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シャングリ・ラ
在21世纪中叶，联合国强制性地减少二氧化碳排放水平，以缓和全球暖化危机。 结果，经济市场转移到碳贸易。后来，一次巨大地震毁坏了日本关东地区，在无法缴付碳税的情况下，只好把东京变成吸收二氧化碳、全世界最大的“密林区”。与此同时，阿特拉斯（アトラス）计划则开始重建东京和监督政府组织，反政府组织METAL AGE（メタル・エイジ）则由于它压迫自然环境而反对。然而，阿特拉斯只能容纳350万人，并且多数人民不允许移居进去，只能在地上以难民的日子苟延残喘。故事则围绕一名18岁的少女北条国子而展开。
女主角·北条国子作为被遗弃在地面上的难民们的希望之星，从女子鉴别所出所。面对蹂躏街道的坦克，国子的回旋镖在空中飞舞。她孤独的战斗开始了！
从旧池袋地区有炮弹射入多摩尔。面对陷入恐慌的居民们，国子前往镇压事态并展开调查。在其阴影中，获得巨额财富的少女·香凛微笑着，玩弄从者的平安调幼女·美邦出现了。演员已齐。在化为树海的东京，交错的谜团与思绪呼唤着战火……
被称为多摩尔的地上。在那里与国子等人一起生活的人妖美子中了彩票，决定移居到超高层建造物阿特拉斯。她的梦想是在阿特拉斯的六本木复活人妖酒吧“热带鱼”。胸怀梦想与希望踏入阿特拉斯的美子，在那里等待着她的东西是！？
世界规模的碳素市场开始暴跌。盗取了香凛编程的犯人开始玩弄世界经济。另一方面，为了将埋藏在多摩尔的碳素矿物变现，筹集打倒阿特拉斯的军资金，国子前往秋叶原……
走在秋叶原的国子，遇到了草薙少尉。与政府战斗之人与保护政府之人。虽然彼此立场不同，但追求之物相同。确认了彼此心意的两人面前，被称为炸弹雨的巨大冰雹倾泻而下，摧毁着秋叶原……
因暴走的大蛇，碳素经济面临着崩溃的危险。国子与凪子一起奔走应对。另一方面，草薙被邀请到美邦等待的月宫殿。是草薙所持之剑与美邦之剑相互呼唤吗！？
突然出现的总一郎之手，国子与友香一起被再次收监到女子更正中心。在那里等待着的，是阿特拉斯公社的总裁·鸣濑凉子！凉子执拗的责难折磨着国子。宿命对决究竟会……！？
忍耐完责难的国子，等待着她的是“死刑”这一最坏的判决。“国子死刑”的新闻飞遍全日本，Metal Age开始了拼死的国子夺回作战！
从更生中心逃出的国子眼前所见，是在高速公路上展开赏花的平安朝风格集团。对着呆然的国子等人，小夜子发射了反坦克步枪。面对展现出超绝战斗力的桃子，小夜子表现出作为被験体的兴趣，将桃子带走了。
桃子遭受小夜子执拗的责难。但在其中，桃子注意到了小夜子悲伤的过去。另一方面，开始暴走的墨杜萨连香凛也无法控制，那危机正从虚拟逐渐转移到现实世界。针对那墨杜萨，太阳能发电卫星阿波罗在马绍尔群岛海域人工制造出了台风。
无论获得多少财富，父母都没有在“她”面前现身。但一个神秘少年出现在香凛面前。他共同哀叹香凛的境遇，但少年试图将香凛带往外部的世界。另一方面，受台风影响，战舰·日本武尊沉没，草薙少尉等人如同漂浮在海上的木叶一般，等待着救援活动。
获得总理大臣地位的凉子，完全冻结了移居阿特拉斯的计划。开始对Metal Age展开扫讨作战。在此之中，小夜子拜访了成为总理大臣的“旧友”凉子，恳求让美邦成为阿特拉斯的下一任党首。另一方面，国子在秋叶原购买了大量武器，为即将到来之日做准备。
终于作为Metal Age的总裁，国子下定决心与阿特拉斯正面决战。为了自己决定自己的未来。为了让所有人都幸福，国子坐上了战斗机。阿特拉斯也以战斗机和武装直升机迎击Metal Age。战斗的火盖终于被掀开了！！
在空中、在地面，阿特拉斯与Metal Age的枪声从未停歇，但在阿特拉斯的猛攻下，国子等人四散分离。国子等人的眼前浮现出了过去的“东京”。那是阿特拉斯使用的最新兵器“拟态装甲”所展现的幻影。在国子等人混乱之际，池袋方向再次遭到神秘炮击！
遭到神秘炮击的国子。但其损害也波及到了阿特拉斯一方。而且东京还产生了有毒气体。Metal Age和阿特拉斯都认为是对方所为而心生憎恨，但最终查明发生源是应该无人的“森林”。这是来自自然对人类的警钟吗！？
国子遵从联合国的撤退决议。这是败战吗！？避开周围人担忧的目光，国子前往总裁室，宣布将凪子放逐。另一方面，此前一直不明的神秘炮击，查明是由经历了惊人进化的植物“代达罗斯”所为。国子等人前往调查，途中，武彦消失了……
将枪口对准国子的是武彦……。从他的口中，道出了阿特拉斯的真正仪式、国子存在的意义，以及武彦追随国子的理由……。无法掩饰冲击的国子，收到了练马支部被代达罗斯毁灭的消息。
轰炸设备成功着陆，一行人见到了美子，并且与美邦之间产生了暧昧的关系。老太太也回来帮助国子，两人前往阿特拉斯为避难的事情与凉子谈判，并以武力使其屈服。
空袭东京！避难人员都在阿特拉斯得到了妥善安置，空袭也顺利进行了。国子亲手按下了多摩尔地区炸弹的投放按钮，歌声响起。另一方面，随着空袭的进行，日本的碳素指数骤然上升，香凛因此大赚一笔，但她的贪婪使得墨杜萨……进化了！
化为焦土的东京，国子与草薙发现了光之线条。那道光在东京中穿行，看似描绘着荒诞无稽的线条，却最终结成了巨大的印记。另一方面，持续暴走的墨杜萨开始向南极大陆进行巨额投资。然而，对并非固有领土的南极的巨额投资，成为了导致世界经济崩溃的契机！
