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初音岛
故事是发生在前作《初音岛Ⅱ》剧情结束的20年之后，初音岛风见学园的非官方新闻部向官方新闻部发起了挑战，为了让毕业祭特刊更加受到欢迎，部长森园立夏决定以魔法主题，前往调查“永不凋零的樱花树”的当晚，樱花树瞬间盛开了，于此同时，一封内容奇怪、发件人不明的手机邮件，同时送到了官方新闻部的每一个成员的手机上，就这样，男主角芳乃清隆和五位少女开启了一段奇异而又温馨的故事
风见学园官方新闻部，知名度和发行量方面竟然远不及未经过校方认证的非官方新闻部，为了打破这一现状，部长的森园立夏的提议，毕业祭特刊的主题就定为“魔法”。如果提到初音岛魔法的话，自然要数永不凋零的樱花树。立夏，夏露露，姫乃，沙罗，葵和清隆六人，立刻开始调查樱花树的传说…
初音岛“永不凋零的樱花树”时隔20年再次绽放了。那么“毕业祭特刊哪一方的报道更有趣呢？”，非官方新闻部向清隆等人所在的风见学园官方新闻部发出了挑战。于是清隆，姫乃，沙罗，葵4人开始在街上探听樱花树的传说。调查结束后，四人汇集到了各种各样的信息，这时，葵家里和店里的钥匙丢了，受到清隆，姬乃，沙罗的帮助，葵的钥匙找到了。到清隆回家的时候已经是晚上了，但是，按照和夏露露的约定那天本该是清隆做饭……
樱花盛开的日子，假日里很多人都来到了樱花公园。来打探消息的清隆与一位少女邂逅了。日后，清隆在图书馆查阅了过去的文献，发现樱花凋谢之前发生的不明原因的事故和事件的报道，并且，还记载了事件现场可以目击到了神秘少女，如果活到现在应该是30岁左右。清隆带着这些线索，包括“神秘少女”的事情，继续探听下去。
放学后，风见学园官方新闻部成员聚集在活动室里，互相将收集的信息做汇报。“永不凋零的樱花树”第二次盛开的时候，出现了许多不可思议的现象和人物。此外有关的人物还有前任学园长，前任学园长的名字很巧合和清隆同姓，叫芳乃樱。姫乃将学园记录交给了清隆，清隆看到了刊登在那里的芳乃樱的照片，在意起了前几天遇见的那个神秘少女“樱”的事。
体育课之后，因为轮到沙罗值班，在操场搬器材，清隆看见了并主动帮助沙罗。两人一起到体育仓库内，然而老师认为里面一个人也没有，因此从外面锁上了门。两人只能等待有人能从外面打开，然而，事态紧急……。两人总算脱离危机。学生会那边有紧急任务，这天新闻部的活动取消，清隆决定放学后去一趟垒球部。最后，球场上除了清隆在捡球，没有任何人在，清隆突然听到了有人在喊“大哥哥！”，回头的一看……
午饭的时间到了，立夏邀请清隆一起去新闻部活动室一边吃午饭一边开个会，而且立夏亲手为清隆做了便当。周围其他的男学生表现出羡慕的眼神接受着这样的现实。放学后，官方新闻部成员在讨论“永不凋零的樱花树”之谜。“虽然不知道有没有关系，但樱花开放之后，经常可以看到一个女孩子，并且那个女孩还是个小孩子”清隆这样说道，听完这话全员震惊了，“还有这样的爱好！？”。
官方新闻部成员都凝视着前学园长芳乃樱的照片。清隆说最近经常遇到的少女“樱”和前学园长很相似。但平常的结论上是如果考虑年龄这个事实的话应该是偶然。在这之中，清隆察觉到了总是有精神的葵完全没有参与讨论。于是清隆把自己的额头贴在了葵的额头上……。“不要勉强自己”，清隆把独自生活的葵背着送到了房间。
购买晚饭食材的清隆在商店街的彩票会场抽到了三等奖“樱花公园温水游泳池的招待券”。在那里，樱跑了过来，“哥哥，一起玩吧！”。于是清隆和樱就以泳装的姿态站在公园内。“快点去玩吧”，少女樱一边奔跑，一边微笑着对清隆说。就在这时，清隆背后出现“哥哥”这样的声音。回头看，是穿着泳装的姫乃，夏露露和立夏，葵和沙罗也穿着泳装出现了。
清隆和好友耕助一起在学生会办公室里被绑住了手腕，并且被绘里，巴，四季，立夏，夏露露等人包围。但清隆不明白为什么会这样。从巴的质问“非正规新闻部的杉并有什么企图？”来看，清隆似乎被误解了。就在这时，一个刺眼的闪光球让清隆得以脱身，那是杉并的奇策帮助了清隆，杉并交给清隆一个神秘的胶囊。放学回家的途中，明显在等候绘里以“偶然”的姿态向清隆打了招呼……
杉并推荐清隆去天枷侦探事务所打探消息，事务所门一打开，站在那里的是带着飘扬的红围巾的所长天枷美夏。自我介绍是“我是机器人”，事务所里还有助理小日向柚子和小鸟游夕阳。清隆告诉她们是杉并的介绍来的。于是美夏看穿了清隆的委托是调查永不凋零的樱花树，并且断言那是货真价实的“魔法樱花树”。清隆也感到很意外，不过之后没有漏掉任何美夏有说服力的证据。
清隆和立夏在永不凋零的樱花树前与樱相遇了。立夏碰触到她的瞬间，两人的脑海里浮现了曾经的记忆。第二天，官方新闻部成员在活动室里召开会议，在采访内容的基础上关于魔法特辑封面的具体制作。但是立夏的心不在这里，清隆担心地看着立夏。立夏来到樱花树下，看到了永不凋零的樱花树所包含的记忆，那是自己的前世记忆，混合着的还有樱的事情。
立夏突然召集的官方新闻部的成员们。也没有说任何理由地让其他人向前进，这时樱站在大家的面前。清隆等人已经好久没看她的身影与自然的笑容。樱决定要离开这里了，在这之前，希望这天可以和大家一起玩一天。所有人都感到吃了一惊，只有立夏一个人知道这件事，于是大家做出了最后快乐的回忆的提议。这天官方新闻部成员和樱漫长的一天开始了。
樱离开之后，清隆等人的手机收到了发信人不明的邮件。第二天，官方新闻部毕业祭特刊制作开始了，考虑到樱的事，清隆等人决定换个角度报道。另一方面，学生会也就毕业典礼的问题开会，尽管立夏和夏露露作为3年级生即将毕业，但并没有什么实感。但“清隆选择的是谁？”这件事，果然还是想在毕业前想问清楚，夏露露抱着这样的心情……
