏暮雨抵达城门前，自称为天下无剑城少城主卓月安，并向无双城问剑。随后，与无双城讲武堂大长老剑山岳、宋燕回、老城主刘云起等人对战。
