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リィンカーネーションの花弁
切割开自身肉体，发掘出前世才能的刀刃“轮回之枝”。在这不仅是伟大的天才们就连恐怖的杀人魔也复苏了的世界里渴望着强大才能的高中生，东耶获得了那刀刃……
自认毫无才能而怀抱自卑感的高中生．扇寺东耶，与透过＂轮回之枝＂使才能开花的＂轮回者＂灰都．卢欧．巴菲特相遇。在亲眼目睹灰都与亚伯特． H．费雪的战斗后，东耶因对才能的强烈渴望，最终也将手伸向了那禁忌力量…
东耶的才能开花结果，接到伟人杜司令塔．约翰．冯．诺伊曼下达的第一个任务「排除恶轮回者．约翰．W．盖西」，并与灰都一同踏入盖西所潜伏的森林。
与重瞳模样的神秘黑雾对峙后，I．牛顿与舩坂弘志返回伟人杜，正与成员们讨论时，萤幕突然被重瞳纹样覆盖，并传出一道开朗的男子声音。而其真实身分，正是由罪人级轮回者所组成的集团．罪人军的首领．项羽…
伟人杜与罪人军的轮回者们在各地展开战斗之际，扇寺东耶与舩坂弘志面前发生了巨大爆炸，随着烟尘散去，汉斯． U．鲁德尔尔现身。拥有「不灭不死」的舩坂与拥有「不变不死」的鲁德尔。两个具备同样不死才能之人的生死决战就此展开…
成为轮回者的舩坂弘志，在获得才能的同时，也逐渐失去了作为人类活着的真实感，对战斗感到厌倦，并怀抱一股难以言喻的不快感。然而，透过与汉斯． U．鲁德尔的战斗与对话，舩坂终于察觉到自己真正的渴望，以及所失去之物的沉重，最终迎来了死斗结局。
当东耶抵达重瞳之城时，罪人军领袖．项扇羽早已在里面等候。为了收集才能，东耶向项扇羽发起挑战，然而在最强才能面前，他被轻易压制。项扇羽更向他透露了兄长．西耶不为东耶所知的另一面…。
五虎将的最强轮回者．盖乌斯． J．凯撒与变貌后的灰都抵达重瞳之城。为了让化为「即便抛弃一切也渴望变强之人的最终下场」的灰都恢复原状，M．诺斯特拉达穆斯与凯撒挺身交战…
在约翰． V．诺伊曼宣布「伟人类计画」后，东耶、灰都，以及柳生十兵卫三吉三人被特务自卫队．黑锐部队收留保护。东耶试图与他们合作，却从北束口中听见拒绝话语而陷入绝望。就在此时，他想起了诺伊曼曾说过的话「别在＂庭院＂之外面开机喔…」。
在与被F．南丁格尔支配的I．牛顿分别后，成功逃脱的A．爱因斯坦终于与东耶重逢。她将自己所遭遇的一切告诉了东耶、灰都以及柳生十兵卫三吉，并准备为了救出牛顿等人而展开行动…。
A．爱因斯坦等人为了寻找堪称所有轮回者心脏的＂轮回之种＂开始进行回收轮回之枝的行动，由项扇羽所留下的轮回者集团"浮草"也加入。然而在那之中，却有一位＂在场无人知晓其真实身分＂、身穿黑色西装的谜样人物。
＂轮回之枝＂的制作者艾伦．史密西，让灰都与柳生十兵卫三吉看见了她们在成为轮回者前的记忆，得知父亲死讯的灰都陷入绝望，而得知灰都过去所作所为的十兵卫则是愤怒不已。灰都试图向十兵卫献上自己的项上人头，然而…。
A．爱因斯坦与一个本不该存在的另一个自己，自称为爱因斯坦的轮回者．阿尔伯特，以及被F．南丁格尔所操控的I．牛顿正面交锋。而爱因斯坦也与“浮草”的戈特弗里德． V．贝利欣根等人产生对立冲突…。
托亚正与海托交战，试图冲到她面前。他想和她谈谈，说服她改变主意，让她支持自己。
